4uuj

POTASSIUM CHANNEL KCSA-FAB WITH TETRAHEXYLAMMONIUM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 126.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL KCSA

STREPTOMYCES LIVIDANS

UniProt P0A334

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 22–124 未记录 ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN × 4 ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN × 4 F09 NONAN-1-OL × 16 IND INDOLE × 4 K POTASSIUM ION × 16 DGA DIACYL GLYCEROL × 4 CO COBALT (II) ION × 4 XA7 TETRAHEXYL AMMONNIUM × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.4;CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 18-25% PEG400, 50 MM SODIUM REMARK 280 ACETATE, 50 MM MAGNESIUM ACETATE, pH 5.4 分辨率 2.40 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 86 个其他 PDB 条目、96 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCSA_STRLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 9–111; UniProt 22–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4uuj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4uuj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4uuj
沉积日期 deposition_date2014-07-29
结构标题 titlePOTASSIUM CHANNEL KCSA-FAB WITH TETRAHEXYLAMMONIUM
关键词 keywords;IMMUNE SYSTEM-METAL TRANSPORT COMPLEX, QUATERNARY AMMONIUM, PROTEIN-ANTIBODY FAB COMPLEX, IONIC CHANNEL, ION TRANSPORT, POTASSIUM CHANNEL ;; IMMUNE SYSTEM/METAL TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.51
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.41
零角强度 I(0) i053926400.00
分子量 molecular_weight59967.0 kDa
排除体积 excluded_volume75904 ų
包络体积 envelope_volume97543 ų
水化壳体积 shell_volume28965 ų
包络直径 envelope_diameter130.2
壳层 Rg shell_rg34.41
包络 Rg envelope_rg32.25
形状 Rg shape_rg31.31
总 Rg total_rg32.00
总原子数 total_atoms4219
残基数 n_residues542
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.1
Rg (实空间) rg_real31.21
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.62
I(0) (实空间) i0_real5.3930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.7240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53910000.0000
解质量估计 total_estimate0.6957
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary29.1
偏度 Skewness skewness0.966
峰度 Kurtosis kurtosis0.997
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7211000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.300; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.199; Smooth: 0.941

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd4uuja1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd4uuja2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd4uuja3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4uujb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd4uujb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd4uujc1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels
结构域编号 domain_idd4uujc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id4uujA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4uujA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4uujB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4uujB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4uujC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)