4xln

Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9KWU7） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9KWU6） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q9EVV4） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q9EZJ8） DNA (48-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1 ;RNA (5'-D(PUPCPGPA)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9KWU7） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9KWU6） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q9EVV4） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q9EZJ8） DNA (48-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1 ;RNA (5'-D(PUPCPGPA)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 B； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 G； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 H； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt Q9KWU7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9KWU8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9KWU6） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q9EVV4） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q9EZJ8） DNA (48-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1 ;RNA (5'-D(PUPCPGPA)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9KWU8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9KWU6） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q9EVV4） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q9EZJ8） DNA (48-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1 ;RNA (5'-D(PUPCPGPA)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOB_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1119； UniProt 1–1119 作者链 I； PDB构建体 1–1119； UniProt 1–1119

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt Q9KWU6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9KWU8） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9KWU7） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q9EVV4） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q9EZJ8） DNA (48-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1 ;RNA (5'-D(PUPCPGPA)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9KWU8） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9KWU7） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q9EVV4） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q9EZJ8） DNA (48-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1 ;RNA (5'-D(PUPCPGPA)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOC_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1524； UniProt 1–1524 作者链 J； PDB构建体 1–1524； UniProt 1–1524

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

物种未注明

UniProt Q9EVV4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9KWU8） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9KWU7） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9KWU6） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q9EZJ8） DNA (48-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1 ;RNA (5'-D(PUPCPGPA)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9KWU8） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9KWU7） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9KWU6） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q9EZJ8） DNA (48-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1 ;RNA (5'-D(PUPCPGPA)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOZ_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 K； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

RNA polymerase sigma factor SigA

Thermus aquaticus

UniProt Q9EZJ8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9KWU8） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9KWU7） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9KWU6） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q9EVV4） DNA (48-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1 ;RNA (5'-D(PUPCPGPA)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9KWU8） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9KWU7） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9KWU6） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q9EVV4） DNA (48-MER) × 1 DNA (48-MER) × 1 ;RNA (5'-D(PUPCPGPA)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SIGA_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–347； UniProt 92–438 作者链 L； PDB构建体 1–347； UniProt 92–438

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xln
沉积日期 deposition_date	2015-01-13
结构标题 title	Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA
关键词 keywords	protein-DNA complex, Bacterial transcription initiation complex, transcription-dna-rna complex; transcription/dna/rna
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4xln__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4xln__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4xln__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.71 Å
Rg（电子密度）	49.47 Å
总 Rg	49.68 Å
原子数	28585
残基数	3468
排除体积	504290 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4xln__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4xln__assembly_2__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	34830.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H
原子数 atom_count	58255

MLESKLKAPVFTATTQGDHYGEFVLEPLERGFGVTLGNPLRRILLSSIPGTAVTSVYIEDVLHEFSTIPGVKEDVVEIILNLKELVVRFLDPKMASTTLILRAEGPKEVRAGDFTPSADVEIMNPDLHIATLEEGGKLYMEVRVDRGVGYVPAERHGIKDRINAIPVDAIFSPVRRVAFQVEDTRLGQRTDLDKLTLRIWTDGSVTPLEALNQAVAILKEHLNYFANPEASLLPTPEVSKGEKRESAEEDLDLPLEELGLSTRVLHSLKEEGIESVRALLALNLKDLRNIPGIGERSLEEIRQALAKKGFTLKE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	124930.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I

