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5d0k

Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 160.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

Homo sapiens

UniProt P62837

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–147 突变：C21S, C85K, C107S, C111S RING finger protein 165 × 1 （Q6ZSG1） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.238
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–147 突变：C21S, C85K, C107S, C111S RING finger protein 165 × 1 （Q6ZSG1） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.238
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 1–147 突变：C21S, C85K, C107S, C111S RING finger protein 165 × 1 （Q6ZSG1） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.238
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 J； UniProt 1–147 突变：C21S, C85K, C107S, C111S RING finger protein 165 × 1 （Q6ZSG1） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5D0K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2CLW Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme UbcH5B 提交 2006-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–147（147 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；150 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE [PH 4.6], 25% W/V PEG MME 2000
分辨率 1.95 Å R-free 0.255
2CLW Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme UbcH5B 提交 2006-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–147（147 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；150 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE [PH 4.6], 25% W/V PEG MME 2000
分辨率 1.95 Å R-free 0.255
2CLW Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme UbcH5B 提交 2006-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–147（147 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；150 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE [PH 4.6], 25% W/V PEG MME 2000
分辨率 1.95 Å R-free 0.255
2CLW Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme UbcH5B 提交 2006-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–147（147 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；150 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE [PH 4.6], 25% W/V PEG MME 2000
分辨率 1.95 Å R-free 0.255
2ESK Human Ubiquitin-Conjugating Enzyme (E2) UbcH5b, wild-type 提交 2005-10-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–147（147 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；NaCl, PEG 6000, Sodium Acetate, temperature 294K, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.36 Å R-free 0.224
2ESO Human Ubiquitin-Conjugating Enzyme (E2) UbcH5b mutant Ile37Ala 提交 2005-10-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：I37A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；NaCl, PEG 6000, Sodium Acetate, temperature 294K, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.50 Å R-free 0.219
2ESP Human ubiquitin-conjugating enzyme (E2) UbcH5b mutant Ile88Ala 提交 2005-10-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：I88A CL CHLORIDE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；NaCl, PEG 6000, Sodium Acetate, temperature 294K, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.52 Å R-free 0.233
2ESQ Human Ubiquitin-Conjugating Enzyme (E2) UbcH5b mutant Ser94Gly 提交 2005-10-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：S94G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；NaCl, PEG 6000, Sodium Acetate, temperature 294K, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.44 Å R-free 0.205
3A33 UbcH5b~Ubiquitin Conjugate 提交 2009-06-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–147（147 aa）
突变：C85S GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；2.0M NaCl, 0.1M Potassium acetate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.280
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–147（146 aa）
突变：L3S, C85S, T98K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–147（146 aa）
突变：L3S, C85S, T98K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–147（146 aa）
突变：L3S, C85S, T98K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.287
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–147（146 aa）
突变：L3S, C85S, T98K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.287
3L1Y Crystal structure of human UBC4 E2 conjugating enzyme 提交 2009-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–147（147 aa） 片段：residues 1-147
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.60 Å R-free 0.229
3TGD Crystal structure of the human ubiquitin-conjugating enzyme (E2) UbcH5b 提交 2011-08-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–147（147 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.8M potassium phosphate, 0.8M sodium phosphate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.203
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–147（146 aa） 片段：RESIDUES 2-147
突变：YES ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 2–147（146 aa） 片段：RESIDUES 2-147
突变：YES ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 K 2–147（146 aa） 片段：RESIDUES 2-147
突变：YES ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 O 2–147（146 aa） 片段：RESIDUES 2-147
突变：YES ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
4A49 Structure of phosphoTyr371-c-Cbl-UbcH5B complex 提交 2011-10-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 291 K；20% (W/V) PEG 3350 AND 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE AT 18 DEGREES CELSIUS.
分辨率 2.21 Å R-free 0.205
4A4B Structure of modified phosphoTyr371-c-Cbl-UbcH5B-ZAP-70 complex 提交 2011-10-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；31-35% PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE (5/4 PO/OH), 0.2 M KCL, 50 MM HEPES, PH 7.5
分辨率 2.79 Å R-free 0.267
4A4C Structure of phosphoTyr371-c-Cbl-UbcH5B-ZAP-70 complex 提交 2011-10-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；50 MM HEPES, PH 7.5, 0.2 M KCL AND 31-35% (V/V) PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE (5/4 PO/OH) AT 4 DEGREES CELSIUS.
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
4AUQ Structure of BIRC7-UbcH5b-Ub complex. 提交 2012-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–147（147 aa） 片段：UBCH5B, RESIDUES 1-147
链 D 1–147（147 aa） 片段：UBCH5B, RESIDUES 1-147
突变：YES 突变：YES ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.18 Å R-free 0.249
4DDG Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub 提交 2012-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–147（147 aa）
链 B 1–147（147 aa）
链 C 1–147（147 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG1500, 0.1 M SPG, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.280
4DDG Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub 提交 2012-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 J 1–147（147 aa）
链 K 1–147（147 aa）
链 L 1–147（147 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG1500, 0.1 M SPG, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.280
4DDI Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub 提交 2012-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–147（147 aa）
链 B 1–147（147 aa）
链 C 1–147（147 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；25% PEG1500, 0.1 M SPG, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.80 Å R-free 0.273
4LDT The structure of h/ceOTUB1-ubiquitin aldehyde-UBCH5B~Ub 提交 2013-06-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–147（147 aa）
突变：C85S EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；1:1 mix of 12 mg/mL purified complex and well solution (100 mM Bis-Tris, pH 6.0, 200 mM magnesium chloride, 22% PEG3350), crystals appeared in about 2 to 3 days, cryoprotection with well solution + 10% ethylene glycol, flash frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.90 Å R-free 0.223
4V3K RNF38-UbcH5B-UB complex 提交 2014-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 2–147（146 aa） 片段：RESIDUES 2-147
突变：YES CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 50 MM TRIS-HCL, PH 8.5 AND 2.3 M AMMONIUM SULFATE
分辨率 2.04 Å R-free 0.223
4V3K RNF38-UbcH5B-UB complex 提交 2014-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–147（146 aa） 片段：RESIDUES 2-147
突变：YES CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 50 MM TRIS-HCL, PH 8.5 AND 2.3 M AMMONIUM SULFATE
分辨率 2.04 Å R-free 0.223
4V3L RNF38-UB-UbcH5B-Ub complex 提交 2014-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–147（146 aa） 片段：RESIDUES 2-147
突变：YES EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 50 MM HEPES, PH 7.5, 0.2 M MAGNESIUM ACETATE AND 13% (W/V) PEG 8K
分辨率 1.53 Å R-free 0.193
4WZ3 Crystal structure of the complex between LubX/LegU2/Lpp2887 U-box 1 and Homo sapiens UBE2D2 提交 2014-11-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：C85S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；15 mg/ml of E2D2.(C85S)-Ub conjugate and an equimolar concentration of LubX (1-186), 0.2 M sodium tartrate, 0.1 M Tris-Cl (pH 8.5) and 25% PEG3350
分辨率 2.70 Å R-free 0.223
5D0M Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 1.91 Å R-free 0.213
5D1K Crystal Structure of UbcH5B in Complex with the RING-U5BR Fragment of AO7 提交 2015-08-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–147（147 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 OXL OXALATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；20% PEG-10000, 8% ethylene glycol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.78 Å R-free 0.202
5D1L Crystal Structure of UbcH5B in Complex with the RING-U5BR Fragment of AO7 (Y165A) 提交 2015-08-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–147（147 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 OXL OXALATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；15% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.62 Å R-free 0.200
5D1M Crystal Structure of UbcH5B in Complex with the RING-U5BR Fragment of AO7 (P199A) 提交 2015-08-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–147（147 aa）
未记录 OXL OXALATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；20% PEG 10000, 8% Ethylene glycol, 0.1M HEPS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.58 Å R-free 0.223
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–147（146 aa）
突变：S22R, C85K ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 2–147（146 aa）
链 D 2–147（146 aa）
突变：S22R, C85K 突变：S22R, C85K ZN ZINC ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 2–147（146 aa）
突变：S22R, C85K ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 I 2–147（146 aa）
突变：S22R, C85K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5MNJ Structure of MDM2-MDMX-UbcH5B-ubiquitin complex 提交 2016-12-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–147（147 aa）
突变：S22R, C85K ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.175 M Li2SO4 and 16-20 %(v/v) PEG 3350
分辨率 2.16 Å R-free 0.231
5MNJ Structure of MDM2-MDMX-UbcH5B-ubiquitin complex 提交 2016-12-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–147（147 aa）
突变：S22R, C85K ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.175 M Li2SO4 and 16-20 %(v/v) PEG 3350
分辨率 2.16 Å R-free 0.231
5ULF Crystal Structure of a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；100 mM bis-Tris pH 5.5, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.261
5ULF Crystal Structure of a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–147（147 aa）
突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；100 mM bis-Tris pH 5.5, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.261
5ULH Structure of RNF165 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：C21S, C85K, C107S, C111S GOL GLYCEROL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；200 mM potassium thiocyanate, 20% PEG 3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.217
5ULK Crystal Structure of RNF165 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：C21S, C85K, C107S, C111S ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；200 mM ammonium nitrate, 20% PEG 3350
分辨率 2.38 Å R-free 0.267
5VZW TRIM23 RING domain in complex with UbcH5-Ub 提交 2017-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–147（147 aa）
链 B 1–147（147 aa）
突变：S22R,C85K 突变：S22R,C85K ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M calcium chloride, 17% w/v PEG3350
分辨率 2.28 Å R-free 0.237
5ZBU Crystal Structure of PA-TM-RING E3 ligase RNF13 RING domain in complex with E2~Ub 提交 2018-02-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–147（147 aa）
突变：C85K ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES monohydrate, 14% PEG 4000
分辨率 3.20 Å R-free 0.262
5ZBU Crystal Structure of PA-TM-RING E3 ligase RNF13 RING domain in complex with E2~Ub 提交 2018-02-12 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–147（147 aa）
突变：C85K ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES monohydrate, 14% PEG 4000
分辨率 3.20 Å R-free 0.262
6HPR Crystal structure of cIAP1 RING domain bound to UbcH5B-Ub and a non-covalent Ub 提交 2018-09-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M ammonium fluoride and 15% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.197
6M2C Distinct mechanism of MUL1-RING domain simultaneously recruiting E2 enzyme and the substrate p53-TAD domain 提交 2020-02-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.70 Å R-free 0.258
6M2C Distinct mechanism of MUL1-RING domain simultaneously recruiting E2 enzyme and the substrate p53-TAD domain 提交 2020-02-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.70 Å R-free 0.258
6M2C Distinct mechanism of MUL1-RING domain simultaneously recruiting E2 enzyme and the substrate p53-TAD domain 提交 2020-02-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.70 Å R-free 0.258
6M2C Distinct mechanism of MUL1-RING domain simultaneously recruiting E2 enzyme and the substrate p53-TAD domain 提交 2020-02-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.70 Å R-free 0.258
6SQO Crystal structure of human MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2019-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 2–147（146 aa）
链 E 2–147（146 aa）
突变：S22R, C85K 突变：S22R, C85K ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 NO3 NITRATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1 M SPG, pH 7.0, 10% (w/v) PEG Smear Broad, 0.15 M NH4NO3
