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4xrx

Crystal structure of a metabolic reductase with (E)-5-((1-methyl-5-oxo-2-thioxoimidazolidin-4-ylidene)methyl)pyridin-2(1H)-one

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.0 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

Homo sapiens

UniProt O75874

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–414 链 B； UniProt 1–414 突变：R132H NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 42V 5-[(E)-(1-methyl-5-oxo-2-thioxoimidazolidin-4-ylidene)methyl]pyridin-2(1H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 5.6；293 K；10 mM NADPH and 10 mM CaCl2 in a solution of 1.75 M (NH4)2SO4 and 0.1 M NaAc (pH 5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.20 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4XRX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1T09 Crystal structure of human cytosolic NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase in complex NADP 提交 2004-04-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.270
1T0L Crystal structure of human cytosolic NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase in complex with NADP, isocitrate, and calcium(2+) 提交 2004-04-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；PEG 6000, MES, NADP, isocitrate, calcium chloride, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.253
1T0L Crystal structure of human cytosolic NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase in complex with NADP, isocitrate, and calcium(2+) 提交 2004-04-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；PEG 6000, MES, NADP, isocitrate, calcium chloride, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.253
3INM Crystal structure of human cytosolic NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase R132H mutant in complex with NADPH, ALPHA-KETOGLUTARATE and CALCIUM(2+) 提交 2009-08-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Protein component: 8 mg/ml IDH, 20mM Tris-HCl pH 7.5, 100mM sodium chloride, 10mM NADPH, 10mM calcium chloride, 75mM alpha-ketoglutaric acid sodium salt. Precipitant: 100mM MES pH 6.5, 20% PEG 6000. Ratio of protein component to precipitant in initial hanging drop: 2:1., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.262
3INM Crystal structure of human cytosolic NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase R132H mutant in complex with NADPH, ALPHA-KETOGLUTARATE and CALCIUM(2+) 提交 2009-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
突变：R132H NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Protein component: 8 mg/ml IDH, 20mM Tris-HCl pH 7.5, 100mM sodium chloride, 10mM NADPH, 10mM calcium chloride, 75mM alpha-ketoglutaric acid sodium salt. Precipitant: 100mM MES pH 6.5, 20% PEG 6000. Ratio of protein component to precipitant in initial hanging drop: 2:1., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.262
3MAP Crystal structure of homodimeric R132H mutant of human cytosolic NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase in complex with NADP and isocitrate 提交 2010-03-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M Tris-HCl, 2.0M (NH4)2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
3MAR Crystal structure of homodimeric R132H mutant of human cytosolic NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase in complex with NADP 提交 2010-03-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；1.0M Na2HPO4/KH2PO4, pH 8.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 3.41 Å R-free 0.289
3MAS Crystal structure of heterodimeric R132H mutant of human cytosolic NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase in complex with NADP and isocitrate 提交 2010-03-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES-Na, 2% PEG 400, 2.0M (NH4)2SO4, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.283
4I3K Crystal structure of a metabolic reductase with 1-hydroxy-6-(4-hydroxybenzyl)-4-methylpyridin-2(1H)-one 提交 2012-11-26 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 4 1BX 1-hydroxy-6-(4-hydroxybenzyl)-4-methylpyridin-2(1H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；10 mM NADPH and 10 mM CaCl2 in a solution of 1.75 M (NH4)2SO4 and 0.1 M NaAc (pH 5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.31 Å R-free 0.277
4I3L Crystal structure of a metabolic reductase with 6-benzyl-1-hydroxy-4-methylpyridin-2(1H)-one 提交 2012-11-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 1BZ 6-benzyl-1-hydroxy-4-methylpyridin-2(1H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；10 mM NADPH and 10 mM CaCl2 in a solution of 1.75 M (NH4)2SO4 and 0.1 M NaAc (pH 5.7), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.29 Å R-free 0.293
