4qd2

Molecular basis for disruption of E-cadherin adhesion by botulinum neurotoxin A complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 155.6 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin component HA33

Clostridium botulinum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–293 链 D； UniProt 2–293	未记录	Hemagglutinin component HA17 × 1 （A5HZZ5） Hemagglutinin component HA70 × 1 （A5HZZ4） Cadherin-1 × 1 （P09803） CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Tris (pH8.0), 6% PEG8000, 200mM potassium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 2–293 链 I； UniProt 2–293	未记录	Hemagglutinin component HA17 × 1 （A5HZZ5） Hemagglutinin component HA70 × 1 （A5HZZ4） Cadherin-1 × 1 （P09803） CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Tris (pH8.0), 6% PEG8000, 200mM potassium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称	A5HZZ6_CLOBH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–292； UniProt 2–293 作者链 D； PDB构建体 1–292； UniProt 2–293 作者链 H； PDB构建体 1–292； UniProt 2–293 作者链 I； PDB构建体 1–292； UniProt 2–293

Hemagglutinin component HA17

Clostridium botulinum

UniProt A5HZZ5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–146	未记录	Hemagglutinin component HA33 × 2 （A5HZZ6） Hemagglutinin component HA70 × 1 （A5HZZ4） Cadherin-1 × 1 （P09803） CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Tris (pH8.0), 6% PEG8000, 200mM potassium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 2–146	未记录	Hemagglutinin component HA33 × 2 （A5HZZ6） Hemagglutinin component HA70 × 1 （A5HZZ4） Cadherin-1 × 1 （P09803） CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Tris (pH8.0), 6% PEG8000, 200mM potassium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A5HZZ5_CLOBH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–147； UniProt 2–146 作者链 G； PDB构建体 3–147； UniProt 2–146

Hemagglutinin component HA70

Clostridium botulinum

UniProt A5HZZ4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 378–626	未记录	Hemagglutinin component HA33 × 2 （A5HZZ6） Hemagglutinin component HA17 × 1 （A5HZZ5） Cadherin-1 × 1 （P09803） CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Tris (pH8.0), 6% PEG8000, 200mM potassium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 378–626	未记录	Hemagglutinin component HA33 × 2 （A5HZZ6） Hemagglutinin component HA17 × 1 （A5HZZ5） Cadherin-1 × 1 （P09803） CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Tris (pH8.0), 6% PEG8000, 200mM potassium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称	A5HZZ4_CLOBH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–254； UniProt 378–626 作者链 F； PDB构建体 6–254； UniProt 378–626