分辨率 1.41 Å R-free 0.173
6SQR Crystal structure of Cat MDM2-S429E RING domain bound to UbcH5B-Ub 提交 2019-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–147（146 aa）
链 E 2–147（146 aa）
链 H 2–147（146 aa）
链 K 2–147（146 aa）
突变：S22R, C85K 突变：S22R, C85K 突变：S22R, C85K 突变：S22R, C85K EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 ZN ZINC ION × 8 NO3 NITRATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 20% (v/v) PEG Smear High
分辨率 2.18 Å R-free 0.227
6SQS Crystal structure of cat phospho-Ser429 MDM2 RING domain bound to UbcH5B-Ub 提交 2019-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 2–147（146 aa）
链 E 2–147（146 aa）
突变：S22R, C85K 突变：S22R, C85K ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 15% (w/v) PEG 2000 MME and 0.1 M KCl
分辨率 1.83 Å R-free 0.242
6TTU Ubiquitin Ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase at 3.7A resolution: NEDD8-CUL1-RBX1 N98R-SKP1-monomeric b-TRCP1dD-IkBa-UB~UBE2D2 提交 2019-12-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 D 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.70 Å
6W7Z RNF12 RING domain in complex with Ube2d2 提交 2020-03-19 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–147（147 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15-20% PEG 3350, 100-200 mM ammonium formate
分辨率 1.80 Å R-free 0.211
6W9D RNF12 RING domain in complex with a Ube2d2~Ub conjugate 提交 2020-03-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S ZN ZINC ION × 2 IOD IODIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；15-20% PEG 3350, 200-400 mM NaI
分辨率 3.19 Å R-free 0.281
6W9D RNF12 RING domain in complex with a Ube2d2~Ub conjugate 提交 2020-03-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–147（147 aa）
突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S ZN ZINC ION × 2 IOD IODIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；15-20% PEG 3350, 200-400 mM NaI
分辨率 3.19 Å R-free 0.281
6W9D RNF12 RING domain in complex with a Ube2d2~Ub conjugate 提交 2020-03-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–147（147 aa）
突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S ZN ZINC ION × 2 IOD IODIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；15-20% PEG 3350, 200-400 mM NaI
分辨率 3.19 Å R-free 0.281
7AI0 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 1) 提交 2020-09-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 BBB 1–147（147 aa）
突变：S22R, C85K CL CHLORIDE ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris, 0.075 M NaOAc, 0.1 M NaCl, 15 % w/v PEG Smear Medium
分辨率 1.56 Å R-free 0.185
7AI0 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 1) 提交 2020-09-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 EEE 1–147（147 aa）
突变：S22R, C85K CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris, 0.075 M NaOAc, 0.1 M NaCl, 15 % w/v PEG Smear Medium
分辨率 1.56 Å R-free 0.185
7AI1 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 2) 提交 2020-09-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 BBB 1–147（147 aa）
突变：S22R, C85K CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.2 M NH4NO3, 20 % w/v PEG Smear Broad
分辨率 2.07 Å R-free 0.266
7AI1 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 2) 提交 2020-09-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 EEE 1–147（147 aa）
突变：S22R, C85K CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.2 M NH4NO3, 20 % w/v PEG Smear Broad
分辨率 2.07 Å R-free 0.266
7BOL ubiquitin-conjugating enzyme, Ube2D2 提交 2020-03-19 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–147（147 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.5 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium citrate pH 5.6 1.0 M Lithium sulfate
分辨率 1.80 Å R-free 0.219
7R71 Crystal Structure of the UbArk2C-UbcH5b~Ub complex 提交 2021-06-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–147（147 aa）
突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M MMT pH 6.0, 25% w/v PEG 1500
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
8B3I CRL4CSA-E2-Ub (state 2) 提交 2022-09-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8GBQ Structure of RNF125 in complex with UbcH5b 提交 2023-02-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–147（147 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；289 K；0.1 M CHES 9.5 20% PEG 8000
分辨率 1.74 Å R-free 0.201
8GCB Structure of RNF125 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2023-03-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 9；289 K；0.1 M BICINE pH 9.0, 20% PEG 6000
分辨率 2.39 Å R-free 0.271
8JWJ PHD Finger Protein 7 (PHF7) in complex with UBE2D2 提交 2023-06-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–147（147 aa）
突变：S22R, C85K ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；277 K；MPD, Tris
分辨率 2.96 Å R-free 0.222
8JWJ PHD Finger Protein 7 (PHF7) in complex with UBE2D2 提交 2023-06-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–147（147 aa）
突变：S22R, C85K ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；277 K；MPD, Tris
分辨率 2.96 Å R-free 0.222
8JWU PHD Finger Protein 7 (PHF7) fused to UBE2D2 via a (GSGG)3 linker 提交 2023-06-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：S346R,C409K ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG8000, DMSO, MOPS
分辨率 3.58 Å R-free 0.265
8JWU PHD Finger Protein 7 (PHF7) fused to UBE2D2 via a (GSGG)3 linker 提交 2023-06-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–147（147 aa）
突变：S346R,C409K ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG8000, DMSO, MOPS
分辨率 3.58 Å R-free 0.265
8JWU PHD Finger Protein 7 (PHF7) fused to UBE2D2 via a (GSGG)3 linker 提交 2023-06-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–147（147 aa）
突变：S346R,C409K ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG8000, DMSO, MOPS
分辨率 3.58 Å R-free 0.265
8V0D Ubch5B-RING3 of MIB1 fusion structure 提交 2023-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–147（147 aa）
链 B 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；4% v/v TacsimateTM pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.40 Å R-free 0.243
8VK8 Structure of UbV.d2.1 in complex with Ube2d2 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：C21S, C107S, and C111S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.6, 20% w/v PEG 4000, 20% v/v 2-Propanol
分辨率 2.99 Å R-free 0.295
8VK8 Structure of UbV.d2.1 in complex with Ube2d2 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–147（147 aa）
突变：C21S, C107S, and C111S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.6, 20% w/v PEG 4000, 20% v/v 2-Propanol
分辨率 2.99 Å R-free 0.295
8VK8 Structure of UbV.d2.1 in complex with Ube2d2 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–147（147 aa）
突变：C21S, C107S, and C111S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.6, 20% w/v PEG 4000, 20% v/v 2-Propanol
分辨率 2.99 Å R-free 0.295
8VK9 Structure of UbV.d2.3 in complex with Ube2d2-S22R 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：C21S, S22R, C107S, C111S GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 20,000
分辨率 2.00 Å R-free 0.224
8VK9 Structure of UbV.d2.3 in complex with Ube2d2-S22R 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–147（147 aa）
突变：C21S, S22R, C107S, C111S GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 20,000
分辨率 2.00 Å R-free 0.224
8VK9 Structure of UbV.d2.3 in complex with Ube2d2-S22R 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–147（147 aa）
突变：C21S, S22R, C107S, C111S GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 20,000
分辨率 2.00 Å R-free 0.224
8VK9 Structure of UbV.d2.3 in complex with Ube2d2-S22R 提交 2024-01-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–147（147 aa）
突变：C21S, S22R, C107S, C111S GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 20,000
分辨率 2.00 Å R-free 0.224
9DNS Cryo-EM structure of Tom1-UBE2D2-ubiquitin complex 提交 2024-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–147（147 aa）
链 E 1–147（147 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；30 mM HEPES pH 7.2, 200 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, 0.2 mM CHAPSO
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO detergent added to final conc. of 0.2 mM. Sample applied twice.
分辨率 2.80 Å
9GLS Crystal Structure of Human UBCH5B C85E 提交 2024-08-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 AAA 1–147（147 aa）
突变：C85E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；10% PEG 200, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 9, 15% PEG 8000
分辨率 1.25 Å R-free 0.211
9Q8Y Structure of RNF38 RING with linchpin mutant R454Y in complex with Ubch5B-Ub 提交 2025-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–147（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Imidazole pH 8.0, 10% PEG 8000
分辨率 2.63 Å R-free 0.275
9Q8Y Structure of RNF38 RING with linchpin mutant R454Y in complex with Ubch5B-Ub 提交 2025-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–147（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Imidazole pH 8.0, 10% PEG 8000
分辨率 2.63 Å R-free 0.275
9YE9 Structure of UbcH5b in complex with the U-box domain of the E3 ubiquitin ligase CHIP 提交 2025-09-23 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：M1K, C85K BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 5 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Potassium chloride, 0.1 M PIPES, 20 % v/v PEG Smear Medium
分辨率 2.01 Å R-free 0.288
9YEA Structure of the isopeptide bond-linked UbcH5b~Ubiquitin conjugate complex for an M1K/C85K UbcH5b mutant 提交 2025-09-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–147（147 aa）
突变：M1K, C85K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M Sodium Citrate, 20 % (w/v) PEG 3000
分辨率 1.83 Å R-free 0.239

共 57 个其他 PDB 条目、89 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UB2D2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–152； UniProt 1–147 作者链 D； PDB构建体 6–152； UniProt 1–147 作者链 G； PDB构建体 6–152； UniProt 1–147 作者链 J； PDB构建体 6–152； UniProt 1–147

RING finger protein 165

Homo sapiens

UniProt Q6ZSG1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 255–346 片段：UNP residues 255-346 突变：del273-277 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 × 1 （P62837） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.238
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 255–346 片段：UNP residues 255-346 突变：del273-277 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 × 1 （P62837） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.238
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 I； UniProt 255–346 片段：UNP residues 255-346 突变：del273-277 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 × 1 （P62837） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.238
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 L； UniProt 255–346 片段：UNP residues 255-346 突变：del273-277 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 × 1 （P62837） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5D0K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5D0I Structure of RING finger protein 165 提交 2015-08-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 255–346（92 aa） 片段：UNP residues 255-346
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, ethylene glycol
分辨率 1.90 Å R-free 0.200
5D0I Structure of RING finger protein 165 提交 2015-08-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 255–346（92 aa） 片段：UNP residues 255-346
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, ethylene glycol
分辨率 1.90 Å R-free 0.200
5D0M Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 255–346（92 aa） 片段：UNP residues 255-346
突变：del273-282, M313A PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 1.91 Å R-free 0.213
5ULH Structure of RNF165 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 255–346（92 aa） 片段：residues 289-339
突变：M313A GOL GLYCEROL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；200 mM potassium thiocyanate, 20% PEG 3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.217
5ULK Crystal Structure of RNF165 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 255–346（92 aa） 片段：residues 292-340
突变：M313A ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；200 mM ammonium nitrate, 20% PEG 3350
分辨率 2.38 Å R-free 0.267
7R70 Crystal Structure of the UbArk2C fusion protein 提交 2021-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 255–346（92 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289.15 K；1.6 M tri-sodium citrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
7R70 Crystal Structure of the UbArk2C fusion protein 提交 2021-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 255–346（92 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289.15 K；1.6 M tri-sodium citrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
7R71 Crystal Structure of the UbArk2C-UbcH5b~Ub complex 提交 2021-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 255–346（92 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M MMT pH 6.0, 25% w/v PEG 1500
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
9N1F Crystal Structure of the Ark2C-Ubc13~Ub-Mms2 complex 提交 2025-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 255–346（92 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M Sodium Malonate and 18% w/v PEG 3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.279
9QAL Solution NMR structure of Arkadia 2 RING domain 提交 2025-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–346（68 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 0.7 mM [U-99% 15N] ARKADIA 2 E3 Ub ligase, RING Domain, 50 mM potassium phosphate, 2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ARKADIA 2 E3 Ub ligase, RING Domain, 50 mM potassium phosphate, 2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.7 mM ARKADIA 2 E3 Ub ligase, RING Domain, 50 mM potassium phosphate, 2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RN165_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 6–92； UniProt 255–346 作者链 F； PDB构建体 6–92； UniProt 255–346 作者链 I； PDB构建体 6–92； UniProt 255–346 作者链 L； PDB构建体 6–92； UniProt 255–346

Polyubiquitin-B

Homo sapiens

UniProt P0CG47