4KZO Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with NADP+ and Ca2+/alpha-Ketoglutarate 提交 2013-05-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；298 K；16-20% PEG MME 2000, 100mM MES, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
4KZO Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with NADP+ and Ca2+/alpha-Ketoglutarate 提交 2013-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；298 K；16-20% PEG MME 2000, 100mM MES, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
4L03 Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with NADP+ and Ca2+/alpha-Ketoglutarate 提交 2013-05-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；298 K；16-20% PEG MME 2000, 100mM MES, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.230
4L03 Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with NADP+ and Ca2+/alpha-Ketoglutarate 提交 2013-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；298 K；16-20% PEG MME 2000, 100mM MES, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.230
4L04 Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with NADP+ and Ca2+/alpha-Ketoglutarate 提交 2013-05-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；298 K；16-20% PEG MME 2000, 100mM MES, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.87 Å R-free 0.259
4L04 Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with NADP+ and Ca2+/alpha-Ketoglutarate 提交 2013-05-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
未记录 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；298 K；16-20% PEG MME 2000, 100mM MES, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.87 Å R-free 0.259
4L04 Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with NADP+ and Ca2+/alpha-Ketoglutarate 提交 2013-05-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–414（414 aa）
链 F 1–414（414 aa）
未记录 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；298 K；16-20% PEG MME 2000, 100mM MES, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.87 Å R-free 0.259
4L06 Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with NADP+ and Ca2+/alpha-Ketoglutarate 提交 2013-05-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：Y139D 突变：Y139D CA CALCIUM ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；298 K；16-20% PEG MME 2000, 100mM MES, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.28 Å R-free 0.270
4L06 Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with NADP+ and Ca2+/alpha-Ketoglutarate 提交 2013-05-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
突变：Y139D 突变：Y139D CA CALCIUM ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；298 K；16-20% PEG MME 2000, 100mM MES, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.28 Å R-free 0.270
4L06 Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with NADP+ and Ca2+/alpha-Ketoglutarate 提交 2013-05-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–414（414 aa）
链 F 1–414（414 aa）
突变：Y139D 突变：Y139D CA CALCIUM ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；298 K；16-20% PEG MME 2000, 100mM MES, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.28 Å R-free 0.270
4UMX IDH1 R132H in complex with cpd 1 提交 2014-05-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H VVS 2,6-bis(1H-imidazol-1-ylmethyl)-4-(2,4,4-trimethylpentan-2-yl)phenol × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PEG 8K 26%, TRIS 100MM PH 8, MALONATE NA 200MM
分辨率 1.88 Å R-free 0.211
4UMY IDH1 R132H in complex with cpd 1 提交 2014-05-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PEG 5000 MME 22% - BIS-TRIS 100MM PH 6.5 - AMMONIUM SULFATE 220 MM
分辨率 2.07 Å R-free 0.224
4XS3 Crystal structure of a metabolic reductase with (E)-1-benzyl-5-((1-methyl-5-oxo-2-thioxoimidazolidin-4-ylidene)methyl)pyridin-2(1H)-one 提交 2015-01-21 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H 42W (E)-1-benzyl-5-((1-methyl-5-oxo-2-thioxoimidazolidin-4-ylidene)methyl)pyridin-2(1H)-one × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；293 K；10 mM NADPH and 10 mM CaCl2 in a solution of 1.75 M (NH4)2SO4 and 0.1 M NaAc (pH 5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.29 Å R-free 0.283
5DE1 Crystal structure of human IDH1 in complex with GSK321A 提交 2015-08-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–414（413 aa）
链 B 2–414（413 aa）
