5c3i

Crystal structure of the quaternary complex of histone H3-H4 heterodimer with chaperone ASF1 and the replicative helicase subunit MCM2

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone chaperone ASF1A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1 × 1 （P68431） Histone H4 × 1 （P62805） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1 × 1 （P68431） Histone H4 × 1 （P62805） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1 × 1 （P68431） Histone H4 × 1 （P62805） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1 × 1 （P68431） Histone H4 × 1 （P62805） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1 × 1 （P68431） Histone H4 × 1 （P62805） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1 × 1 （P68431） Histone H4 × 1 （P62805） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ASF1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 14–188； UniProt 1–175 作者链 E； PDB构建体 14–188； UniProt 1–175 作者链 I； PDB构建体 14–188； UniProt 1–175 作者链 M； PDB构建体 14–188； UniProt 1–175 作者链 Q； PDB构建体 14–188； UniProt 1–175 作者链 U； PDB构建体 14–188； UniProt 1–175

Histone H3.1

Homo sapiens

UniProt P68431

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H4 × 1 （P62805） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H4 × 1 （P62805） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H4 × 1 （P62805） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H4 × 1 （P62805） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H4 × 1 （P62805） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H4 × 1 （P62805） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H31_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 F； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 J； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 N； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 R； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 V； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H3.1 × 1 （P68431） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H3.1 × 1 （P68431） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H3.1 × 1 （P68431） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H3.1 × 1 （P68431） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H3.1 × 1 （P68431） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H3.1 × 1 （P68431） DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 × 1 （P49736）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 G； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 K； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 O； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 S； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 W； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

DNA replication licensing factor MCM2,MCM2

Homo sapiens

UniProt P49736

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H3.1 × 1 （P68431） Histone H4 × 1 （P62805）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H3.1 × 1 （P68431） Histone H4 × 1 （P62805）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H3.1 × 1 （P68431） Histone H4 × 1 （P62805）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H3.1 × 1 （P68431） Histone H4 × 1 （P62805）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H3.1 × 1 （P68431） Histone H4 × 1 （P62805）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone ASF1A × 1 （Q9Y294） Histone H3.1 × 1 （P68431） Histone H4 × 1 （P62805）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCM2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–63； UniProt 63–124 作者链 H； PDB构建体 2–63； UniProt 63–124 作者链 L； PDB构建体 2–63； UniProt 63–124 作者链 P； PDB构建体 2–63； UniProt 63–124 作者链 T； PDB构建体 2–63； UniProt 63–124 作者链 X； PDB构建体 2–63； UniProt 63–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5c3i
沉积日期 deposition_date	2015-06-17
结构标题 title	Crystal structure of the quaternary complex of histone H3-H4 heterodimer with chaperone ASF1 and the replicative helicase subunit MCM2
关键词 keywords	replication, histone, chaperone, ASF1, MCM protein; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5c3i__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5c3i__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5c3i__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.72 Å
Rg（电子密度）	23.70 Å
总 Rg	24.56 Å
原子数	3021
残基数	374
排除体积	53585 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5c3i__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5c3i__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5c3i__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5c3i__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5c3i__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5c3i__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone chaperone ASF1A
分子量 formula_weight	21375.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M,Q,U
原子数 atom_count	17655

MGSHHHHHHSNDPMAKVQVNNVVVLDNPSPFYNPFQFEITFECIEDLSEDLEWKIIYVGSAESEEYDQVLDSVLVGPVPAGRHMFVFQADAPNPGLIPDADAVGVTVVLITCTYRGQEFIRVGYYVNNEYTETELRENPPVKPDFSKLQRNILASNPRVTRFHINWEDNTEKLEDAESSNPNLQSLLS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	15437.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N,R,V

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O,S,W

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA replication licensing factor MCM2,MCM2
分子量 formula_weight	9747.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P,T,X

SLEEEEDGEELIGDGMERDYRAIPELDAYEAEGLALDDEDVEELTASQREAAERAMRQRDREAXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	5c3iA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1490 — Histone chaperone ASF1-like

结构域编号 domain_id	5c3iB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5c3iC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5c3iE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1490 — Histone chaperone ASF1-like

结构域编号 domain_id	5c3iF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5c3iG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5c3iI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1490 — Histone chaperone ASF1-like

结构域编号 domain_id	5c3iJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5c3iK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5c3iM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1490 — Histone chaperone ASF1-like

结构域编号 domain_id	5c3iN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5c3iO00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5c3iQ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1490 — Histone chaperone ASF1-like

结构域编号 domain_id	5c3iR00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5c3iS00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5c3iU00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1490 — Histone chaperone ASF1-like

结构域编号 domain_id	5c3iV00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5c3iW00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

▶

晶胞边长 a length_a	147.704 Å
晶胞边长 b length_b	147.704 Å
晶胞边长 c length_c	261.796 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	48.990 Å
R 因子 r_factor	0.2175
R_work r_work	0.2156
R_free r_free	0.2526

Crystal structure of the quaternary complex of histone H3-H4 heterodimer with chaperone ASF1 and the replicative helicase subunit MCM2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone chaperone ASF1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H3.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA replication licensing factor MCM2,MCM2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5c3i__assembly_3__model_1

5c3i__assembly_3__model_1 | I(q)

5c3i__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the quaternary complex of histone H3-H4 heterodimer with chaperone ASF1 and the replicative helicase subunit MCM2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone chaperone ASF1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA replication licensing factor MCM2,MCM2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5c3i__assembly_3__model_1

5c3i__assembly_3__model_1 | I(q)

5c3i__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)