SAXSdb — 4txq

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–162	片段：UNP residues 1-162	Charged multivesicular body protein 1b × 1 （Q7LBR1）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277.15 K；Protein mixture was added in 1:1 ratio with a solution of 16% MPD, 0.1 M Tris and equilibrated against a mother liquid of 8% MPD, 0.1 M Tris	分辨率 2.21 Å R-free 0.227
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–162	片段：UNP residues 1-162	Charged multivesicular body protein 1b × 1 （Q7LBR1）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277.15 K；Protein mixture was added in 1:1 ratio with a solution of 16% MPD, 0.1 M Tris and equilibrated against a mother liquid of 8% MPD, 0.1 M Tris	分辨率 2.21 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4TXQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LXL Lip5(mit)2 提交 2012-08-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–183（183 aa）片段：UNP residues 1-183	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.075；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] LIP5(1-183), 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.5 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 92% H2O/8% D2O \| 92% H2O/8% D2O	分辨率未提供
2LXM Lip5-chmp5 提交 2012-08-29	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–168（168 aa）片段：UNP residues 1-168	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）75；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] LIP5(1-168), 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CHMP5(139-195), 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.5 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 92% H2O/8% D2O \| 92% H2O/8% D2O	分辨率未提供
4TXP Crystal structure of LIP5 N-terminal domain 提交 2014-07-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–162（162 aa）片段：UNP residues 1-162	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；7.5-9% PEG 8000, 20% 1,4 butanediol, 0.1M cacodylate, 0.2M sodium acetate	分辨率 3.01 Å R-free 0.286
4TXP Crystal structure of LIP5 N-terminal domain 提交 2014-07-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–162（162 aa）片段：UNP residues 1-162	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；7.5-9% PEG 8000, 20% 1,4 butanediol, 0.1M cacodylate, 0.2M sodium acetate	分辨率 3.01 Å R-free 0.286
4TXP Crystal structure of LIP5 N-terminal domain 提交 2014-07-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–162（162 aa）片段：UNP residues 1-162	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；7.5-9% PEG 8000, 20% 1,4 butanediol, 0.1M cacodylate, 0.2M sodium acetate	分辨率 3.01 Å R-free 0.286
4TXR Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM and CHMP5 MIM 提交 2014-07-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–162（162 aa）片段：UNP residues 1-162	未记录	ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277.15 K；19% PEG 4000, 0.025 M sodium acetate	分辨率 1.00 Å R-free 0.180
4U7E The crystal structure of the complex of LIP5 NTD and IST1 MIM 提交 2014-07-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–162（162 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-162)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；30% (w/v) PEG5000MME, 0.1 M ammonium sulfate , 0.1 M MES	分辨率 1.60 Å R-free 0.201

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VTA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–163； UniProt 1–162 作者链 B； PDB构建体 2–163； UniProt 1–162

