5b77

Crystal structrue of MOZ double PHD finger in complex with histone H3 propionylation at K14

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 55.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase KAT6A

Homo sapiens

UniProt Q92794

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 194–323 片段:UNP residues 194-323 Histone H3 × 1 (K7EMV3) ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;polyethylene glycol 4000, lithium sulfate, Tris 分辨率 1.55 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAT6A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–131; UniProt 194–323

Histone H3

物种未注明

UniProt K7EMV3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–26 片段:UNP residues 2-26 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Histone acetyltransferase KAT6A × 1 (Q92794) ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;polyethylene glycol 4000, lithium sulfate, Tris 分辨率 1.55 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 K7EMV3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–25; UniProt 2–26

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5b77

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5b77
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5b77
沉积日期 deposition_date2016-06-05
结构标题 titleCrystal structrue of MOZ double PHD finger in complex with histone H3 propionylation at K14
关键词 keywordsMOZ double PHD finger, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.48
零角强度 I(0) i06137150.00
分子量 molecular_weight16215.0 kDa
排除体积 excluded_volume19567 ų
包络体积 envelope_volume23371 ų
水化壳体积 shell_volume13051 ų
包络直径 envelope_diameter53.4
壳层 Rg shell_rg20.99
包络 Rg envelope_rg15.94
形状 Rg shape_rg15.50
总 Rg total_rg16.41
总原子数 total_atoms1102
残基数 n_residues140
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.7
Rg (实空间) rg_real16.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41
I(0) (实空间) i0_real6.1370e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.3710e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.15
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6137000.0000
解质量估计 total_estimate0.8653
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.6
偏度 Skewness skewness0.319
峰度 Kurtosis kurtosis-0.245
角度范围 angular_range— – 0.4900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha822600.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.753; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.991

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5b77A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)