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4z96

Crystal structure of DNMT1 in complex with USP7

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 126.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7

Homo sapiens

UniProt Q93009

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 544–1067 片段：UNP residues 544-1067 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 × 1 （P26358） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M sodium citrate, pH5.5, 10% PEG6000, 15% glycerol 分辨率 2.85 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4Z96 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
12ZJ Crystal structure of USP7 TRAF domain in complex with MAGEL2 peptide (968-980) 提交 2026-04-24 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 62–205（144 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.63 Å R-free 0.217
12ZJ Crystal structure of USP7 TRAF domain in complex with MAGEL2 peptide (968-980) 提交 2026-04-24 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 62–205（144 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.63 Å R-free 0.217
12ZJ Crystal structure of USP7 TRAF domain in complex with MAGEL2 peptide (968-980) 提交 2026-04-24 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 62–205（144 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.63 Å R-free 0.217
1NB8 Structure of the catalytic domain of USP7 (HAUSP) 提交 2002-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 208–560（353 aa） 片段：HAUSP core domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 1000, Tris, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1NB8 Structure of the catalytic domain of USP7 (HAUSP) 提交 2002-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 208–560（353 aa） 片段：HAUSP core domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 1000, Tris, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1NBF Crystal structure of a UBP-family deubiquitinating enzyme in isolation and in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2002-12-02 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 208–560（353 aa） 片段：hausp core domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；PEG3000, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1NBF Crystal structure of a UBP-family deubiquitinating enzyme in isolation and in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2002-12-02 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 208–560（353 aa） 片段：hausp core domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；PEG3000, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1NBF Crystal structure of a UBP-family deubiquitinating enzyme in isolation and in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2002-12-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 208–560（353 aa） 片段：hausp core domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；PEG3000, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1YY6 The Crystal Structure of the N-terminal domain of HAUSP/USP7 complexed with an EBNA1 peptide 提交 2005-02-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–204（151 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 21 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30 % PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.230
1YZE Crystal structure of the N-terminal domain of USP7/HAUSP. 提交 2005-02-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 54–205（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；USP7/HAUSP (30 mg/ml) 35 % MPD, 0.2 M MgOAc and 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.367
1YZE Crystal structure of the N-terminal domain of USP7/HAUSP. 提交 2005-02-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 54–205（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；USP7/HAUSP (30 mg/ml) 35 % MPD, 0.2 M MgOAc and 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.367
1YZE Crystal structure of the N-terminal domain of USP7/HAUSP. 提交 2005-02-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 54–205（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；USP7/HAUSP (30 mg/ml) 35 % MPD, 0.2 M MgOAc and 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.367
2F1W Crystal structure of the TRAF-like domain of HAUSP/USP7 提交 2005-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 53–206（154 aa） 片段：N-terminal fragment (Residues : 53-206)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；285 K；240 mM CaCl2, 6.5% PEG4000, 20 mM ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
分辨率 1.65 Å R-free 0.212
2F1X Crystal structure of the TRAF-like domain of HAUSP/USP7 bound to a p53 peptide 提交 2005-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 53–200（148 aa） 片段：p53 peptide fusion with HAUSP N terminal
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG2000 monomethylether, calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
2F1X Crystal structure of the TRAF-like domain of HAUSP/USP7 bound to a p53 peptide 提交 2005-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 53–200（148 aa） 片段：p53 peptide fusion with HAUSP N terminal
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG2000 monomethylether, calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
2F1Y Crystal structure of the TRAF-like domain of HAUSP/USP7 bound to a MDM2 peptide 提交 2005-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 53–198（146 aa） 片段：HAUSP N-terminal domain with MDM2 peptide fused to its C-terminal
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；26% PEG4000, 300 mM calcium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.237
2F1Z Crystal structure of HAUSP 提交 2005-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–560（518 aa） 片段：residues: 43-560
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；0.8% PEG10000, 50 mM 1,6-hexanediol, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.316
2F1Z Crystal structure of HAUSP 提交 2005-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–560（518 aa） 片段：residues: 43-560
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；0.8% PEG10000, 50 mM 1,6-hexanediol, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.316
2FOJ The Crystal Structure of the N-terminal domain of HAUSP/USP7 complexed with p53 peptide 364-367 提交 2006-01-13 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–205（152 aa） 片段：MATH domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG4K, 0.1 M Tris pH 8.5 0.2 M Lithium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.262
2FOO The Crystal Structure of the N-terminal domain of HAUSP/USP7 complexed with p53 peptide 359-362 提交 2006-01-13 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–205（152 aa） 片段：MATH domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG4K, 0.1 M Tris, 0.2 M Lithium Sulfate , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2FOP The Crystal Structure of the N-terminal domain of HAUSP/USP7 complexed with mdm2 peptide 147-150 提交 2006-01-13 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–205（152 aa） 片段：MATH domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG4K, 0.1 M Tris, 0.2 M Lithium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 8.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.250
2KVR Solution NMR structure of human ubiquitin specific protease Usp7 UBL domain (residues 537-664). NESG target hr4395c/ SGC-Toronto 提交 2010-03-25 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 537–664（128 aa） 片段：ubiquitin-like domain (residues 537-664)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient
NMR样品组成 0.8-1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM sodium phosphate, pH 7.0, 250 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.5 mM PMSF, 1 mM benzamidine, 1 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2XXN Structure of the vIRF4-HAUSP TRAF domain complex 提交 2010-11-11 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 63–205（143 aa） 片段：TRAF DOMAIN, RESIDUES 63-205
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.9；5% PEG3350, 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, PH 5.9
分辨率 1.60 Å R-free 0.174
2YLM Mechanism of USP7 (HAUSP) activation by its C-terminal ubiquitin-like domain (HUBL) and allosteric regulation by GMP-synthetase. 提交 2011-06-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 560–1084（525 aa） 片段：USP7 UBIQUITIN-LIKE DOMAIN (HUBL), RESIDUES 560-1084
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；10% PEG 4000, 200 MM NACL, 100 MM MES PH 6.0.
