5bv2

Crystal structure of E. coli HPII catalase variant

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase HPII

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–753 链 Q； UniProt 1–753 链 R； UniProt 1–753 链 S； UniProt 1–753	未记录	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 GOL GLYCEROL × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 39 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 10 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2% PEG20000, 15% PEG5000 MME, 0.1 M potassium chloride, 0.1 M manganese acetate, 0.1 M HEPES	分辨率 1.53 Å R-free 0.132

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5BV2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CF9 Structure of the mutant VAL169CYS of catalase HPII from Escherichia coli 提交 1999-03-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–753（727 aa）链 B 27–753（727 aa）链 C 27–753（727 aa）链 D 27–753（727 aa）	突变：V169C 突变：V169C 突变：V169C 突变：V169C	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；pH 9	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
1GG9 CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, HIS128ASN VARIANT. 提交 2000-08-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K	分辨率 1.89 Å R-free 0.188
1GGE CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, NATIVE STRUCTURE AT 1.9 A RESOLUTION. 提交 2000-08-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K	分辨率 1.89 Å R-free 0.202
1GGF CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, VARIANT HIS128ASN, COMPLEX WITH HYDROGEN PEROXIDE. 提交 2000-08-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl. Before data collection the protein crystal was soaked during a few seconds in the solution with 2M hydrogen peroxide., pH 9.0, temperature 297.0K	分辨率 2.28 Å R-free 0.254
1GGH CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, HIS128ALA VARIANT. 提交 2000-08-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：H128A 突变：H128A 突变：H128A 突变：H128A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K	分辨率 2.15 Å R-free 0.206
1GGJ CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, ASN201ALA VARIANT. 提交 2000-08-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：N201A 突变：N201A 突变：N201A 突变：N201A	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K	分辨率 1.92 Å R-free 0.235
1GGK CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, ASN201HIS VARIANT. 提交 2000-08-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：N201H 突变：N201H 突变：N201H 突变：N201H	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K	分辨率 2.26 Å R-free 0.208
1IPH STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1995-12-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1P7Y Crystal structure of the D181A variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181A 突变：D181A 突变：D181A 突变：D181A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.225
1P7Z Crystal structure of the D181S variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181S 突变：D181S 突变：D181S 突变：D181S	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
1P80 Crystal structure of the D181Q variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181Q 突变：D181Q 突变：D181Q 突变：D181Q	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.65 Å R-free 0.202
1P81 Crystal structure of the D181E variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181E 突变：D181E 突变：D181E 突变：D181E	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.81 Å R-free 0.216
1QF7 STRUCTURE OF THE MUTANT HIS392GLN OF CATALASE HPII FROM E. COLI 提交 1999-03-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：H392Q 突变：H392Q 突变：H392Q 突变：H392Q	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；pH 9	分辨率 2.20 Å R-free 0.210
1QWS Structure of the D181N variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-09-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181N 突变：D181N 突变：D181N 突变：D181N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；15% PEG 3350, 1.6M LiCl, 0.1M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
1YE9 Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli 提交 2004-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 B 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 C 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 D 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 E 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567 链 F 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567 链 G 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567 链 H 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567	未记录	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；50mM TrisHCl, 8% PEG 20000, 8% PEG MME 550, 0.2M KSCN, 0.1M dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1YE9 Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli 提交 2004-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 I 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 J 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 K 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 L 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 M 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567 链 N 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567 链 O 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567 链 P 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567	未记录	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；50mM TrisHCl, 8% PEG 20000, 8% PEG MME 550, 0.2M KSCN, 0.1M dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
28WU Crystal Structure of Catalase HPII (KatE) from Escherichia coli 提交 2026-02-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；293 K；0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.75, 0.2M Na-acetate, 20% PEG3350.	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
3P9P Structure of I274V variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274V 突变：I274V 突变：I274V 突变：I274V	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.185
3P9Q Structure of I274C variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.48 Å R-free 0.177
3P9R Structure of I274G variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.184
3P9S Structure of I274A variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.191
3PQ2 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 1-6 提交 2010-11-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.79 Å R-free 0.189
3PQ3 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 7-12 提交 2010-11-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.79 Å R-free 0.189
3PQ4 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 13-18 提交 2010-11-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.79 Å R-free 0.189
3PQ5 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 19-24 提交 2010-11-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.190
3PQ6 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 25-30 提交 2010-11-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.191
3PQ7 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 31-36 提交 2010-11-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.190
3PQ8 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 37-42 提交 2010-11-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.190
3TTT Structure of F413Y variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413Y 突变：F413Y 突变：F413Y 突变：F413Y	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.189
3TTU Structure of F413Y/H128N double variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413Y/H128N 突变：F413Y/H128N 突变：F413Y/H128N 突变：F413Y/H128N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.89 Å R-free 0.193
3TTV Structure of the F413E variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.45 Å R-free 0.172
3TTW Structure of the F413E variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.62 Å R-free 0.199
3TTX Structure of the F413K variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.74 Å R-free 0.185
3VU3 Crystal structure of the Hfq and catalase HPII complex 提交 2012-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 A 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；0.1M Tris-HCl, 0.18M NaCl, 10% PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.246
4BFL Structure of natively expressed catalase HPII 提交 2013-03-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；10 % PEG 20000, 20% PEG 500MME, 30 MM SODIUM NITRATE, 30 MM DISODIUM HYDROGENPHOSPHATE, 30 MM AMMONIUM SULFATE, AND 100 MM MES/IMIDAZOLE PH 6.5	分辨率 1.64 Å R-free 0.202
4ENP Structure of E530A variant E. coli KatE 提交 2012-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：E530A 突变：E530A 突变：E530A 突变：E530A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.162
4ENQ Structure of E530D variant E. coli KatE 提交 2012-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.207
4ENR Structure of E530I variant E. coli KatE 提交 2012-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.193
4ENS Structure of E530Q variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：E530Q 突变：E530Q 突变：E530Q 突变：E530Q	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.184
4ENT Structure of the S234A variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
4ENU Structure of the S234D variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.170
4ENV Structure of the S234I variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S234I 突变：S234I 突变：S234I 突变：S234I	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
4ENW Structure of the S234N variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S234N 突变：S234N 突变：S234N 突变：S234N	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
6BY0 Crystal structure of catalase HPII from E. coli in space group P1 提交 2017-12-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.085 M sodium HEPES pH 7.5, 17% w/v PEG 4000, 15% v/v glycerol, 8.5% v/v isopropanol or 0.1 M HEPES pH 7.0, 20% w/v PEG 6000, 1.0 M lithium chloride	分辨率 2.93 Å R-free 0.236
6ZTV Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000, 10% MPD	分辨率 1.78 Å R-free 0.229
6ZTW Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 GOL GLYCEROL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000	分辨率 1.84 Å R-free 0.184
6ZTW Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–753（753 aa）链 F 1–753（753 aa）链 G 1–753（753 aa）链 H 1–753（753 aa）	突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 5 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000	分辨率 1.84 Å R-free 0.184
6ZTX Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：R37S, S99D, K372N, R521S 突变：R37S, S99D, K372N, R521S 突变：R37S, S99D, K372N, R521S 突变：R37S, S99D, K372N, R521S	GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 1.30 Å R-free 0.162

