4qps

Crystal structure of Jak3 complexed to N-[3-(6-Phenylamino-pyrazin-2-yl)-3H-benzoimidazol-5-yl]-acrylamide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase JAK3

Homo sapiens

UniProt P52333

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 811–1103 片段:Jak3, unp residues 811-1103 突变:C1040S, C1048S, D949A 37Q N-{1-[6-(phenylamino)pyrazin-2-yl]-1H-benzimidazol-6-yl}prop-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 5.5;291 K;25% PEG-3350, 0.2 M ammonium sulfate and 0.1 M BisTRIS pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K 分辨率 1.80 Å R-free 0.251
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 811–1103 片段:Jak3, unp residues 811-1103 突变:C1040S, C1048S, D949A 37Q N-{1-[6-(phenylamino)pyrazin-2-yl]-1H-benzimidazol-6-yl}prop-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 5.5;291 K;25% PEG-3350, 0.2 M ammonium sulfate and 0.1 M BisTRIS pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K 分辨率 1.80 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 JAK3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–293; UniProt 811–1103 作者链 C; PDB构建体 1–293; UniProt 811–1103

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4qps

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4qps
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4qps
沉积日期 deposition_date2014-06-24
结构标题 titleCrystal structure of Jak3 complexed to N-[3-(6-Phenylamino-pyrazin-2-yl)-3H-benzoimidazol-5-yl]-acrylamide
关键词 keywordsKinase catalytic domain, TRANSFERASE, Transferase-transferase inhibitor complex; Transferase/transferase inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.22
零角强度 I(0) i062725600.00
分子量 molecular_weight62571.0 kDa
排除体积 excluded_volume78618 ų
包络体积 envelope_volume97869 ų
水化壳体积 shell_volume30276 ų
包络直径 envelope_diameter89.5
壳层 Rg shell_rg34.19
包络 Rg envelope_rg26.81
形状 Rg shape_rg27.20
总 Rg total_rg28.01
总原子数 total_atoms4406
残基数 n_residues546
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.9
Rg (实空间) rg_real28.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real6.2730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.4910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal62730000.0000
解质量估计 total_estimate0.9070
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.0
偏度 Skewness skewness0.293
峰度 Kurtosis kurtosis-0.572
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22040000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.926

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4qpsa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4qpsc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4qpsA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4qpsA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id4qpsC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4qpsC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)