4y4y

T=1 capsid structure of SeMV Ndel65CP fused with B-domain of S. aureus protein SpA at the N-terminus (C2 crystal form)

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

Sesbania mosaic virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 60	SULFATE ION × 12 water × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPA_STAA8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 B； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 C； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 D； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 E； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 F； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 G； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 H； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 I； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 J； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 K； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 L； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 M； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 N； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 O； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 P； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 Q； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 R； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 S； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 T； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 U； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 V； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 W； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 X； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 Y； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 Z； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 a； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 b； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 c； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211 作者链 d； PDB构建体 19–72； UniProt 158–211

Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

Sesbania mosaic virus

UniProt Q9EB06

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 60	SULFATE ION × 12 water × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9EB06_9VIRU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 B； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 C； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 D； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 E； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 F； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 G； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 H； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 I； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 J； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 K； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 L； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 M； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 N； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 O； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 P； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 Q； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 R； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 S； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 T； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 U； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 V； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 W； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 X； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 Y； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 Z； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 a； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 b； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 c； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268 作者链 d； PDB构建体 80–282； UniProt 66–268

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4y4y
沉积日期 deposition_date	2015-02-11
结构标题 title	T=1 capsid structure of SeMV Ndel65CP fused with B-domain of S. aureus protein SpA at the N-terminus (C2 crystal form)
关键词 keywords	Coat protein, chimeric VLP, in vitro assembly, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4y4y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4y4y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4y4y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	77.25 Å
Rg（电子密度）	76.20 Å
总 Rg	76.38 Å
原子数	84740
残基数	11460
排除体积	1515300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4y4y__assembly_1__model_1`	60-meric （60）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein
分子量 formula_weight	30543.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	30

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,a,b,c,d
原子数 atom_count	42805

MRGSHHHHHHGMASMDNKFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANLLSEAKKLNESQAPKEGSELEMAVSSSRGGITVLTHSELSAEIGVTDSIVVSSELVMPYTVGTWLRGVAANWSKYSWLSVRYTYIPSCPSSTAGSIHMGFQYDMADTVPVSVNQLSNLRGYVSGQVWSGSAGLCFINGTRCSDTSTAISTTLDVSKLGKKWYPYKTSADYATAVGVDVNIATPLVPARLVIALLDGSSSTAVAAGRIYCTYTIQMIEPTASALNN

来源 Source

来源生物 organism	Sesbania mosaic virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12558
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	435

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 56 domains

SCOP 2.08 (26 domains)

结构域编号 domain_id	d4y4ya_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4ye_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4ym_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yn_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yo_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yp_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yq_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yr_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4ys_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yt_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yu_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yv_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yw_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yx_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yy_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d4y4yz_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

CATH v4.4 (30 domains)

结构域编号 domain_id	4y4yA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yN00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yO00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yP00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yQ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yR00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yS00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yT00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yU00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yV00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yW00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yX00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yY00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yZ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4ya00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yb00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yc00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y4yd00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

▶

晶胞边长 a length_a	288.181 Å
晶胞边长 b length_b	193.040 Å
晶胞边长 c length_c	189.192 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	124.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1802
R_work r_work	0.1791
R_free r_free	0.1996

T=1 capsid structure of SeMV Ndel65CP fused with B-domain of S. aureus protein SpA at the N-terminus (C2 crystal form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4y4y__assembly_1__model_1

4y4y__assembly_1__model_1 | I(q)

4y4y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 56 domains

SCOP 2.08 (26 domains)

CATH v4.4 (30 domains)

7. 引用文献 (1)

T=1 capsid structure of SeMV Ndel65CP fused with B-domain of S. aureus protein SpA at the N-terminus (C2 crystal form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4y4y__assembly_1__model_1

4y4y__assembly_1__model_1 | I(q)

4y4y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 56 domains

SCOP 2.08 (26 domains)

CATH v4.4 (30 domains)

7. 引用文献 (1)