4ptf

Ternary crystal structure of yeast DNA polymerase epsilon with template G

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 101.5 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P21951

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–1187	片段：catalytic domain (UNP residues 1-1187)	5'-D(APTPCPCPTPCPCPCPCPTPAP(DOC))-3' × 1 5'-D(TPAPAPGPGPTPAPGPGPGPGPAPGPGPAPT)-3' × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；12% PEG5000 MME, 25 mM magnesium acetate, 1% DMSO, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.81 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4PTF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
28VY sCMGE assembled on ARS1 DNA with Sld2 and RPA 提交 2026-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 G 1–2222（2222 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
4M8O TERNARY COMPLEX OF DNA POLYMERASE EPSILON WITH AN INCOMING dATP 提交 2013-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1228（1228 aa）片段：POL2 domain, UNP residues 1-1228	突变：D290A,E292A	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 TAU 2-AMINOETHANESULFONIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；20% PEG-3350, 50 mM Hepes-NaOH pH 7.0, 10 mM MgCl2, 400 mM LiAc, and 10 mM 2-aminoethanesulfonic acid (taurine) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.237
5OKI Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC in complex with a 63 kDa fragment of DNA Polymerase epsilon 提交 2017-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–524（524 aa）	突变：D290A. E292A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 10000, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium chloride	分辨率 4.50 Å R-free 0.312
5OKI Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC in complex with a 63 kDa fragment of DNA Polymerase epsilon 提交 2017-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–524（524 aa）	突变：D290A. E292A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 10000, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium chloride	分辨率 4.50 Å R-free 0.312
6FWK The crystal structure of Pol2CORE-M644G in complex with DNA and an incoming nucleotide 提交 2018-03-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1186（1186 aa）	突变：M644G	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；50mM MES, 150mM NaAc and 8% PEG20K	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
6FWK The crystal structure of Pol2CORE-M644G in complex with DNA and an incoming nucleotide 提交 2018-03-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1186（1186 aa）	突变：M644G	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；50mM MES, 150mM NaAc and 8% PEG20K	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
6G0A The crystal structure of the Pol2 catalytic domain of DNA polymerase epsilon carrying a P301R substitution. 提交 2018-03-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1186（1186 aa）	突变：P301R	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；50mM MES pH 6.5, 150mM NaAc and 8% PEG20K	分辨率 2.62 Å R-free 0.265
6H1V The crystal structure of Pol2CORE in complex with DNA and an incoming nucleotide, carrying an Fe-S cluster 提交 2018-07-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1187（1187 aa）	突变：D290A and E292A	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；20% PEG-3350, 50 mM Hepes-NaOH pH 7.0, 10 mM MgCl2, 400 mM LiAc, and 10 mM 2-aminoethanesulfonic acid (taurine) X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；20% PEG-3350, 50 mM Hepes-NaOH pH 7.0, 10 mM MgCl2, 400 mM LiAc, and 10 mM 2-aminoethanesulfonic acid (taurine)	分辨率 2.70 Å R-free 0.266
6HV8 Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat mutant 提交 2018-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1308–2221（914 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
6I8A The crystal structure of the Pol2 catalytic domain of DNA polymerase epsilon carrying a P301R substitution. 提交 2018-11-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1185（1185 aa）	突变：P301R	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；50mM MES pH 6.5, 150mM NaAc, 8%PEG20K	分辨率 2.65 Å R-free 0.279
6I8A The crystal structure of the Pol2 catalytic domain of DNA polymerase epsilon carrying a P301R substitution. 提交 2018-11-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1185（1185 aa）	突变：P301R	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；50mM MES pH 6.5, 150mM NaAc, 8%PEG20K	分辨率 2.65 Å R-free 0.279
6QIB The crystal structure of Pol2CORE in complex with DNA and an incoming nucleotide, carrying an Fe-S cluster 提交 2019-01-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1187（1187 aa）	突变：D290A, E292A	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10mM Tris HCl pH8, 10mM CaCl2, 15% PEG8000	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
6S1C P3221 crystal form of the Ctf18-1-8/Pol2(1-528) complex 提交 2019-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–524（524 aa）	突变：D290A, E292A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NaCl, 14% PEG 20000, 0.1 M HEPES pH 7.0	分辨率 6.10 Å R-free 0.333
6S1C P3221 crystal form of the Ctf18-1-8/Pol2(1-528) complex 提交 2019-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–524（524 aa）	突变：D290A, E292A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NaCl, 14% PEG 20000, 0.1 M HEPES pH 7.0	分辨率 6.10 Å R-free 0.333
6S2E Cryo-EM structure of Ctf18-1-8 in complex with the catalytic domain of DNA polymerase epsilon 提交 2019-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1186（1186 aa）	突变：D290A, E292A	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6S2F Cryo-EM structure of Ctf18-1-8 in complex with the catalytic domain of DNA polymerase epsilon (Class 2) 提交 2019-06-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1192（1192 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.80 Å
6WJV Structure of the Saccharomyces cerevisiae polymerase epsilon holoenzyme 提交 2020-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–2222（2222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7PMK S. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-stranded DNA (conformation I) 提交 2021-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 Q 1–2222（2222 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunger	分辨率 3.20 Å
7PMN S. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-stranded DNA (conformation II) 提交 2021-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 Q 1–2222（2222 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunger	分辨率 3.20 Å
