4qzv

Bat-derived coronavirus HKU4 uses MERS-CoV receptor human CD26 for cell entry

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 142.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4

Homo sapiens

UniProt P27487

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 39–766 未记录 Spike protein S1 × 1 (A3EX94) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;277 K;0.1M sodium citrate, pH 5.5, 15% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.59 Å R-free 0.224
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 39–766 未记录 Spike protein S1 × 1 (A3EX94) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;277 K;0.1M sodium citrate, pH 5.5, 15% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.59 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、168 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPP4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–728; UniProt 39–766 作者链 C; PDB构建体 1–728; UniProt 39–766

Spike protein S1

Tylonycteris bat coronavirus HKU4

UniProt A3EX94

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 372–611 片段:receptor binding domain (UNP RESIDUES 372-611) Dipeptidyl peptidase 4 × 1 (P27487) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;277 K;0.1M sodium citrate, pH 5.5, 15% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.59 Å R-free 0.224
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 372–611 片段:receptor binding domain (UNP RESIDUES 372-611) Dipeptidyl peptidase 4 × 1 (P27487) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;277 K;0.1M sodium citrate, pH 5.5, 15% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.59 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPIKE_BCHK4
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–240; UniProt 372–611 作者链 D; PDB构建体 1–240; UniProt 372–611

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4qzv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4qzv
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4qzv
沉积日期 deposition_date2014-07-29
结构标题 titleBat-derived coronavirus HKU4 uses MERS-CoV receptor human CD26 for cell entry
关键词 keywords8-BLADED BETA-PROPELLER DOMAIN, ALPHA/BETA HYDROLASE DOMAIN, BLADES IV AND V, CD26 BETA-PROPELLER, HYDROLASE-VIRAL PROTEIN COMPLEX; HYDROLASE/VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.25
零角强度 I(0) i0687337000.00
分子量 molecular_weight218680.0 kDa
排除体积 excluded_volume273740 ų
包络体积 envelope_volume375310 ų
水化壳体积 shell_volume68742 ų
包络直径 envelope_diameter143.6
壳层 Rg shell_rg50.90
包络 Rg envelope_rg43.83
形状 Rg shape_rg44.17
总 Rg total_rg44.82
总原子数 total_atoms15424
残基数 n_residues1870
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax142.3
Rg (实空间) rg_real44.61
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.43
I(0) (实空间) i0_real6.8730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2490e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.69
I(0) (倒空间) i0_reciprocal687400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8784
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.8
偏度 Skewness skewness0.201
峰度 Kurtosis kurtosis-0.650
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha72720000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.607

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4qzva1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family familyb.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd4qzva2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4qzvc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family familyb.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd4qzvc2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4qzvA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4qzvA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id4qzvB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1840 — Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain
结构域编号 domain_id4qzvB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology210 — ubp-family deubiquitinating enzyme fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id4qzvC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4qzvC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id4qzvD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1840 — Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain
结构域编号 domain_id4qzvD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology210 — ubp-family deubiquitinating enzyme fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)