Cadherin-1

Mus musculus

UniProt P09803

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 157–369	未记录	Hemagglutinin component HA33 × 2 （A5HZZ6） Hemagglutinin component HA17 × 1 （A5HZZ5） Hemagglutinin component HA70 × 1 （A5HZZ4） CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Tris (pH8.0), 6% PEG8000, 200mM potassium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 157–369	未记录	Hemagglutinin component HA33 × 2 （A5HZZ6） Hemagglutinin component HA17 × 1 （A5HZZ5） Hemagglutinin component HA70 × 1 （A5HZZ4） CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Tris (pH8.0), 6% PEG8000, 200mM potassium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4QD2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EDH E-CADHERIN DOMAINS 1 AND 2 IN COMPLEX WITH CALCIUM 提交 1996-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 156–380（225 aa）链 B 156–380（225 aa）	突变：INS(MR-D1) 突变：INS(MR-D1)	HG MERCURY (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；1.2 M AMMONIUM SULFATE 0.01 M CALCIUM CHLORIDE 0.1 M TRIS-HCL BUFFER, PH 9.0 0.003 M SODIUM AZIDE	分辨率 2.00 Å R-free 0.262
1FF5 STRUCTURE OF E-CADHERIN DOUBLE DOMAIN 提交 2000-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 157–374（218 aa）片段：DOUBLE DOMAIN 链 B 157–374（218 aa）片段：DOUBLE DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；50 mM ammonium sulfate, 50 mM NaOAc, 30% PEG 8000, pH 8.5, Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.93 Å
1I7W BETA-CATENIN/PHOSPHORYLATED E-CADHERIN COMPLEX 提交 2001-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 734–884（151 aa）片段：CYTOPLASMIC DOMAIN 链 D 734–884（151 aa）片段：CYTOPLASMIC DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；polyethylene glycol monomethylether 5000, Tris-HCl, NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
1I7X BETA-CATENIN/E-CADHERIN COMPLEX 提交 2001-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 734–884（151 aa）片段：CYTOPLASMIC DOMAIN 链 D 734–884（151 aa）片段：CYTOPLASMIC DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；POLYETHYLENEIMINE TRIS-HCL ISOPROPANOL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.242
1Q1P E-Cadherin activation 提交 2003-07-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 158–369（212 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.305
1Q1P E-Cadherin activation 提交 2003-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 158–369（212 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.305
1SUH AMINO-TERMINAL DOMAIN OF EPITHELIAL CADHERIN IN THE CALCIUM BOUND STATE, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1996-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 156–300（145 aa）片段：AMINO-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1 - 104	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2OMW Crystal structure of InlA S192N Y369S/mEC1 complex 提交 2007-01-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 158–256（99 aa）片段：N-terminal domain of murine E-cadherin	未记录	CL CHLORIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；PEG 6000, LiCl, Na-Citrate, pH 5.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.207
2QVF mouse E-cadherin domains 1,2 提交 2007-08-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 157–369（213 aa）片段：Cadherin 1, Cadherin 2, UNP residues 157-369	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.286
3IFQ Interction of plakoglobin and beta-catenin with desmosomal cadherins 提交 2009-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 778–884（107 aa）片段：residues 778-884 链 D 778–884（107 aa）片段：residues 778-884	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289.5 K；17% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Tris-Cl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.5K	分辨率 2.80 Å R-free 0.261
3IFQ Interction of plakoglobin and beta-catenin with desmosomal cadherins 提交 2009-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 778–884（107 aa）片段：residues 778-884	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289.5 K；17% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Tris-Cl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.5K	分辨率 2.80 Å R-free 0.261
3IFQ Interction of plakoglobin and beta-catenin with desmosomal cadherins 提交 2009-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 778–884（107 aa）片段：residues 778-884	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289.5 K；17% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Tris-Cl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.5K	分辨率 2.80 Å R-free 0.261
3LNE Crystal structure of E-cadherin EC12 K14E 提交 2010-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 157–369（213 aa）片段：UNP residues 157-369	突变：K14E	CA CALCIUM ION × 6 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH 6.5, 0.75M sodium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
3LNF Crystal structure of E-cadherin EC12 K14EW2A 提交 2010-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 157–369（213 aa）片段：UNP residues 157-369	突变：K14E,W2A	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-Cl pH 8.5, 15% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
3LNF Crystal structure of E-cadherin EC12 K14EW2A 提交 2010-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 157–369（213 aa）片段：UNP residues 157-369	突变：K14E,W2A	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-Cl pH 8.5, 15% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
3LNG Crystal structure of E-cadherin EC12 AA extension 提交 2010-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 157–369（213 aa）片段：UNP residues 157-369 链 B 157–369（213 aa）片段：UNP residues 157-369	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；0.1M Tris, pH 8.5, 1.3M ammonium sulfate, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.263
3LNH Crystal structure of E-cadherin EC12 W2A 提交 2010-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 157–369（213 aa）片段：UNP residues 157-369 链 B 157–369（213 aa）片段：UNP residues 157-369	突变：W2A 突变：W2A	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；0.1M Tris, pH 8.5, 1.3M ammonium sulfate, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
3LNI Crystal structure of E-cadherin EC12 E89A 提交 2010-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 157–369（213 aa）片段：UNP residues 157-369 链 B 157–369（213 aa）片段：UNP residues 157-369	突变：E89A 突变：E89A	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.25M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 26% PEG 5000 monomethylether, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.228
3Q2L Mouse E-cadherin EC1-2 V81D mutant 提交 2010-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 157–369（213 aa）片段：E-cadherin EC1-2 fragment, residues 157-369 链 B 157–369（213 aa）片段：E-cadherin EC1-2 fragment, residues 157-369	突变：V81D 突变：V81D	CA CALCIUM ION × 8 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；10% (v/v) PEG 400, 0.1M sodium acetate pH4.6, 0.13M CaCl2, Cryoprotected by increasing PEG 400 to 30%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
3Q2N Mouse E-cadherin EC1-2 L175D mutant 提交 2010-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 157–369（213 aa）片段：E-cadherin EC1-2 fragment, residues 157-369 链 B 157–369（213 aa）片段：E-cadherin EC1-2 fragment, residues 157-369	突变：L175D 突变：L175D	CA CALCIUM ION × 8 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；25% (v/v) PEG 400, 0.1M sodium acetate pH4.6, 0.15M CaCl2 and croprotected by increasing PEG 400 to 30%., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.73 Å R-free 0.224
3Q2V Crystal structure of mouse E-cadherin ectodomain 提交 2010-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 157–700（544 aa）片段：UNP residues 157-700 链 B 157–700（544 aa）片段：UNP residues 157-700	未记录	CA CALCIUM ION × 24 MN MANGANESE (II) ION × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；11% (w/v) PEG 5000 monomethyl ether (MME), 0.1M Bicine pH 8.5, 10mM CaCl2, 30mM MnCl2, 2% (v/v) dioxane, 4% (v/v) 1-butanol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.293
3QRB crystal structure of E-cadherin EC1-2 P5A P6A 提交 2011-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 157–369（213 aa）片段：Cadherin 1 and Cadherin 2 Domains, UNP residues 157-369	突变：P161A, P162A	CA CALCIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG8000, 10% ethylene glycol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.178
3QRB crystal structure of E-cadherin EC1-2 P5A P6A 提交 2011-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 157–369（213 aa）片段：Cadherin 1 and Cadherin 2 Domains, UNP residues 157-369	突变：P161A, P162A	CA CALCIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG8000, 10% ethylene glycol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.178
7AR4 Crystal structure of beta-catenin in complex with cyclic peptide inhibitor 提交 2020-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 PaP 783–798（16 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M HEPES, 4% PEG6000, 20 mM TRIS, 150 mM NaCl, 0.5 % Glycerol, 2 mM DTT	分辨率 2.60 Å R-free 0.242