7QHS S. cerevisiae CMGE nucleating origin DNA melting 提交 2021-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 G 1–2222（2222 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7R3X The crystal structure of the L439V variant of Pol2CORE in complex with DNA and an incoming nucleotide 提交 2022-02-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1185（1185 aa）	突变：L439V	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；8 % PEG 20K , 150 mM NaAc, 0-1,5% Glycerol, 50 mM MES pH6.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.256
7Z13 S. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting 提交 2022-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 N 1–2222（2222 aa）链 Q 1–2222（2222 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 ZN ZINC ION × 14 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8B67 The crystal structure of M644G variant of DNA Pol Epsilon containing CTP in the polymerase active site 提交 2022-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1186（1186 aa）片段：Catalytic subunit of DNA Pol Epsilon	突变：M644G	CA CALCIUM ION × 3 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；10mM Tris, 15% PEG8K,10mM CaCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
8B6K The crystal structure of M644G variant of DNA Pol Epsilon containing dCTP in the polymerase active site 提交 2022-09-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1186（1186 aa）片段：Catalytic subunit of DNA Pol Epsilon	突变：M644G, D290A, E292A	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；10mM Tris, 15% PEG8K,10mM CaCl2	分辨率 2.50 Å R-free 0.260
8B6K The crystal structure of M644G variant of DNA Pol Epsilon containing dCTP in the polymerase active site 提交 2022-09-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1186（1186 aa）片段：Catalytic subunit of DNA Pol Epsilon	突变：M644G, D290A, E292A	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；10mM Tris, 15% PEG8K,10mM CaCl2	分辨率 2.50 Å R-free 0.260
8B76 The crystal structure of M644G variant of DNA Pol Epsilon containing dTTP in the polymerase active site 提交 2022-09-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1186（1186 aa）片段：Catalytic subunit of DNA Pol Epsilon	突变：M644G	CA CALCIUM ION × 3 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；10mM Tris, 15% PEG8K,10mM CaCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.247
8B76 The crystal structure of M644G variant of DNA Pol Epsilon containing dTTP in the polymerase active site 提交 2022-09-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1186（1186 aa）片段：Catalytic subunit of DNA Pol Epsilon	突变：M644G	CA CALCIUM ION × 3 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；10mM Tris, 15% PEG8K,10mM CaCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.247
8B77 The crystal structure of N828V variant of DNA Pol Epsilon containing dATP in the polymerase active site 提交 2022-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1186（1186 aa）	突变：N828V	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；10mM Tris, 15% PEG8K,10mM CaCl2	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
8B79 The crystal structure of M644G variant of DNA Pol Epsilon containing UTP in the polymerase active site 提交 2022-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1186（1186 aa）片段：Catalytic subunit of DNA Pol Epsilon	突变：M644G	UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；50mM MES, PEG20K,2.5% glycerol, 150mM Sodium Actetate	分辨率 2.65 Å R-free 0.248
8B79 The crystal structure of M644G variant of DNA Pol Epsilon containing UTP in the polymerase active site 提交 2022-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1186（1186 aa）片段：Catalytic subunit of DNA Pol Epsilon	突变：M644G	UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；50mM MES, PEG20K,2.5% glycerol, 150mM Sodium Actetate	分辨率 2.65 Å R-free 0.248
8B7E The crystal structure of N828V variant of DNA Pol Epsilon containing UTP in the polymerase active site 提交 2022-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1186（1186 aa）片段：Catalytic subunit of DNA Pol Epsilon	突变：N828V	UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；10mM Tris, 15% PEG8K,10mM CaCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.230
8B7E The crystal structure of N828V variant of DNA Pol Epsilon containing UTP in the polymerase active site 提交 2022-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1186（1186 aa）片段：Catalytic subunit of DNA Pol Epsilon	突变：N828V	UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；10mM Tris, 15% PEG8K,10mM CaCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.230
8KG6 Yeast replisome in state I 提交 2023-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 M 1–2222（2222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 3.07 Å
8KG8 Yeast replisome in state II 提交 2023-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 M 1–2222（2222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 4.23 Å
8KG9 Yeast replisome in state III 提交 2023-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 M 1–2222（2222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 4.52 Å
8P5E S. cerevisiae nexus-sCMGE after DNA replication initiation 提交 2023-05-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 G 1–2222（2222 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8P62 S. cerevisiae ssDNA-sCMGE after DNA replication initiation 提交 2023-05-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：14-meric	链 G 1–2222（2222 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8P63 S. cerevisiae consensus-sCMGE on ssDNA after DNA replication initiation 提交 2023-05-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：14-meric	链 G 1–2222（2222 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8TW9 Cryo-EM structure of S. cerevisiae PolE-Ctf18-8-1-DNA 提交 2023-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 E 1–2222（2222 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8TWA Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA-PolE-DNA complex 提交 2023-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 E 1–2222（2222 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8XGC Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map 提交 2023-12-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 8 1–2222（2222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 33 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOE_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–1194； UniProt 1–1187