分辨率 2.70 Å R-free 0.216
3MQR Crystal Structure of the USP7:HdmX(AHSS) complex 提交 2010-04-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–205（152 aa） 片段：UNP residues 54-205
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG4000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.228
3MQS Crystal Structure of the USP7:Hdm2(PSTS) complex 提交 2010-04-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 54–205（152 aa） 片段：UNP residues 54-205
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG4000, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.255
4JJQ Crystal structure of usp7-ntd with an e2 enzyme 提交 2013-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–207（154 aa） 片段：USP7-NTD, UNP RESIDUES 54-205
突变：A156D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30 % PEG 4000, 0.1 M TRIS PH 8.5 AND 0.2 M LITHIUM SULFATE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.217
4KG9 Crystal Structure Of USP7-NTD with MCM-BP 提交 2013-04-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–205（152 aa） 片段：USP7-NTD, unp residues 54-205
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30 % PEG 4000, 0.1 M Tris, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277KK, pH 8.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.233
4M5W Crystal structure of the USP7/HAUSP catalytic domain 提交 2013-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 207-560)
未记录 BR BROMIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；285 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 22% PEG3350, 0.2 M sodium bromide, 0.15 mM Cymal-7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K
分辨率 2.24 Å R-free 0.242
4M5X Crystal structure of the USP7/HAUSP catalytic domain 提交 2013-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 207-560)
未记录 BR BROMIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；285 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 22% PEG3350, 0.2 M sodium bromide, 0.15 mM Cymal-7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K
分辨率 2.19 Å R-free 0.221
4M5X Crystal structure of the USP7/HAUSP catalytic domain 提交 2013-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 207-560)
未记录 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；285 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 22% PEG3350, 0.2 M sodium bromide, 0.15 mM Cymal-7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K
分辨率 2.19 Å R-free 0.221
4PYZ Crystal structure of the first two Ubl domains of Deubiquitylase USP7 提交 2014-03-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 537–793（257 aa） 片段：UNP residues 537-793
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；15% PEG 4000, 0.2 M NH4Ac, 0.1 M NaCitrate pH5.6, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K
分辨率 2.84 Å R-free 0.287
4PYZ Crystal structure of the first two Ubl domains of Deubiquitylase USP7 提交 2014-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 537–793（257 aa） 片段：UNP residues 537-793
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；15% PEG 4000, 0.2 M NH4Ac, 0.1 M NaCitrate pH5.6, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K
分辨率 2.84 Å R-free 0.287
4WPH Crystal structure of USP7 ubiquitin-like domains in compact conformation 提交 2014-10-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 535–888（354 aa） 片段：ubiquitin-like domain (UNP residues 535-888)
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3000, sodium citrate, L-proline
分辨率 2.92 Å R-free 0.262
4WPH Crystal structure of USP7 ubiquitin-like domains in compact conformation 提交 2014-10-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 535–888（354 aa） 片段：ubiquitin-like domain (UNP residues 535-888)
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3000, sodium citrate, L-proline
分辨率 2.92 Å R-free 0.262
4WPI Crystal structure of USP7 ubiquitin-like domains in extended conformation 提交 2014-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 535–888（354 aa） 片段：ubiquitin-like domain (UNP residues 535-888)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；sodium chloride, TRIS-HCl, 2-mercaptoethanol, betaine hydrochloride
分辨率 3.40 Å R-free 0.281
4WPI Crystal structure of USP7 ubiquitin-like domains in extended conformation 提交 2014-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 535–888（354 aa） 片段：ubiquitin-like domain (UNP residues 535-888)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；sodium chloride, TRIS-HCl, 2-mercaptoethanol, betaine hydrochloride
分辨率 3.40 Å R-free 0.281
4YOC Crystal Structure of human DNMT1 and USP7/HAUSP complex 提交 2015-03-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 560–1102（543 aa） 片段：UNP RESIDUES 560-1102
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；6-8% PEG 3350, 200 mM potassium acetate
分辨率 2.92 Å R-free 0.258
4YSI Structure of USP7 with a novel viral protein 提交 2015-03-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 63–205（143 aa） 片段：UNP residues 63-205
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG4K, 0.2M LiSO4, 0.1M TrisHCl
分辨率 1.02 Å R-free 0.160
4Z97 Crystal structure of USP7 in complex with DNMT1(K1115Q) 提交 2015-04-09 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 544–1067（524 aa） 片段：UNP residues 544-1067
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；297 K；0.1 M sodium citrate, pH5.5, 10% PEG6000, 15% glycerol
分辨率 3.00 Å R-free 0.254
5C56 Crystal structure of USP7/HAUSP in complex with ICP0 提交 2015-06-19 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 560–1102（543 aa） 片段：UNP RESIDUES 560-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% PEG3350, 0.2M Sodium Bromide
分辨率 2.69 Å R-free 0.263
5C6D Crystal structure of USP7 in complex with UHRF1 提交 2015-06-22 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 561–881（321 aa） 片段：UNP residues 561-881
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM CHES (pH 9.0), 20% PEG8000
分辨率 2.29 Å R-free 0.234
5C6D Crystal structure of USP7 in complex with UHRF1 提交 2015-06-22 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 561–881（321 aa） 片段：UNP residues 561-881
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM CHES (pH 9.0), 20% PEG8000
分辨率 2.29 Å R-free 0.234
5FWI structure of usp7 catalytic domain and three ubl-domains 提交 2016-02-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 207–882（676 aa） 片段：RESIDUES 207-882
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 15% PEG 3350 0.2M NA CITRATE
分辨率 3.40 Å R-free 0.267
5GG4 Crystal structure of USP7 with RNF169 peptide 提交 2016-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 560–890（331 aa） 片段：UNP residues 560-890
链 B 560–890（331 aa） 片段：UNP residues 560-890
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；0.2M sodium chloride, 6% w/v PEG 8000, 0.1M Sodium cacodylate, pH 5.8
分辨率 3.11 Å R-free 0.268
5GG4 Crystal structure of USP7 with RNF169 peptide 提交 2016-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 560–890（331 aa） 片段：UNP residues 560-890
