SAXSdb — 5csn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein S100-B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–92 链 B； UniProt 1–92	未记录	Ribosomal protein S6 kinase alpha-1 × 1 （Q15418） CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Hepes 7, 150 mM NaCl, 20% PEG6000	分辨率 2.95 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5CSN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MQ1 Ca2+-S100B-TRTK-12 complex 提交 2002-09-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–91（91 aa）链 B 1–91（91 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.05；308 K；离子强度（mmCIF原始值）35 mM KCl；压力 ambient NMR样品组成 U-13C, U-15N S100B (1.0 mM) unlabelled TRTK-12 (1.2 mM) 3 mM CaCl2 \| 90% H20, 10% D20 NMR样品组成 U-2H, U-15N S100B (0.35 mM) unlabelled TRTK-12 (0.80 mM) 1 mM CaCl2 \| 90% H20, 10% D20 NMR样品组成 U-13C, U-15N S100B (1.0 mM) 13C-acetyl, 13C-Ile TRTK-12 (1.2 mM) 3 mM CaCl2 \| 90% H20, 10% D20 NMR样品组成 U-13C/U-12C S100B heterodimer (1.0mM) Unlabelled TRTK-12 (1.2 mM) 3 mM CaCl2 \| 90% H20, 10% D20	分辨率未提供
1UWO CALCIUM FORM OF HUMAN S100B, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–91（91 aa）链 B 1–91（91 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.05；308 K	分辨率未提供
2H61 X-ray structure of human Ca2+-loaded S100B 提交 2006-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 0–91（92 aa）链 B 0–91（92 aa）链 C 0–91（92 aa）链 D 0–91（92 aa）链 E 0–91（92 aa）链 F 0–91（92 aa）链 G 0–91（92 aa）链 H 0–91（92 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 18 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；289 K；0.1 M HEPES, 18-20%PEG400, 0.2 M CaCl2, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.90 Å R-free 0.241
2M49 Structural Insights into Human S100B and Basic Fibroblast Growth Factor (FGF2) Interaction 提交 2013-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–92（91 aa）链 D 2–92（91 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.050；压力 ambient NMR样品组成 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] S100B-1, 20 mM TRIS-2, 50 mM ammonium sulfate-3, 5 mM calcium chloride-4, 5 mM DTT-5, 0.01 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2PRU NMR Structure of Human apoS100B at 10C 提交 2007-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–92（91 aa）链 B 2–92（91 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；283 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 ambient NMR样品组成 1-2 mM U-13C,U-15N S100B, 50 mM KCl, 90%H2O/10%D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM U-15N S100B, 50 mM KCl, 12 mg/ml PF1 Phage, 90%H2O/10%D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3CZT Crystal Structure of S100B in the Calcium and Zinc Loaded State at pH 9 提交 2008-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.02 M TAPS, pH 9.0, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.40 Å R-free 0.222
3D0Y Crystal Structure of S100B in the Calcium and Zinc Loaded State at pH 6.5 提交 2008-05-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M MES pH 6.5 21% PEG5000MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.50 Å R-free 0.261
3D10 Crystal Structure of S100B in the Calcium and Zinc Loaded State at pH 10.0 提交 2008-05-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；291 K；0.02 M CAPS pH 10.0, 23% PEG5000MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.65 Å R-free 0.275
3HCM Crystal structure of human S100B in complex with S45 提交 2009-05-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 S45 (3R)-3-[3-(4-chlorophenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]piperidine × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.1M sodium acetate, 0.02M calcium chloride, 45% methylpenthanediol, pH4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.311
4XYN X-ray structure of Ca(2+)-S100B with human RAGE-derived W61 peptide 提交 2015-02-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；0.1M Na cacodylate, pH 6.8, 25% w/v PEG 3350, 9mM CaCl2	分辨率 2.55 Å R-free 0.254
4XYN X-ray structure of Ca(2+)-S100B with human RAGE-derived W61 peptide 提交 2015-02-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–92（92 aa）链 D 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；0.1M Na cacodylate, pH 6.8, 25% w/v PEG 3350, 9mM CaCl2	分辨率 2.55 Å R-free 0.254
5CSF S100B-RSK1 crystal structure A 提交 2015-07-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Hepes 7, 150 mM NaCl, 20% PEG6000	分辨率 2.40 Å R-free 0.291
5CSI S100B-RSK1 crystal structure A' 提交 2015-07-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Hepes 7, 150 mM NaCl, 20% PEG6000	分辨率 2.13 Å R-free 0.250
5CSJ S100B-RSK1 crystal structure B 提交 2015-07-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Hepes 7, 150 mM NaCl, 20% PEG6000	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
5D7F X-ray structure of Ca(2+)-S100B with human RAGE-derived W72 peptide 提交 2015-08-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；100mM Na cacodylate pH 6.8, 22% w/v PEG 3350, 5mM CaCl2	分辨率 1.30 Å R-free 0.183

