SAXSdb — 5brz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） GLU-VAL-ASP-PRO-ILE-GLY-HIS-LEU-TYR × 1 Protein TRAV21,T-cell receptor alpha chain C region × 1 （A0A0B4J279,P01848） Protein TRBV5-1,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A578,K7N5M4） SULFATE ION × 7 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	1A01_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–274； UniProt 25–298

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain × 1 （P30443） GLU-VAL-ASP-PRO-ILE-GLY-HIS-LEU-TYR × 1 Protein TRAV21,T-cell receptor alpha chain C region × 1 （A0A0B4J279,P01848） Protein TRBV5-1,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A578,K7N5M4） SULFATE ION × 7 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119

Protein TRAV21,T-cell receptor alpha chain C region

Homo sapiens

UniProt A0A0B4J279

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain × 1 （P30443） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） GLU-VAL-ASP-PRO-ILE-GLY-HIS-LEU-TYR × 1 Protein TRBV5-1,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A578,K7N5M4） SULFATE ION × 7 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0B4J279_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–93； UniProt 21–112

Protein TRAV21,T-cell receptor alpha chain C region

Homo sapiens

UniProt P01848

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain × 1 （P30443） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） GLU-VAL-ASP-PRO-ILE-GLY-HIS-LEU-TYR × 1 Protein TRBV5-1,Human nkt tcr beta chain × 1 （A0A578,K7N5M4） SULFATE ION × 7 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TCA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 117–197； UniProt 4–84

Protein TRBV5-1,Human nkt tcr beta chain

Homo sapiens

UniProt A0A578

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain × 1 （P30443） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） GLU-VAL-ASP-PRO-ILE-GLY-HIS-LEU-TYR × 1 Protein TRAV21,T-cell receptor alpha chain C region × 1 （A0A0B4J279,P01848） SULFATE ION × 7 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A578_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–93； UniProt 21–113

Protein TRBV5-1,Human nkt tcr beta chain

Homo sapiens

UniProt K7N5M4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain × 1 （P30443） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） GLU-VAL-ASP-PRO-ILE-GLY-HIS-LEU-TYR × 1 Protein TRAV21,T-cell receptor alpha chain C region × 1 （A0A0B4J279,P01848） SULFATE ION × 7 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K7N5M4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 100–240； UniProt 108–248

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5brz
沉积日期 deposition_date	2015-06-01
结构标题 title	MAGE-A3 reactive TCR in complex with MAGE-A3 in HLA-A1
关键词 keywords	Immuno pMHC TCR MAGE, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5brz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5brz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5brz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.66 Å
Rg（电子密度）	38.08 Å
总 Rg	38.16 Å
原子数	6601
残基数	822
排除体积	115330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5brz__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
分子量 formula_weight	31734.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6618

GSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQKMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNMKAHSQTDRANLGTLRGYYNQSEDGSHTIQIMYGCDVGPDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAVHAAEQRRVYLEGRCVDGLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	GLU-VAL-ASP-PRO-ILE-GLY-HIS-LEU-TYR
分子量 formula_weight	1043.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EVDPIGHLY

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein TRAV21,T-cell receptor alpha chain C region
分子量 formula_weight	21451.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

AQEVTQIPAALSVPEGENLVLNCSFTDSAIYNLQWFRQDPGKGLTSLLYVRPYQREQTSGRLNASLDKSSGRSTLYIAASQPGDSATYLCAVRPGGAGPFFVVFGKGTKLSVIPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Protein TRBV5-1,Human nkt tcr beta chain
分子量 formula_weight	27132.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

AGVTQTPRYLIKTRGQQVTLSCSPISGHRSVSWYQQTPGQGLQFLFEYFSETQRNKGNFPGRFSGRQFSNSRSEMNVSTLELGDSALYLCASSFNMATGQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQDPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	5brzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	5brzA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5brzB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5brzD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5brzD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5brzE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5brzE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	173.590 Å
晶胞边长 b length_b	47.500 Å
晶胞边长 c length_c	119.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.620 Å
最低分辨率 resolution_low	82.010 Å
R 因子 r_factor	0.1971
R_work r_work	0.1934
R_free r_free	0.2683

MAGE-A3 reactive TCR in complex with MAGE-A3 in HLA-A1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein TRAV21,T-cell receptor alpha chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein TRAV21,T-cell receptor alpha chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein TRBV5-1,Human nkt tcr beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein TRBV5-1,Human nkt tcr beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5brz__assembly_1__model_1

5brz__assembly_1__model_1 | I(q)

5brz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)