链 D 560–890（331 aa） 片段：UNP residues 560-890
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；0.2M sodium chloride, 6% w/v PEG 8000, 0.1M Sodium cacodylate, pH 5.8
分辨率 3.11 Å R-free 0.268
5J7T Molecular Understanding of USP7 Substrate Recognition and C-Terminal Activation 提交 2016-04-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 195–865（671 aa） 片段：USP7
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；289 K；PEG 3350, 0.2M tri-potassium citrate
分辨率 3.20 Å R-free 0.294
5JTJ USP7CD-CTP in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 193–538（346 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGG to Residues 1084-1102
链 A 1084–1102（19 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGG to Residues 1084-1102
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.05 M Calcium chloride, 0.1 M MES pH 6.0 and 45% PEG 200
分辨率 3.32 Å R-free 0.209
5JTJ USP7CD-CTP in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 193–538（346 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGG to Residues 1084-1102
链 A 1084–1102（19 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGG to Residues 1084-1102
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.05 M Calcium chloride, 0.1 M MES pH 6.0 and 45% PEG 200
分辨率 3.32 Å R-free 0.209
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 A 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 C 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 E 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 G 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 A 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 E 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 E 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 A 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 C 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 C 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 E 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 E 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 G 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 G 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 C 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 G 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 G 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5KYB Crystal structure of the apo-form of USP7 catalytic domain [V302K] mutant 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 1-76
突变：V302K GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；1% Tryptone, 0.05M HEPES Na pH 7.0, 20% PEG3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.276
5KYB Crystal structure of the apo-form of USP7 catalytic domain [V302K] mutant 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 1-76
突变：V302K GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；1% Tryptone, 0.05M HEPES Na pH 7.0, 20% PEG3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.276
5KYC Crystal structure of USP7 catalytic domain [V302K] mutant in complex with ubiquitin (malonate bound) 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
突变：V302K MLA MALONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；292 K；8% tacsimate pH 4.0, 20% PEG3350
分辨率 1.43 Å R-free 0.192
5KYD Crystal structure of USP7 catalytic domain [V302K] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
突变：V302K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；0.2M Ammonium fluoride, 20% PEG3350
分辨率 1.62 Å R-free 0.213
5KYE Crystal structure of USP7 catalytic domain [H294E] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
突变：H294E EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, 0.2M Ammonium acetate
分辨率 1.97 Å R-free 0.223
5KYE Crystal structure of USP7 catalytic domain [H294E] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
突变：H294E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, 0.2M Ammonium acetate
分辨率 1.97 Å R-free 0.223
5KYF Crystal structure of USP7 catalytic domain [L299A] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
突变：L299A GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.185
5N9R Crystal structure of USP7 in complex with a potent, selective and reversible small-molecule inhibitor 提交 2017-02-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 8RN 7-bromanyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R})-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl]methyl]thieno[3,2-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 4000, Tris, Li2-Sulfate.
分辨率 2.23 Å R-free 0.212
5N9R Crystal structure of USP7 in complex with a potent, selective and reversible small-molecule inhibitor 提交 2017-02-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 8RN 7-bromanyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R})-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl]methyl]thieno[3,2-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 4000, Tris, Li2-Sulfate.
分辨率 2.23 Å R-free 0.212
5N9T Crystal structure of USP7 in complex with a potent, selective and reversible small-molecule inhibitor 提交 2017-02-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa） 片段：UNP residues 207-560
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 8QQ 3-[4-(aminomethyl)phenyl]-2-methyl-6-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R})-4,4,4-tris(fluoranyl)-3-phenyl-butanoyl]piperidin-4-yl]methyl]pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-7-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Li2 Sulfate, Tris
分辨率 1.73 Å R-free 0.224
5N9T Crystal structure of USP7 in complex with a potent, selective and reversible small-molecule inhibitor 提交 2017-02-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa） 片段：UNP residues 207-560
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 8QQ 3-[4-(aminomethyl)phenyl]-2-methyl-6-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R})-4,4,4-tris(fluoranyl)-3-phenyl-butanoyl]piperidin-4-yl]methyl]pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-7-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Li2 Sulfate, Tris
分辨率 1.73 Å R-free 0.224
5NGE Crystal structure of USP7 in complex with the non-covalent inhibitor, FT671 提交 2017-03-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–544（353 aa）
未记录 8WK 5-[[1-[(3~{S})-4,4-bis(fluoranyl)-3-(3-fluoranylpyrazol-1-yl)butanoyl]-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]-1-(4-fluorophenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 1500, 100 mM MMT pH 8.0
分辨率 2.35 Å R-free 0.272
5NGE Crystal structure of USP7 in complex with the non-covalent inhibitor, FT671 提交 2017-03-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 192–544（353 aa）
未记录 8WK 5-[[1-[(3~{S})-4,4-bis(fluoranyl)-3-(3-fluoranylpyrazol-1-yl)butanoyl]-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]-1-(4-fluorophenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 1500, 100 mM MMT pH 8.0
分辨率 2.35 Å R-free 0.272
