4zru

X-ray crystal structure of Lymnaea stagnalis acetylcholine binding protein (Ls-AChBP) in complex with 3-[2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethynyl]pyridine (TI-5180)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

Lymnaea stagnalis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	PHOSPHATE ION × 5 3-[(2S)-pyrrolidin-2-ylethynyl]pyridine × 5 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	PHOSPHATE ION × 5 3-[(2S)-pyrrolidin-2-ylethynyl]pyridine × 5 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACHP_LYMST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–218； UniProt 20–229 作者链 B； PDB构建体 9–218； UniProt 20–229 作者链 C； PDB构建体 9–218； UniProt 20–229 作者链 D； PDB构建体 9–218； UniProt 20–229 作者链 E； PDB构建体 9–218； UniProt 20–229 作者链 F； PDB构建体 9–218； UniProt 20–229 作者链 G； PDB构建体 9–218； UniProt 20–229 作者链 H； PDB构建体 9–218； UniProt 20–229 作者链 I； PDB构建体 9–218； UniProt 20–229 作者链 J； PDB构建体 9–218； UniProt 20–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4zru
沉积日期 deposition_date	2015-05-12
结构标题 title	X-ray crystal structure of Lymnaea stagnalis acetylcholine binding protein (Ls-AChBP) in complex with 3-[2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethynyl]pyridine (TI-5180)
关键词 keywords	nicotinic, acetylcholine, Ls-AChBP, ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN; ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4zru__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4zru__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4zru__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.28 Å
Rg（电子密度）	29.52 Å
总 Rg	30.35 Å
原子数	8018
残基数	1021
排除体积	139870 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4zru__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4zru__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Acetylcholine-binding protein
分子量 formula_weight	24859.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	17808

DYKDDDDKLDRADILYNIRQTSRPDVIPTQRDRPVAVSVSLKFINILEVNEITNEVDVVFWQQTTWSDRTLAWNSSHSPDQVSVPISSLWVPDLAAYNAISKPEVLTPQLARVVSDGEVLYMPSIRQRFSCDVSGVDTESGATCRIKIGSWTHHSREISVDPTTENSDDSEYFSQYSRFEILDVTQKKNSVTYSCCPEAYEDVEVSLNFRKKGRSEIL

来源 Source

来源生物 organism	Lymnaea stagnalis
通用名 common_name	Great pond snail
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6523
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3-[(2S)-pyrrolidin-2-ylethynyl]pyridine
分子量 formula_weight	172.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1550

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d4zrua1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4zrua2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4zrub1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4zrub2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4zruc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4zrud1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4zrud2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4zrue_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4zruf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4zruf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4zrug1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4zrug2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4zruh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4zruh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4zrui1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4zrui2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4zruj1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4zruj2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	4zruA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	4zruB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	4zruC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	4zruD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	4zruE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	4zruF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	4zruG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	4zruH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	4zruI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	4zruJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

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晶胞边长 a length_a	92.910 Å
晶胞边长 b length_b	108.870 Å
晶胞边长 c length_c	122.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	90.000 Å
R 因子 r_factor	0.1726
R_work r_work	0.1709
R_free r_free	0.2045

X-ray crystal structure of Lymnaea stagnalis acetylcholine binding protein (Ls-AChBP) in complex with 3-[2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethynyl]pyridine (TI-5180)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4zru__assembly_2__model_1

4zru__assembly_2__model_1 | I(q)

4zru__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

X-ray crystal structure of Lymnaea stagnalis acetylcholine binding protein (Ls-AChBP) in complex with 3-[2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethynyl]pyridine (TI-5180)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4zru__assembly_2__model_1

4zru__assembly_2__model_1 | I(q)

4zru__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)