5cf6

CRYSTAL STRUCTURE OF JANUS KINASE 2 IN COMPLEX WITH N,N-DICYCLOPROPYL-10-[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]-3-METHYL-7-(METHYLAMINO)-3,5,8,10-TETRAAZATRICYCLO [7.3.0.02,6]DODECA-1(9),2(6),4,7,11-PENTAENE-11-CARBOXAMIDE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase JAK2

Homo sapiens

UniProt O60674

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 839–1132 片段:CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 839-1132 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 50O N,N-dicyclopropyl-6-[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]-1-methyl-4-(methylamino)-1,6-dihydroimidazo[4,5-d]pyrrolo[2,3-b]pyridine-7-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;295 K;100MM MES BUFFER, 100MM NACL, 28% (W/V) PEG3350, 2MM DTT AND 200MM TRI-SODIUM CITRATE 分辨率 2.50 Å R-free 0.214
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 839–1132 片段:CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 839-1132 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 50O N,N-dicyclopropyl-6-[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]-1-methyl-4-(methylamino)-1,6-dihydroimidazo[4,5-d]pyrrolo[2,3-b]pyridine-7-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;295 K;100MM MES BUFFER, 100MM NACL, 28% (W/V) PEG3350, 2MM DTT AND 200MM TRI-SODIUM CITRATE 分辨率 2.50 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、250 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 JAK2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 22–315; UniProt 839–1132 作者链 B; PDB构建体 22–315; UniProt 839–1132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5cf6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5cf6
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5cf6
沉积日期 deposition_date2015-07-08
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF JANUS KINASE 2 IN COMPLEX WITH N,N-DICYCLOPROPYL-10-[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]-3-METHYL-7-(METHYLAMINO)-3,5,8,10-TETRAAZATRICYCLO [7.3.0.02,6]DODECA-1(9),2(6),4,7,11-PENTAENE-11-CARBOXAMIDE
关键词 keywordsKINASE, TRANSFERASE, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.98
零角强度 I(0) i075298000.00
分子量 molecular_weight68015.0 kDa
排除体积 excluded_volume84985 ų
包络体积 envelope_volume105530 ų
水化壳体积 shell_volume30822 ų
包络直径 envelope_diameter109.7
壳层 Rg shell_rg35.09
包络 Rg envelope_rg30.26
形状 Rg shape_rg29.97
总 Rg total_rg30.47
总原子数 total_atoms4781
残基数 n_residues575
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.5
Rg (实空间) rg_real30.61
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.96
I(0) (实空间) i0_real7.5300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal75290000.0000
解质量估计 total_estimate0.8436
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary103.5
偏度 Skewness skewness0.531
峰度 Kurtosis kurtosis-0.237
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21820000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.742; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.807; Smooth: 0.929

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5cf6a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5cf6b1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5cf6b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5cf6b3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5cf6A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id5cf6A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id5cf6B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id5cf6B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)