5NGF Crystal structure of USP7 in complex with the covalent inhibitor, FT827 提交 2017-03-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 208–560（353 aa）
未记录 8WN ~{N}-[2-[4-[4-[(1-methyl-4-oxidanylidene-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-5-yl)methyl]-4-oxidanyl-piperidin-1-yl]carbonylphenyl]phenyl]ethanesulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2 M sodium formate
分辨率 2.33 Å R-free 0.247
5NGF Crystal structure of USP7 in complex with the covalent inhibitor, FT827 提交 2017-03-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 208–560（353 aa）
未记录 8WN ~{N}-[2-[4-[4-[(1-methyl-4-oxidanylidene-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-5-yl)methyl]-4-oxidanyl-piperidin-1-yl]carbonylphenyl]phenyl]ethanesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2 M sodium formate
分辨率 2.33 Å R-free 0.247
5UQV USP7 in complex with GNE6640 (4-(2-amino-4-ethyl-5-(1H-indazol-5-yl)pyridin-3-yl)phenol) 提交 2017-02-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
未记录 8JM 4-[2-amino-4-ethyl-5-(1H-indazol-5-yl)pyridin-3-yl]phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 1000, 0.1M Tris-HCl 7.0
分辨率 2.84 Å R-free 0.293
5UQV USP7 in complex with GNE6640 (4-(2-amino-4-ethyl-5-(1H-indazol-5-yl)pyridin-3-yl)phenol) 提交 2017-02-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
未记录 8JM 4-[2-amino-4-ethyl-5-(1H-indazol-5-yl)pyridin-3-yl]phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 1000, 0.1M Tris-HCl 7.0
分辨率 2.84 Å R-free 0.293
5UQX USP7 in complex with GNE6776 (6'-amino-4'-ethyl-5'-(4-hydroxyphenyl)-N-methyl-[3,3'-bipyridine]-6-carboxamide) 提交 2017-02-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–539（348 aa） 片段：UNP residues 192-539
未记录 8JP 6'-amino-4'-ethyl-5'-(4-hydroxyphenyl)-N-methyl[3,3'-bipyridine]-6-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 1000, 0.1M Tris-HCl 7.0
分辨率 2.23 Å R-free 0.223
5UQX USP7 in complex with GNE6776 (6'-amino-4'-ethyl-5'-(4-hydroxyphenyl)-N-methyl-[3,3'-bipyridine]-6-carboxamide) 提交 2017-02-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 192–539（348 aa） 片段：UNP residues 192-539
未记录 8JP 6'-amino-4'-ethyl-5'-(4-hydroxyphenyl)-N-methyl[3,3'-bipyridine]-6-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 1000, 0.1M Tris-HCl 7.0
分辨率 2.23 Å R-free 0.223
5VS6 Structure of DUB complex 提交 2017-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–544（353 aa） 片段：UNP residues 192-544
链 B 192–544（353 aa） 片段：UNP residues 192-544
未记录 9QD N-[3-({4-hydroxy-1-[(3R)-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl}methyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-7-yl]-3-(4-methylpiperazin-1-yl)propanamide × 2 ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, NaFormate
分辨率 2.27 Å R-free 0.232
5VSB Structure of DUB complex 提交 2017-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–544（353 aa） 片段：UNP residues 192-544
链 B 192–544（353 aa） 片段：UNP residues 192-544
未记录 9QA 7-chloro-3-{[4-hydroxy-1-(3-phenylpropanoyl)piperidin-4-yl]methyl}quinazolin-4(3H)-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, NaFormate
分辨率 1.85 Å R-free 0.249
5VSK Structure of DUB complex 提交 2017-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–544（353 aa）
未记录 9HS 7-chloro-3-({4-hydroxy-1-[(3S)-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl}methyl)quinazolin-4(3H)-one × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, NaFormate
分辨率 3.33 Å R-free 0.274
5VSK Structure of DUB complex 提交 2017-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 192–544（353 aa）
未记录 9HS 7-chloro-3-({4-hydroxy-1-[(3S)-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl}methyl)quinazolin-4(3H)-one × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, NaFormate
分辨率 3.33 Å R-free 0.274
5WHC USP7 in complex with Cpd2 (4-(3-(1-methylpiperidin-4-yl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl)phenol) 提交 2017-07-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 209–554（346 aa） 片段：residues 209-554
未记录 AJJ 4-[3-(1-methylpiperidin-4-yl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]phenol × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 1000, 0.1M Tris-HCl 7.0
分辨率 2.55 Å R-free 0.260
5WHC USP7 in complex with Cpd2 (4-(3-(1-methylpiperidin-4-yl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl)phenol) 提交 2017-07-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 209–554（346 aa） 片段：residues 209-554
未记录 AJJ 4-[3-(1-methylpiperidin-4-yl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]phenol × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 1000, 0.1M Tris-HCl 7.0
分辨率 2.55 Å R-free 0.260
6F5H Crystal structure of USP7 in complex with a 4-hydroxypiperidine based inhibitor 提交 2017-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 207–560（354 aa）
链 B 207–560（354 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 CQ5 3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R})-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl]methyl]-6-(2-pyrrolidin-1-ylethylamino)pyrimidin-4-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；PEG 4000, Tris, Li2-Sulfate, pH 7.75
分辨率 2.16 Å R-free 0.262
6M1K USP7 in complex with a novel inhibitor 提交 2020-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 208–554（347 aa）
链 B 208–554（347 aa）
未记录 EZF methyl 4-[[4-[[3-[4-(aminomethyl)phenyl]-2-methyl-7-oxidanylidene-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-6-yl]methyl]-4-oxidanyl-piperidin-1-yl]methyl]-3-chloranyl-benzoate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；0.1M Tris (hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride, pH 7.0, 20% (v/v) PEG 1000
分辨率 2.25 Å R-free 0.269
6P5L Crystal Structure of Ubl123 with an EZH2 peptide 提交 2019-05-30 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 535–890（356 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；167 mM NaCl, 20mM Tris, 5mM b-ME, 10mM betaine hydrochlorid
分辨率 3.30 Å R-free 0.289
6P5L Crystal Structure of Ubl123 with an EZH2 peptide 提交 2019-05-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 535–890（356 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；167 mM NaCl, 20mM Tris, 5mM b-ME, 10mM betaine hydrochlorid
分辨率 3.30 Å R-free 0.289
6VN2 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 18 提交 2020-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–555（349 aa）
未记录 R44 1-({7-[(2R)-5-chloro-2-(piperazine-1-carbonyl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-yl]thieno[3,2-b]pyridin-2-yl}methyl)-1H-pyrrole-2,5-dione × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.93 Å R-free 0.290
6VN2 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 18 提交 2020-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–555（349 aa）
未记录 R44 1-({7-[(2R)-5-chloro-2-(piperazine-1-carbonyl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-yl]thieno[3,2-b]pyridin-2-yl}methyl)-1H-pyrrole-2,5-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.93 Å R-free 0.290