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–76 片段：UNP residues 1-76 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 × 1 （P62837） RING finger protein 165 × 1 （Q6ZSG1） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.238
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–76 片段：UNP residues 1-76 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 × 1 （P62837） RING finger protein 165 × 1 （Q6ZSG1） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.238
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–76 片段：UNP residues 1-76 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 × 1 （P62837） RING finger protein 165 × 1 （Q6ZSG1） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.238
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 K； UniProt 1–76 片段：UNP residues 1-76 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 × 1 （P62837） RING finger protein 165 × 1 （Q6ZSG1） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 5D0K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2MBB Solution Structure of the human Polymerase iota UBM1-Ubiquitin Complex 提交 2013-07-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP P0CG47 residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成 3 mM [U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 3 mM GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2MRO Structure of the complex of ubiquitin and the UBA domain from DNA-damage-inducible 1 protein (Ddi1) 提交 2014-07-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：Human Ubiquitin
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298.2 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] Ub-1, 20 mM sodium phosphate-2, 7 % [U-99% 2H] D2O-3, 93 % H2O-4, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] UBA-5, 20 mM sodium phosphate-6, 7 % [U-99% 2H] D2O-7, 93 % H2O-8, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2MSG Solid-state NMR structure of ubiquitin 提交 2014-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–78（72 aa） 片段：UNP residuse 1-72
未记录 未记录非水小分子 SOLID-STATE NMR
NMR测量条件 273 K；压力 ambient
NMR样品组成 20 mg [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 30 mg [1-glucose 13C,U-100% 15N] Ubiquitin, 40 mg [2-glucose 13C,U-100% 15N] Ubiquitin, 40 % v/v MPD, 0.2 M CdCl2, 1 mg DSS, 100% H20 | 100% H20
分辨率未提供
2N13 Complex structure of MyUb (1080-1122) of human Myosin VI with K63-diUb 提交 2015-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2Y5B Structure of USP21 in complex with linear diubiquitin-aldehyde 提交 2011-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–152（152 aa） 片段：LINEAR DIUBIQUITIN ALDEHYDE, RESIDUES 1-152
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；15% PEG8000, 0.2 M NH4SO4, pH 7.4
分辨率 2.70 Å R-free 0.279
2Y5B Structure of USP21 in complex with linear diubiquitin-aldehyde 提交 2011-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–152（152 aa） 片段：LINEAR DIUBIQUITIN ALDEHYDE, RESIDUES 1-152
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；15% PEG8000, 0.2 M NH4SO4, pH 7.4
分辨率 2.70 Å R-free 0.279
3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.224
3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.224
3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.224
3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.224
3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.224
3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.224
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
链 C 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
链 D 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ4 Crystal structure of the A20 ZnF4, ubiquitin and UbcH5A complex 提交 2010-08-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.1；292 K；0.1 M HEPES pH 7.1 and 1.85 M Na Malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 3.40 Å R-free 0.319
3OJ4 Crystal structure of the A20 ZnF4, ubiquitin and UbcH5A complex 提交 2010-08-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.1；292 K；0.1 M HEPES pH 7.1 and 1.85 M Na Malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 3.40 Å R-free 0.319
3ONS Crystal structure of Human Ubiquitin in a new crystal form 提交 2010-08-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–72（72 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；277 K；2 ul of a 10 mg/ml protein solution was mixed with 2 ul of the reservoir solution (50-56 % MPD and 8-18 % (v/v) glycerol solution in 27mM sodium citrate (pH 4.0-4.2) buffer), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.211
3PTF X-ray structure of the non-covalent complex between UbcH5A and Ubiquitin 提交 2010-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；Crystals of the complex were grown by hanging-drop vapor diffusion at 19 C by combining 1.5 ul of protein solution (20 mM MES pH 6.0, 150 mM NaCl and 0.5 mM TCEP) at 20 mg/ml with 1.5 ul of reservoir solution (0.1 M Tris pH 8.5 and 24% PEG 10,000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.275
3PTF X-ray structure of the non-covalent complex between UbcH5A and Ubiquitin 提交 2010-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；Crystals of the complex were grown by hanging-drop vapor diffusion at 19 C by combining 1.5 ul of protein solution (20 mM MES pH 6.0, 150 mM NaCl and 0.5 mM TCEP) at 20 mg/ml with 1.5 ul of reservoir solution (0.1 M Tris pH 8.5 and 24% PEG 10,000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.275
3ZLZ Lys6-linked tri-ubiquitin 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：YES 突变：YES ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；20% (V/V) PEG3350 AND 0.2 M ZINC ACETATE, pH 7.4
分辨率 2.90 Å R-free 0.288
3ZLZ Lys6-linked tri-ubiquitin 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：YES ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；20% (V/V) PEG3350 AND 0.2 M ZINC ACETATE, pH 7.4
分辨率 2.90 Å R-free 0.288
3ZLZ Lys6-linked tri-ubiquitin 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：YES ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；20% (V/V) PEG3350 AND 0.2 M ZINC ACETATE, pH 7.4
分辨率 2.90 Å R-free 0.288
3ZNH Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus OTU domain in complex with ubiquitin-propargyl. 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% PEG 8000, 100 MM NA CACODYLATE PH 6.5, 100 MM MG ACETATE, AND 2% N-OCTYL-BETA-D-GLUCOSIDE.
分辨率 2.30 Å R-free 0.275
4UEL UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to the RPN13 DEUBAD domain 提交 2014-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；100 MM BIS-TRIS-PROPANE PH 5.8, 300 MM NABR, 21% PEG3350. 4 DEGREES CELSIUS
分辨率 2.30 Å R-free 0.234
4UF6 UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to an activating fragment of INO80G 提交 2014-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；100 MM MIB PH 5.0, 250 MM AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350. 4 DEGREES CELSIUS
分辨率 3.69 Å R-free 0.269
4UF6 UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to an activating fragment of INO80G 提交 2014-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；100 MM MIB PH 5.0, 250 MM AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350. 4 DEGREES CELSIUS
分辨率 3.69 Å R-free 0.269
4UF6 UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to an activating fragment of INO80G 提交 2014-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；100 MM MIB PH 5.0, 250 MM AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350. 4 DEGREES CELSIUS
分辨率 3.69 Å R-free 0.269
4UF6 UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to an activating fragment of INO80G 提交 2014-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；100 MM MIB PH 5.0, 250 MM AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350. 4 DEGREES CELSIUS
分辨率 3.69 Å R-free 0.269
4WHV E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 in complex with Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N and Polyubiquitin-B 提交 2014-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–76（76 aa） 片段：unp residues 1-76
链 F 1–76（76 aa） 片段：unp residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.04 M (NH4)2HPO4
分辨率 8.30 Å R-free 0.337
4WHV E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 in complex with Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N and Polyubiquitin-B 提交 2014-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–76（76 aa） 片段：unp residues 1-76
链 L 1–76（76 aa） 片段：unp residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.04 M (NH4)2HPO4
分辨率 8.30 Å R-free 0.337
4WLR Crystal Structure of mUCH37-hRPN13 CTD-hUb complex 提交 2014-10-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；277 K；25% PEG 3350, 220 mM MgCl2,100 mM Bis-Tris
分辨率 2.00 Å R-free 0.227
4WUR The crystal structure of the MERS-CoV papain-like protease (C111S) with human ubiquitin 提交 2014-11-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；291 K；22% w/v PEG 4000, 15% v/v 2-propanol, 0.1M tri-sodium citrate pH 4.8 and 10% glycerol
分辨率 3.16 Å R-free 0.252
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4XOF Observing the overall rocking motion of a protein in a crystal - Orthorhombic Ubiquitin crystals without Zinc. 提交 2015-01-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0
分辨率 1.15 Å R-free 0.171
4ZFR Catalytic domain of Sst2 F403A mutant bound to ubiquitin 提交 2015-04-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–152（76 aa） 片段：unp residues 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M sodium citrate tribasic diehydrate, 0.1M HEPES sodium, 20% v/v 2-propanol
分辨率 1.72 Å R-free 0.237
4ZFT Catalytic domain of Sst2 F403W mutant bound to ubiquitin 提交 2015-04-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–152（76 aa） 片段：unp residues 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；(0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane), 20% w/v PEG 3,350
分辨率 2.30 Å R-free 0.235
4ZFT Catalytic domain of Sst2 F403W mutant bound to ubiquitin 提交 2015-04-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 77–152（76 aa） 片段：unp residues 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；(0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane), 20% w/v PEG 3,350
分辨率 2.30 Å R-free 0.235
4ZPZ Crystal Structure of Semi-synthetic Ubiquitin with Phospho-Ser65 and Ala46Cys 提交 2015-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–73（73 aa） 片段：ubiquitin, UNP residues 1-73
链 B 1–73（73 aa） 片段：ubiquitin, UNP residues 1-73
突变：A46C, Phospho-Ser65 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A46C, Phospho-Ser65 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；50 mM sodium cacodylate, 25% PEG 4000
分辨率 1.54 Å R-free 0.173
4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 X 1–76（76 aa）
链 c 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
分辨率 3.82 Å R-free 0.256
4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 h 1–76（76 aa）
链 m 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
分辨率 3.82 Å R-free 0.256
5BNB Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate 提交 2015-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 20% PEG 4000
分辨率 2.49 Å R-free 0.304
5BNB Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate 提交 2015-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 20% PEG 4000
分辨率 2.49 Å R-free 0.304
5BNB Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate 提交 2015-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 20% PEG 4000
分辨率 2.49 Å R-free 0.304
5BNB Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate 提交 2015-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 20% PEG 4000
分辨率 2.49 Å R-free 0.304
5CAW Structure of Pediculus humanus Parkin bound to phospho-ubiquitin 提交 2015-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：G76 exchanged to chemical probe 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2% (v/v) PEG400, 2 M NH4SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.62 Å R-free 0.260
5CAW Structure of Pediculus humanus Parkin bound to phospho-ubiquitin 提交 2015-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
突变：G76 exchanged to chemical probe 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2% (v/v) PEG400, 2 M NH4SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.62 Å R-free 0.260
5CRA Structure of the SdeA DUB Domain 提交 2015-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa） 片段：UNP residues 1-75
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris:HCl, 3.0 M Sodium Chloride
分辨率 2.64 Å R-free 0.236
5CRA Structure of the SdeA DUB Domain 提交 2015-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa） 片段：UNP residues 1-75
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris:HCl, 3.0 M Sodium Chloride
分辨率 2.64 Å R-free 0.236
5CVM USP46~ubiquitin BEA covalent complex 提交 2015-07-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–59（59 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；3.6 M sodium formate
分辨率 1.90 Å R-free 0.197
5CVN WDR48 (2-580):USP46~ubiquitin ternary complex 提交 2015-07-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；292 K；0.1 M sodium chloride, 5% ethanol, 15% MPD, 0.1 M Tris pH 8.8
分辨率 3.36 Å R-free 0.222
5CVO WDR48:USP46~ubiquitin ternary complex 提交 2015-07-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；15% MPD, 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.88 Å R-free 0.275
5CVO WDR48:USP46~ubiquitin ternary complex 提交 2015-07-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；15% MPD, 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.88 Å R-free 0.275
5D0M Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 1.91 Å R-free 0.213
5DFL Crystal structure of Ube2K~Ubiquitin conjugate 提交 2015-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M di-ammonium citrate pH 5.0, 20% PEG 3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.235
5DK8 Human ubiquitin in the P1 space group 提交 2015-09-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–75（74 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 2-75
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；288 K；0.2M magnesium chloride hexahydrate, 30% w/v PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 1.32 Å R-free 0.201
