8h7a

Crystal structure of the dimer form KAT6A WH domain with its bound double stranded DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h7a
沉积日期 deposition_date	2022-10-19
结构标题 title	Crystal structure of the dimer form KAT6A WH domain with its bound double stranded DNA
关键词 keywords	CpG islands, Winged-helix domain, acetyltransferase, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.77 Å
零角强度 I(0) i0	59757600.00
分子量 molecular_weight	50663.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59154 Å³
包络体积 envelope_volume	83346 Å³
水化壳体积 shell_volume	25284 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.7 Å
壳层 Rg shell_rg	34.42 Å
包络 Rg envelope_rg	28.20 Å
形状 Rg shape_rg	28.78 Å
总 Rg total_rg	29.20 Å
总原子数 total_atoms	3497
残基数 n_residues	361
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59760000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8407
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.437
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.323
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3402000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.784; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.791; Smooth: 0.782

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone acetyltransferase KAT6A
分子量 formula_weight	9659.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F
原子数 atom_count	3754

SMVKLANPLYTEWILEAIKKVKKQKQRPSEERICNAVSSSHGLDRKTVLEQLELSVKDGTILKVSNKGLNSYKDPDNPGRIALPKP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPGPTPCPCPGPAPCPGPGPAPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3977.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,H

GGTCCGACGGACC

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPGPTPCPCPGPTPCPGPGPAPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3968.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,G

GGTCCGTCGGACC

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	257

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.007 Å
晶胞边长 b length_b	40.060 Å
晶胞边长 c length_c	81.252 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.12 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	113.88 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.920 Å
最低分辨率 resolution_low	27.230 Å
R 因子 r_factor	0.1969
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2346

fit	/app/data/saxs_computation/h7/8h7a/8h7a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h7/8h7a/8h7a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h7/8h7a/8h7a.dat

Crystal structure of the dimer form KAT6A WH domain with its bound double stranded DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)