6VN3 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 23 提交 2020-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–555（349 aa）
未记录 R3Y 1-{[7-(5-chloro-2-{[(3R,4S)-4-fluoropyrrolidin-3-yl]oxy}-3-methylphenyl)thieno[3,2-b]pyridin-2-yl]methyl}-1H-pyrrole-2,5-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.73 Å R-free 0.290
6VN3 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 23 提交 2020-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–555（349 aa）
未记录 R3Y 1-{[7-(5-chloro-2-{[(3R,4S)-4-fluoropyrrolidin-3-yl]oxy}-3-methylphenyl)thieno[3,2-b]pyridin-2-yl]methyl}-1H-pyrrole-2,5-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.73 Å R-free 0.290
6VN4 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 1 提交 2020-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–555（349 aa）
未记录 R4D 3-({4-hydroxy-1-[(2R)-2-methyl-3-phenylpropanoyl]piperidin-4-yl}methyl)quinazolin-4(3H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.69 Å R-free 0.300
6VN4 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 1 提交 2020-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–555（349 aa）
未记录 R4D 3-({4-hydroxy-1-[(2R)-2-methyl-3-phenylpropanoyl]piperidin-4-yl}methyl)quinazolin-4(3H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.69 Å R-free 0.300
6VN5 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 7 提交 2020-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–555（349 aa）
未记录 R41 [(2R)-7-(2-aminopyridin-4-yl)-5-chloro-2,3-dihydro-1-benzofuran-2-yl](piperazin-1-yl)methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K
分辨率 2.90 Å R-free 0.268
6VN5 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 7 提交 2020-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–555（349 aa）
未记录 R41 [(2R)-7-(2-aminopyridin-4-yl)-5-chloro-2,3-dihydro-1-benzofuran-2-yl](piperazin-1-yl)methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K
分辨率 2.90 Å R-free 0.268
6VN6 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 14 提交 2020-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–555（349 aa）
未记录 R4J [(2R)-5-chloro-7-{2-[(2S)-1-chloro-2,3-dihydroxypropan-2-yl]thieno[3,2-b]pyridin-7-yl}-2,3-dihydro-1-benzofuran-2-yl](piperazin-1-yl)methanone × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.99 Å R-free 0.267
6VN6 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 14 提交 2020-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–555（349 aa）
未记录 R4J [(2R)-5-chloro-7-{2-[(2S)-1-chloro-2,3-dihydroxypropan-2-yl]thieno[3,2-b]pyridin-7-yl}-2,3-dihydro-1-benzofuran-2-yl](piperazin-1-yl)methanone × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.99 Å R-free 0.267
7CM2 The Crystal Structure of human USP7 USP domain from Biortus 提交 2020-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 208–560（353 aa） 片段：UNP residues 208-560
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH8.5, 25% PEG3,350
分辨率 2.25 Å R-free 0.236
7CM2 The Crystal Structure of human USP7 USP domain from Biortus 提交 2020-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 208–560（353 aa） 片段：UNP residues 208-560
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH8.5, 25% PEG3,350
分辨率 2.25 Å R-free 0.236
7VIJ Crystal structure of USP7-HUBL domain 提交 2021-09-27 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 560–1083（524 aa） 片段：HUBL domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；2% v/v Tacsimate pH 7.0, 0.1M imidazole pH 7.0, 8% w/v polyethylene glycol 3350, 5% v/v 2-propanol
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
7XHH High-resolution X-ray cocrystal structure of USP7 in complex with X4 提交 2022-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 207–554（348 aa）
链 B 207–554（348 aa）
未记录 DYO 3-[4-(aminomethyl)phenyl]-6-[[1-[[2-chloranyl-4-(1,2,4-oxadiazol-3-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]-2-methyl-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-7-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；0.1M Tris (hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride, pH 7.0, 20% (v/v) PEG 1000
分辨率 2.10 Å R-free 0.218
7XHK High-resolution X-ray cocrystal structure of USP7 in complex with LX04-46 提交 2022-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 211–553（343 aa）
未记录 DVU ~{N}-[[4-[6-[[1-[[2-chloranyl-4-(furan-2-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]-2-methyl-7-oxidanylidene-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl]phenyl]methyl]methanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20mg/ml Crystal, 100mM Tris,20% PEG 1000, PH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.264
7XPY Crystal structure of USP7 in complex with its inhibitor 提交 2022-05-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 560–1102（543 aa） 片段：UNP RESIDUES 560-1102
未记录 EIB [(3S,3aR,4R,6Z,9S,10E,11aR)-9-acetyloxy-6-(acetyloxymethyl)-3,10-dimethyl-2-oxidanylidene-3a,4,5,8,9,11a-hexahydro-3H-cyclodeca[b]furan-4-yl] (E)-2-methyl-4-oxidanyl-but-2-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；2% v/v Tacsimate pH 7.0, 0.1 M Imidazole pH 7.0, 8% w/v Polyethylene glycol 3350, 5% v/v 2-Propanol
分辨率 2.35 Å R-free 0.266
8D4Z Crystal structure of USP7 in complex with allosteric inhibitor FX1-3763 提交 2022-06-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
未记录 QBL 1-({(7M)-7-[1-(azetidin-3-yl)-6-chloro-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-8-yl]thieno[3,2-b]pyridin-2-yl}methyl)pyrrolidine-2,5-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.10 M Bis-Tris-Propane pH 8.50, 0.10 M K-formate, 26.0 % (w/v) PEG 3350
分辨率 2.26 Å R-free 0.260
8D4Z Crystal structure of USP7 in complex with allosteric inhibitor FX1-3763 提交 2022-06-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
未记录 QBL 1-({(7M)-7-[1-(azetidin-3-yl)-6-chloro-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-8-yl]thieno[3,2-b]pyridin-2-yl}methyl)pyrrolidine-2,5-dione × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.10 M Bis-Tris-Propane pH 8.50, 0.10 M K-formate, 26.0 % (w/v) PEG 3350
分辨率 2.26 Å R-free 0.260
9DEK USP7 in complex with macrocycle inhibitor MC02 提交 2024-08-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 and 20% w/v PEG 5000 MME
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
9DEK USP7 in complex with macrocycle inhibitor MC02 提交 2024-08-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 and 20% w/v PEG 5000 MME
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
9DEL USP7 in complex with macrocycle MC03 提交 2024-08-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25 %w/v PEG 1500, 0.1 M MMT pH 7
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
9DEL USP7 in complex with macrocycle MC03 提交 2024-08-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25 %w/v PEG 1500, 0.1 M MMT pH 7
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
9DEM USP7 in complex with macrocycle MC04 提交 2024-08-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1M Tris pH 8.0 and 5% PEG 8000
分辨率 1.77 Å R-free 0.237
