5boz

Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ricin

Ricinus communis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	VHH single chain antibody E1 × 1 SULFATE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	VHH single chain antibody E1 × 1 SULFATE ION × 5 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	VHH single chain antibody E1 × 1 SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	VHH single chain antibody E1 × 1 SULFATE ION × 2 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	VHH single chain antibody E1 × 1 SULFATE ION × 3 CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	VHH single chain antibody E1 × 1 SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RICI_RICCO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–261； UniProt 39–299 作者链 B； PDB构建体 1–261； UniProt 39–299 作者链 C； PDB构建体 1–261； UniProt 39–299 作者链 D； PDB构建体 1–261； UniProt 39–299 作者链 E； PDB构建体 1–261； UniProt 39–299 作者链 F； PDB构建体 1–261； UniProt 39–299

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5boz
沉积日期 deposition_date	2015-05-27
结构标题 title	Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1)
关键词 keywords	Toxin, VHH antibodies, Hydrolase-Immune system complex; Hydrolase/Immune system
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5boz__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5boz__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5boz__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.09 Å
Rg（电子密度）	23.30 Å
总 Rg	24.09 Å
原子数	2977
残基数	377
排除体积	52496 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5boz__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5boz__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5boz__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5boz__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5boz__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5boz__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ricin
分子量 formula_weight	29216.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	18136

KQYPIINFTTAGATVQSYTNFIRAVRGRLTTGADVRHEIPVLPNRVGLPINQRFILVELSNHAELSVTLALDVTNAYVVGYRAGNSAYFFHPDNQEDAEAITHLFTDVQNRYTFAFGGNYDRLEQLAGNLRENIELGNGPLEEAISALYYYSTGGTQLPTLARSFIICIQMISEAARFQYIEGEMRTRIRYNRRSAPDPSVITLENSWGRLSTAIQESNQGAFASPIQLQRRNGSKFSVYDVSILIPIIALMVYRCAPPPS

来源 Source

来源生物 organism	Ricinus communis
通用名 common_name	Castor bean
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3988
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	VHH single chain antibody E1
分子量 formula_weight	13988.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

NMQVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASGRTFSRSSMGWFRQAPGKEREFVASIVWADGTTLYGDSVKGRFTVSRDNVKNMVYLQMNNLKPEDTALYYCADNKFVRGLVAVRAIDYDYWGQGTQVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
通用名 common_name	Alpaca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d5boza_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

结构域编号 domain_id	d5bozb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

结构域编号 domain_id	d5bozc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

结构域编号 domain_id	d5bozd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

结构域编号 domain_id	d5boze_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

结构域编号 domain_id	d5bozf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

结构域编号 domain_id	d5bozg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5bozh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5bozi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5bozj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5bozk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5bozl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	5bozA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	5bozA02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

结构域编号 domain_id	5bozB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	5bozB02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

结构域编号 domain_id	5bozC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	5bozC02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

结构域编号 domain_id	5bozD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	5bozD02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

结构域编号 domain_id	5bozE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	5bozE02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

结构域编号 domain_id	5bozF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	5bozF02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

结构域编号 domain_id	5bozG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5bozH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5bozI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5bozJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5bozK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5bozL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	239.610 Å
晶胞边长 b length_b	242.884 Å
晶胞边长 c length_c	355.693 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	F 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	22
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.681 Å
R 因子 r_factor	0.2177
R_work r_work	0.2154
R_free r_free	0.2771

Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ricin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5boz__assembly_3__model_1

5boz__assembly_3__model_1 | I(q)

5boz__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ricin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5boz__assembly_3__model_1

5boz__assembly_3__model_1 | I(q)

5boz__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)