4xar

mGluR2 ECD and mGluR3 ECD complex with ligands

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Metabotropic glutamate receptor 3

Homo sapiens

UniProt Q14832

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–508 片段:UNP RESIDUES 2-508 40F (1S,2S,5R,6S)-2-aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic acid × 2 IOD IODIDE ION × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;295 K;20% PEG 3350, 200mM Ammonium Iodide 分辨率 2.26 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRM3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–510; UniProt 2–508

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4xar

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4xar
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4xar
沉积日期 deposition_date2014-12-15
结构标题 titlemGluR2 ECD and mGluR3 ECD complex with ligands
关键词 keywordsmGluR2 mGluR3 ECD, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.41
零角强度 I(0) i046974200.00
分子量 molecular_weight51195.0 kDa
排除体积 excluded_volume62981 ų
包络体积 envelope_volume74907 ų
水化壳体积 shell_volume27344 ų
包络直径 envelope_diameter91.3
壳层 Rg shell_rg29.93
包络 Rg envelope_rg22.97
形状 Rg shape_rg22.34
总 Rg total_rg23.46
总原子数 total_atoms3547
残基数 n_residues445
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.4
Rg (实空间) rg_real23.43
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.90
I(0) (实空间) i0_real4.6970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46970000.0000
解质量估计 total_estimate0.8165
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.6
偏度 Skewness skewness0.367
峰度 Kurtosis kurtosis-0.072
角度范围 angular_range— – 0.3400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11710000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.558; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4xara_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4xarA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id4xarA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)