9DEN USP7 in complex with macrocycle MC07 提交 2024-08-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25% w/v PEG 1500 and 0.1 M MMT (malic acid, MES, Tris) buffer pH 7
分辨率 2.93 Å R-free 0.250
9DEN USP7 in complex with macrocycle MC07 提交 2024-08-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa）
未记录 EOH ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25% w/v PEG 1500 and 0.1 M MMT (malic acid, MES, Tris) buffer pH 7
分辨率 2.93 Å R-free 0.250
9DEO USP7 in complex with macrocycle inhibitor MC08 提交 2024-08-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25% w/v PEG 1500, 0.1 M MMT pH 7
分辨率 2.70 Å R-free 0.296
9DEO USP7 in complex with macrocycle inhibitor MC08 提交 2024-08-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25% w/v PEG 1500, 0.1 M MMT pH 7
分辨率 2.70 Å R-free 0.296
9DEP USP7 in complex with macrocycle MC09 提交 2024-08-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% w/v PEG 1500 and 0.1 M MMT (malic acid, MES, Tris) buffer pH 7
分辨率 2.57 Å R-free 0.284
9DEP USP7 in complex with macrocycle MC09 提交 2024-08-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% w/v PEG 1500 and 0.1 M MMT (malic acid, MES, Tris) buffer pH 7
分辨率 2.57 Å R-free 0.284
9DEP USP7 in complex with macrocycle MC09 提交 2024-08-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% w/v PEG 1500 and 0.1 M MMT (malic acid, MES, Tris) buffer pH 7
分辨率 2.57 Å R-free 0.284
9FIO Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 208–560（353 aa）
未记录 R4D 3-({4-hydroxy-1-[(2R)-2-methyl-3-phenylpropanoyl]piperidin-4-yl}methyl)quinazolin-4(3H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.60 Å R-free 0.321
9FIO Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 208–560（353 aa）
未记录 R4D 3-({4-hydroxy-1-[(2R)-2-methyl-3-phenylpropanoyl]piperidin-4-yl}methyl)quinazolin-4(3H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.60 Å R-free 0.321
9FIP Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
未记录 A1ICU 3-[[4-oxidanyl-1-[(1~{R},2~{R})-2-phenylcyclohexyl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 3.06 Å R-free 0.264
9FIP Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
未记录 A1ICU 3-[[4-oxidanyl-1-[(1~{R},2~{R})-2-phenylcyclohexyl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 3.06 Å R-free 0.264
9FIQ Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
未记录 A1ICV 3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{S},4~{S})-3-phenyl-1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.86 Å R-free 0.278
9FIQ Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
未记录 A1ICV 3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{S},4~{S})-3-phenyl-1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.86 Å R-free 0.278
9FIR Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
未记录 A1ICS 3-[[1-[(2~{S},3~{S})-1-methyl-6-oxidanylidene-2-phenyl-piperidin-3-yl]carbonyl-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.76 Å R-free 0.322
9FIR Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
未记录 A1ICS 3-[[1-[(2~{S},3~{S})-1-methyl-6-oxidanylidene-2-phenyl-piperidin-3-yl]carbonyl-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.76 Å R-free 0.322
9FIS Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 208–560（353 aa）
未记录 A1ICW 3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.77 Å R-free 0.243
9FIS Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 208–560（353 aa）
未记录 A1ICW 3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.77 Å R-free 0.243
9FIT Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
突变：F409A A1ICT 7-methyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-[(5-pyrimidin-5-ylthiophen-2-yl)methyl]piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.70 Å R-free 0.328
9FIT Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
突变：F409A A1ICT 7-methyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-[(5-pyrimidin-5-ylthiophen-2-yl)methyl]piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.70 Å R-free 0.328
9FIU Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
突变：F409A A1ICX 3-[[1-[(3~{R},4~{R})-1-[5-(3-methoxypyridin-4-yl)thiophen-2-yl]carbonyl-3-phenyl-piperidin-4-yl]carbonyl-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]-7-methyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 3.37 Å R-free 0.297
9FIU Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
突变：F409A A1ICX 3-[[1-[(3~{R},4~{R})-1-[5-(3-methoxypyridin-4-yl)thiophen-2-yl]carbonyl-3-phenyl-piperidin-4-yl]carbonyl-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]-7-methyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 3.37 Å R-free 0.297
9FIV Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
突变：F409A A1ICO 7-methyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-[(5-pyridin-4-yl-1,3-thiazol-2-yl)methyl]piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.70 Å R-free 0.330
9FIV Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
突变：F409A A1ICO 7-methyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-[(5-pyridin-4-yl-1,3-thiazol-2-yl)methyl]piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.70 Å R-free 0.330
9IJU Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-06-25 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 208–560（353 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.46 Å R-free 0.270
9IJU Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-06-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 208–560（353 aa）
未记录 SRE (1S,4S)-4-(3,4-dichlorophenyl)-N-methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.46 Å R-free 0.270
9IJU Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-06-25 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 208–560（353 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.46 Å R-free 0.270
9IJU Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-06-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 208–560（353 aa）
未记录 SRE (1S,4S)-4-(3,4-dichlorophenyl)-N-methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.46 Å R-free 0.270
9IML Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-07-03 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 208–560（353 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9IML Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-07-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 208–560（353 aa）
未记录 XB7 1-[(4-fluorophenyl)methyl]-N-{1-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]piperidin-4-yl}-1H-benzimidazol-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9IML Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-07-03 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 208–560（353 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9IML Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-07-03 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 208–560（353 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9K2W Cryo-EM structure of USP7:DNMT1 complex; closed conformation 提交 2024-10-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1102（1102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