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S100B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–95； UniProt 1–92 作者链 B； PDB构建体 4–95； UniProt 1–92

Ribosomal protein S6 kinase alpha-1

Homo sapiens

UniProt Q15418

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 683–720	片段：UNP residues 683-720	Protein S100-B × 2 （P04271） CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Hepes 7, 150 mM NaCl, 20% PEG6000	分辨率 2.95 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5CSN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WNT Crystal Structure of the Human Ribosomal protein S6 kinase 提交 2009-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 413–719（307 aa）片段：RESIDUES 413-719 链 B 413–719（307 aa）片段：RESIDUES 413-719	未记录	NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% PEG 3350, 0.20M NA(FORM)	分辨率 2.40 Å R-free 0.240
2Z7Q Crystal structure of the N-terminal kinase domain of human RSK-1 bound to AMP-PCP 提交 2007-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–353（321 aa）片段：Residues 33-353	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；12-16% PEG MME 2000, 150mM DL-malic acid, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.283
2Z7R Crystal Structure of the N-terminal Kinase Domain of Human RSK1 bound to Staurosporine 提交 2007-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–353（321 aa）片段：Residues 33-353	未记录	STU STAUROSPORINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；12-16% PEG MME 2000, 150mM DL-malic acid, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.286
2Z7S Crystal Structure of the N-terminal Kinase Domain of Human RSK1 bound to Purvalnol A 提交 2007-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–353（321 aa）片段：Residues 33-353	未记录	P01 2-({6-[(3-CHLOROPHENYL)AMINO]-9-ISOPROPYL-9H-PURIN-2-YL}AMINO)-3-METHYLBUTAN-1-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；12-16% PEG MME 2000, 150mM DL-malic acid , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å
3RNY Crystal structure of human RSK1 C-terminal kinase domain 提交 2011-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–735（325 aa）片段：UNP residues 411-735	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；290 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 17.1%(w/v) PEG 3350, 4%(v/v) acetonitrile or 18%(w/v) PEG 3350, 100 mM ammonium formate, 4%(v/v) acetonitrile, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K	分辨率 2.70 Å R-free 0.238
3RNY Crystal structure of human RSK1 C-terminal kinase domain 提交 2011-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 411–735（325 aa）片段：UNP residues 411-735	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；290 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 17.1%(w/v) PEG 3350, 4%(v/v) acetonitrile or 18%(w/v) PEG 3350, 100 mM ammonium formate, 4%(v/v) acetonitrile, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K	分辨率 2.70 Å R-free 0.238
3RNY Crystal structure of human RSK1 C-terminal kinase domain 提交 2011-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 411–735（325 aa）片段：UNP residues 411-735 链 B 411–735（325 aa）片段：UNP residues 411-735	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；290 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 17.1%(w/v) PEG 3350, 4%(v/v) acetonitrile or 18%(w/v) PEG 3350, 100 mM ammonium formate, 4%(v/v) acetonitrile, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K	分辨率 2.70 Å R-free 0.238
3TEI Crystal structure of human ERK2 complexed with a MAPK docking peptide 提交 2011-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 712–735（24 aa）片段：C-TERMINAL DOCKING PEPTIDE, RESIDUES 712-735	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；296 K；27-29% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
4H3P Crystal structure of human ERK2 complexed with a MAPK docking peptide 提交 2012-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 712–735（24 aa）片段：C-TERMINAL DOCKING PEPTIDE, UNP residues 712-735	突变：S719A, Q724A	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；25-30% PEG6000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.30 Å R-free 0.224
4H3P Crystal structure of human ERK2 complexed with a MAPK docking peptide 提交 2012-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 712–735（24 aa）片段：C-TERMINAL DOCKING PEPTIDE, UNP residues 712-735	突变：S719A, Q724A	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；25-30% PEG6000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.30 Å R-free 0.224
4NIF Heterodimeric structure of ERK2 and RSK1 提交 2013-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 411–735（325 aa）片段：C-terminal kinase domain, UNP residues 411-735 链 D 411–735（325 aa）片段：C-terminal kinase domain, UNP residues 411-735	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.25；296 K；0.1M MES, 15% PEG4000, 0.125M (NH4)2SO4, 2% Benzamidine, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.15 Å R-free 0.208
5CSF S100B-RSK1 crystal structure A 提交 2015-07-23	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 683–735（53 aa）片段：UNP residues 683-735	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Hepes 7, 150 mM NaCl, 20% PEG6000	分辨率 2.40 Å R-free 0.291