突变：R132H 突变：R132H NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 59D (7R)-1-(4-fluorobenzyl)-N-{3-[(1S)-1-hydroxyethyl]phenyl}-7-methyl-5-(1H-pyrrol-2-ylcarbonyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridine-3-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；18-23% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 7.0, 10mM NADP+
分辨率 2.25 Å R-free 0.258
5K10 Cryo-EM structure of isocitrate dehydrogenase (IDH1) 提交 2016-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3–413（411 aa）
链 B 3–413（411 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (LEICA EM GP)
分辨率 3.80 Å
5K11 Cryo-EM structure of isocitrate dehydrogenase (IDH1) in inhibitor-bound state 提交 2016-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3–413（411 aa）
链 B 3–413（411 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (LEICA EM GP)
分辨率 3.80 Å
5L57 Crystal structure of Iso-citrate Dehydrogenase R132H in complex with a novel inhibitor (compound 13a) 提交 2016-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 6N3 (1~{R},5~{S})-3-[6-(3-methylbutoxy)-5-[[(1~{R},3~{S})-5-oxidanyl-2-adamantyl]carbamoyl]pyridin-2-yl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.12M Ethylene Glycols, 0.1M Bicine pH 8.5, 50% (40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20K) [Morpheus A9] 200 plus 200nl drops (Mosquito)
分辨率 2.69 Å R-free 0.256
5L58 Crystal structure of Iso-citrate Dehydrogenase 1 [IDH1 (R132H)] in complex with a novel inhibitor (Compound 2) 提交 2016-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 6MX 2-[(3~{R})-1-[6-cyclohexylsulfanyl-5-[[(1~{R},3~{S})-5-oxidanyl-2-adamantyl]carbamoyl]pyridin-2-yl]pyrrolidin-3-yl]ethanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；200nl of protein with 200nl of a reservoir solution of 0.06M Divalents, 0.1M Tris / Bicine pH 8.5, 50% (40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20K) [Morpheus E9]
分辨率 3.04 Å R-free 0.264
5LGE Crystal Structure of human IDH1 mutant (R132H) in complex with NADP+ and an Inhibitor related to BAY 1436032 提交 2016-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 6VN 2-[(4-propan-2-ylphenyl)amino]-1-[(1~{S},5~{S})-3,3,5-trimethylcyclohexyl]benzimidazole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；PROTEIN BUFFER: 15 MG/ML. PROTEIN IN 25 MM HEPES, 300 MM NACL, 5 MM BETA-ME, COMPLETE PROTEASE INHIBITOR MIXTURE, PH 7.7 RESERVOIR: 100 MM BIS-TRIS, PH 7.0, 200 MM CA-ACETATE, 20.0 %(W/V) PEG 3350
分辨率 2.70 Å R-free 0.230
5LGE Crystal Structure of human IDH1 mutant (R132H) in complex with NADP+ and an Inhibitor related to BAY 1436032 提交 2016-07-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 6VN 2-[(4-propan-2-ylphenyl)amino]-1-[(1~{S},5~{S})-3,3,5-trimethylcyclohexyl]benzimidazole-5-carboxylic acid × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；PROTEIN BUFFER: 15 MG/ML. PROTEIN IN 25 MM HEPES, 300 MM NACL, 5 MM BETA-ME, COMPLETE PROTEASE INHIBITOR MIXTURE, PH 7.7 RESERVOIR: 100 MM BIS-TRIS, PH 7.0, 200 MM CA-ACETATE, 20.0 %(W/V) PEG 3350
分辨率 2.70 Å R-free 0.230
5SUN IDH1 R132H in complex with IDH146 提交 2016-08-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 70Q 3-benzyl-N-[3-(dimethylsulfamoyl)phenyl]-4-oxo-3,4-dihydrophthalazine-1-carboxamide × 2 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；27% PEG3350, 0.22M lithium sulfate
分辨率 2.48 Å R-free 0.221
5SVF IDH1 R132H in complex with IDH125 提交 2016-08-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 70P (4S)-3-(2-{[(1S)-1-phenylethyl]amino}pyrimidin-4-yl)-4-(propan-2-yl)-1,3-oxazolidin-2-one × 2 FLC CITRATE ANION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris pH6.5, 1.45M tri-sodium citrate dihydrate
分辨率 2.34 Å R-free 0.223
5SVF IDH1 R132H in complex with IDH125 提交 2016-08-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 70P (4S)-3-(2-{[(1S)-1-phenylethyl]amino}pyrimidin-4-yl)-4-(propan-2-yl)-1,3-oxazolidin-2-one × 2 FLC CITRATE ANION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris pH6.5, 1.45M tri-sodium citrate dihydrate
分辨率 2.34 Å R-free 0.223
5TQH IDH1 R132H mutant in complex with IDH889 提交 2016-10-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H FLC CITRATE ANION × 2 7J2 (4S)-3-[2-({(1S)-1-[5-(4-fluoro-3-methylphenyl)pyrimidin-2-yl]ethyl}amino)pyrimidin-4-yl]-4-(propan-2-yl)-1,3-oxazolidin-2-one × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；co-crystallization with protein concentration at 10mG/mL and compound at 250uM; reservoir solution contains 1.6M tri-ammonium citrate and 0.1M Bis-Tris (pH5.5)
分辨率 2.20 Å R-free 0.225