9K2X Cryo-EM structure of USP7:DNMT1 complex; open conformation 提交 2024-10-18 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1102（1102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.75 Å
9QJE USP7 Covalently Bound to N-(6-Fluoro-3-nitropyridin-2-yl)-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)isoquinolin-3-amine (GCL36, 7a) with Partial Occupancy 提交 2025-03-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
未记录 A1I71 5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-N-(3-nitropyridin-2-yl)isoquinolin-3-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；USP7 (17.5 mg/mL) was incubated with the Compound (500 uM in reservoir solution) prior to crystallization. The reservoir solution contained 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M sodium bromide, 22% PEG3350
分辨率 2.26 Å R-free 0.248
9QJE USP7 Covalently Bound to N-(6-Fluoro-3-nitropyridin-2-yl)-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)isoquinolin-3-amine (GCL36, 7a) with Partial Occupancy 提交 2025-03-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
未记录 A1I71 5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-N-(3-nitropyridin-2-yl)isoquinolin-3-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 BR BROMIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；USP7 (17.5 mg/mL) was incubated with the Compound (500 uM in reservoir solution) prior to crystallization. The reservoir solution contained 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M sodium bromide, 22% PEG3350
分辨率 2.26 Å R-free 0.248
9SZN Crystal structure of the catalytic domain of USP7 in complex with Compound 43 提交 2025-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 208–560（353 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A1JSJ 3-((7-(3-((S)-3-aminopyrrolidine-1-carbonyl)-4-methyl-6-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)thieno[3,2-b]pyridin-2-yl)methyl)-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2,4-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；8 % w/v PEG 20,000/8 % v/v PEG 550 MME; 0.1 M Sodium acetate pH 4.5; 0.25 M Potassium bromide
分辨率 1.99 Å R-free 0.226
9SZO Crystal structure of the catalytic domain of USP7 in complex with Compound 13 提交 2025-10-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 208–560（353 aa）
未记录 A1JSK (43S,Z)-25-chloro-23-methyl-3-oxa-1(7,2)-thieno[3,2-b]pyridina-4(3,1)-piperidina-11(1,3)-imidazolidina-2(1,2)-benzenacyclododecaphan-7-ene-112,114-dione × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；8 % w/v PEG 20,000/8 % v/v PEG 550 MME; 0.1 M Sodium acetate pH 4.5; 0.25 M Potassium bromide
分辨率 2.57 Å R-free 0.280

共 84 个其他 PDB 条目、145 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBP7_HUMAN
Isoform Q93009-3
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–530； UniProt 544–1067

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

Homo sapiens

UniProt P26358

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1097–1129 片段：UNP residues 1097-1129 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7 × 1 （Q93009） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M sodium citrate, pH5.5, 10% PEG6000, 15% glycerol 分辨率 2.85 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4Z96 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3EPZ Structure of the replication foci-targeting sequence of human DNA cytosine methyltransferase DNMT1 提交 2008-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 351–600（250 aa） 片段：REPLICATION FOCI-TARGETING SEQUENCE
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；298 K；23 % PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.0,0.2 M SODIUM ACETATE, 0.005 M TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.00
分辨率 2.31 Å R-free 0.264
3EPZ Structure of the replication foci-targeting sequence of human DNA cytosine methyltransferase DNMT1 提交 2008-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 351–600（250 aa） 片段：REPLICATION FOCI-TARGETING SEQUENCE
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；298 K；23 % PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.0,0.2 M SODIUM ACETATE, 0.005 M TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.00
分辨率 2.31 Å R-free 0.264
3PTA Crystal structure of human DNMT1(646-1600) in complex with DNA 提交 2010-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 646–1600（955 aa） 片段：UNP residues 646-1600
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；6% PEG 20,000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 3.60 Å R-free 0.291
3SWR Structure of human DNMT1 (601-1600) in complex with Sinefungin 提交 2011-07-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 601–1600（1000 aa） 片段：sequence database residues 601-1600
未记录 SFG SINEFUNGIN × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 25 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；289 K；5% PEG 4000, 5 mM MgSO4, 50 mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.49 Å R-free 0.272
4WXX The crystal structure of human DNMT1(351-1600) 提交 2014-11-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 15–1264（1250 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；45% PEG200, 50 mM CaCl2, 0.1 mM MES
分辨率 2.62 Å R-free 0.245
4WXX The crystal structure of human DNMT1(351-1600) 提交 2014-11-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 15–1264（1250 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；45% PEG200, 50 mM CaCl2, 0.1 mM MES
分辨率 2.62 Å R-free 0.245
4YOC Crystal Structure of human DNMT1 and USP7/HAUSP complex 提交 2015-03-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 600–1600（1001 aa） 片段：UNP RESIDUES 600-1600
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；6-8% PEG 3350, 200 mM potassium acetate
分辨率 2.92 Å R-free 0.258
5WVO Crystal structure of DNMT1 RFTS domain in complex with K18/K23 mono-ubiquitylated histone H3 提交 2016-12-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 351–600（250 aa） 片段：RFTS domain, UNP residues 351-600
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；100mM Bis-Tris (pH 6.0), 200mM lithium sulfate monohydrate, 20% PEG 10000
分辨率 2.00 Å R-free 0.239
5YDR Structure of DNMT1 RFTS domain in complex with ubiquitin 提交 2017-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 351–599（249 aa） 片段：RFTS domain, UNP residues 351-599
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；291 K；20mM Tris-HCl, 200mM sodium acetate, 25% PEG 4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.233
6L1F Crystal structure of PHF20L1 Tudor1 in complex with K142me1 DNMT1 提交 2019-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 140–145（6 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.230
6X9I Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA 提交 2020-06-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 393–1264（872 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