5CSI S100B-RSK1 crystal structure A' 提交 2015-07-23	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 689–735（47 aa）片段：UNP residues 689-735	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Hepes 7, 150 mM NaCl, 20% PEG6000	分辨率 2.13 Å R-free 0.250
5CSJ S100B-RSK1 crystal structure B 提交 2015-07-23	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 696–735（40 aa）片段：UNP residues 696-735	未记录	CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Hepes 7, 150 mM NaCl, 20% PEG6000	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
5N7D MAGI-1 complexed with a RSK1 peptide 提交 2017-02-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 697–744（48 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；296 K；8% PEG 400, 100 mM acetate buffer	分辨率 2.30 Å R-free 0.227
5N7F MAGI-1 complexed with a pRSK1 peptide 提交 2017-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 688–735（48 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；296 K；14% PEG 8000, 200 mM MgCl2, 100 mM TRIS	分辨率 2.30 Å R-free 0.240
5N7G MAGI-1 complexed with a synthetic pRSK1 peptide 提交 2017-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 729–735（7 aa）片段：UNP residues 88-94	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；296 K；14% PEG 8000, 200 mM MgCl2, 100 mM TRIS	分辨率 2.95 Å R-free 0.264
5V61 Phospho-ERK2 bound to bivalent inhibitor SBP2 提交 2017-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 713–729（17 aa）片段：UNP Q15418 residues 713-729, UNP P04608 residues 730-738	未记录	GOL GLYCEROL × 3 FRZ 5-(2-PHENYLPYRAZOLO[1,5-A]PYRIDIN-3-YL)-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDAZIN-3-AMINE × 1 90A 2-oxo-6,9,12,15-tetraoxa-3-azaoctadecan-18-oic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 45% v/v polypropylene glycol P400	分辨率 2.20 Å R-free 0.212
5V62 Phospho-ERK2 bound to bivalent inhibitor SBP3 提交 2017-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 713–729（17 aa）片段：UNP residues 713-729	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 5 FRZ 5-(2-PHENYLPYRAZOLO[1,5-A]PYRIDIN-3-YL)-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDAZIN-3-AMINE × 1 AKS N-(hex-5-yn-1-yl)hexanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-Bicine pH 8.5, 0.02 M each of 1,6-Hexanediol, 1-Butanol, 1,2-Propanediol, 2-Propanol, 1,4-Butanediol, 1,3-Propanediol, 20% v/v PEG550MME, 10% w/v PEG20,000	分辨率 1.90 Å R-free 0.203
7P74 The PDZ domain of SYNJ2BP complexed with the phosphorylated PDZ-binding motif of RSK1 提交 2021-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 725–735（11 aa）	突变：N-terminal biotin-ttds label 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM ammonium sulfate, 100mM sodium formate, 25% PEG smear broad	分辨率 1.90 Å R-free 0.211
7PC8 The PDZ domain of SNTG1 complexed with the phosphomimetic mutant PDZ-binding motif of RSK1 提交 2021-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 726–735（10 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M Lithium sulfate, 0.05 M Magnesium chloride hexahydrate ,0.1 M HEPES 7.8, 20 % v/v PEG Smear High	分辨率 2.50 Å R-free 0.232
7PC8 The PDZ domain of SNTG1 complexed with the phosphomimetic mutant PDZ-binding motif of RSK1 提交 2021-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 726–735（10 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M Lithium sulfate, 0.05 M Magnesium chloride hexahydrate ,0.1 M HEPES 7.8, 20 % v/v PEG Smear High	分辨率 2.50 Å R-free 0.232
7QQL The PDZ domain of SNTG2 complexed with the phosphorylated PDZ-binding motif of RSK1 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 725–735（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Succinic acid pH 7.0 15% w/v PEG 3350	分辨率 2.44 Å R-free 0.230
7QQL The PDZ domain of SNTG2 complexed with the phosphorylated PDZ-binding motif of RSK1 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 725–735（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Succinic acid pH 7.0 15% w/v PEG 3350	分辨率 2.44 Å R-free 0.230
7QQL The PDZ domain of SNTG2 complexed with the phosphorylated PDZ-binding motif of RSK1 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 725–735（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Succinic acid pH 7.0 15% w/v PEG 3350	分辨率 2.44 Å R-free 0.230
8WF4 The Crystal Structure of RSK1 from Biortus. 提交 2023-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–735（325 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Hepes pH7.0, 15% PEG 20000	分辨率 2.65 Å R-free 0.309
8WF4 The Crystal Structure of RSK1 from Biortus. 提交 2023-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 411–735（325 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Hepes pH7.0, 15% PEG 20000	分辨率 2.65 Å R-free 0.309
8XOV The Crystal Structure of N-terminal kinase domain of human RSK-1 from Biortus. 提交 2024-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–353（321 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MgAC2, 0.1M Nacacodylate pH6.5, 15% PEG 6000	分辨率 2.55 Å R-free 0.252

