SAXSdb — 5axw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas9

Staphylococcus aureus subsp. aureus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–1053	突变：N580A/C946A	RNA (73-MER) × 1 DNA (28-MER) × 1 ;DNA (5'-D(TPTPGPGPGPTPAPG)-3') ; × 1 NA SODIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG4000, NaCl, Na2HPO4, NaN3	分辨率 2.70 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5AXW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5CZZ Crystal structure of Staphylococcus aureus Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (TTGAAT PAM) 提交 2015-08-01	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	突变：N580A/C946A	NA SODIUM ION × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG4000, NaCl, Na2HPO4, NaN3	分辨率 2.60 Å R-free 0.241
7EL1 Structure of a protein from bacteria 提交 2021-04-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1053（1053 aa）	突变：N580A, C946A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.0M sodium citrate dihydrate, 0.3M imidazol-Hcl (pH 10.0), 0.02M sodium malonate (pH 7.0)	分辨率 2.22 Å R-free 0.242
7ENH Crystal structure of cas and anti-cas protein complex 提交 2021-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 481–646（166 aa）片段：HNH domain	未记录	NI NICKEL (II) ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；PEG 3350, sodium iodide	分辨率 2.10 Å R-free 0.208
7ENI Crystal structure of cas and anti-cas protein complex 提交 2021-04-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；Tris, Ammonium phosphate dibasic	分辨率 2.63 Å R-free 0.237
7ENR Crystal structure of cas and anti-cas protein complex 提交 2021-04-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；PEG 3350, EG, Bicine	分辨率 4.21 Å R-free 0.307
7VW3 Cryo-EM structure of SaCas9-sgRNA-DNA ternary complex 提交 2021-11-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1053（1052 aa）	突变：D10A N580A	MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris-Cl (pH 7.5), 100mM KCl, 5mM MgCl2, 1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8JFT Cryo-EM structure of SaCas9-AcrIIA15 CTD-sgRNA complex 提交 2023-05-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
8JG9 Cryo-EM structure of the SaCas9-sgRNA-AcrIIA15-promoter DNA dimer 提交 2023-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 1–1053（1053 aa）链 D 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
8Y0D Crystal structure of SauCas9 in complex with sgRNA and 20nt ssDNA target 提交 2024-01-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium HEPES, pH 7.0, 11% PEG 8000	分辨率 3.92 Å R-free 0.318
8ZCY Cryo-EM structure of eSaCas9_NNG-guide RNA-target DNA complex in an interrogation state 提交 2024-04-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
8ZCZ Cryo-EM structure of eSaCas9_NNG-guide RNA-target DNA complex in an intermediate state 提交 2024-04-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8ZD0 Cryo-EM structure of eSaCas9_NNG-guide RNA-target DNA complex in a translocation state 提交 2024-04-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å
8ZDA Cryo-EM structure of eSaCas9_NNG-guide RNA-target DNA complex in a catalytically active state 提交 2024-05-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9MB6 Cryo-EM structure of wild-type SaCas9-guide RNA-mismatched target DNA complex 提交 2025-03-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9MB7 Cryo-EM structure of eSaCas9-NNG-guide RNA-mismatched target DNA complex 提交 2025-03-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J7RUA5_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–1056； UniProt 1–1053

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5axw
沉积日期 deposition_date	2015-08-01
结构标题 title	Crystal structure of Staphylococcus aureus Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (TTGGGT PAM)
关键词 keywords	CRISPR-Cas9, genome engineering, HYDROLASE-RNA-DNA complex; HYDROLASE/RNA/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.12 Å
零角强度 I(0) i0	474425000.00
分子量 molecular_weight	153870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	182630 Å³
包络体积 envelope_volume	253930 Å³
水化壳体积 shell_volume	55966 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.34 Å
包络 Rg envelope_rg	36.29 Å
形状 Rg shape_rg	37.16 Å
总 Rg total_rg	37.43 Å
总原子数 total_atoms	10705
残基数 n_residues	1152
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	474500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8969
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.228
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.477
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.910

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas9
分子量 formula_weight	124365.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
突变 mutation	N580A/C946A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10823

GSHMKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEEASKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKAYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus subsp. aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	46170
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA (73-MER)
分子量 formula_weight	23526.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GGAAAUUAGGUGCGCUUGGCGUUUUAGUACUCUGGAAACAGAAUCUACUAAAACAAGGCAAAAUGCCGUGUUU

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (28-MER)
分子量 formula_weight	8439.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CTACCCAAGCCAAGCGCACCTAATTTCC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPGPGPGPTPAPG)-3') ;
分子量 formula_weight	2497.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TTGGGTAG

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5axwa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.16 — RuvC-like domain from CRISPR-associated protein Cas9

结构域编号 domain_id	d5axwa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.8 — HNH domain from CRISPR-associated protein Cas9

结构域编号 domain_id	d5axwa3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.393 — CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1, Target recognition (REC) lobe
超家族 Superfamily superfamily	d.393.1 — CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1, Target recognition (REC) lobe
家族 Family family	d.393.1.1 — CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1, Target recognition (REC) lobe

结构域编号 domain_id	d5axwa4
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.80 — CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1, Protospace-adjacent motif (PAM)-interacting domain
超家族 Superfamily superfamily	e.80.1 — CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1, PAM-interacting (PI) domain
家族 Family family	e.80.1.1 — CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1, PAM-interacting (PI) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.596 Å
晶胞边长 b length_b	345.664 Å
晶胞边长 c length_c	98.052 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	49.670 Å
R 因子 r_factor	0.2046
R_work r_work	0.2033
R_free r_free	0.2303

fit	/app/data/saxs_computation/ax/5axw/5axw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ax/5axw/5axw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ax/5axw/5axw.dat

Crystal structure of Staphylococcus aureus Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (TTGGGT PAM)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)