5TQH IDH1 R132H mutant in complex with IDH889 提交 2016-10-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H FLC CITRATE ANION × 2 7J2 (4S)-3-[2-({(1S)-1-[5-(4-fluoro-3-methylphenyl)pyrimidin-2-yl]ethyl}amino)pyrimidin-4-yl]-4-(propan-2-yl)-1,3-oxazolidin-2-one × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；co-crystallization with protein concentration at 10mG/mL and compound at 250uM; reservoir solution contains 1.6M tri-ammonium citrate and 0.1M Bis-Tris (pH5.5)
分辨率 2.20 Å R-free 0.225
5YFM Human isocitrate dehydrogenase 1 bound with NADP 提交 2017-09-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 8000
分辨率 2.40 Å R-free 0.239
5YFM Human isocitrate dehydrogenase 1 bound with NADP 提交 2017-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 8000
分辨率 2.40 Å R-free 0.239
5YFN Human isocitrate dehydrogenase 1 bound with isocitrate 提交 2017-09-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M HEPES sodium pH7.5, 0.8 M sodium phosphate, 0.8 M potassium phosphate
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
6ADG Crystal Structures of IDH1 R132H in complex with AG-881 提交 2018-08-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 9UO 6-(6-chloropyridin-2-yl)-N2,N4-bis[(2R)-1,1,1-trifluoropropan-2-yl]-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris pH 8.5, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3,350, 0.1M Cesium chloride
分辨率 3.00 Å R-free 0.244
6ADG Crystal Structures of IDH1 R132H in complex with AG-881 提交 2018-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
突变：R132H 9UO 6-(6-chloropyridin-2-yl)-N2,N4-bis[(2R)-1,1,1-trifluoropropan-2-yl]-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris pH 8.5, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3,350, 0.1M Cesium chloride
分辨率 3.00 Å R-free 0.244
6B0Z IDH1 R132H mutant in complex with IDH305 提交 2017-09-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 C81 (4R)-4-[(1S)-1-fluoroethyl]-3-[2-({(1S)-1-[4-methyl-2'-(trifluoromethyl)[3,4'-bipyridin]-6-yl]ethyl}amino)pyrimidin-4-yl]-1,3-oxazolidin-2-one × 3 FLC CITRATE ANION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；co-crystallization of protein (20-24mG/mL) /compound complex at 1/1.5 molar ratio; reservoir solution: 1.5-1.8M Tri Ammonium Citrate, 0.1M Bis-Tris pH6.5
分辨率 2.33 Å R-free 0.235
6B0Z IDH1 R132H mutant in complex with IDH305 提交 2017-09-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 C81 (4R)-4-[(1S)-1-fluoroethyl]-3-[2-({(1S)-1-[4-methyl-2'-(trifluoromethyl)[3,4'-bipyridin]-6-yl]ethyl}amino)pyrimidin-4-yl]-1,3-oxazolidin-2-one × 3 FLC CITRATE ANION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；co-crystallization of protein (20-24mG/mL) /compound complex at 1/1.5 molar ratio; reservoir solution: 1.5-1.8M Tri Ammonium Citrate, 0.1M Bis-Tris pH6.5
分辨率 2.33 Å R-free 0.235
6BKX Novel Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Direct Covalent Modification of His315 with Cmpd1 提交 2017-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 DWP (6aS,7S,9R,10aS)-7,10a-dimethyl-8-oxo-2-(phenylamino)-5,6,6a,7,8,9,10,10a-octahydrobenzo[h]quinazoline-9-carbonitrile × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；290 K；20% PEG 3350, 0.2M Potassium/Sodium tartrate
分辨率 1.65 Å R-free 0.187
6BKX Novel Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Direct Covalent Modification of His315 with Cmpd1 提交 2017-11-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 DWP (6aS,7S,9R,10aS)-7,10a-dimethyl-8-oxo-2-(phenylamino)-5,6,6a,7,8,9,10,10a-octahydrobenzo[h]quinazoline-9-carbonitrile × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；290 K；20% PEG 3350, 0.2M Potassium/Sodium tartrate
分辨率 1.65 Å R-free 0.187
6BKY Novel Binding Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Allosteric Inhibition with Cmpd2 提交 2017-11-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
未记录 LMR (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 K32 4,5,6,7-TETRABROMO-1H,3H-BENZIMIDAZOL-2-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；290 K；20% PEG3350, 0.15M D,L-Malic acid pH 7.0
分辨率 2.17 Å R-free 0.221
6BKY Novel Binding Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Allosteric Inhibition with Cmpd2 提交 2017-11-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–414（414 aa）
链 F 1–414（414 aa）
未记录 LMR (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K32 4,5,6,7-TETRABROMO-1H,3H-BENZIMIDAZOL-2-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；290 K；20% PEG3350, 0.15M D,L-Malic acid pH 7.0
分辨率 2.17 Å R-free 0.221