共 21 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KS6A1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–40； UniProt 683–720

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5csn
沉积日期 deposition_date	2015-07-23
结构标题 title	S100B-RSK1 crystal structure C
关键词 keywords	S100, Kinase, Signaling, Inhibitor, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.07 Å
零角强度 I(0) i0	10072400.00
分子量 molecular_weight	22607.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27874 Å³
包络体积 envelope_volume	33334 Å³
水化壳体积 shell_volume	16527 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.0 Å
壳层 Rg shell_rg	22.97 Å
包络 Rg envelope_rg	17.30 Å
形状 Rg shape_rg	17.09 Å
总 Rg total_rg	17.97 Å
总原子数 total_atoms	1576
残基数 n_residues	204
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.3 Å
Rg (实空间) rg_real	18.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10070000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8088
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.215
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.341
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein S100-B
分子量 formula_weight	11009.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1576

GSHMSELEKAMVALIDVFHQYSGREGDKHKLKKSELKELINNELSHFLEEIKEQEVVDKVMETLDNDGDGECDFQEFMAFVAMVTTACHEFFEHE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
分子量 formula_weight	4203.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSQSQLSHQDLQLVKGAMAATYSALNSSKPTPQLKPIESS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5csna1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.2 — S100 proteins

结构域编号 domain_id	d5csna2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5csnb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.2 — S100 proteins

结构域编号 domain_id	d5csnb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5csnA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	5csnB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	36.790 Å
晶胞边长 b length_b	39.930 Å
晶胞边长 c length_c	178.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	44.585 Å
R 因子 r_factor	0.2526
R_work r_work	0.2514
R_free r_free	0.2785

fit	/app/data/saxs_computation/cs/5csn/5csn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cs/5csn/5csn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cs/5csn/5csn.dat

S100B-RSK1 crystal structure C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein S100-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribosomal protein S6 kinase alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)