5bv2

Crystal structure of E. coli HPII catalase variant

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase HPII

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 GLYCEROL × 11 1,2-ETHANEDIOL × 39 TRIETHYLENE GLYCOL × 3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 10 SULFATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753 作者链 Q； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753 作者链 R； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753 作者链 S； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5bv2
沉积日期 deposition_date	2015-06-04
结构标题 title	Crystal structure of E. coli HPII catalase variant
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5bv2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5bv2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5bv2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.82 Å
Rg（电子密度）	41.47 Å
总 Rg	42.06 Å
原子数	47595
残基数	2987
排除体积	425180 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5bv2__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Catalase HPII
分子量 formula_weight	84144.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,R,S
原子数 atom_count	53930

MSQHNEKNPHQHQSPLHDSSEAKPGMDSLAPEDGSHRPAAEPTPPGAQPTAPGSLKAPDTRNEKLNSLEDVRKGSENYALTTNQGVRIADDQNSLRAGDRGPTLLEDFILREKITHFDHERIPERIVHARGSAAHGYFQPYKSLSDITKADFLSDPNKITPVFVRFSTVQGGAGSADTVRDIRGFATKFYTEEGIFDLVGNNTPIFFIQDAHKFPDFVHAVKPEPHWAIPQGQSAHDTFWDYVSLQPETLHNVMWAMSDRGIPRSYRTMEGFGIHTFRLINASGKATFVRFHWKPLAGKASLVWDEAQKLTGRDPDFHRRELWEAIEAGDFPEYELGFQLIPEEDEFKFDFDLLDPTKLIPEELVPVQRVGNMVLNRNPDNFFAENEQAAFHPGHIVPGLDFTNDPLLQGRLFSYTDTQISRLGGPNFHEIPINRPTCPYHNFQRDGMHRMGIDTNPANYEPNSINDNWPRETPPGPKRGGFESYQERVEGNKVRERSPSFGEYYSHPRLFWLSQTPFEQRHIVDGFSFELSKVVRPYIRERVVDQLAHIDLTLAQAVAKNLGISLTDDQLNITPPPDVNGLKKDPSLSLYAIPDGDVKGRVVAILLNDEVRSADLLAILKALKAKGVHAKLLYSRMGEVTADDGTVLPIAATFAGAPSLTVDAVIVPCGNIADIADNGDANYYLMEAYKHLKPIALAGDARKFKATIKVADQGEEGIVEADSADGSFMDELLTLMAAHRVWSRIPKIDSIPA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE
分子量 formula_weight	632.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	39

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4681

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	5bv2P01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	5bv2P02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	5bv2P03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	5bv2Q01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	5bv2Q02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	5bv2Q03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	5bv2R01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	5bv2R02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	5bv2R03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	5bv2S01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	5bv2S02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	5bv2S03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

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晶胞边长 a length_a	161.789 Å
晶胞边长 b length_b	171.331 Å
晶胞边长 c length_c	122.484 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	121.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.530 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.0848
R_work r_work	0.0823
R_free r_free	0.1321

Crystal structure of E. coli HPII catalase variant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase HPII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5bv2__assembly_1__model_1

5bv2__assembly_1__model_1 | I(q)

5bv2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of E. coli HPII catalase variant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase HPII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5bv2__assembly_1__model_1

5bv2__assembly_1__model_1 | I(q)

5bv2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)