SAXSdb — 5cx3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–121 链 C； UniProt 1–121	未记录	FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1 × 2 （Q9BQS8） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES sodium	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–121 链 D； UniProt 1–121	未记录	FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1 × 2 （Q9BQS8） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES sodium	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–121 链 B； UniProt 1–121 链 C； UniProt 1–121 链 D； UniProt 1–121	未记录	FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1 × 4 （Q9BQS8） GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES sodium	分辨率 2.30 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5CX3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3ECI Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha isoform A (MAP1ALC3) 提交 2008-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；32 % PEG 4000, 0.1 M NA ACETATE, PH 4.50, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, CRYOPROTECTION 20% GLYCEROL, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.304
3ECI Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha isoform A (MAP1ALC3) 提交 2008-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；32 % PEG 4000, 0.1 M NA ACETATE, PH 4.50, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, CRYOPROTECTION 20% GLYCEROL, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.304
3WAL Crystal structure of human LC3A_2-121 提交 2013-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–121（120 aa）	未记录	MLT D-MALATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
3WAN Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2013-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–121（120 aa）片段：UNP RESIDUES 436-447, 2-121 链 B 2–121（120 aa）片段：UNP RESIDUES 436-447, 2-121	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；12% MPD, 0.1M Sodium chloride, 0.1M Sodium acetate trihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.77 Å R-free 0.227
4ZDV Crystal structure of LC3 in complex with FAM134B LIR 提交 2015-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–120（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8% Tacsimate (Hampton Research) pH 8.0, 20% Poly ethylene glycol 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–121（120 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–121（120 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–121（120 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–121（120 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
6TBE LC3A in complex with (3R,4S,5R,6R)-5-hydroxy-6-((4-hydroxy-3-(4-hydroxy-3-isopentylbenzamido)-8-methyl-2-oxo-2H-chromen-7-yl)oxy)-3-methoxy-2,2-dimethyltetrahydro-2H-pyran-4-yl carbamate 提交 2019-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–119（116 aa）	未记录	NOV NOVOBIOCIN × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M ammoniumnitrat and 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.67 Å R-free 0.212
7R9W LC3A in complex with Fragment 1-1 提交 2021-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	JO4 4-phenoxybenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Sodium formate, 20% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.213
7R9Z LC3A in complex with Fragment 2-3 提交 2021-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	2LZ (5-fluoro-1H-indol-3-yl)acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Sodium formate, 20% PEG 3350	分辨率 1.72 Å R-free 0.218
7RA0 LC3A in complex with Fragment 2-10 提交 2021-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	2JI (5-ethyl-2-methyl-1H-indol-3-yl)acetic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Sodium formate, 20% PEG 3350	分辨率 1.36 Å R-free 0.201
8T2L Crystal structure of LC3A in complex with the LIR of NSs4 提交 2023-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–121（121 aa）片段：GS is the remain of the removed expression tag. The N terminus of Nss has been fused with Q9H492 to facilitate the crystalization.	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M Na-citrate, 5% Isopropanol, 0.1M MES buffer PH 6.5	分辨率 2.24 Å R-free 0.276
8T2L Crystal structure of LC3A in complex with the LIR of NSs4 提交 2023-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–121（121 aa）片段：GS is the remain of the removed expression tag. The N terminus of Nss has been fused with Q9H492 to facilitate the crystalization.	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M Na-citrate, 5% Isopropanol, 0.1M MES buffer PH 6.5	分辨率 2.24 Å R-free 0.276
8T35 Crystal structure of K51 acetylated LC3A in complex with the LIR of TP53INP2/DOR 提交 2023-06-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG4000, 0.1M Na-citrate pH 5.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.259
8T36 Crystal structure of K49 acetylated LC3A in complex with the LIR of TP53INP2/DOR 提交 2023-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–121（121 aa）片段：;GS is the remain of the removed expression tag. TP53INP2 Q8IXH6 peptide is fused to the N- terminal of the Q9H492 to facilitate the crystallization. ;	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；15% PEG3350, 0.1M Na-citrate, 5% isopropanol, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.258
8T4T Crystal structure of LC3A in complex with the LIR of TP53INP2/DOR 提交 2023-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12.5% PEG3350, 0.2M NH4-citrate, 5% isopropanol, 0.1M MES pH6.5	分辨率 2.36 Å R-free 0.272
8T4T Crystal structure of LC3A in complex with the LIR of TP53INP2/DOR 提交 2023-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12.5% PEG3350, 0.2M NH4-citrate, 5% isopropanol, 0.1M MES pH6.5	分辨率 2.36 Å R-free 0.272

共 13 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MLP3A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121 作者链 B； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121 作者链 C； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121 作者链 D； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1

Homo sapiens

UniProt Q9BQS8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1273–1298 链 G； UniProt 1273–1298	未记录	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A × 2 （Q9H492） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES sodium	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1273–1298 链 H； UniProt 1273–1298	未记录	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A × 2 （Q9H492） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES sodium	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1273–1298 链 F； UniProt 1273–1298 链 G； UniProt 1273–1298 链 H； UniProt 1273–1298	未记录	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A × 4 （Q9H492） GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES sodium	分辨率 2.30 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5CX3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5D94 Crystal structure of LC3-LIR peptide complex 提交 2015-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1276–1288（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Potassium thiocyanate, 30%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2000	分辨率 1.53 Å R-free 0.215
7BQI Crystal structure of FYCO1 RUN domain 提交 2020-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–178（178 aa）片段：RUN domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% (w/v) PEG 3350, 180mM tri-ammonium citrate	分辨率 1.30 Å R-free 0.240

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FYCO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–26； UniProt 1273–1298 作者链 F； PDB构建体 1–26； UniProt 1273–1298 作者链 G； PDB构建体 1–26； UniProt 1273–1298 作者链 H； PDB构建体 1–26； UniProt 1273–1298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5cx3
沉积日期 deposition_date	2015-07-28
结构标题 title	Crystal structure of FYCO1 LIR in complex with LC3A
关键词 keywords	autophagy adaptor, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.45 Å
零角强度 I(0) i0	67410000.00
分子量 molecular_weight	64801.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81340 Å³
包络体积 envelope_volume	107240 Å³
水化壳体积 shell_volume	30754 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.58 Å
包络 Rg envelope_rg	27.97 Å
形状 Rg shape_rg	28.43 Å
总 Rg total_rg	29.36 Å
总原子数 total_atoms	4571
残基数 n_residues	553
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.4 Å
Rg (实空间) rg_real	29.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	67410000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9098
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	44.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.120
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.638
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
分子量 formula_weight	14293.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4713

MPSDRPFKQRRSFADRCKEVQQIRDQHPSKIPVIIERYKGEKQLPVLDKTKFLVPDHVNMSELVKIIRRRLQLNPTQAFFLLVNQHSMVSVSTPIADIYEQEKDEDGFLYMVYASQETFGF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	3376.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

RPPDDAVFDIITDEELCQIQESGSSLVPRGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	95

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5cx3a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d5cx3b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d5cx3c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d5cx3d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5cx3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5cx3B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5cx3C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5cx3D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.426 Å
晶胞边长 b length_b	115.257 Å
晶胞边长 c length_c	73.517 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	34.615 Å
R 因子 r_factor	0.1811
R_work r_work	0.1776
R_free r_free	0.2445

fit	/app/data/saxs_computation/cx/5cx3/5cx3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cx/5cx3/5cx3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cx/5cx3/5cx3.dat

Crystal structure of FYCO1 LIR in complex with LC3A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)