SAXSdb — 4u5d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Con-ikot-ikot × 2 （P0CB20） 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 N,N'-[biphenyl-4,4'-diyldi(2R)propane-2,1-diyl]dipropane-2-sulfonamide × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRIA2_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–814； UniProt 25–845 作者链 B； PDB构建体 1–814； UniProt 25–845 作者链 C； PDB构建体 1–814； UniProt 25–845 作者链 D； PDB构建体 1–814； UniProt 25–845

Con-ikot-ikot

Conus striatus

UniProt P0CB20

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Glutamate receptor 2 × 4 （P19491） 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 N,N'-[biphenyl-4,4'-diyldi(2R)propane-2,1-diyl]dipropane-2-sulfonamide × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CONII_CONST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 5–90； UniProt 38–123 作者链 F； PDB构建体 5–90； UniProt 38–123

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4u5d
沉积日期 deposition_date	2014-07-25
结构标题 title	Crystal structure of GluA2, con-ikot-ikot snail toxin, partial agonist KA and postitive modulator (R,R)-2b complex
关键词 keywords	AMPA receptor, Transport protein-toxin complex; Transport protein/toxin
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4u5d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4u5d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4u5d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	56.00 Å
Rg（电子密度）	56.86 Å
总 Rg	56.65 Å
原子数	23720
残基数	3132
排除体积	423740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4u5d__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor 2
分子量 formula_weight	91385.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	23720

NSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFCGTLHVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAINVGNINNDKKDETYRSLFQDLELKGERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIANLGFTDGDLLKIQFGGAEVSGFQIVDYDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTATIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEIERALKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVVTLTESGDDTSGLEQKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWDGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMAIVFAYILVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGEESTNEFGIFNSFWFALKLFFQQGADISPRSLSARIVAGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGTPVNLAVLKLSEQGVLDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFAYKRMKLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Con-ikot-ikot
分子量 formula_weight	9753.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GPGSSGPADCCRMKECCTDRVNECLQRYSGREDKFVSFCYQEATVTCGSFNEIVGCCYGYQMCMIRVVKPNSLSGAHEACKTVSCGNPCA

来源 Source

来源生物 organism	Conus striatus
通用名 common_name	Striated cone
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6493
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE
分子量 formula_weight	213.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	N,N'-[biphenyl-4,4'-diyldi(2R)propane-2,1-diyl]dipropane-2-sulfonamide
分子量 formula_weight	480.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4u5dE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1800 —

结构域编号 domain_id	4u5dF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1800 —

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晶胞边长 a length_a	161.510 Å
晶胞边长 b length_b	367.580 Å
晶胞边长 c length_c	109.380 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.576 Å
最低分辨率 resolution_low	19.995 Å
R 因子 r_factor	0.2579
R_work r_work	0.2558
R_free r_free	0.2972

Crystal structure of GluA2, con-ikot-ikot snail toxin, partial agonist KA and postitive modulator (R,R)-2b complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Con-ikot-ikot

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4u5d__assembly_1__model_1

4u5d__assembly_1__model_1 | I(q)

4u5d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of GluA2, con-ikot-ikot snail toxin, partial agonist KA and postitive modulator (R,R)-2b complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Con-ikot-ikot

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4u5d__assembly_1__model_1

4u5d__assembly_1__model_1 | I(q)

4u5d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)