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UniProt名称	CATE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753 作者链 Q； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753 作者链 R； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753 作者链 S； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5bv2
沉积日期 deposition_date	2015-06-04
结构标题 title	Crystal structure of E. coli HPII catalase variant
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.47 Å
零角强度 I(0) i0	1708900000.00
分子量 molecular_weight	340920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	425180 Å³
包络体积 envelope_volume	494200 Å³
水化壳体积 shell_volume	92274 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.8 Å
壳层 Rg shell_rg	51.12 Å
包络 Rg envelope_rg	41.88 Å
形状 Rg shape_rg	41.41 Å
总 Rg total_rg	42.06 Å
总原子数 total_atoms	47595
残基数 n_residues	2987
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.7 Å
Rg (实空间) rg_real	41.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7090e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6990e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1709000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8748
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.345
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.214
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	706500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.805

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Catalase HPII
分子量 formula_weight	84144.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,R,S
原子数 atom_count	53930

MSQHNEKNPHQHQSPLHDSSEAKPGMDSLAPEDGSHRPAAEPTPPGAQPTAPGSLKAPDTRNEKLNSLEDVRKGSENYALTTNQGVRIADDQNSLRAGDRGPTLLEDFILREKITHFDHERIPERIVHARGSAAHGYFQPYKSLSDITKADFLSDPNKITPVFVRFSTVQGGAGSADTVRDIRGFATKFYTEEGIFDLVGNNTPIFFIQDAHKFPDFVHAVKPEPHWAIPQGQSAHDTFWDYVSLQPETLHNVMWAMSDRGIPRSYRTMEGFGIHTFRLINASGKATFVRFHWKPLAGKASLVWDEAQKLTGRDPDFHRRELWEAIEAGDFPEYELGFQLIPEEDEFKFDFDLLDPTKLIPEELVPVQRVGNMVLNRNPDNFFAENEQAAFHPGHIVPGLDFTNDPLLQGRLFSYTDTQISRLGGPNFHEIPINRPTCPYHNFQRDGMHRMGIDTNPANYEPNSINDNWPRETPPGPKRGGFESYQERVEGNKVRERSPSFGEYYSHPRLFWLSQTPFEQRHIVDGFSFELSKVVRPYIRERVVDQLAHIDLTLAQAVAKNLGISLTDDQLNITPPPDVNGLKKDPSLSLYAIPDGDVKGRVVAILLNDEVRSADLLAILKALKAKGVHAKLLYSRMGEVTADDGTVLPIAATFAGAPSLTVDAVIVPCGNIADIADNGDANYYLMEAYKHLKPIALAGDARKFKATIKVADQGEEGIVEADSADGSFMDELLTLMAAHRVWSRIPKIDSIPA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE
分子量 formula_weight	632.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	39

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4681

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	5bv2P01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	5bv2P02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	5bv2P03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	5bv2Q01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	5bv2Q02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	5bv2Q03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	5bv2R01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	5bv2R02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	5bv2R03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	5bv2S01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	5bv2S02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	5bv2S03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	161.789 Å
晶胞边长 b length_b	171.331 Å
晶胞边长 c length_c	122.484 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	121.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.530 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.0848
R_work r_work	0.0823
R_free r_free	0.1321

fit	/app/data/saxs_computation/bv/5bv2/5bv2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bv/5bv2/5bv2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bv/5bv2/5bv2.dat