Charged multivesicular body protein 1b

Homo sapiens

UniProt Q7LBR1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 176–199	片段：UNP residues 176-199	Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog × 1 （Q9NP79）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277.15 K；Protein mixture was added in 1:1 ratio with a solution of 16% MPD, 0.1 M Tris and equilibrated against a mother liquid of 8% MPD, 0.1 M Tris	分辨率 2.21 Å R-free 0.227
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 176–199	片段：UNP residues 176-199	Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog × 1 （Q9NP79）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277.15 K；Protein mixture was added in 1:1 ratio with a solution of 16% MPD, 0.1 M Tris and equilibrated against a mother liquid of 8% MPD, 0.1 M Tris	分辨率 2.21 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4TXQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JC1 Electron cryo-microscopy of the IST1-CHMP1B ESCRT-III copolymer 提交 2015-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：68-meric	链 Ab 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Ad 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Af 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Ah 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Aj 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Al 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 An 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Ap 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Ar 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 At 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Av 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Ax 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Az 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Bb 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Bd 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Bf 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Bh 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Bj 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Bl 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Bn 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Bp 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Br 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Bt 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Bv 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Bx 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Bz 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Cb 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Cd 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Cf 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Ch 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Cj 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Cl 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Cn 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163 链 Cp 4–163（160 aa）片段：UNP residues 4-163	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 mM Tris, pH 8.0, 25 mM sodium chloride；pH 8；25 mM Tris, pH 8.0, 25 mM sodium chloride cryo-EM玻璃化条件 Deposited 3.5 uL sample, blotted 3-6 seconds (0 mm offset)；冷冻剂 ETHANE；Deposited 3.5 uL sample, blotted 3-6 seconds (0 mm offset), and plunged into liquid ethane (VITROBOT MARK III).	分辨率 4.00 Å
4TXR Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM and CHMP5 MIM 提交 2014-07-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 176–199（24 aa）片段：UNP residues 176-199	未记录	ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277.15 K；19% PEG 4000, 0.025 M sodium acetate	分辨率 1.00 Å R-free 0.180
6E8G CryoEM reconstruction of IST1-CHMP1B copolymer filament bound to ssDNA at 2.9 Angstrom resolution 提交 2018-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 AA 1–199（199 aa）链 AB 1–199（199 aa）链 B 1–199（199 aa）链 CA 1–199（199 aa）链 CB 1–199（199 aa）链 D 1–199（199 aa）链 EA 1–199（199 aa）链 EB 1–199（199 aa）链 F 1–199（199 aa）链 GA 1–199（199 aa）链 GB 1–199（199 aa）链 H 1–199（199 aa）链 IA 1–199（199 aa）链 IB 1–199（199 aa）链 J 1–199（199 aa）链 KA 1–199（199 aa）链 KB 1–199（199 aa）链 L 1–199（199 aa）链 MA 1–199（199 aa）链 MB 1–199（199 aa）链 N 1–199（199 aa）链 OA 1–199（199 aa）链 OB 1–199（199 aa）链 P 1–199（199 aa）链 QA 1–199（199 aa）链 QB 1–199（199 aa）链 R 1–199（199 aa）链 SA 1–199（199 aa）链 SB 1–199（199 aa）链 T 1–199（199 aa）链 UA 1–199（199 aa）链 UB 1–199（199 aa）链 W 1–199（199 aa）链 WA 1–199（199 aa）链 Y 1–199（199 aa）链 YA 1–199（199 aa）	突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0 mm offset with 10 sec wait time and 2-4 sec blot	分辨率 2.90 Å
6TZ4 CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B+IST1 (right-handed) 提交 2019-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 02 1–199（199 aa）链 A 1–199（199 aa）链 BA 1–199（199 aa）链 BB 1–199（199 aa）链 C 1–199（199 aa）链 DA 1–199（199 aa）链 DB 1–199（199 aa）链 E 1–199（199 aa）链 FA 1–199（199 aa）链 FB 1–199（199 aa）链 G 1–199（199 aa）链 HA 1–199（199 aa）链 HB 1–199（199 aa）链 I 1–199（199 aa）链 JA 1–199（199 aa）链 JB 1–199（199 aa）链 K 1–199（199 aa）链 LA 1–199（199 aa）链 LB 1–199（199 aa）链 M 1–199（199 aa）链 NA 1–199（199 aa）链 NB 1–199（199 aa）链 O 1–199（199 aa）链 PA 1–199（199 aa）链 PB 1–199（199 aa）链 Q 1–199（199 aa）链 RA 1–199（199 aa）链 RB 1–199（199 aa）链 S 1–199（199 aa）链 TA 1–199（199 aa）链 V 1–199（199 aa）链 VA 1–199（199 aa）链 X 1–199（199 aa）链 XA 1–199（199 aa）链 Z 1–199（199 aa）链 ZA 1–199（199 aa）	突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane	分辨率 3.20 Å
6TZ5 CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B+IST1 (left-handed) 提交 2019-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：68-meric	链 AA 1–199（199 aa）链 AB 1–199（199 aa）链 B 1–199（199 aa）链 CA 1–199（199 aa）链 CB 1–199（199 aa）链 D 1–199（199 aa）链 EA 1–199（199 aa）链 EB 1–199（199 aa）链 F 1–199（199 aa）链 GA 1–199（199 aa）链 GB 1–199（199 aa）链 H 1–199（199 aa）链 IA 1–199（199 aa）链 IB 1–199（199 aa）链 J 1–199（199 aa）链 KA 1–199（199 aa）链 KB 1–199（199 aa）链 L 1–199（199 aa）链 MA 1–199（199 aa）链 MB 1–199（199 aa）链 N 1–199（199 aa）链 OA 1–199（199 aa）链 OB 1–199（199 aa）链 P 1–199（199 aa）链 QA 1–199（199 aa）链 QB 1–199（199 aa）链 R 1–199（199 aa）链 SA 1–199（199 aa）链 T 1–199（199 aa）链 UA 1–199（199 aa）链 W 1–199（199 aa）链 WA 1–199（199 aa）链 Y 1–199（199 aa）链 YA 1–199（199 aa）	突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane	分辨率 3.10 Å
6TZ9 CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B only 提交 2019-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 26 PDB 声明：26-meric	链 A 1–199（199 aa）链 AA 1–199（199 aa）链 B 1–199（199 aa）链 C 1–199（199 aa）链 D 1–199（199 aa）链 E 1–199（199 aa）链 F 1–199（199 aa）链 G 1–199（199 aa）链 H 1–199（199 aa）链 I 1–199（199 aa）链 J 1–199（199 aa）链 K 1–199（199 aa）链 L 1–199（199 aa）链 M 1–199（199 aa）链 N 1–199（199 aa）链 O 1–199（199 aa）链 P 1–199（199 aa）链 Q 1–199（199 aa）链 R 1–199（199 aa）链 S 1–199（199 aa）链 T 1–199（199 aa）链 V 1–199（199 aa）链 W 1–199（199 aa）链 X 1–199（199 aa）链 Y 1–199（199 aa）链 Z 1–199（199 aa）	突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E 突变：K37E	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane	分辨率 6.20 Å
8V2Q CHMP1B/IST1 ssRNA bound copolymer 提交 2023-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 182 PDB 声明：182-meric	链 A 1–199（199 aa）	突变：M136V	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
8V2R CryoEM of ssDNA bound CHMP1B/IST1 copolymer assembly 提交 2023-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric	链 A 1–199（199 aa）	突变：M136V	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8V2S CHMP1B/IST1 dsDNA bound copolymer 提交 2023-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric	链 A 1–199（199 aa）	突变：M136V	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.72 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHM1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–25； UniProt 176–199 作者链 D； PDB构建体 2–25； UniProt 176–199