5DK8 Human ubiquitin in the P1 space group 提交 2015-09-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–75（74 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 2-75
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；288 K；0.2M magnesium chloride hexahydrate, 30% w/v PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 1.32 Å R-free 0.201
5E6J Structure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin activity based probe 提交 2015-10-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；285 K；0.1 M MES, 0.1 M lithium acetate, 17% PEG 6000
分辨率 2.85 Å R-free 0.264
5E6J Structure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin activity based probe 提交 2015-10-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；285 K；0.1 M MES, 0.1 M lithium acetate, 17% PEG 6000
分辨率 2.85 Å R-free 0.264
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 G 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 F 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 G 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 H 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 H 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EMZ Crystal structure of K48-linked diubiquitin with F45W mutation in the proximal unit 提交 2015-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：F45W SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；LiSO Tris PEG-3350
分辨率 1.66 Å R-free 0.209
5EMZ Crystal structure of K48-linked diubiquitin with F45W mutation in the proximal unit 提交 2015-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：F45W SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；LiSO Tris PEG-3350
分辨率 1.66 Å R-free 0.209
5EMZ Crystal structure of K48-linked diubiquitin with F45W mutation in the proximal unit 提交 2015-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
突变：F45W SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；LiSO Tris PEG-3350
分辨率 1.66 Å R-free 0.209
5EYA TRIM25 RING domain in complex with Ubc13-Ub conjugate 提交 2015-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Li citrate, 20% PEG 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.228
5GJQ Structure of the human 26S proteasome bound to USP14-UbAl 提交 2016-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 y 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging
分辨率 4.35 Å
5GO7 Linear tri-ubiquitin 提交 2016-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；0.2M sodium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350, PH 6.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.310
5GO8 Linear tetra-ubiquitin 提交 2016-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 20% PEG 3350, PH8.0
分辨率 2.21 Å R-free 0.322
5GOB Lys6-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；289 K；0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 20% PEG 3350, PH5.9
分辨率 1.15 Å R-free 0.229
5GOC Lys11-linked diubiquitin 提交 2016-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Li2SO4, 0.1M tris 8.5, 30% PEG 4000
分辨率 1.73 Å R-free 0.235
5GOD Lys27-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M Sodium cacodylate trihydrate PH6.5, 20% PEG 8000
分辨率 1.15 Å R-free 0.222
5GOG Lys29-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Potassium sulfate, 20% PEG 3350
分辨率 1.98 Å R-free 0.330
5GOH Lys33-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% peg 3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.271
5GOI Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate PH5.6, 20% 2-Propanol, 20%PEG 4000
分辨率 1.59 Å R-free 0.311
5GOJ Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M TRIS hydrochloride PH8.5, 2.0M Ammonium phosphate monobasic
分辨率 1.55 Å R-free 0.253
5GOK K11/K63-branched tri-Ubiquitin 提交 2016-07-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；0.2M MgSO4, 20% PEG 3350, 4mM CdCl2, PH6.0
分辨率 1.84 Å R-free 0.245
5H7S Structural basis of the flanking zinc-finger motifs crucial for the E3 ligase activity of the LNX1 RING domain 提交 2016-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane, pH 6.4, 20% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 3.49 Å R-free 0.286
5IBK Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant 提交 2016-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 75–150（76 aa） 片段：UNP residues 75-150
突变：L8G, T9A, G10R, K11T, T12A, R42I, A46S, G47R, Q49L, Q62H, K63R, H68R, R72I, L73F 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM Acetate pH 4.5, 12% PEG 4000, 15% glyerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.240
5IBK Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant 提交 2016-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 75–150（76 aa） 片段：UNP residues 75-150
突变：L8G, T9A, G10R, K11T, T12A, R42I, A46S, G47R, Q49L, Q62H, K63R, H68R, R72I, L73F 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM Acetate pH 4.5, 12% PEG 4000, 15% glyerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.240
5IFR Structure of the stable UBE2D3-UbDha conjugate 提交 2016-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；200mM tripotassium citrate, 20% PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.243
5J8P Lys27-linked diubiquitin 提交 2016-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.2M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 20% PEG 8000
分辨率 1.55 Å R-free 0.295
5JBV Lys27-linked triubiquitin 提交 2016-04-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 NO3 NITRATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；20% (w/v) PEG 3350, 4mM CdCl2, pH 5.9, 200mM Mg(NO3)2
分辨率 2.10 Å R-free 0.306
5JBY Lys27-linked triubiquitin 提交 2016-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (w/v) PEG 3350, 4mM CdCl2, pH 5.9, 200mM Mg(NO3)2
分辨率 1.99 Å R-free 0.308
5JG6 APC11-Ubv shows role of noncovalent RING-Ubiquitin interactions in processive multiubiquitination and Ubiquitin chain elongation by APC/C 提交 2016-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 76–154（79 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 33% PEG4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.220
5JG6 APC11-Ubv shows role of noncovalent RING-Ubiquitin interactions in processive multiubiquitination and Ubiquitin chain elongation by APC/C 提交 2016-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 76–154（79 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 33% PEG4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.220
5JP3 Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to ubiquitin 提交 2016-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M CHES (pH 9.5) 1.0M sodium citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.285
5JP3 Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to ubiquitin 提交 2016-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M CHES (pH 9.5) 1.0M sodium citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.285
5JP3 Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to ubiquitin 提交 2016-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M CHES (pH 9.5) 1.0M sodium citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.285
5JP3 Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to ubiquitin 提交 2016-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M CHES (pH 9.5) 1.0M sodium citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.285
5JTJ USP7CD-CTP in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.05 M Calcium chloride, 0.1 M MES pH 6.0 and 45% PEG 200
分辨率 3.32 Å R-free 0.209
5JTJ USP7CD-CTP in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.05 M Calcium chloride, 0.1 M MES pH 6.0 and 45% PEG 200
分辨率 3.32 Å R-free 0.209
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5K9P Ser20 phosphorylated ubiquitin 提交 2016-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；45% (w/v) PEG 400, 100 mM tris-HCl
分辨率 1.55 Å R-free 0.219
5KGF Structural model of 53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated nucleosome, at 4.5 A resolution 提交 2016-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 M 1–76（76 aa）
链 O 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；High concentration NCP-ubme/GST-53BP1 complex at 200 mM salt was diluted just prior to grid freezing.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Plunged into liquid ethane-propane (FEI VITROBOT MARK III)
分辨率 4.54 Å
5KHY Crystal structure of oxime-linked K6 diubiquitin 提交 2016-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–73（73 aa）
链 B 1–75（75 aa）
突变：Unnatural aminoxylysine amino acid at position 6 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：unnatural residue 76 oxime linked to chain A ZN ZINC ION × 10 ETA ETHANOLAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 3350, Zinc acetate
分辨率 3.50 Å R-free 0.331
5KYC Crystal structure of USP7 catalytic domain [V302K] mutant in complex with ubiquitin (malonate bound) 提交 2016-07-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 MLA MALONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；292 K；8% tacsimate pH 4.0, 20% PEG3350
分辨率 1.43 Å R-free 0.192
5KYD Crystal structure of USP7 catalytic domain [V302K] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；0.2M Ammonium fluoride, 20% PEG3350
分辨率 1.62 Å R-free 0.213
5KYE Crystal structure of USP7 catalytic domain [H294E] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, 0.2M Ammonium acetate
分辨率 1.97 Å R-free 0.223
5KYE Crystal structure of USP7 catalytic domain [H294E] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, 0.2M Ammonium acetate
分辨率 1.97 Å R-free 0.223
5KYF Crystal structure of USP7 catalytic domain [L299A] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.185
5L8H Structure of USP46-UbVME 提交 2016-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.96M Sodium Citrate pH7.5 and 0.1mM zinc chloride Cryo - 20% Glycerol
分辨率 1.85 Å R-free 0.194
5L8W Structure of USP12-UB-PRG/UAF1 提交 2016-06-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；3.2% PEG4000, 0.1mM MMT pH6.5, 0.1 mM TCEP. Cryo- 30% Glycerol
分辨率 2.79 Å R-free 0.259
5L9T Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C-CDH1) with E2 UBE2S poised for polyubiquitination where UBE2S, APC2, and APC11 are modeled into low resolution density 提交 2016-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric
链 S 77–153（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.40 Å
5LN1 STRUCTURE OF UBIQUITYLATED-RPN10 FROM YEAST; 提交 2016-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 U 77–152（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；pH 6.5；292 K；12% (W/V) PEG 20000, 0.1M MES PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 292K
分辨率 3.14 Å R-free 0.248
5LRV Structure of Cezanne/OTUD7B OTU domain bound to Lys11-linked diubiquitin 提交 2016-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–75（75 aa）
突变：K11X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M phosphate citrate (pH 4.2), 20% (w/v) PEG 8K, 0.2 M sodium chloride
分辨率 2.80 Å R-free 0.244
5LRW Structure of Cezanne/OTUD7B OTU domain bound to ubiquitin 提交 2016-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.8), 6% (w/v) PEG 6K
分辨率 2.00 Å R-free 0.217
5LRW Structure of Cezanne/OTUD7B OTU domain bound to ubiquitin 提交 2016-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.8), 6% (w/v) PEG 6K
分辨率 2.00 Å R-free 0.217
5LRX Structure of A20 OTU domain bound to ubiquitin 提交 2016-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287 K；0.1 M MES/imidazole (pH 6.5), 7% (w/v) PEG 8K, 20% ethylene glycol
分辨率 2.85 Å R-free 0.246
5LRX Structure of A20 OTU domain bound to ubiquitin 提交 2016-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287 K；0.1 M MES/imidazole (pH 6.5), 7% (w/v) PEG 8K, 20% ethylene glycol
分辨率 2.85 Å R-free 0.246
5M93 Crystal structure of SdeA-modified ubiquitin. 提交 2016-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–152（77 aa）
突变：M1S SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M sodium acetate pH 4 - 5.5, 0.2M lithium sulfate and 30% PEG 8000
分辨率 1.79 Å R-free 0.231
5M93 Crystal structure of SdeA-modified ubiquitin. 提交 2016-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 76–152（77 aa）
突变：M1S SO4 SULFATE ION × 1 RIB alpha-D-ribofuranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M sodium acetate pH 4 - 5.5, 0.2M lithium sulfate and 30% PEG 8000
分辨率 1.79 Å R-free 0.231
5M93 Crystal structure of SdeA-modified ubiquitin. 提交 2016-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 76–152（77 aa）
突变：M1S RIB alpha-D-ribofuranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M sodium acetate pH 4 - 5.5, 0.2M lithium sulfate and 30% PEG 8000
分辨率 1.79 Å R-free 0.231
5MNJ Structure of MDM2-MDMX-UbcH5B-ubiquitin complex 提交 2016-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.175 M Li2SO4 and 16-20 %(v/v) PEG 3350
分辨率 2.16 Å R-free 0.231
5MNJ Structure of MDM2-MDMX-UbcH5B-ubiquitin complex 提交 2016-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.175 M Li2SO4 and 16-20 %(v/v) PEG 3350
分辨率 2.16 Å R-free 0.231
5N2W WT-Parkin and pUB complex 提交 2017-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 TMO trimethylamine oxide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100mM Tris pH 8.5, 200mM TMAO, PEG MME 2000
分辨率 2.68 Å R-free 0.243
5N38 S65DParkin and pUB complex 提交 2017-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100mM Tris pH 8.5, 200mM TMAO, PEG MME 2000
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
5NL5 Crystal structure of Zn1.7-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：E16V ZN ZINC ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 70 mM Zn(CH3COO)2
分辨率 1.96 Å R-free 0.237
5NL5 Crystal structure of Zn1.7-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：E16V ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 70 mM Zn(CH3COO)2
分辨率 1.96 Å R-free 0.237
5NL5 Crystal structure of Zn1.7-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：E16V ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 70 mM Zn(CH3COO)2
分辨率 1.96 Å R-free 0.237
5NLJ Crystal structure of Zn3-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/20% v/v TFE/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：E16V ACT ACETATE ION × 4 ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 70 mM Zn(CH3COO)2 and 20% v/v TFE.
