9m6o

Crystal structure of S. aureus protein A bound to a camelid single-domain antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m6o
沉积日期 deposition_date	2025-03-07
最后修订 last_revision	2025-11-12
结构标题 title	Crystal structure of S. aureus protein A bound to a camelid single-domain antibody
关键词 keywords	Complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.15 Å
零角强度 I(0) i0	29910000.00
分子量 molecular_weight	39782.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48826 Å³
包络体积 envelope_volume	60092 Å³
水化壳体积 shell_volume	22131 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.83 Å
包络 Rg envelope_rg	23.14 Å
形状 Rg shape_rg	23.16 Å
总 Rg total_rg	23.90 Å
总原子数 total_atoms	5455
残基数 n_residues	360
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6899
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.397
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.340
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	11220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.869; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.154; Positv: 1.000; Valcen: 0.932; Smooth: 0.964

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Immunoglobulin G-binding protein A
分子量 formula_weight	6845.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A
原子数 atom_count	5806

ADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAPK

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	93061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	single-domain antibody
分子量 formula_weight	13951.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

QVQLQDSGGGLVQAGGSLRLSCAVSGRTFSAHSVYTMGWFRQAPGKEREFVARIYWSSANTYYADSVKGRFTISRDNAKNTVDLQMNSLRPEDTAVYYCAARDGIPTSRTVGSYNYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Camelus dromedarius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9838
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	351

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.930 Å
晶胞边长 b length_b	78.480 Å
晶胞边长 c length_c	97.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.490 Å
最低分辨率 resolution_low	29.940 Å
R 因子 r_factor	0.2259
R_work r_work	0.2244
R_free r_free	0.2565

fit	/app/data/saxs_computation/m6/9m6o/9m6o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m6/9m6o/9m6o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m6/9m6o/9m6o.dat

Crystal structure of S. aureus protein A bound to a camelid single-domain antibody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)