SAXSdb — 4uv8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1A

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	REST COREPRESSOR 1 × 1 （Q9UKL0） ;[[(2R,3S,4S)-5-[(4aS,10aS)-4a-[(1S)-3-azanylidene-1,4-diphenyl-butyl]-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-5,10a-dihydro-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentoxy]-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate ; × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KDM1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–872； UniProt 1–876

REST COREPRESSOR 1

HOMO SAPIENS

UniProt Q9UKL0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1A × 1 （O60341） ;[[(2R,3S,4S)-5-[(4aS,10aS)-4a-[(1S)-3-azanylidene-1,4-diphenyl-butyl]-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-5,10a-dihydro-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentoxy]-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate ; × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCOR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4uv8
沉积日期 deposition_date	2014-08-05
结构标题 title	LSD1(KDM1A)-CoREST in complex with 1-Benzyl-Tranylcypromine
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, COVALENT INHIBITOR; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4uv8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4uv8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4uv8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.28 Å
Rg（电子密度）	44.60 Å
总 Rg	44.40 Å
原子数	6363
残基数	799
排除体积	113550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4uv8__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1A
分子量 formula_weight	94846.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6367

MLSGKKAAAAAAAAAAAATGTEAGPGTAGGSENGSEVAAQPAGLSGPAEVGPGAVGERTPRKKEPPRASPPGGLAEPPGSAGPQAGPTVVPGSATPMETGIAETPEGRRTSRRKRAKVEYREMDESLANLSEDEYYSEEERNAKAEKEKKLPPPPPQAPPEEENESEPEEPSGQAGGLQDDSSGGYGDGQPSGVEGAAFQSRLPHDRMTSQEAACFPDIISGPQQTQKVFLFIRNRTLQLWLDNPKIQLTFEATLQQLEAPYNSDTVLVHRVHSYLERHGLINFGIYKRIKPLPTKKTGKVIIIGSGVSGLAAARQLQSFGMDVTLLEARDRVGGRVATFRKGNYVADLGAMVVTGLGGNPMAVVSKQVNMELAKIKQKCPLYEANGQAVPKEKDEMVEQEFNRLLEATSYLSHQLDFNVLNNKPVSLGQALEVVIQLQEKHVKDEQIEHWKKIVKTQEELKELLNKMVNLKEKIKELHQQYKEASEVKPPRDITAEFLVKSKHRDLTALCKEYDELAETQGKLEEKLQELEANPPSDVYLSSRDRQILDWHFANLEFANATPLSTLSLKHWDQDDDFEFTGSHLTVRNGYSCVPVALAEGLDIKLNTAVRQVRYTASGCEVIAVNTRSTSQTFIYKCDAVLCTLPLGVLKQQPPAVQFVPPLPEWKTSAVQRMGFGNLNKVVLCFDRVFWDPSVNLFGHVGSTTASRGELFLFWNLYKAPILLALVAGEAAGIMENISDDVIVGRCLAILKGIFGSSAVPQPKETVVSRWRADPWARGSYSYVAAGSSGNDYDLMAQPITPGPSIPGAPQPIPRLFFAGEHTIRNYPATVHGALLSGLREAGRIADQFLGAMYTLPRQATPGVPAQQSPSM

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	REST COREPRESSOR 1
分子量 formula_weight	53102.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MVEKGPEVSGKRRGRNNAAASASAAAASAAASAACASPAATAASGAAASSASAAAASAAAAPNNGQNKSLAAAAPNGNSSSNSWEEGSSGSSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDPAKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLSEAKLDEYIAIAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKTFHRIQQMLPDKSIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARKQKREREESEDELEEANGNNPIDIEVDQNKESKKEVPPTETVPQVKKEKHSTQAKNRAKRKPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKEKLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNIDEVLQEWEAEHGKEETNGPSNQKPVKSPDNSIKMPEEEDEAPVLDVRYASAS

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[[(2R,3S,4S)-5-[(4aS,10aS)-4a-[(1S)-3-azanylidene-1,4-diphenyl-butyl]-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-5,10a-dihydro-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentoxy]-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	1010.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d4uv8a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.18 — SWIRM domain

结构域编号 domain_id	d4uv8a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4uv8a3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.5 — L-aminoacid/polyamine oxidase

结构域编号 domain_id	d4uv8b1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.35 — Demethylase interaction domain of CoREST
家族 Family family	h.1.35.1 — Demethylase interaction domain of CoREST

结构域编号 domain_id	d4uv8b2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.3 — Myb/SANT domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4uv8A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4uv8A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain

结构域编号 domain_id	4uv8B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1880 —

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晶胞边长 a length_a	119.850 Å
晶胞边长 b length_b	179.210 Å
晶胞边长 c length_c	235.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	58.960 Å
R 因子 r_factor	0.2258
R_work r_work	0.2256
R_free r_free	0.2370

LSD1(KDM1A)-CoREST in complex with 1-Benzyl-Tranylcypromine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

REST COREPRESSOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4uv8__assembly_1__model_1

4uv8__assembly_1__model_1 | I(q)

4uv8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

LSD1(KDM1A)-CoREST in complex with 1-Benzyl-Tranylcypromine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

REST COREPRESSOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4uv8__assembly_1__model_1

4uv8__assembly_1__model_1 | I(q)

4uv8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)