分辨率 1.53 Å R-free 0.240
5NLJ Crystal structure of Zn3-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/20% v/v TFE/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：E16V ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ETF TRIFLUOROETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 70 mM Zn(CH3COO)2 and 20% v/v TFE.
分辨率 1.53 Å R-free 0.240
5NLJ Crystal structure of Zn3-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/20% v/v TFE/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：E16V ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 70 mM Zn(CH3COO)2 and 20% v/v TFE.
分辨率 1.53 Å R-free 0.240
5NVG Thr12 Phosphorylated Ubiquitin 提交 2017-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；291.15 K；20% (v/v) ethanol, 20% (w/v) PEG-1000, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2
分辨率 1.07 Å R-free 0.167
5O44 Crystal structure of unbranched mixed tri-Ubiquitin chain containing K48 and K63 linkages. 提交 2017-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–74（74 aa）
链 C 1–74（74 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
突变：Deleted for Gly 75 and Gly 76 突变：Deleted for Gly 75 and Gly 76 突变：K48R 突变：K48R SO4 SULFATE ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.3M MgSo4 and 100mM MES monohydrate pH 6.5
分辨率 3.14 Å R-free 0.254
5O6T BIRC4 RING in complex with dimeric ubiquitin variant 提交 2017-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 75–150（76 aa）
链 D 75–150（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；291 K；0.1 M NaHEPES pH 7.5, 1.4 M tri-Na citrate
分辨率 1.57 Å R-free 0.183
5OHK Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (high resolution) 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；291 K；10% (w/v) PEG 20000, 0.1 M sodium citrate pH 5.4, 0.2 M lithium sulfate
分辨率 2.34 Å R-free 0.261
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 J 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 J 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 L 1–76（76 aa）
链 N 1–76（76 aa）
未记录 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 L 1–76（76 aa）
链 N 1–76（76 aa）
未记录 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–76（76 aa）
链 M 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–76（76 aa）
链 M 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 O 1–76（76 aa）
链 P 1–76（76 aa）
未记录 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHN Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (low resolution) 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% (w/v) PAA 5100 Na, 100 mM Hepes pH 8.0, 2.5% (v/v) glycerol
分辨率 3.60 Å R-free 0.253
5OHN Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (low resolution) 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% (w/v) PAA 5100 Na, 100 mM Hepes pH 8.0, 2.5% (v/v) glycerol
分辨率 3.60 Å R-free 0.253
5OHP Crystal structure of USP30 (C77A) in complex with Lys6-linked diubiquitin 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.73 M sodium citrate, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.249
5TOF Room temperature structure of ubiquitin variant u7ub25 提交 2016-10-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–152（78 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1ul protein solution at 20 mg/ml (20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl), 1ul crystallization solution (0.1 M citric acid pH 4.6, 2.6 M ammonium sulfate)
分辨率 1.12 Å R-free 0.175
5TOG Room temperature structure of ubiquitin variant u7ub25.2540 提交 2016-10-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–152（78 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1ul protein solution at 10 mg/ml (20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl), 1ul crystallization solution (0.1 M citric acid pH 4.2, 2.2 M ammonium sulfate)
分辨率 1.08 Å R-free 0.121
5TOG Room temperature structure of ubiquitin variant u7ub25.2540 提交 2016-10-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 75–152（78 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1ul protein solution at 10 mg/ml (20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl), 1ul crystallization solution (0.1 M citric acid pH 4.2, 2.2 M ammonium sulfate)
分辨率 1.08 Å R-free 0.121
5TUT UbcH5a-Ub isopeptide conjugate 提交 2016-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；Hampton PEG/Ion F10
分辨率 2.60 Å R-free 0.243
5UJL Representative 1-conformer ensembles of K27-linked Ub2 from RDC data 提交 2017-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：residues 1-76
链 B 1–76（76 aa） 片段：residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR测量条件 pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成 150 uM [U-99% 15N] K27-diubiquitin, Distal Ub is 15N-labelled Proximal Ub is not enriched, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 150 uM [U-99% 15N] K27-diubiquitin, Distal Ub is not enriched Proximal Ub is 15N-labelled, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
5UJN Representative 2-conformer ensembles of K27-linked Ub2 from RDC data 提交 2017-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成 150 uM [U-99% 15N] distal K27-Ub2, 20 mM NaPhosphate, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 150 uM [U-99% 15N] proximal K27-Ub2, 20 mM NaPhosphate, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
5ULF Crystal Structure of a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；100 mM bis-Tris pH 5.5, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.261
5ULF Crystal Structure of a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；100 mM bis-Tris pH 5.5, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.261
5ULH Structure of RNF165 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；200 mM potassium thiocyanate, 20% PEG 3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.217
5ULK Crystal Structure of RNF165 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；200 mM ammonium nitrate, 20% PEG 3350
分辨率 2.38 Å R-free 0.267
5V1Y Crystal structure of the ternary RPN13 PRU-RPN2 (940-953)-ubiquitin complex 提交 2017-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；277 K；0.1 M citric acid, pH 4.6, 20% PEG6000
分辨率 1.42 Å R-free 0.175
5V1Y Crystal structure of the ternary RPN13 PRU-RPN2 (940-953)-ubiquitin complex 提交 2017-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；277 K；0.1 M citric acid, pH 4.6, 20% PEG6000
分辨率 1.42 Å R-free 0.175
5V1Z Crystal structure of the RPN13 PRU-RPN2 (932-953)-ubiquitin complex 提交 2017-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 22.5% PEG3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.182
5V1Z Crystal structure of the RPN13 PRU-RPN2 (932-953)-ubiquitin complex 提交 2017-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 22.5% PEG3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.182
5VEY Solution NMR structure of histone H2A-H2B mono-ubiquitylated at H2A Lys15 in complex with RNF169 (653-708) 提交 2017-04-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5VF0 Solution NMR structure of human RAD18 (198-240) in complex with ubiquitin 提交 2017-04-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RAD18, 3 mM Ubiquitin, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM RAD18, 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.9 mM [U-15N] RAD18, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RAD18, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.2 mM [U-100% 15N] RAD18, 1.0 mM Ubiquitin, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 5 % Alkyl-polyethylene glycol (C12E5)/n-hexanol mixture, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM RAD18, 0.2 mM [U-100% 15N] Ubiquitin, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 5 % Alkyl-polyethylene glycol (C12E5)/n-hexanol mixture, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5VNZ Structure of a TRAF6-Ubc13~Ub complex 提交 2017-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；289 K；0.05-0.3 mM sodium citrate, 100 mM bBis-Tris propane, and 17-23% PEG 3350
分辨率 3.41 Å R-free 0.294
5VNZ Structure of a TRAF6-Ubc13~Ub complex 提交 2017-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；289 K；0.05-0.3 mM sodium citrate, 100 mM bBis-Tris propane, and 17-23% PEG 3350
分辨率 3.41 Å R-free 0.294
5VO0 Structure of a TRAF6-Ubc13~Ub complex 提交 2017-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；100-200 mM Na/K tartrate, 11-15% PEG 3350 and 100 mM bis-Tris propane pH 7.5
分辨率 3.90 Å R-free 0.299
5VZM Solution NMR structure of human Rev1 (932-1039) in complex with ubiquitin 提交 2017-05-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate；压力 1
NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate；压力 1
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 20 mM Sodium phosphate buffer, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rev1, 3 mM Ubiquitin, 50 mM Sodium phosphate buffer, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM Rev1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 50 mM Sodium phosphate buffer, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5VZW TRIM23 RING domain in complex with UbcH5-Ub 提交 2017-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M calcium chloride, 17% w/v PEG3350
分辨率 2.28 Å R-free 0.237
5W46 Structure of S65D Phosphomimetic Ubiquitin Refined at 1.2 Angstroms Resolution 提交 2017-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：S65D MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；Tris pH 8.0, magnesium chloride, PEG 3350, Hepes
分辨率 1.18 Å R-free 0.190
5W46 Structure of S65D Phosphomimetic Ubiquitin Refined at 1.2 Angstroms Resolution 提交 2017-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：S65D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；Tris pH 8.0, magnesium chloride, PEG 3350, Hepes
分辨率 1.18 Å R-free 0.190
5WFI X-ray structure of MHV PLP2 (Cys1716Ser) catalytic mutant in complex with free ubiquitin 提交 2017-07-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 FMT FORMIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.2 M potassium formate, 20% PEG3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.197
5WFI X-ray structure of MHV PLP2 (Cys1716Ser) catalytic mutant in complex with free ubiquitin 提交 2017-07-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 FMT FORMIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.2 M potassium formate, 20% PEG3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.197
5X3M crystal structure of p-Ub-S65-NH2 提交 2017-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25%(w/v) Polyethylene Glycol 3350
分辨率 1.82 Å R-free 0.271
5X3N Crystal structure of DiUb-K6 提交 2017-02-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Magnesium formate dihydrate, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3350
分辨率 1.65 Å R-free 0.276
5X3O Crystal structure of p-DiUb-S65-COOH 提交 2017-02-06 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Ammonium phosphate monobasic, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.19 Å R-free 0.315
5XBO Lanthanoid tagging via an unnatural amino acid for protein structure characterization 提交 2017-03-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 TB TERBIUM(III) ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 760
NMR样品组成 20mM HEPES, 100mM sodium chloride, 10% D2O, 0.2mM [U-99% 15N] ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 20mM HEPES, 100mM sodium chloride, 0.1mM [U-99% 15N] HHR23A UBA1 Domain, 0.1 mM ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5XDP K11/48-branched teraubiquitin 提交 2017-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；289 K；0.2M Potassium nitrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.38 Å R-free 0.271
5XK4 Retracted state of S65-phosphorylated ubiquitin 提交 2017-05-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760
NMR样品组成 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] phosphorylated ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5XK5 Relaxed state of S65-phosphorylated ubiquitin 提交 2017-05-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760
NMR样品组成 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] relaxed pUb, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5XPK Crystal structure of ubiquitin-k6mimic 提交 2017-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Ammonium formate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.27 Å R-free 0.310
5YIJ Structure of a Legionella effector with substrates 提交 2017-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
链 G 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
未记录 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG 1000, Tris
分辨率 3.18 Å R-free 0.275
5YIK Structure of a Legionella effector with its substrate 提交 2017-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
链 F 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG 1000, Tris
分辨率 3.10 Å R-free 0.279
5YMY The structure of the complex between Rpn13 and K48-diUb 提交 2017-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：K48R 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760
NMR样品组成 0.58 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Rpn13, 20 mM MES, 0.15 M sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane
分辨率 1.50 Å R-free 0.225
5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane
分辨率 1.50 Å R-free 0.225
5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane
分辨率 1.50 Å R-free 0.225
5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane
分辨率 1.50 Å R-free 0.225
5ZBU Crystal Structure of PA-TM-RING E3 ligase RNF13 RING domain in complex with E2~Ub 提交 2018-02-12 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES monohydrate, 14% PEG 4000
分辨率 3.20 Å R-free 0.262
5ZD0 Solution structure of human ubiquitin with three alanine mutations in living eukaryotic cells by in-cell NMR spectroscopy 提交 2018-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：L8A,I44A,V70A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 0；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT
NMR测量条件 pH 0；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT
NMR样品组成 50 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] human ubiquitin with three alanine mutations 1, 50 uM [U-100% 15N] human ubiquitin with three alanine mutations 2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6A6I Crystal structure of the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein in complex with ubiquitin 提交 2018-06-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
突变：K48R GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；28% PEG1000, 10% glycerol, 0.1 M tricine (pH 8.0), and 350 mM MgCl2.
