4wt9

APO CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH E86Q E87Q S15G C223H V321I AND DELTA8 MUTATIONS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase

Hepatitis C virus JFH-1

UniProt Q99IB8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2443–3012 突变:S2457G, E2528Q, E2529Q, C2665H, V2763I, UNP residues 2886-2895 NFEMYGSVYS deleted and replaced by GG linker CL CHLORIDE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.9;289 K;NS5B AT 4.08 MG/ML IN 20 MM TRIS PH 8, 200 MM NACL, 20% GLYCEROL, 2 MM TCEP, 200 MM IMIDAZOLE AGAINST 30% PEG 550 MME, 0.1 M HEPES PH 7.5, 50 MM MAGNESIUM CHLORIDE WITH 15% ETHYLENE GLYCOL AS CRYO-PROTECTANT, CRYSTAL TRACKING ID 232769E7 分辨率 2.50 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、36 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_HCVJF
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–564; UniProt 2443–3012

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4wt9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4wt9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4wt9
沉积日期 deposition_date2014-10-29
结构标题 titleAPO CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH E86Q E87Q S15G C223H V321I AND DELTA8 MUTATIONS
关键词 keywordsHCV, VIRAL, NS5B, RDRP, RESISTANCE MUTATION, DELTA8 BETA HAIRPIN LOOP DELETION, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.70
零角强度 I(0) i059328800.00
分子量 molecular_weight59767.0 kDa
排除体积 excluded_volume74773 ų
包络体积 envelope_volume91423 ų
水化壳体积 shell_volume30503 ų
包络直径 envelope_diameter79.9
壳层 Rg shell_rg32.32
包络 Rg envelope_rg24.18
形状 Rg shape_rg24.69
总 Rg total_rg25.55
总原子数 total_atoms4196
残基数 n_residues544
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.5
Rg (实空间) rg_real25.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real5.9330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.9240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.59
I(0) (倒空间) i0_reciprocal59330000.0000
解质量估计 total_estimate0.9158
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.3
偏度 Skewness skewness0.083
峰度 Kurtosis kurtosis-0.610
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9546000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.974; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.988

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4wt9a1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamilye.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family familye.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase
结构域编号 domain_idd4wt9a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)