6BKY Novel Binding Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Allosteric Inhibition with Cmpd2 提交 2017-11-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 LMR (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K32 4,5,6,7-TETRABROMO-1H,3H-BENZIMIDAZOL-2-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；290 K；20% PEG3350, 0.15M D,L-Malic acid pH 7.0
分辨率 2.17 Å R-free 0.221
6BKZ Novel Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Non-equivalent Allosteric Inhibition with Cmpd3 提交 2017-11-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 DWM (7R)-1-[(4-fluorophenyl)methyl]-N-{3-[(1R)-1-hydroxyethyl]phenyl}-7-methyl-5-(1H-pyrrole-2-carbonyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridine-3-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；18% PEG8K, 0.2M Calcium Acetate, 0.1M Na Cacodylate pH6.5
分辨率 2.01 Å R-free 0.204
6BL0 Novel Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1:Direct Covalent Modification of His315 with Cmpd11 提交 2017-11-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 DWJ (5aS,6S,8S,9aS)-2-(benzenecarbonyl)-6-methyl-7-oxo-9a-phenyl-4,5,5a,6,7,8,9,9a-octahydro-2H-benzo[g]indazole-8-carbonitrile × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；20% PEG 1500, 0.2M Sodium Chloride, 5% Ethylene Glycol, 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 2.17 Å R-free 0.227
6BL0 Novel Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1:Direct Covalent Modification of His315 with Cmpd11 提交 2017-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；20% PEG 1500, 0.2M Sodium Chloride, 5% Ethylene Glycol, 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 2.17 Å R-free 0.227
6BL1 Novel Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Direct Covalent Modification of His315 with Cmpd13 提交 2017-11-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 ICT ISOCITRIC ACID × 2 DWG (6aS,7S,9S,10aS)-7-methyl-8-oxo-10a-phenyl-2-(phenylamino)-5,6,6a,7,8,9,10,10a-octahydrobenzo[h]quinazoline-9-carbonitrile × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；290 K；2% PEG3350, 0.2M Potassium/Sodium tartrate
分辨率 2.02 Å R-free 0.223
6BL1 Novel Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Direct Covalent Modification of His315 with Cmpd13 提交 2017-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
未记录 ICT ISOCITRIC ACID × 2 DWG (6aS,7S,9S,10aS)-7-methyl-8-oxo-10a-phenyl-2-(phenylamino)-5,6,6a,7,8,9,10,10a-octahydrobenzo[h]quinazoline-9-carbonitrile × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；290 K；2% PEG3350, 0.2M Potassium/Sodium tartrate
分辨率 2.02 Å R-free 0.223
6BL2 Novel Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Direct Covalent Modification of His315 with Cmpd15 提交 2017-11-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 DWS 3-[(6aS,7S,9S,10aS)-9-cyano-7-methyl-8-oxo-2-(phenylamino)-6,6a,7,8,9,10-hexahydrobenzo[h]quinazolin-10a(5H)-yl]benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；15% PEG3350, 0.1M Succinic acid pH 7.0
分辨率 1.92 Å R-free 0.211
6BL2 Novel Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Direct Covalent Modification of His315 with Cmpd15 提交 2017-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–414（414 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 DWS 3-[(6aS,7S,9S,10aS)-9-cyano-7-methyl-8-oxo-2-(phenylamino)-6,6a,7,8,9,10-hexahydrobenzo[h]quinazolin-10a(5H)-yl]benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；15% PEG3350, 0.1M Succinic acid pH 7.0
分辨率 1.92 Å R-free 0.211
6IO0 Human IDH1 R132C mutant complexed with compound A. 提交 2018-10-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132C 突变：R132C AOU (2E)-3-{3-[3-(2,6-dichlorophenyl)-5-(propan-2-yl)-1,2-oxazole-4-carbonyl]-1-methyl-1H-indol-7-yl}prop-2-enoic acid × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 CIT CITRIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.5M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 2.5mM DTT. micro-seeding.
分辨率 2.20 Å R-free 0.255
6O2Y Crystal structure of IDH1 R132H mutant in complex with compound 24 提交 2019-02-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H LJY 4-{[(6-chloro-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl)methyl]amino}-2-methoxybenzonitrile × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG MME 5000, 0.1 M Bicine pH 8.5, and 0.2 M Sodium formate.
分辨率 2.80 Å R-free 0.275
6O2Y Crystal structure of IDH1 R132H mutant in complex with compound 24 提交 2019-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
突变：R132H LJY 4-{[(6-chloro-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl)methyl]amino}-2-methoxybenzonitrile × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG MME 5000, 0.1 M Bicine pH 8.5, and 0.2 M Sodium formate.