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
6A6I Crystal structure of the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein in complex with ubiquitin 提交 2018-06-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
突变：K48R GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；28% PEG1000, 10% glycerol, 0.1 M tricine (pH 8.0), and 350 mM MgCl2.
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
6A6I Crystal structure of the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein in complex with ubiquitin 提交 2018-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–77（77 aa） 片段：UNP residues 1-77
突变：M77D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；28% PEG1000, 10% glycerol, 0.1 M tricine (pH 8.0), and 350 mM MgCl2.
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
6A6I Crystal structure of the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein in complex with ubiquitin 提交 2018-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–77（77 aa） 片段：UNP residues 1-77
突变：M77D GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；28% PEG1000, 10% glycerol, 0.1 M tricine (pH 8.0), and 350 mM MgCl2.
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
6ASR REV1 UBM2 domain complex with ubiquitin 提交 2017-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：residues 1-76
未记录 NI NICKEL (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.1 M MES pH 6.0, 10 % PEG 8000
分辨率 2.36 Å R-free 0.229
6ASR REV1 UBM2 domain complex with ubiquitin 提交 2017-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：residues 1-76
未记录 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.1 M MES pH 6.0, 10 % PEG 8000
分辨率 2.36 Å R-free 0.229
6BVA Ubiquitin Variant (UbV.Fl10.1) bound to a human Skp1-Fbl10 fragment complex. 提交 2017-12-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 76–152（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, 18% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.66 Å R-free 0.263
6BVA Ubiquitin Variant (UbV.Fl10.1) bound to a human Skp1-Fbl10 fragment complex. 提交 2017-12-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 76–152（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, 18% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.66 Å R-free 0.263
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 76–152（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 76–152（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 76–152（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 77–152（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.317
6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 77–152（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.317
6CP2 SidC in complex with UbcH7~Ub 提交 2018-03-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 75–152（78 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；16% PEG 3000, 0.1 M Tris pH 9.0
分辨率 2.90 Å R-free 0.288
6DGF Ubiquitin Variant bound to USP2 提交 2018-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 153–226（74 aa）
突变：Q2C, K6C, K11R, T12C ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES buffer pH 6, 12% (w/v) PEG3350, 0.2M sodium sulfate
分辨率 2.34 Å R-free 0.224
6EI1 Crystal structure of the covalent complex between deubiquitinase ZUFSP (ZUP1) and Ubiquitin-PA 提交 2017-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1 MLI MALONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；277 K；0.2 M sodium malonate pH 5, 20 % PEG 3350
分辨率 1.73 Å R-free 0.203
6FDK Structure of Chlamydia trachomatis effector protein Cdu1 bound to ubiquitin 提交 2017-12-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M MES pH 6.5, 12% PEG 20000
分辨率 1.60 Å R-free 0.203
6FGE Crystal structure of human ZUFSP/ZUP1 in complex with ubiquitin 提交 2018-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MLI MALONATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 2 FMT FORMIC ACID × 7 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NH4 AMMONIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；4% v/v Tacsimate pH 5.0 and 12% w/v Polyethylene glycol 3,350.
分辨率 1.74 Å R-free 0.209
6FTX Structure of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a ubiquitinylated nucleosome 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 N 1–76（76 aa）
链 O 1–76（76 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6FX4 Disulfide between E3 HECT ligase Smurf2 and Ubiquitin G76C 提交 2018-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：G76C GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.36M tri-Sodium citrat pH6.5, 15% (v/v) Glycerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.239
6FX4 Disulfide between E3 HECT ligase Smurf2 and Ubiquitin G76C 提交 2018-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
突变：G76C GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.36M tri-Sodium citrat pH6.5, 15% (v/v) Glycerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.239
6FYH Disulfide between ubiquitin G76C and the E3 HECT ligase Huwe1 提交 2018-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：G76C SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.8M Zn SO4 0.1M Na Acetat pH 4.0
分辨率 2.91 Å R-free 0.266
6GLC Structure of phospho-Parkin bound to phospho-ubiquitin 提交 2018-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 6 GOL GLYCEROL × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.03 M of each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulphate, 0.1 M MOPS/HEPES-Na (pH 7.5)
分辨率 1.80 Å R-free 0.205
6GZS Structure of Chlamydia trachomatis effector protein ChlaDUB1 bound to ubiquitin 提交 2018-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES (pH 6.0), 20% PEG 6000
分辨率 1.90 Å R-free 0.213
6H4H Usp28 catalytic domain variant E593D in complex with UbPA 提交 2018-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–75（75 aa）
链 D 1–75（75 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；273 K；0.1 M Citrate pH 5.0 0.8 M Ammonium Sulfate
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6HEI Structure of the catalytic domain of USP28 (insertion deleted) bound to Ubiquitin-PA 提交 2018-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–151（75 aa）
突变：residue 76 replaced with PA warhead 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；22% (w/v) PEG 3350, 300 mM potassium sodium tartrate
分辨率 1.64 Å R-free 0.214
6HEK Structure of human USP28 bound to Ubiquitin-PA 提交 2018-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 77–152（76 aa）
链 D 77–152（76 aa）
突变：residue 76 replaced with PA warhead 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：residue 76 replaced with PA warhead 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；291 K；8% (w/v) PEG 3350, 200 mM ammonium acetate and 100 mM sodium citrate pH 5.4
分辨率 3.03 Å R-free 0.237
6HPR Crystal structure of cIAP1 RING domain bound to UbcH5B-Ub and a non-covalent Ub 提交 2018-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 75–152（78 aa）
链 D 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M ammonium fluoride and 15% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.197
6IF1 Crystal structure of Ube2K and K48-linked di-ubiquitin complex 提交 2018-09-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；Tris-HCl, polyethylene glycol 3350, ammonium acetate.
分辨率 2.47 Å R-free 0.236
6IF1 Crystal structure of Ube2K and K48-linked di-ubiquitin complex 提交 2018-09-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；Tris-HCl, polyethylene glycol 3350, ammonium acetate.
分辨率 2.47 Å R-free 0.236
6ISU Crystal structure of Lys27-linked di-ubiquitin in complex with its selective interacting protein UCHL3 提交 2018-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；18% PEG 3350 (w/v), 400 mM Ca(AC)2
分辨率 1.87 Å R-free 0.264
6JB6 Crystal structure of Ub-conjugated Ube2K C92K&K97A mutant (isopeptide linkage), 2.7 A resolution 提交 2019-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, PEG 400, magnesium chloride
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
6JB7 Crystal structure of Ub-conjugated Ube2K C92K&K97A mutant (isopeptide linkage), 2.1 A resolution 提交 2019-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, PEG 400, magnesium chloride
分辨率 2.10 Å R-free 0.250
6JMA cryo-EM structure of DOT1L bound to H2B ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 Y 1–76（76 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
6K9P Structure of Deubiquitinase 提交 2019-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.05 Å R-free 0.210
6LP2 Structure of Lpg2148/UBE2N-Ub complex 提交 2020-01-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 3350, potassium citrate
分辨率 2.48 Å R-free 0.233
6MSB Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2018-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 u 1–76（76 aa）
链 w 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6MSD Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2018-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 u 1–76（76 aa）
链 w 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6MSE Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2018-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 u 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6MSG Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2018-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 u 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6N13 UbcH7-Ub Complex with R0RBR Parkin and phosphoubiquitin 提交 2018-11-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] UbcH7, 0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] ubiquitin, 0.11 mM [U-2H] Parkin -residues 144-465 comprising the RING0-RING1-IBR and RING2(Rcat) domains, 0.11 mM [U-2H] phosphorylated ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6NJ9 Active state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome, 2-to-1 complex 提交 2019-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–76（76 aa）
链 N 1–76（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing.
分辨率 2.96 Å
6OQ1 Crystal Structure of Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin 提交 2019-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 F 1–77（77 aa）
突变：K11R, K48C, K63R 突变：K48R 突变：M77D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；bis-tris, sodium chloride, PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.230
6OQ1 Crystal Structure of Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin 提交 2019-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–77（77 aa）
突变：K11R, K48C, K63R 突变：K48R 突变：M77D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；bis-tris, sodium chloride, PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.230
6OQ2 NMR Structure of Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin 提交 2019-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–77（77 aa）
突变：K11R, K48R, K63R 突变：K48R 突变：M77D 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 120 uM [U-15N-distal11] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 100 uM [U-15N-distal48] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 60 uM [U-15N-distal11] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 110 uM [U-15N-distal48] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
6PGV Human Josephin-2 in complex with ubiquitin 提交 2019-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M CaCl2, 22.5% (w/v) PEG 6000; microbatch under Al's Oil
分辨率 2.30 Å R-free 0.224
6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–150（74 aa）
链 B 77–150（74 aa）
突变：G10V 突变：G10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.281
6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 77–150（74 aa）
链 D 77–150（74 aa）
突变：G10V 突变：G10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.281
6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 77–150（74 aa）
链 F 77–150（74 aa）
突变：G10V 突变：G10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.281
6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 77–150（74 aa）
链 H 77–150（74 aa）
突变：G10V 突变：G10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.281
6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 77–150（74 aa）
链 J 77–150（74 aa）
突变：G10V 突变：G10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.281
6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 K 77–150（74 aa）
链 L 77–150（74 aa）
突变：G10V 突变：G10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.281
6QML UCHL3 in complex with synthetic, K27-linked diubiquitin 提交 2019-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：M1(NLE) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） K POTASSIUM ION × 2 BR BROMIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298.15 K；Drops set up in MRC 2 well, 96 well plate using a Mosquito crystallization robot. 100+100 nl drops. Best crystals: 21% PEG 3350 0.15M KBr 0.1M Bis-Tris pH 5.5 Crystals grow also in KCl and AmSO4 (0.2 M), or with PEG 200 MME. Crystals can be obtained at 4C as well.
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
6QML UCHL3 in complex with synthetic, K27-linked diubiquitin 提交 2019-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa）
突变：M1(NLE) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） K POTASSIUM ION × 3 BR BROMIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298.15 K；Drops set up in MRC 2 well, 96 well plate using a Mosquito crystallization robot. 100+100 nl drops. Best crystals: 21% PEG 3350 0.15M KBr 0.1M Bis-Tris pH 5.5 Crystals grow also in KCl and AmSO4 (0.2 M), or with PEG 200 MME. Crystals can be obtained at 4C as well.
