SAXSdb — 4qaf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipocalin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vascular endothelial growth factor A × 2 （P15692） 10-{(1R,2R)-2-[(2E)-hex-2-en-1-yl]cyclopropyl}decanoic acid × 2 SULFATE ION × 3 ACETATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LCN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–152； UniProt 23–174 作者链 B； PDB构建体 1–152； UniProt 23–174

Vascular endothelial growth factor A

Homo sapiens

UniProt P15692

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Lipocalin-1 × 2 （P31025） 10-{(1R,2R)-2-[(2E)-hex-2-en-1-yl]cyclopropyl}decanoic acid × 2 SULFATE ION × 3 ACETATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VEGFA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–102； UniProt 34–135 作者链 D； PDB构建体 1–102； UniProt 34–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4qaf
沉积日期 deposition_date	2014-05-04
结构标题 title	Crystal structure of an engineered lipocalin (Anticalin) in complex with VEGF(8-109)
关键词 keywords	beta-barrel, binding protein, engineered lipocalin, TRANSPORT PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex; TRANSPORT PROTEIN/SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4qaf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4qaf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4qaf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.78 Å
Rg（电子密度）	28.14 Å
总 Rg	28.59 Å
原子数	3090
残基数	389
排除体积	55463 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4qaf__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lipocalin-1
分子量 formula_weight	16184.3 kDa
突变 mutation	;R26V,E27G,F28A,P29L,E30R,M31C,N32L,L33A,E34G,T37I,M39T,L56H,S58K,C61S,E69S,K76I,D80I,K83I,Y87K,I89G,C101S,E104C,H106S,K108V,R111P,K114W,C153S ;
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3326

ASDEEIQDVSGTWYLKAMTVDVGALRCLAGSVIPTTLTTLEGGNLEAKVTMHIKGRSQEVKAVLSKTDEPGIYTAIGGIHVAKIGRSHVKDHYIFYSEGCLSGVPVPGVWLVGRDPKNNLEALEDFEKAAGARGLSTESILIPRQSETSSPG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Vascular endothelial growth factor A
分子量 formula_weight	13149.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GQNHHEVVKFMDVYQRSYCHPIETLVDIFQEYPDEIEYIFKPSCVPLMRCGGCCNDEGLECVPTEESNITMQIMRIKPHQGQHIGEMSFLQHNKCECRPKKDSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	10-{(1R,2R)-2-[(2E)-hex-2-en-1-yl]cyclopropyl}decanoic acid
分子量 formula_weight	294.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	210

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4qafc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.1 — Platelet-derived growth factor-like

结构域编号 domain_id	d4qafd_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.1 — Platelet-derived growth factor-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4qafC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	4qafD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

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晶胞边长 a length_a	88.210 Å
晶胞边长 b length_b	88.210 Å
晶胞边长 c length_c	103.421 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	34.470 Å
R 因子 r_factor	0.2053
R_work r_work	0.2033
R_free r_free	0.2421

Crystal structure of an engineered lipocalin (Anticalin) in complex with VEGF(8-109)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipocalin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vascular endothelial growth factor A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4qaf__assembly_1__model_1

4qaf__assembly_1__model_1 | I(q)

4qaf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of an engineered lipocalin (Anticalin) in complex with VEGF(8-109)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipocalin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vascular endothelial growth factor A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4qaf__assembly_1__model_1

4qaf__assembly_1__model_1 | I(q)

4qaf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)