SAXSdb — 5cbn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A × 1 （P38507） ;2,2'-ethyne-1,2-diylbis{5-[(chloroacetyl)amino]benzenesulfonic acid} ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MALE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–369； UniProt 27–392

mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

Staphylococcus aureus

UniProt P38507

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Maltose-binding periplasmic protein × 1 （P0AEX9） ;2,2'-ethyne-1,2-diylbis{5-[(chloroacetyl)amino]benzenesulfonic acid} ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPA_STAAU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 125–176； UniProt 218–269

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5cbn
沉积日期 deposition_date	2015-07-01
结构标题 title	Fusion protein of mbp3-16 and B4 domain of protein A from staphylococcal aureus with chemical cross-linker EY-CBS
关键词 keywords	Fusion, EY-CBS, alpha helix, cross-linker, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5cbn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5cbn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5cbn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.08 Å
Rg（电子密度）	31.05 Å
总 Rg	31.46 Å
原子数	4182
残基数	538
排除体积	74526 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5cbn__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Maltose-binding periplasmic protein
分子量 formula_weight	40572.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4295

MGMKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A
分子量 formula_weight	19115.4 kDa
突变 mutation	E126A, N129A, E133C, G147A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

SDLGKKLLEAAHAGQDDEVRILMANGADVNAMDNFGVTPLHLAAYWGHFEIVEVLLKYGADVNASDATGDTPLHLAAKWGYLGIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTAFDISIDNGNEDLAEILCKNKAQQAAFYCILHLPNLNEEQRNAFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;2,2'-ethyne-1,2-diylbis{5-[(chloroacetyl)amino]benzenesulfonic acid} ;
分子量 formula_weight	521.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	113

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5cbnb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5cbnA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	5cbnA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	5cbnB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

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晶胞边长 a length_a	64.282 Å
晶胞边长 b length_b	75.827 Å
晶胞边长 c length_c	111.352 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	42.085 Å
R 因子 r_factor	0.1982
R_work r_work	0.1927
R_free r_free	0.2596

Fusion protein of mbp3-16 and B4 domain of protein A from staphylococcal aureus with chemical cross-linker EY-CBS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5cbn__assembly_1__model_1

5cbn__assembly_1__model_1 | I(q)

5cbn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Fusion protein of mbp3-16 and B4 domain of protein A from staphylococcal aureus with chemical cross-linker EY-CBS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5cbn__assembly_1__model_1

5cbn__assembly_1__model_1 | I(q)

5cbn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)