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
6UD0 Solution-state NMR structural ensemble of human Tsg101 UEV in complex with K63-linked diubiquitin 提交 2019-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–77（77 aa）
突变：K63R 突变：+D77 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1
NMR样品组成 200 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 200 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 200 uM Tsg101 UEV domain, 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 200 uM Tsg101 UEV domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 200 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
6UYI hRpn13:hRpn2:K48-diubiquitin 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–77（77 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.11；压力 ambient
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] Rpn13, 0.6 mM Rpn2, 0.72 mM [U-13C] proximal ubiquitin, 0.72 mM distal ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] Rpn13, 0.6 mM Rpn2, 0.72 mM proximal ubiquitin, 0.72 mM [U-13C] distal ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
6UYJ hRpn13:hRpn2:K48-diubiquitin 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–77（77 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.11；压力 ambient
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] Rpn13, 0.6 mM Rpn2, 0.72 mM [U-13C] proximal ubiquitin, 0.72 mM distal ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] Rpn13, 0.6 mM Rpn2, 0.72 mM [U-13C] proximal ubiquitin, 0.72 mM distal ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
6XZ1 Conjugate of the HECT domain of HUWE1 with ubiquitin 提交 2020-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.65 M Sodium phosphate monobasic, potassium phosphate dibasic, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.255
6XZ1 Conjugate of the HECT domain of HUWE1 with ubiquitin 提交 2020-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.65 M Sodium phosphate monobasic, potassium phosphate dibasic, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.255
7AHZ Crystal structure of Western clawed frog MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2020-09-25 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 CCC 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG 20000
分辨率 1.82 Å R-free 0.231
7AHZ Crystal structure of Western clawed frog MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2020-09-25 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 FFF 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG 20000
分辨率 1.82 Å R-free 0.231
7AHZ Crystal structure of Western clawed frog MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2020-09-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 III 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG 20000
分辨率 1.82 Å R-free 0.231
7AHZ Crystal structure of Western clawed frog MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2020-09-25 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 LLL 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG 20000
分辨率 1.82 Å R-free 0.231
7AI0 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 1) 提交 2020-09-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 CCC 75–152（78 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris, 0.075 M NaOAc, 0.1 M NaCl, 15 % w/v PEG Smear Medium
分辨率 1.56 Å R-free 0.185
7AI0 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 1) 提交 2020-09-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 FFF 75–152（78 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris, 0.075 M NaOAc, 0.1 M NaCl, 15 % w/v PEG Smear Medium
分辨率 1.56 Å R-free 0.185
7AI1 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 2) 提交 2020-09-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 CCC 75–152（78 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.2 M NH4NO3, 20 % w/v PEG Smear Broad
分辨率 2.07 Å R-free 0.266
7AI1 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 2) 提交 2020-09-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 FFF 75–152（78 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.2 M NH4NO3, 20 % w/v PEG Smear Broad
分辨率 2.07 Å R-free 0.266
7AY2 Crystal structure of truncated USP1-UAF1 reacted with ubiquitin-prg 提交 2020-11-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；8-13% w/v PEG3350, 0.1 M citric acid/Bis-Tris propane pH 4.1
分辨率 3.20 Å R-free 0.234
7AY2 Crystal structure of truncated USP1-UAF1 reacted with ubiquitin-prg 提交 2020-11-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；8-13% w/v PEG3350, 0.1 M citric acid/Bis-Tris propane pH 4.1
分辨率 3.20 Å R-free 0.234
7CAP Cyclic Lys48-linked triubiquitin 提交 2020-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；20% PEG 3350, 200 mM zinc acetate
分辨率 1.33 Å R-free 0.174
7DNI MDA5 CARDs-MAVS CARD polyUb complex 提交 2020-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
链 I 1–76（76 aa）
链 J 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
链 L 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
分辨率 3.20 Å
7DNJ K63-polyUb MDA5CARDs complex 提交 2020-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
链 I 1–76（76 aa）
链 J 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
链 L 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
7F7X Protein complex between phosphorylated ubiquitin and Ubqln2 UBA 提交 2021-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成 20 mM HEPES, 0.15 M sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7JMS Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin 提交 2020-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000
分辨率 2.78 Å R-free 0.273
7JMS Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin 提交 2020-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000
分辨率 2.78 Å R-free 0.273
7JMS Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin 提交 2020-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000
分辨率 2.78 Å R-free 0.273
7JMS Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin 提交 2020-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–75（75 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000
分辨率 2.78 Å R-free 0.273
7LYC Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A Lys13 and Lys15 in complex with BARD1 (residues 415-777) 提交 2021-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0 29% PEG3350 40 mM DL-Malic acid 5 mM DTT
分辨率 2.47 Å R-free 0.276
7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0 29% PEG3350 40 mM DL-Malic acid 5 mM DTT
分辨率 2.47 Å R-free 0.276
7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa）
未记录 GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0 29% PEG3350 40 mM DL-Malic acid 5 mM DTT
分辨率 2.47 Å R-free 0.276
7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–76（76 aa）
未记录 GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0 29% PEG3350 40 mM DL-Malic acid 5 mM DTT
分辨率 2.47 Å R-free 0.276
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 N 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MEY Structure of yeast Ubr1 in complex with Ubc2 and monoubiquitinated N-degron 提交 2021-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–75（75 aa） 片段：K48C
链 D 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 Z3V 2-(ethylamino)ethane-1-thiol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.67 Å
7MYF Ubiquitin variant UbV.k.1 in complex with Ube2k 提交 2021-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
突变：Q31F, G21R, T23Y, A57S, K59Q, K74E, E75F, T77F, V81I, L82S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2-0.3 M ammonium citrate dibasic, 20-25% PEG3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.293
7MYH Ubiquitin variant UbV.k.2 in complex with Ube2k 提交 2021-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
突变：K6S, L8F, T9V, K11L, T14M, K63N, E64D, T66I, H68R, L71I, G76L GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M sodium citrate tribasic trihydrate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.5, 20% PEG3350
分辨率 2.39 Å R-free 0.249
7OJE Crystal structure of the covalent complex between Tribolium castaneum deubiquitinase ZUP and Ubiquitin-PA 提交 2021-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8 % (v/v) Tacsimate pH 7; 22 %PEG3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.219
7OJE Crystal structure of the covalent complex between Tribolium castaneum deubiquitinase ZUP and Ubiquitin-PA 提交 2021-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8 % (v/v) Tacsimate pH 7; 22 %PEG3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.219
7OJX E2 UBE2K covalently linked to donor Ub, acceptor di-Ub, and RING E3 primed for K48-linked Ub chain synthesis 提交 2021-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
突变：K48C ZN ZINC ION × 2 ME7 1,1'-ethane-1,2-diylbis(1H-pyrrole-2,5-dione) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；Crystals were grown in: 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Bis Tris propane 7.5 and 20 % (w/v) PEG 3350. The crystallization drops were set as a 1:1 mixture of the protein complex solution and the precipitant solution.
分辨率 2.40 Å R-free 0.236
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 9 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
7RBR The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with a Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2021-07-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–77（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；280 K；0.2 M di-sodium tartrate, 20% PEG-3350,
分辨率 1.88 Å R-free 0.228
7RMA Structure of the fourth UIM (Ubiquitin Interacting Motif) of ANKRD13D in complex with a high affinity UbV (Ubiquitin Variant) 提交 2021-07-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–79（79 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；0.1M Li2SO4, 0.1M sodium acetate pH 4.5 and 50% PEG 400. Crystals were cryoprotected in this buffer plus 20% ethylene glycol
分辨率 2.00 Å R-free 0.246
7S6O The crystal structure of Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2021-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：K48R 突变：Aspartic acid residue added to C terminus (D77) ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；289 K；50 mM acetate, 8.6% PEG2000 MME, 17.1% PEG400
分辨率 1.25 Å R-free 0.175
7UV5 The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S/D286N mutant, in complex with a Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2022-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：K48R ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M sodium tartrate, 15% PEG3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.179
7W38 Structure of USP14-bound human 26S proteasome in state EA2.0_UBL 提交 2021-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 u 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7W39 Structure of USP14-bound human 26S proteasome in state EA2.1_UBL 提交 2021-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 u 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7W3A Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED4_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7W3B Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED5_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7W3C Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED0_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7W3F Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED1_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7W3G Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED2.0_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7W3H Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED2.1_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7W3I Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SB_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7W3J Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SC_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.50 Å
7W3K Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SD4_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7W3M Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SD5_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7XCR Cryo-EM structure of Dot1L and H2BK34ub-H3K79Nle nucleosome 1:1 complex 提交 2022-03-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 L 1–76（76 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.57 Å
7XCT Cryo-EM structure of Dot1L and H2BK34ub-H3K79Nle nucleosome 2:1 complex 提交 2022-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–76（76 aa）
链 N 1–76（76 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å
8BS9 Structure of USP36 in complex with Ubiquitin-PA 提交 2022-11-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.3 M potassium formate, 14% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.209
8BS9 Structure of USP36 in complex with Ubiquitin-PA 提交 2022-11-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.3 M potassium formate, 14% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.209
8C07 Structure of HECT E3 UBR5 forming K48 linked Ubiquitin chains 提交 2022-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
未记录 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8C61 Structure of USP54 in complex with Lys63-linked diUbiquitin-PA 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–75（75 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 E 1–75（75 aa）
链 F 1–76（76 aa）
突变：K63R 突变：K63R ZN ZINC ION × 6 AYE prop-2-en-1-amine × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；27.2 % (v/v) PEG 400, 0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride
分辨率 2.50 Å R-free 0.243
8C61 Structure of USP54 in complex with Lys63-linked diUbiquitin-PA 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 H 1–75（75 aa）
链 I 1–76（76 aa）
链 K 1–75（75 aa）
链 L 1–76（76 aa）
突变：K63R 突变：K63R ZN ZINC ION × 6 AYE prop-2-en-1-amine × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；27.2 % (v/v) PEG 400, 0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride
分辨率 2.50 Å R-free 0.243
8DMQ Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2022-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.19 Å R-free 0.209
8DMQ Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2022-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.19 Å R-free 0.209
8DMS Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester soaked with ADP-ribose 提交 2022-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.15 Å R-free 0.207
8DMS Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester soaked with ADP-ribose 提交 2022-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.15 Å R-free 0.207
8EFW Structure of SdeA DUB Domain disulfide crosslinked with Ubiquitin 提交 2022-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；2.8M sodium acetate: HCl pH7
分辨率 2.81 Å
8EFX Structure of OtDUB DUB Domain disulfide crosslinked with Ubiquitin 提交 2022-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.16M Magnesium chloride, 0.08M Tris at pH 8.5, 24% PEG 8000 and 20% glycerol
分辨率 1.85 Å R-free 0.229
8EHO PRRSV-1 PLP2 domain bound to ubiquitin 提交 2022-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 NO3 NITRATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Mg(NO3)2
分辨率 2.85 Å R-free 0.247
8EHO PRRSV-1 PLP2 domain bound to ubiquitin 提交 2022-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Mg(NO3)2
分辨率 2.85 Å R-free 0.247
8EHO PRRSV-1 PLP2 domain bound to ubiquitin 提交 2022-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Mg(NO3)2
分辨率 2.85 Å R-free 0.247
8F1F Structure of K48-linked tri-ubiquitin in complex with cyclic peptide 提交 2022-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
突变：D77 added to the C-terminus 突变：K48R GOL GLYCEROL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Droplets were formed by mixing equal volumes of Ub3:Ub4a complex (8 mg/ml) and the crystallization solution containing 0.15 M NaCl, 23% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M HEPES (pH 7.5)