分辨率 2.80 Å R-free 0.275
6O2Z Crystal structure of IDH1 R132H mutant in complex with compound 32 提交 2019-02-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H LJV 6-{[(6-chloro-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl)methyl]amino}-2-methylpyridine-3-carbonitrile × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8 M Tri-ammonium citrate pH 6.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
6PAY Structure of HsICDH1:Mg(II):ICT:NADPH(50%) complex reveals structural basis for observation of half-sites reactivity 提交 2019-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
未记录 ICT ISOCITRIC ACID × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；20% PEG3350, 10% Tacsimate, pH 5.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.242
6PAY Structure of HsICDH1:Mg(II):ICT:NADPH(50%) complex reveals structural basis for observation of half-sites reactivity 提交 2019-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
未记录 ICT ISOCITRIC ACID × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；20% PEG3350, 10% Tacsimate, pH 5.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.242
6Q6F Crystal structure of IDH1 R132H in complex with HMS101 提交 2018-12-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H HJQ (2~{R})-2-[2-[(3~{R})-3-(4-fluorophenyl)pyrrolidin-1-yl]ethyl]-1,4-dimethyl-piperazine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M di-ammonium citrate, 20% PEG 3350
分辨率 3.30 Å R-free 0.288
6U4J Crystal structure of IDH1 R132H mutant in complex with FT-2102 提交 2019-08-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 2 PWV 5-{[(1S)-1-(6-chloro-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl)ethyl]amino}-1-methyl-6-oxo-1,6-dihydropyridine-2-carbonitrile × 2 FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3000, 0.1 M Sodium citrate
分辨率 2.11 Å R-free 0.220
6VEI Crystal Structure of Human Cytosolic Isocitrate Dehydrogenase (IDH1) R132H Mutant in Complex with NADPH and AG-881 (Vorasidenib) Inhibitor 提交 2020-01-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 1 33O 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36-dodecaoxaoctatriacontane-1,38-diol × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 ACT ACETATE ION × 1 MLA MALONIC ACID × 1 9UO 6-(6-chloropyridin-2-yl)-N2,N4-bis[(2R)-1,1,1-trifluoropropan-2-yl]-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 1 MLT D-MALATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；20% PEG 3350, 8% Tacsimate pH 4.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.195
6VG0 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CYTOSOLIC ISOCITRATE DEHYDROGENASE (IDH1) R132H MUTANT IN COMPLEX WITH NADPH and AGI-15056 提交 2020-01-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 QWM N~2~,N~4~-bis[(1R)-1-cyclopropylethyl]-6-[6-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.25 M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 23% PEG 4000
分辨率 2.66 Å R-free 0.264
6VG0 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CYTOSOLIC ISOCITRATE DEHYDROGENASE (IDH1) R132H MUTANT IN COMPLEX WITH NADPH and AGI-15056 提交 2020-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 QWM N~2~,N~4~-bis[(1R)-1-cyclopropylethyl]-6-[6-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.25 M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 23% PEG 4000
分辨率 2.66 Å R-free 0.264
7PJM Crystal Structure of Ivosidenib-resistant IDH1 variant R132C S280F in complex with NADPH and Ca2+/2-Oxoglutarate 提交 2021-08-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132C, S280F 突变：R132C, S280F AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；15-20 % PEG 3350, Calcium acetate hydrate, BISTRIS
分辨率 2.10 Å R-free 0.210
7PJM Crystal Structure of Ivosidenib-resistant IDH1 variant R132C S280F in complex with NADPH and Ca2+/2-Oxoglutarate 提交 2021-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
突变：R132C, S280F AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；15-20 % PEG 3350, Calcium acetate hydrate, BISTRIS
分辨率 2.10 Å R-free 0.210
7PJN Crystal Structure of Ivosidenib-resistant IDH1 variant R132C S280F in complex with NADPH and inhibitor DS-1001B 提交 2021-08-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
突变：R132C, S280F 突变：R132C, S280F 7SU (E)-3-(1-(5-(2-fluoropropan-2-yl)-3-(2,4,6-trichlorophenyl)isoxazole-4-carbonyl)-3-methyl-1H-indol-4-yl)acrylic acid × 2 CIT CITRIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；2 M Ammonium citrate tribasic, DTT 2 mM
分辨率 2.45 Å R-free 0.228
7PJN Crystal Structure of Ivosidenib-resistant IDH1 variant R132C S280F in complex with NADPH and inhibitor DS-1001B 提交 2021-08-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：R132C, S280F 7SU (E)-3-(1-(5-(2-fluoropropan-2-yl)-3-(2,4,6-trichlorophenyl)isoxazole-4-carbonyl)-3-methyl-1H-indol-4-yl)acrylic acid × 2 CIT CITRIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；2 M Ammonium citrate tribasic, DTT 2 mM
分辨率 2.45 Å R-free 0.228
8BAY Crystal Structure of IDH1 variant R132C S280F in complex with NADPH, Ca2+ and 3-butyl-2-oxoglutarate 提交 2022-10-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132C, S280F 突变：R132C, S280F GOL GLYCEROL × 3 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 QDC (R)-3-butyl-2-oxopentanedioic acid × 2 QD8 (S)-3-butyl-2-oxopentanedioic acid × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；15-20 % PEG 3350, Calcium acetate hydrate, BISTRIS
分辨率 2.35 Å R-free 0.223