MEIKRFGRIREVIPLPPLTEIQVESYKKALQADVPPEKRENVGIQAAFKETFPIEEGDKGKGGLVLDFLEYRIGDPPFSQDECREKDLTYQAPLYARLQLIHKDTGLIKEDEVFLGHLPLMTEDGSFIINGADRVIVSQIHRSPGVYFTPDPARPGRYIASIIPLPKRGPWIDLEVEASGVVTMKVNKRKFPLVLLLRVLGYDQETLVRELSAYGDLVQGLLDEAVLAMRPEEAMVRLFTLLRPGDPPKKDKALAYLFGLLADPKRYDLGEAGRYKAEEKLGVGLSGRTLVRFEDGEFKDEVFLPTLRYLFALTAGVPGHEVDDIDHLGNRRIRTVGELMADQFRVGLARLARGVRERMVMGSPDTLTPAKLVNSRPLEAALREFFSRSQLSQFKDETNPLSSLRHKRRISALGPGGLTRERAGFDVRDVHRTHYGRICPVETPEGANIGLITSLAAYARVDALGFIRTPYRRVKNGVVTEEVVYMTASEEDRYTIAQANTPLEGDRIATDRVVARRRGEPVIVAPEEVEFMDVSPKQVFSLNTNLIPFLEHDDANRALMGSNMQTQAVPLIRAQAPVVMTGLEERVVRDSLAALYAEEDGEVVKVDGTRIAVRYEDGRLVEHPLRRYARSNQGTAFDQRPRVRVGQRVKKGDLLADGPASEEGFLALGQNVLVAIMPFDGYNFEDAIVISEELLKRDFYTSIHIERYEIEARDTKLGPERITRDIPHLSEAALRDLDEEGIVRIGAEVKPGDILVGRTSFKGEQEPSPEERLLRSIFGEKARDVKDTSLRVPPGEGGIVVGRLRLRRGDPGVELKPGVREVVRVFVAQKRKLQVGDKLANRHGNKGVVAKILPVEDMPHLPDGTPVDVILNPLGVPSRMNLGQILETHLGLAGYFLGQRYISPVFDGATEPEIKELLAEAFNLYFGKRQGEGFGVDKREKEVLARAEKLGLVSPGKSPEEQLKELFDLGKVVLYDGRTGEPFEGPIVVGQMFIMKLYHMVEDKMHARSTGPYSLITQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAHTLQEMLTIKSDDIEGRNAAYQAIIKGEDVPEPSVPESFRVLVKELQALALDVQTLDEKDNPVDIFEGLASKR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	171187.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,J

MKKEVRKVRIALASPEKIRSWSYGEVEKPETINYRTLKPERDGLFDERIFGPIKDYECACGKYKRQRFEGKVCERCGVEVTRSIVRRYRMGHIELATPAAHIWFVKDVPSKIGTLLDLSATELEQVLYFNKYIVLDPKGAVLDGVPVEKRQLLTDEEYRELRYGKQETYPLPAGVDALVKDGEEVVKGQELAPGVVSRMDGVALYRFPRRVRVDYLRKERAALRIPLSAWVEKEAYRPGEVLAELSEPYLFRAEESGVVELKDLAEGHLIYLRQEEEVVARYFLPAGMTPLVVEGEIVEVGQPLAEGKGLLRLPRHMTAKEVEAEEEGDSVHLTLFLEWTEPKDYKVAPHMNVIVPEGAKVQAGEKIVAAIDPEEEVIAEAEGVVHLHEPASILVVKARVYPFEDDVEVTTGDRVAPGDVLADGGKVKSEIYGRVEVDLVRNVVRVVESYDIDARMGAEAIQELLKELDLEKLERELLEEMKHPSRARRAKARKRLEVVRAFLDSGNRPEWMILEAVPVLPPDLRPMVQVDGGRFATSDLNDLYRRLINRNNRLKKLLAQGAPEIIIRNEKRMLQEAVDAVIDNGRRGSPVTNPGSERPLRSLTDILSGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPQLKLHQCGLPKRMALELFKPFLLKKMEEKAFAPNVKAARRMLERQRDIKDEVWDALEEVIHGKVVLLNRAPTLHRLGIQAFQPVLVEGQSIQLHPLVCEAFNADFDGDQMAVHVPLSSFAQAEARIQMLSAHNLLSPASGEPLAKPSRDIILGLYYITQVRKEKKGAGMAFATPEEALAAYERGEVALNAPIVVAGRETSVGRLKFVFANPDEALLAVAHGLLDLQDVVTVRYLGRRLETSPGRILFARIVGEAVGDEKVAQELIQMDVPQEKNSLKDLVYQAFLRLGMEKTARLLDALKYYGFTLSTTSGITIGIDDAVIPEEKQRYLEEADRKLRQIEQAYEMGFLTDRERYDQVIQLWTETTEKVTQAVFKNFEENYPFNPLYVMAQSGARGNPQQIRQLCGMRGLMQKPSGETFEVPVRSSFREGLTVLEYFISSHGARKGGADTALRTADSGYLTRKLVDVAHEIVVREADCGTTNYISVPLFQMDEVTRTLRLRKRSDIESGLYGRVLAREVEALGRRLEEGRYLSLEDVHFLIKAAEAGEVREVPVRSPLTCQTRYGVCQKCYGYDLSMARPVSIGEAVGVVAAESIGEPGTQLTMRTFHTGGVAVGTDITQGLPRVIELFEARRPKAKAVISEIDGVVRIEEGEDRLSVFVESEGFSKEYKLPKDARLLVKDGDYVEAGQPLTRGAIDPHQLLEAKGPEAVERYLVDEIQKVYRAQGVKLHDKHIEIVVRQMLKYVEVTDPGDSRLLEGQVLEKWDVEALNERLIAEGKVPVAWKPLLMGVTKSALSTKSWLSAASFQNTTHVLTEAAIAGKKDELIGLKENVILGRLIPAGTGSDFVRFTQVVDQRTLKAIEEARKEAVEAKEKEAPRRPVRREQPGKGL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	11642.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,K

