4qd2

Molecular basis for disruption of E-cadherin adhesion by botulinum neurotoxin A complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin component HA33

Clostridium botulinum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Hemagglutinin component HA17 × 1 （A5HZZ5） Hemagglutinin component HA70 × 1 （A5HZZ4） Cadherin-1 × 1 （P09803） CALCIUM ION × 3 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Hemagglutinin component HA17 × 1 （A5HZZ5） Hemagglutinin component HA70 × 1 （A5HZZ4） Cadherin-1 × 1 （P09803） CALCIUM ION × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A5HZZ6_CLOBH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–292； UniProt 2–293 作者链 D； PDB构建体 1–292； UniProt 2–293 作者链 H； PDB构建体 1–292； UniProt 2–293 作者链 I； PDB构建体 1–292； UniProt 2–293

Hemagglutinin component HA17

Clostridium botulinum

UniProt A5HZZ5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Hemagglutinin component HA33 × 2 （A5HZZ6） Hemagglutinin component HA70 × 1 （A5HZZ4） Cadherin-1 × 1 （P09803） CALCIUM ION × 3 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Hemagglutinin component HA33 × 2 （A5HZZ6） Hemagglutinin component HA70 × 1 （A5HZZ4） Cadherin-1 × 1 （P09803） CALCIUM ION × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A5HZZ5_CLOBH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–147； UniProt 2–146 作者链 G； PDB构建体 3–147； UniProt 2–146

Hemagglutinin component HA70

Clostridium botulinum

UniProt A5HZZ4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Hemagglutinin component HA33 × 2 （A5HZZ6） Hemagglutinin component HA17 × 1 （A5HZZ5） Cadherin-1 × 1 （P09803） CALCIUM ION × 3 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Hemagglutinin component HA33 × 2 （A5HZZ6） Hemagglutinin component HA17 × 1 （A5HZZ5） Cadherin-1 × 1 （P09803） CALCIUM ION × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A5HZZ4_CLOBH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–254； UniProt 378–626 作者链 F； PDB构建体 6–254； UniProt 378–626

Cadherin-1

Mus musculus

UniProt P09803

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Hemagglutinin component HA33 × 2 （A5HZZ6） Hemagglutinin component HA17 × 1 （A5HZZ5） Hemagglutinin component HA70 × 1 （A5HZZ4） CALCIUM ION × 3 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Hemagglutinin component HA33 × 2 （A5HZZ6） Hemagglutinin component HA17 × 1 （A5HZZ5） Hemagglutinin component HA70 × 1 （A5HZZ4） CALCIUM ION × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CADH1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–213； UniProt 157–369 作者链 J； PDB构建体 1–213； UniProt 157–369

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4qd2
沉积日期 deposition_date	2014-05-13
结构标题 title	Molecular basis for disruption of E-cadherin adhesion by botulinum neurotoxin A complex
关键词 keywords	Oral Toxicity, Botulinum Neurotoxin, E-Cadherin, HA70, HA17, HA33, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4qd2__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4qd2__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4qd2__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.43 Å
Rg（电子密度）	38.98 Å
总 Rg	39.15 Å
原子数	9309
残基数	1152
排除体积	164690 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4qd2__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4qd2__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin component HA33
分子量 formula_weight	34081.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C,I,H
原子数 atom_count	19012

EHYSVIQNSLNDKIVTISCKADTNLFFYQVAGNVSLFQQTRNYLERWRLIYDSNKAAYKIKSMDIHNTNLVLTWNAPTHNISTQQDSNADNQYWLLLKDIGNNSFIIASYKNPNLVLYADTVARNLKLSTLNNSNYIKFIIEDYIISDLNNFTCKISPILDLNKVVQQVDVTNLNVNLYTWDYGRNQKWTIRYNEEKAAYQFFNTILSNGVLTWIFSNGNTVRVSSSNDQNNDAQYWLINPVSDTDETYTITNLRDTTKALDLYGGQTANGTAIQVFNYHGDDNQKWNIRNPPGSA

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	441771
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin component HA17
分子量 formula_weight	17069.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

GPSVERTFLPNGNYNIKSIFSGSLYLNPVSKSLTFSNESSANNQKWNVEYMAENRCFKISNVAEPNKYLSYDNFGFISLDSLSNRCYWFPIKIAVNTYIMLSLNKVNELDYAWDIYDTNENILSQPLLLLPNFDIYNSNQMFKLEKI

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	441771
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Hemagglutinin component HA70
分子量 formula_weight	28846.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F

GPLGSPSENIQEINTAISDNYTYNIPGIVNNNPFYILFTVNTTGIYKINAQNNLPSLKIYEAIGSGNRNFQSGNLCDDDIKAINYITGFDSPNAKSYLVVLLNKDKNYYIRVPQTSSNIENQIQFKREEGDLRNLMNSSVNIIDNLNSTGAHYYTRQSPDVHDYISYEFTIPGNFNNKDTSNIRLYTSYNQGIGTLFRVTETIDGYNLINIQQNLHLLNNTNSIRLLNGAIYILKVEVTELNNYNIRLHIDITN

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	441771
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cadherin-1
分子量 formula_weight	23260.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

DWVIPPISCPENEKGEFPKNLVQIKSNRDKETKVFYSITGQGADKPPVGVFIIERETGWLKVTQPLDREAIAKYILYSHAVSSNGEAVEDPMEIVITVTDQNDNRPEFTQEVFEGSVAEGAVPGTSVMKVSATDADDDVNTYNAAIAYTIVSQDPELPHKNMFTVNRDTGVISVLTSGLDRESYPTYTLVVQAADLQGEGLSTTAKAVITVKD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	402

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

结构域编号 domain_id	d4qd2c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4qd2d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2d2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2d3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4qd2e1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.6 — Cadherin-like
家族 Family family	b.1.6.1 — Cadherin

结构域编号 domain_id	d4qd2e2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.6 — Cadherin-like
家族 Family family	b.1.6.1 — Cadherin

结构域编号 domain_id	d4qd2h1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2h2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2h3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4qd2i1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2i2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qd2i3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4qd2j1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.6 — Cadherin-like
家族 Family family	b.1.6.1 — Cadherin

结构域编号 domain_id	d4qd2j2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.6 — Cadherin-like
家族 Family family	b.1.6.1 — Cadherin

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	4qd2A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1090 —

结构域编号 domain_id	4qd2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	4qd2E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	4qd2F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1090 —

结构域编号 domain_id	4qd2G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2I01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4qd2J01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

结构域编号 domain_id	4qd2J02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

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晶胞边长 a length_a	86.990 Å
晶胞边长 b length_b	95.730 Å
晶胞边长 c length_c	96.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	116.89 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	93.70 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	47.730 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2470

Molecular basis for disruption of E-cadherin adhesion by botulinum neurotoxin A complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin component HA33

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Hemagglutinin component HA17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Hemagglutinin component HA70

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cadherin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4qd2__assembly_2__model_1

4qd2__assembly_2__model_1 | I(q)

4qd2__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)