4psx

Crystal structure of histone acetyltransferase complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase type B catalytic subunit

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase type B subunit 2 × 1 （P39984） Histone H4 × 1 （P02309） Histone H3 × 1 （P61830） COENZYME A × 1 SULFATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase type B subunit 2 × 1 （P39984） Histone H4 × 1 （P02309） Histone H3 × 1 （P61830） COENZYME A × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	HAT1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–319； UniProt 7–319 作者链 D； PDB构建体 7–319； UniProt 7–319

Histone acetyltransferase type B subunit 2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P39984

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase type B catalytic subunit × 1 （Q12341） Histone H4 × 1 （P02309） Histone H3 × 1 （P61830） COENZYME A × 1 SULFATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase type B catalytic subunit × 1 （Q12341） Histone H4 × 1 （P02309） Histone H3 × 1 （P61830） COENZYME A × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	HAT2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 8–389； UniProt 8–389 作者链 E； PDB构建体 8–389； UniProt 8–389

Histone H4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P02309

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase type B catalytic subunit × 1 （Q12341） Histone acetyltransferase type B subunit 2 × 1 （P39984） Histone H3 × 1 （P61830） COENZYME A × 1 SULFATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase type B catalytic subunit × 1 （Q12341） Histone acetyltransferase type B subunit 2 × 1 （P39984） Histone H3 × 1 （P61830） COENZYME A × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–48； UniProt 2–49 作者链 F； PDB构建体 1–48； UniProt 2–49

Histone H3

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P61830

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase type B catalytic subunit × 1 （Q12341） Histone acetyltransferase type B subunit 2 × 1 （P39984） Histone H4 × 1 （P02309） COENZYME A × 1 SULFATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase type B catalytic subunit × 1 （Q12341） Histone acetyltransferase type B subunit 2 × 1 （P39984） Histone H4 × 1 （P02309） COENZYME A × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–15； UniProt 2–16 作者链 Y； PDB构建体 1–15； UniProt 2–16

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4psx
沉积日期 deposition_date	2014-03-08
结构标题 title	Crystal structure of histone acetyltransferase complex
关键词 keywords	HAT WD40, acetyltransferase, AcCoA, Phosphorylation, HISTONE-TRANSFERASE complex; HISTONE/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4psx__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4psx__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4psx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.02 Å
Rg（电子密度）	30.49 Å
总 Rg	31.11 Å
原子数	5878
残基数	721
排除体积	104050 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4psx__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4psx__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone acetyltransferase type B catalytic subunit
分子量 formula_weight	37566.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	12392

MSANDFKPETWTSSANEALRVSIVGENAVQFSPLFTYPIYGDSEKIYGYKDLIIHLAFDSVTFKPYVNVKYSAKLGDDNIVDVEKKLLSFLPKDDVIVRDEAKWVDCFAEERKTHNLSDVFEKVSEYSLNGEEFVVYKSSLVDDFARRMHRRVQIFSLLFIEAANYIDETDPSWQIYWLLNKKTKELIGFVTTYKYWHYLGAKSFDEDIDKKFRAKISQFLIFPPYQNKGHGSCLYEAIIQSWLEDKSITEITVEDPNEAFDDLRDRNDIQRLRKLGYDAVFQKHSDLSDEFLESSRKSLKLEERQFNRLVEMLLLLNNS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone acetyltransferase type B subunit 2
分子量 formula_weight	45107.9 kDa
突变 mutation	V143T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MENQEKPLSVDEEYDLWKSNVPLMYDFVSETRLTWPSLTVQWLPTPVQELDGGFIKQELIIGTHTSGEEENYLKFAEINLPKEILSNEDPQEEAGEEYQSSLPAPRSNIRITAKYEHEEEITRARYMPQDPNIVATINGQGTTFLYSRSEGLQSTLKFHKDNGYALSFSTLVKGRLLSGSDDHTVALWEVGSGGDPTKPVRTWNDLHSDIINDNKWHNFNKDLFGTVSEDSLLKINDVRANNTTIDTVKCPQPFNTLAFSHHSSNLLAAAGMDSYVYLYDLRNMKEPLHHMSGHEDAVNNLEFSTHVDGVVVSSGSDNRLMMWDLKQIGAEQTPDDAEDGVPELIMVHAGHRSSVNDFDLNPQIPWLVASAEEENILQVWKCSHSLPIVGGPPKVNKDIIS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	5093.1 kDa
突变 mutation	I21V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	1565.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,P

ARTKQTARKSTGGKA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	COENZYME A
分子量 formula_weight	767.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	606

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4psxa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.1 — N-acetyl transferase, NAT

结构域编号 domain_id	d4psxb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family family	b.69.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4psxd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.1 — N-acetyl transferase, NAT

结构域编号 domain_id	d4psxe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family family	b.69.4.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4psxA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	360 — Histone Acetyltransferase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone acetyl transferase 1 (HAT1), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4psxA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

结构域编号 domain_id	4psxA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 —

结构域编号 domain_id	4psxB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	4psxD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	360 — Histone Acetyltransferase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone acetyl transferase 1 (HAT1), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4psxD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

结构域编号 domain_id	4psxD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 —

结构域编号 domain_id	4psxE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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晶胞边长 a length_a	78.548 Å
晶胞边长 b length_b	85.331 Å
晶胞边长 c length_c	114.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	75.97 °
晶胞夹角 β angle_beta	72.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	66.06 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.509 Å
最低分辨率 resolution_low	38.600 Å
R 因子 r_factor	0.1829
R_work r_work	0.1807
R_free r_free	0.2228

Crystal structure of histone acetyltransferase complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase type B catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone acetyltransferase type B subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4psx__assembly_2__model_1

4psx__assembly_2__model_1 | I(q)

4psx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)