MAEPGIDKLFGMVDSKYRLTVVVAKRAQQLLRHRFKNTVLEPEERPKMRTLEGLYDDPNAVTWAMKELLTGRLFFGENLVPEDRLQKEMERLYPTEEEA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor SigA
分子量 formula_weight	39864.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,L

TSDPVRQYLHEIGQVPLLTLEEEIDLARKVEEGMEAIKKLSEATGLDQELIREVVRAKILGTARIQKIPGLKEKPDPKTVEEVDGKLKSLPKELKRYLHIAREGEAARQHLIEANLRLVVSIAKKYTGRGLSFLDLIQEGNQGLIRAVEKFEYKRRFKFSTYATWWIRQAINRAIADQARTIRIPVHMVETINKLSRTARQLQQELGREPSYEEIAEAMGPGWDAKRVEETLKIAQEPVSLETPIGDEKDSFYGDFIPDENLPSPVEAAAQSLLSEELEKALSKLSEREAMVLKLRKGLIDGREHTLEEVGAYFGVTRERIRQIENKALRKLKYHESRTRKLRDFLE

来源 Source

来源生物 organism	Thermus aquaticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	271
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (48-MER)
分子量 formula_weight	14878.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	O,R

CTTGACAAAAGTGTTAAATTGTGCTATACTGGGAGCTGTCACGGATGC

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (48-MER)
分子量 formula_weight	14831.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P,S

GCATCCGTGAGTCGAGGGTAATAAGCACAATTTAACACTTTTGTCAAG

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	;RNA (5'-D(PUPCPGPA)-3') ;
分子量 formula_weight	1240.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Q,T

UCGA

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

结构域编号 domain_id	4xlnA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	4xlnA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	4xlnB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	4xlnB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	4xlnC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	270 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6

结构域编号 domain_id	4xlnC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2

结构域编号 domain_id	4xlnC04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	150 — Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain

结构域编号 domain_id	4xlnC05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	4xlnC06
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	4xlnD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3

结构域编号 domain_id	4xlnD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain

结构域编号 domain_id	4xlnE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega

结构域编号 domain_id	4xlnF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1810 —

结构域编号 domain_id	4xlnF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4xlnF03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4xlnG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	4xlnG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	4xlnH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	4xlnH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	4xlnI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	270 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6

结构域编号 domain_id	4xlnI03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2

结构域编号 domain_id	4xlnI04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	150 — Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain

结构域编号 domain_id	4xlnI05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	4xlnI06
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	4xlnK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega

结构域编号 domain_id	4xlnL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1810 —

结构域编号 domain_id	4xlnL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4xlnL03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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晶胞边长 a length_a	289.259 Å
晶胞边长 b length_b	289.259 Å
晶胞边长 c length_c	536.601 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.000 Å
最低分辨率 resolution_low	34.960 Å
R 因子 r_factor	0.2821
R_work r_work	0.2804
R_free r_free	0.3149

Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase sigma factor SigA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4xln__assembly_2__model_1

4xln__assembly_2__model_1 | I(q)

4xln__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

7. 引用文献 (1)