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ptf
沉积日期 deposition_date	2014-03-10
结构标题 title	Ternary crystal structure of yeast DNA polymerase epsilon with template G
关键词 keywords	DNA polymerase, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.73 Å
零角强度 I(0) i0	294138000.00
分子量 molecular_weight	134190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	166210 Å³
包络体积 envelope_volume	217730 Å³
水化壳体积 shell_volume	53320 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.2 Å
壳层 Rg shell_rg	41.30 Å
包络 Rg envelope_rg	32.55 Å
形状 Rg shape_rg	32.76 Å
总 Rg total_rg	33.27 Å
总原子数 total_atoms	9425
残基数 n_residues	1137
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.5 Å
Rg (实空间) rg_real	33.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	294200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9020
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.108
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.514
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.930

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
分子量 formula_weight	137458.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9572

GPGGDPHMMFGKKKNNGGSSTARYSAGNKYNTLSNNYALSAQQLLNASKIDDIDSMMGFERYVPPQYNGRFDAKDIDQIPGRVGWLTNMHATLVSQETLSSGSNGGGNSNDGERVTTNQGISGVDFYFLDEEGGSFKSTVVYDPYFFIACNDESRVNDVEELVKKYLESCLKSLQIIRKEDLTMDNHLLGLQKTLIKLSFVNSNQLFEARKLLRPILQDNANNNVQRNIYNVAANGSEKVDAKHLIEDIREYDVPYHVRVSIDKDIRVGKWYKVTQQGFIEDTRKIAFADPVVMAFDIETTKPPLKFPDSAVDQIMMISYMIDGEGFLITNREIISEDIEDFEYTPKPEYPGFFTIFNENDEVALLQRFFEHIRDVRPTVISTFNGDFFDWPFIHNRSKIHGLDMFDEIGFAPDAEGEYKSSYCSHMDCFRWVKRDSYLPQGSQGLKAVTQSKLGYNPIELDPELMTPYAFEKPQHLSEYSVSDAVATYYLYMKYVHPFIFSLCTIIPLNPDETLRKGTGTLCEMLLMVQAYQHNILLPNKHTDPIERFYDGHLLESETYVGGHVESLEAGVFRSDLKNEFKIDPSAIDELLQELPEALKFSVEVENKSSVDKVTNFEEIKNQITQKLLELKENNIRNELPLIYHVDVASMYPNIMTTNRLQPDSIKAERDCASCDFNRPGKTCARKLKWAWRGEFFPSKMDEYNMIKRALQNETFPNKNKFSKKKVLTFDELSYADQVIHIKKRLTEYSRKVYHRVKVSEIVEREAIVCQRENPFYVDTVKSFRDRRYEFKGLAKTWKGNLSKIDPSDKHARDEAKKMIVLYDSLQLAHKVILNSFYGYVMRKGSRWYSMEMAGITCLTGATIIQMARALVERVGRPLELDTDGIWCILPKSFPETYFFTLENGKKLYLSYPCSMLNYRVHQKFTNHQYQELKDPLNYIYETHSENTIFFEVDGPYKAMILPSSKEEGKGIKKRYAVFNEDGSLAELKGFELKRRGELQLIKNFQSDIFKVFLEGDTLEGCYSAVASVCNRWLDVLDSHGLMLEDEDLVSLICENRSMSKTLKEYEGQKSTSITTARRLGDFLGEDMVKDKGLQCKYIISSKPFNAPVTERAIPVAIFSADIPIKRSFLRRWTLDPSLEDLDIRTIIDWGYYRERLGSAIQKIITIPAALQGVSNPVPRVEHPDWLKRKIATK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(APTPCPCPTPCPCPCPCPTPAP(DOC))-3'
分子量 formula_weight	3502.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

ATCCTCCCCTAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(TPAPAPGPGPTPAPGPGPGPGPAPGPGPAPT)-3'
分子量 formula_weight	5067.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TAAGGTAGGGGAGGAT

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	467.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	147

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	147.293 Å
晶胞边长 b length_b	68.478 Å
晶胞边长 c length_c	149.079 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.809 Å
最低分辨率 resolution_low	46.812 Å
R 因子 r_factor	0.1864
R_work r_work	0.1832
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/pt/4ptf/4ptf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pt/4ptf/4ptf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pt/4ptf/4ptf.dat

Ternary crystal structure of yeast DNA polymerase epsilon with template G

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)