共 19 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CADH1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–213； UniProt 157–369 作者链 J； PDB构建体 1–213； UniProt 157–369

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4qd2
沉积日期 deposition_date	2014-05-13
结构标题 title	Molecular basis for disruption of E-cadherin adhesion by botulinum neurotoxin A complex
关键词 keywords	Oral Toxicity, Botulinum Neurotoxin, E-Cadherin, HA70, HA17, HA33, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.54 Å
零角强度 I(0) i0	1006480000.00
分子量 molecular_weight	263370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	329260 Å³
包络体积 envelope_volume	476150 Å³
水化壳体积 shell_volume	82387 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.6 Å
壳层 Rg shell_rg	53.17 Å
包络 Rg envelope_rg	46.03 Å
形状 Rg shape_rg	47.54 Å
总 Rg total_rg	47.76 Å
总原子数 total_atoms	18610
残基数 n_residues	2303
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	155.6 Å
Rg (实空间) rg_real	47.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0060e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9420e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1007000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8765
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.153
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.344
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	68150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.868

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin component HA33
分子量 formula_weight	34081.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C,I,H
原子数 atom_count	19012

EHYSVIQNSLNDKIVTISCKADTNLFFYQVAGNVSLFQQTRNYLERWRLIYDSNKAAYKIKSMDIHNTNLVLTWNAPTHNISTQQDSNADNQYWLLLKDIGNNSFIIASYKNPNLVLYADTVARNLKLSTLNNSNYIKFIIEDYIISDLNNFTCKISPILDLNKVVQQVDVTNLNVNLYTWDYGRNQKWTIRYNEEKAAYQFFNTILSNGVLTWIFSNGNTVRVSSSNDQNNDAQYWLINPVSDTDETYTITNLRDTTKALDLYGGQTANGTAIQVFNYHGDDNQKWNIRNPPGSA

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	441771
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin component HA17
分子量 formula_weight	17069.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

GPSVERTFLPNGNYNIKSIFSGSLYLNPVSKSLTFSNESSANNQKWNVEYMAENRCFKISNVAEPNKYLSYDNFGFISLDSLSNRCYWFPIKIAVNTYIMLSLNKVNELDYAWDIYDTNENILSQPLLLLPNFDIYNSNQMFKLEKI

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	441771
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Hemagglutinin component HA70
分子量 formula_weight	28846.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F

GPLGSPSENIQEINTAISDNYTYNIPGIVNNNPFYILFTVNTTGIYKINAQNNLPSLKIYEAIGSGNRNFQSGNLCDDDIKAINYITGFDSPNAKSYLVVLLNKDKNYYIRVPQTSSNIENQIQFKREEGDLRNLMNSSVNIIDNLNSTGAHYYTRQSPDVHDYISYEFTIPGNFNNKDTSNIRLYTSYNQGIGTLFRVTETIDGYNLINIQQNLHLLNNTNSIRLLNGAIYILKVEVTELNNYNIRLHIDITN

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	441771
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cadherin-1
分子量 formula_weight	23260.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

DWVIPPISCPENEKGEFPKNLVQIKSNRDKETKVFYSITGQGADKPPVGVFIIERETGWLKVTQPLDREAIAKYILYSHAVSSNGEAVEDPMEIVITVTDQNDNRPEFTQEVFEGSVAEGAVPGTSVMKVSATDADDDVNTYNAAIAYTIVSQDPELPHKNMFTVNRDTGVISVLTSGLDRESYPTYTLVVQAADLQGEGLSTTAKAVITVKD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	402

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

结构域编号 domain_id	d4qd2c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4qd2d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2d2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2d3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4qd2e1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.6 — Cadherin-like
家族 Family family	b.1.6.1 — Cadherin

结构域编号 domain_id	d4qd2e2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.6 — Cadherin-like
家族 Family family	b.1.6.1 — Cadherin

结构域编号 domain_id	d4qd2h1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2h2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2h3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4qd2i1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2i2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2i3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4qd2j1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.6 — Cadherin-like
家族 Family family	b.1.6.1 — Cadherin

结构域编号 domain_id	d4qd2j2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.6 — Cadherin-like
家族 Family family	b.1.6.1 — Cadherin

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	4qd2A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1090 —

结构域编号 domain_id	4qd2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	4qd2E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	4qd2F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1090 —

结构域编号 domain_id	4qd2G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2I01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2J01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	4qd2J02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.990 Å
晶胞边长 b length_b	95.730 Å
晶胞边长 c length_c	96.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	116.89 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	93.70 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	47.730 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/qd/4qd2/4qd2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qd/4qd2/4qd2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qd/4qd2/4qd2.dat

Molecular basis for disruption of E-cadherin adhesion by botulinum neurotoxin A complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin component HA33

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Hemagglutinin component HA17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Hemagglutinin component HA70

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cadherin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)