分辨率 2.20 Å R-free 0.225
6X9J Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3830052 提交 2020-06-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 393–1264（872 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 X52 N-(4-{[(3,5-dicyano-4-ethyl-6-{methyl[2-(methylamino)ethyl]amino}pyridin-2-yl)sulfanyl]methyl}phenyl)-N-methylmethanesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
分辨率 1.79 Å R-free 0.229
6X9K Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3685032A 提交 2020-06-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 393–1264（872 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 UXM (2R)-2-{[6-(4-aminopiperidin-1-yl)-3,5-dicyano-4-ethylpyridin-2-yl]sulfanyl}-2-phenylacetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
分辨率 2.65 Å R-free 0.228
7SFC Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3735967A 提交 2021-10-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 393–1264（872 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 I67 N-{[4-({[3,5-dicyano-4-ethyl-6-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)pyridin-2-yl]sulfanyl}methyl)phenyl]methyl}glycinamide × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
分辨率 1.97 Å R-free 0.208
7SFD Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3543105A 提交 2021-10-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 393–1264（872 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 2 IO5 (2S)-2-({3,5-dicyano-4-ethyl-6-[4-(2-hydroxyethyl)-1,4-diazepan-1-yl]pyridin-2-yl}sulfanyl)-2-phenylacetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
分辨率 2.09 Å R-free 0.216
7SFE Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3830334A 提交 2021-10-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 393–1264（872 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 96I (2R)-2-{[6-(4-aminopiperidin-1-yl)-3,5-dicyano-4-ethylpyridin-2-yl]amino}-2-phenylacetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
分辨率 2.55 Å R-free 0.236
7SFF Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3852279B 提交 2021-10-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 393–1264（872 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1 C79 (2R)-2-{[6-(4-aminopiperidin-1-yl)-3,5-dicyano-4-ethylpyridin-2-yl]sulfanyl}-2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
分辨率 2.05 Å R-free 0.217
7SFG Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Cofactor SAM 提交 2021-10-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 393–1264（872 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
分辨率 2.43 Å R-free 0.223
7XI9 Cryo-EM structure of human DNMT1 (aa:351-1616) in complex with ubiquitinated H3 and hemimethylated DNA analog (CXXC-ordered form) 提交 2022-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 351–1616（1266 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging
分辨率 2.52 Å
7XIB Cryo-EM structure of human DNMT1 (aa:351-1616) in complex with ubiquitinated H3 and hemimethylated DNA analog (CXXC-disordered form) 提交 2022-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 351–1616（1266 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging
分辨率 2.23 Å
8V9U Solution NMR structure of human DNMT1 N-terminal alpha-helical domain 提交 2023-12-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 16–93（78 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] DNMT1, 20 mM MES/Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-15N] DNMT1, 20 mM MES/Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] DNMT1, 20 mM MES/Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-15N] DNMT1, 20 mM MES/Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 5 % pentaethylene glycol monododecyl ether (C12E5), 95 % n-hexanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8XQC Cryo-EM structure of human DNMT1 (aa:351-1616) in complex with ubiquitinated PAF15 and hemimethylated DNA analog 提交 2024-01-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 351–1616（1266 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
9K2W Cryo-EM structure of USP7:DNMT1 complex; closed conformation 提交 2024-10-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 351–1616（1266 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
9K2X Cryo-EM structure of USP7:DNMT1 complex; open conformation 提交 2024-10-18 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 351–1616（1266 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.75 Å
9V36 Human DNMT1 (aa 698-1616) bound to hemimethylated dsDNA and Inhibitor DMI26 提交 2025-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 698–1616（919 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 A1EQT (2~{R})-2-[3,5-dicyano-1-[2-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-4-ethyl-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl]sulfanyl-2-phenyl-ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.77 Å
9V5P Human DNMT1 (aa 698-1616) in complex with hemimethylated dsDNA and inhibitor DMT207 提交 2025-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 698–1616（919 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 A1EQ2 (2~{R})-2-[3,5-dicyano-1-[2-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-4-ethyl-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl]sulfanyl-2-(4-methoxyphenyl)ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å

共 24 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNMT1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–33； UniProt 1097–1129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4z96

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4z96
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4z96
沉积日期 deposition_date2015-04-09
结构标题 titleCrystal structure of DNMT1 in complex with USP7
关键词 keywordsUSP7, DNMT1, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.39 Å
零角强度 I(0) i053204900.00
分子量 molecular_weight57951.0 kDa
排除体积 excluded_volume72231 ų
包络体积 envelope_volume110990 ų
水化壳体积 shell_volume26023 ų
包络直径 envelope_diameter134.1 Å
壳层 Rg shell_rg39.35 Å
包络 Rg envelope_rg40.80 Å
形状 Rg shape_rg41.43 Å
总 Rg total_rg41.12 Å
总原子数 total_atoms4084
残基数 n_residues529
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.5 Å
Rg (实空间) rg_real41.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real5.3200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.3660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53170000.0000
解质量估计 total_estimate0.6549
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.9 Å
偏度 Skewness skewness0.482
峰度 Kurtosis kurtosis-0.875
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3848000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.451; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.158; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4z96A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4z96A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)