4qe8

FXR with DM175 and NCoA-2 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bile acid receptor

Homo sapiens

UniProt Q96RI1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 258–486 片段:unp residues 258-486 Nuclear receptor coactivator 2 × 1 (Q15596) 31D 4-({2-[(4-tert-butylbenzoyl)amino]benzoyl}amino)benzoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7;277 K;300 mM MgCl2, 100 mM Bis-Tris, 15-20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K 分辨率 2.62 Å R-free 0.273
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 258–486 片段:unp residues 258-486 Nuclear receptor coactivator 2 × 1 (Q15596) 31D 4-({2-[(4-tert-butylbenzoyl)amino]benzoyl}amino)benzoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7;277 K;300 mM MgCl2, 100 mM Bis-Tris, 15-20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K 分辨率 2.62 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 86 个其他 PDB 条目、135 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NR1H4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–233; UniProt 258–486 作者链 B; PDB构建体 5–233; UniProt 258–486

Nuclear receptor coactivator 2

物种未注明

UniProt Q15596

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 740–752 片段:unp residues 740-752 Bile acid receptor × 1 (Q96RI1) 31D 4-({2-[(4-tert-butylbenzoyl)amino]benzoyl}amino)benzoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7;277 K;300 mM MgCl2, 100 mM Bis-Tris, 15-20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K 分辨率 2.62 Å R-free 0.273
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 740–752 片段:unp residues 740-752 Bile acid receptor × 1 (Q96RI1) 31D 4-({2-[(4-tert-butylbenzoyl)amino]benzoyl}amino)benzoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7;277 K;300 mM MgCl2, 100 mM Bis-Tris, 15-20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K 分辨率 2.62 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 283 个其他 PDB 条目、333 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–13; UniProt 740–752 作者链 D; PDB构建体 1–13; UniProt 740–752

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4qe8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4qe8
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4qe8
沉积日期 deposition_date2014-05-15
结构标题 titleFXR with DM175 and NCoA-2 peptide
关键词 keywordsReceptor, bile acid receptor dna, Transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.88
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.96
零角强度 I(0) i049870300.00
分子量 molecular_weight56694.0 kDa
排除体积 excluded_volume71743 ų
包络体积 envelope_volume88789 ų
水化壳体积 shell_volume27962 ų
包络直径 envelope_diameter96.1
壳层 Rg shell_rg33.51
包络 Rg envelope_rg26.90
形状 Rg shape_rg26.93
总 Rg total_rg27.76
总原子数 total_atoms3986
残基数 n_residues472
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.6
Rg (实空间) rg_real27.93
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real4.9870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal49870000.0000
解质量估计 total_estimate0.8835
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.6
偏度 Skewness skewness0.344
峰度 Kurtosis kurtosis-0.523
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12970000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.946; Smooth: 0.939

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4qe8A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id4qe8B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)