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4txq
沉积日期 deposition_date	2014-07-04
结构标题 title	Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM
关键词 keywords	MIT, MIT domain, Protein Transport, ESCRT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.80 Å
零角强度 I(0) i0	27066500.00
分子量 molecular_weight	40003.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50110 Å³
包络体积 envelope_volume	63685 Å³
水化壳体积 shell_volume	21514 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.82 Å
包络 Rg envelope_rg	26.73 Å
形状 Rg shape_rg	26.75 Å
总 Rg total_rg	27.53 Å
总原子数 total_atoms	2810
残基数 n_residues	354
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.6 Å
Rg (实空间) rg_real	27.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8317
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.500
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.518
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5279000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.732; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.692; Smooth: 0.920

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog
分子量 formula_weight	18792.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3008

SMAALAPLPPLPAQFKSIQHHLRTAQEHDKRDPVVAYYCRLYAMQTGMKIDSKTPECRKFLSKLMDQLEALKKQLGDNEAITQEIVGCAHLENYALKMFLYADNEDRAGRFHKNMIKSFYTASLLIDVITVFGELTDENVKHRKYARWKATYIHNCLKNGETP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Charged multivesicular body protein 1b
分子量 formula_weight	2719.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SVGTSVASAEQDELSQRLARLRDQV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	198

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4txqA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Vacuolar protein sorting-associated protein vta1

结构域编号 domain_id	4txqB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Vacuolar protein sorting-associated protein vta1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.936 Å
晶胞边长 b length_b	55.536 Å
晶胞边长 c length_c	195.359 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.210 Å
最低分辨率 resolution_low	41.076 Å
R 因子 r_factor	0.1955
R_work r_work	0.1932
R_free r_free	0.2266

fit	/app/data/saxs_computation/tx/4txq/4txq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tx/4txq/4txq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tx/4txq/4txq.dat

Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Charged multivesicular body protein 1b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)