8BAY Crystal Structure of IDH1 variant R132C S280F in complex with NADPH, Ca2+ and 3-butyl-2-oxoglutarate 提交 2022-10-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
突变：R132C, S280F GOL GLYCEROL × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 QDC (R)-3-butyl-2-oxopentanedioic acid × 2 QD8 (S)-3-butyl-2-oxopentanedioic acid × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；15-20 % PEG 3350, Calcium acetate hydrate, BISTRIS
分辨率 2.35 Å R-free 0.223
8HB9 Crystal Structure of Human IDH1 R132H Mutant in Complex with NADPH and Compound IHMT-IDH1-053 提交 2022-10-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 1–414（414 aa）
链 DDD 1–414（414 aa）
未记录 R1R [2-[2-[[1-[4-[(1S)-1-[[5-fluoranyl-4-[(4S)-2-oxidanylidene-4-propan-2-yl-1,3-oxazolidin-3-yl]pyrimidin-2-yl]amino]ethyl]phenyl]piperidin-4-yl]sulfamoyl]ethylsulfanylmethyl]-3-oxidanylidene-propyl]-trimethyl-azanium × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；315 K；24% PEG 3350, 8% Tacsimate pH 6.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.243
8HB9 Crystal Structure of Human IDH1 R132H Mutant in Complex with NADPH and Compound IHMT-IDH1-053 提交 2022-10-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 1–414（414 aa）
链 DDD 1–414（414 aa）
未记录 R1R [2-[2-[[1-[4-[(1S)-1-[[5-fluoranyl-4-[(4S)-2-oxidanylidene-4-propan-2-yl-1,3-oxazolidin-3-yl]pyrimidin-2-yl]amino]ethyl]phenyl]piperidin-4-yl]sulfamoyl]ethylsulfanylmethyl]-3-oxidanylidene-propyl]-trimethyl-azanium × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；315 K；24% PEG 3350, 8% Tacsimate pH 6.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.243
8HB9 Crystal Structure of Human IDH1 R132H Mutant in Complex with NADPH and Compound IHMT-IDH1-053 提交 2022-10-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 BBB 1–414（414 aa）
链 CCC 1–414（414 aa）
未记录 R1R [2-[2-[[1-[4-[(1S)-1-[[5-fluoranyl-4-[(4S)-2-oxidanylidene-4-propan-2-yl-1,3-oxazolidin-3-yl]pyrimidin-2-yl]amino]ethyl]phenyl]piperidin-4-yl]sulfamoyl]ethylsulfanylmethyl]-3-oxidanylidene-propyl]-trimethyl-azanium × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；315 K；24% PEG 3350, 8% Tacsimate pH 6.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.243
8T7D Crystal structure of wild type IDH1 bound to compound 1 提交 2023-06-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 ZT3 N-(4-tert-butylphenyl)-7,8-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrido[2,3-b][1,5]benzodiazepine-6-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium Cacodylate, pH6.5, 0.2M NaCl, 2M Ammonium Sulfate
分辨率 3.44 Å R-free 0.267
8T7D Crystal structure of wild type IDH1 bound to compound 1 提交 2023-06-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
未记录 ZT3 N-(4-tert-butylphenyl)-7,8-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrido[2,3-b][1,5]benzodiazepine-6-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium Cacodylate, pH6.5, 0.2M NaCl, 2M Ammonium Sulfate
分辨率 3.44 Å R-free 0.267
8T7N Crystal structure of the R132H mutant of IDH1 bound to compound 1 提交 2023-06-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ZT3 N-(4-tert-butylphenyl)-7,8-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrido[2,3-b][1,5]benzodiazepine-6-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG3350, 0.45 M Di-Ammonium Tartrate
分辨率 2.26 Å R-free 0.254
8T7O Crystal structure of the R132H mutant of IDH1 bound to AG-120 提交 2023-06-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 IV3 ivosidenib × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG3350, 0.45 M Di-Ammonium Tartrate
分辨率 2.05 Å R-free 0.255
8VH9 Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in complex with NADPH 提交 2023-12-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132Q 突变：R132Q GOL GLYCEROL × 5 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；200 mM ammonium citrate tribasic pH 7.0 and 26% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.13 Å R-free 0.215
8VHA Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in complex with NADPH and Alpha-Ketoglutarate 提交 2023-12-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132Q 突变：R132Q EE1 (3~{S})-3-[(4~{S})-3-aminocarbonyl-1-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-4~{H}-pyridin-4-yl]-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 NO3 NITRATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277.15 K；160mM NaNO3 and 20% W/V PEG 3350
分辨率 2.28 Å R-free 0.222
8VHA Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in complex with NADPH and Alpha-Ketoglutarate 提交 2023-12-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
突变：R132Q 突变：R132Q EE1 (3~{S})-3-[(4~{S})-3-aminocarbonyl-1-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-4~{H}-pyridin-4-yl]-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 NO3 NITRATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277.15 K；160mM NaNO3 and 20% W/V PEG 3350
分辨率 2.28 Å R-free 0.222
8VHB Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in complex with NADPH and Alpha-Ketoglutarate 提交 2023-12-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132Q 突变：R132Q AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5 SCN THIOCYANATE ION × 10 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 EE1 (3~{S})-3-[(4~{S})-3-aminocarbonyl-1-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-4~{H}-pyridin-4-yl]-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277.15 K；200mM NaSCN and 21%(w/v) PEG 3350
分辨率 1.89 Å R-free 0.206
8VHB Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in complex with NADPH and Alpha-Ketoglutarate 提交 2023-12-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
突变：R132Q 突变：R132Q AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 SCN THIOCYANATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 EE1 (3~{S})-3-[(4~{S})-3-aminocarbonyl-1-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-4~{H}-pyridin-4-yl]-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277.15 K；200mM NaSCN and 21%(w/v) PEG 3350
分辨率 1.89 Å R-free 0.206
8VHC Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in complex with NADPH 提交 2023-12-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132Q 突变：R132Q GOL GLYCEROL × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；100mM Bis-Tris, 220mM Ammonium Sulfate, and 20%(w/v) PEG 3350
分辨率 2.44 Å R-free 0.240
8VHD Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in complex with NADPH and Isocitrate 提交 2023-12-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132Q 突变：R132Q NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 IOD IODIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；100mM Bis-tris propane, 200mM Sodium Iodide, 24%(w/v) PEG 3350
分辨率 2.38 Å R-free 0.220
8VHD Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in complex with NADPH and Isocitrate 提交 2023-12-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
突变：R132Q 突变：R132Q NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 IOD IODIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 ICT ISOCITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；100mM Bis-tris propane, 200mM Sodium Iodide, 24%(w/v) PEG 3350
分辨率 2.38 Å R-free 0.220
8VHE Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in Complex with NADPH-TCEP Adduct 提交 2023-12-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132Q 突变：R132Q A1AAX 3,3',3''-({(4R)-1-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3-hydroxy-4-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-3-carbamoyl-1,4-dihydropyridin-4-yl}-lambda~5~-phosphanetriyl)tripropanoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 6 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277.15 K；200 mM KSCN, 24% (w/v) PEG 6000, and 5 mM TCEP
分辨率 2.16 Å R-free 0.223
8VHE Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in Complex with NADPH-TCEP Adduct 提交 2023-12-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
突变：R132Q 突变：R132Q A1AAX 3,3',3''-({(4R)-1-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3-hydroxy-4-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-3-carbamoyl-1,4-dihydropyridin-4-yl}-lambda~5~-phosphanetriyl)tripropanoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 SCN THIOCYANATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277.15 K；200 mM KSCN, 24% (w/v) PEG 6000, and 5 mM TCEP
分辨率 2.16 Å R-free 0.223
9B81 Crystal structure of wild type IDH1 bound to compound 4 提交 2024-03-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 A1AI4 2-methyl-2-(6-{4-[(2S)-1,1,1-trifluoro-2-hydroxypropan-2-yl]benzoyl}-6,11-dihydro-5H-pyrido[2,3-b][1,5]benzodiazepin-8-yl)propanenitrile × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Sodium Cacodylate, pH6.5, 0.2M NaCl, 2M Ammonium Sulfate
分辨率 2.56 Å R-free 0.233
9M82 Crystal Structure of Human IDH1 in Complex with Kinsenoside 提交 2025-03-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
未记录 A1EOQ Kinsenoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289.15 K；0.5 M Ammonium Sulfate; 0.1 M Mes, pH6.0 15% PEG4000
分辨率 3.08 Å R-free 0.301
9YHA Cryo-EM structure of IDH1 R132H 提交 2025-09-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H 突变：R132H NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
9YHB Cryo-EM structure of IDH1 R132H C269S 提交 2025-09-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
突变：R132H, C269S 突变：R132H, C269S NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å

共 59 个其他 PDB 条目、92 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IDHC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–414； UniProt 1–414 作者链 B； PDB构建体 1–414； UniProt 1–414

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4xrx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4xrx
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4xrx
沉积日期 deposition_date2015-01-21
结构标题 titleCrystal structure of a metabolic reductase with (E)-5-((1-methyl-5-oxo-2-thioxoimidazolidin-4-ylidene)methyl)pyridin-2(1H)-one
关键词 keywordsoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor, oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex; oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.14 Å
零角强度 I(0) i0129280000.00
分子量 molecular_weight89351.0 kDa
排除体积 excluded_volume111850 ų
包络体积 envelope_volume144700 ų
水化壳体积 shell_volume41194 ų
包络直径 envelope_diameter96.3 Å
壳层 Rg shell_rg36.87 Å
包络 Rg envelope_rg28.43 Å
形状 Rg shape_rg29.16 Å
总 Rg total_rg29.84 Å
总原子数 total_atoms6275
残基数 n_residues776
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.0 Å
Rg (实空间) rg_real29.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal129300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9085
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.1 Å
偏度 Skewness skewness0.106
峰度 Kurtosis kurtosis-0.530
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19480000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.933
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4xrxA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Isopropylmalate Dehydrogenase
结构域编号 domain_id4xrxB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Isopropylmalate Dehydrogenase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)