分辨率 1.85 Å R-free 0.298
8F1F Structure of K48-linked tri-ubiquitin in complex with cyclic peptide 提交 2022-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 a 1–76（76 aa）
链 b 1–76（76 aa）
链 c 1–76（76 aa）
突变：D77 added to the C-terminus 突变：K48R EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Droplets were formed by mixing equal volumes of Ub3:Ub4a complex (8 mg/ml) and the crystallization solution containing 0.15 M NaCl, 23% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M HEPES (pH 7.5)
分辨率 1.85 Å R-free 0.298
8G6G H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8G6H H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
8G6Q H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
8G6S H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
8GRM Cryo-EM structure of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome 提交 2022-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 O 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
8H1T Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome 提交 2022-10-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 M 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8IC9 Lys48-linked K48C-diubiquitin 提交 2023-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：K48C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；38% 2-methyl-2,4-pentanediol and 50 mM sodium citrate (pH 4.0)
分辨率 1.25 Å R-free 0.219
8IC9 Lys48-linked K48C-diubiquitin 提交 2023-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：K48C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；38% 2-methyl-2,4-pentanediol and 50 mM sodium citrate (pH 4.0)
分辨率 1.25 Å R-free 0.219
8ITP Crystal structure of USP47 catalytic domain complex with ubiquitin 提交 2023-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM bis-Tris (pH 5.5), 25% PEG 3350, 50 mM MgCl2
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
8ITP Crystal structure of USP47 catalytic domain complex with ubiquitin 提交 2023-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM bis-Tris (pH 5.5), 25% PEG 3350, 50 mM MgCl2
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
8J1P Cryo-EM structure of Ufd4 in complex with K29/48 triUb 提交 2023-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
突变：K29C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8JRT Cryo-EM structure of human 26S proteasomal RP subcomplex (Ea state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of three Ub. 提交 2023-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 u 77–152（76 aa）
链 v 77–152（76 aa）
链 w 77–152（76 aa）
突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；incubation time= 3 s blotting time= 2.5 s
分辨率 3.60 Å
8JTI Cryo-EM structure of human 26S RP (Eb state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub. 提交 2023-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric
链 u 77–152（76 aa）
链 v 77–152（76 aa）
链 w 77–152（76 aa）
链 x 77–152（76 aa）
突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；incubation time= 3 s blotting time= 2.5 s
分辨率 3.80 Å
8K0G Cryo-EM structure of human 26S RP (Ed state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub. 提交 2023-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 u 77–152（76 aa）
链 v 77–152（76 aa）
链 w 77–152（76 aa）
链 x 77–152（76 aa）
突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；incubation time= 3 s blotting time= 2.5 s
分辨率 3.80 Å
8K6F LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；PEG8000, Sodium Choride, Sodium HEPES
分辨率 3.41 Å R-free 0.243
8K6R LnaB-Actin-PRUb ternary complex in the presence of AMPPNP 提交 2023-07-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；Sodium Chloride, Sodium HEPES, PEG8000
分辨率 2.76 Å R-free 0.261
8K6V LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；Magnesium acetate, MOPS, PEG8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.307
8OYP Crystal structure of Ubiquitin specific protease 11 (USP11) in complex with a substrate mimetic 提交 2023-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulphate, 11.25% v/v MPD; 11.25% PEG 1000; 11.25% w/v PEG 3350 with 5 mM CdCl2
分辨率 2.44 Å R-free 0.235
8OYP Crystal structure of Ubiquitin specific protease 11 (USP11) in complex with a substrate mimetic 提交 2023-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulphate, 11.25% v/v MPD; 11.25% PEG 1000; 11.25% w/v PEG 3350 with 5 mM CdCl2
分辨率 2.44 Å R-free 0.235
8Q00 TssM-Ub-PA complex - A USP-like DUB from B. pseudomallei (193-430) reacted with Ub-PA 提交 2023-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M ammonium citrate dibasic and 22 % w/v PEG 3350; 1:2, 1:1, 2:1 protein:reservoir ration; cryoprotected with reservoir + 25% ethylene glycol
分辨率 1.62 Å R-free 0.198
8Q00 TssM-Ub-PA complex - A USP-like DUB from B. pseudomallei (193-430) reacted with Ub-PA 提交 2023-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M ammonium citrate dibasic and 22 % w/v PEG 3350; 1:2, 1:1, 2:1 protein:reservoir ration; cryoprotected with reservoir + 25% ethylene glycol
分辨率 1.62 Å R-free 0.198
8RQI Structure of Rhizobium NopD with ubiquitin 提交 2024-01-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M imidazole 8.0 and 10% PEG8000
分辨率 1.94 Å R-free 0.199
8RX0 (NEDD8)-CRL2VHL-MZ1-Brd4BD2-Ub(G76S, K48C)-UBE2R1(C93K, S138C, C191S, C223S)-Ub 提交 2024-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 U 1–76（76 aa）
未记录 759 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8SN3 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 1) 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8SN4 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 2) 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8SN5 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 3) 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8SN6 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 4) 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8SN7 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 5) 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8SN8 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 6) 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8SN9 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c with backside ubiquitin (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 1) 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8SNA Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c with backside ubiquitin (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 2) 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8TXV Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 1) 提交 2023-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TXW Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 2) 提交 2023-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TXX Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 3) 提交 2023-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8V25 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8V26 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8V27 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 3 提交 2023-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
8V28 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 4 提交 2023-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
8W31 Crystal structure of parkin (R0RB):2pUb with activator compound 提交 2024-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–75（75 aa） 片段：residues 1-75
链 C 1–75（75 aa） 片段：residues 1-75
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 6 A1AE9 (S)-1-(6-benzyl-3-(4-(1,2,3,4-tetrahydroquinoline-1-carbonyl)phenyl)-6,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-5(4H)-yl)ethan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M Sodium Chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.294
8XEP Crystal structure of a Legionella pneumophila type IV effector in complex with ubiquitin 提交 2023-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；100 mM sodium acetate, pH 6.0, 160 mM ammonium sulfate, 21% PEG 4000, 20% glycerol
分辨率 2.95 Å R-free 0.228
9AVT Structure of TAB2 NZF domain bound to K6 / Lys6-linked diubiquitin 提交 2024-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulphate
分辨率 1.50 Å R-free 0.203
9AVW Structure of TAB2 NZF domain bound to K6 / Lys6-linked diubiquitin 提交 2024-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–152（152 aa）
链 B 1–152（152 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 6 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；2.2 M ammonium sulphate, 20% glycerol
分辨率 1.75 Å R-free 0.222
9AZJ Structure of ubiquitinated NEMO UBAN K285C-Ub G76C bound to HOIP NZF1 提交 2024-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 F 1–76（76 aa）
链 S 1–76（76 aa）
链 Z 1–76（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C 突变：G76C ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.6；293 K；150nl protein + 50 nl mother liquor: 0.1 M Tris/Bicine pH 8.6, 24.2% PEG 500 MME, 8% PEG 20K, 0.03 M each of NaI, NaBr, and NaF. Cryoprotected in mother liquor containing 20% glycerol
分辨率 3.32 Å R-free 0.285
9B0Z Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 2 提交 2024-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 C 1–152（152 aa）
链 D 1–152（152 aa）
链 G 1–152（152 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；20% PEG 2K MME, 0.2 M TAO and 0.1 M Tris pH 8.5. Cryoprotected in mother liquor containing 20% glycerol
分辨率 2.41 Å R-free 0.270
9B12 Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 1 提交 2024-03-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–152（152 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；3:1 with reservoir solution containing 50% PEG 200 and 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.269
9B12 Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 1 提交 2024-03-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–152（152 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；3:1 with reservoir solution containing 50% PEG 200 and 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.269
9C5E Covalent Complex Between Parkin Catalytic (Rcat) Domain and Ubiquitin 提交 2024-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] Rcat domain from Parkin, 300 uM Ubiquitin G75-C3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 800 uM [U-13C; U-15N] Rcat domain from Parkin, 800 uM Ubiquitin G75-C3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] Ubiquitin G75-C3, 300 uM Rcat domain from Parkin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] Rcat domain from Parkin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] Ubiquitin G75-C3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9D1I Structure of Ubiquitin bound to KLHDC3-EloB/C 提交 2024-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10%PEG5KMME, 0.1M HEPES pH=7.0, 5% Tascsimate pH=7.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.189
9DBY ncPRC1RYBP bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 N 1–76（76 aa）
突变：G76C ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9DDE ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome 提交 2024-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 N 1–76（76 aa）
突变：G76C ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9DG3 ncPRC1RYBP Delta-linker mutant bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 N 1–76（76 aa）
突变：G76C ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
9EBS Cryo-EM structure of USP1-UAF1-Ubiquitin in complex with TNG348 提交 2024-11-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 A1A4Y 3-(methanesulfonyl)propan-1-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 A1BHF 2-(4-cyclopropyl-6-methoxypyrimidin-5-yl)-9-({4-[1-methyl-4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-2-yl]phenyl}methyl)-7-(2,2,2-trifluoroethyl)-7,9-dihydro-8H-purin-8-imine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9EMK DupA from legionella covalently bound to ubiquitin-based probe 提交 2024-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A1H50 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-[(1-ethyl-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ethanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 6000 0.1 M HEPES pH7 0.2 M MgCl2
分辨率 2.17 Å R-free 0.239
9EMK DupA from legionella covalently bound to ubiquitin-based probe 提交 2024-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A1H50 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-[(1-ethyl-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ethanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 6000 0.1 M HEPES pH7 0.2 M MgCl2
分辨率 2.17 Å R-free 0.239
9EMK DupA from legionella covalently bound to ubiquitin-based probe 提交 2024-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A1H50 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-[(1-ethyl-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ethanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 6000 0.1 M HEPES pH7 0.2 M MgCl2
分辨率 2.17 Å R-free 0.239
9F5T Ubiquitin C-terminal clippase BpJOS 提交 2024-04-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1 M CHES pH 9.5; 22 % PEG 8000; 1:2 protein reservoir drop ration; cryoprotected with reservoir + 20% Glycerol
分辨率 2.56 Å R-free 0.253
9F5T Ubiquitin C-terminal clippase BpJOS 提交 2024-04-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1 M CHES pH 9.5; 22 % PEG 8000; 1:2 protein reservoir drop ration; cryoprotected with reservoir + 20% Glycerol
分辨率 2.56 Å R-free 0.253
9F6G Human USP30 chimera bound to Ubiquitin-PA 提交 2024-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.56 M sodium citrate pH 7.0
分辨率 1.50 Å R-free 0.211
9FN4 DUBS Parachlamydia sp. PcJOS 提交 2024-06-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–152（152 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Molecular Dimensions Morpheus B7, 298 K.
分辨率 2.15 Å R-free 0.201
9FPA DUBS Parachlamydia sp. PcJOS orthorhombic crystal form 提交 2024-06-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–152（152 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Midas G6. 35 % v/v glycerol ethoxylate, 0.2 M lithium citrate
分辨率 2.18 Å R-free 0.212
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 T 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 11 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 V 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 12 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 N 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9GKM Structure of HECT E3 TRIP12 forming K29/K48-branched Ubiquitin chains 提交 2024-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
突变：K48R SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.69 Å
9HNW USP1-UAF1 bound to Lys63-linked diubiquitin 提交 2024-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–75（75 aa）
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K63(DAB) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
9ISZ Structure of Clr4 catalyzing K14-ubiquitinated histone H3 K9 methylation 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 153–228（76 aa）
链 D 153–228（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-20% PEG1000, 100 mM Imidazole, 200 mM CaAc2, pH 7.0
分辨率 2.60 Å R-free 0.274
9ISZ Structure of Clr4 catalyzing K14-ubiquitinated histone H3 K9 methylation 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 153–228（76 aa）
突变：G76C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-20% PEG1000, 100 mM Imidazole, 200 mM CaAc2, pH 7.0
分辨率 2.60 Å R-free 0.274
9ISZ Structure of Clr4 catalyzing K14-ubiquitinated histone H3 K9 methylation 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 153–228（76 aa）
突变：G76C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-20% PEG1000, 100 mM Imidazole, 200 mM CaAc2, pH 7.0
分辨率 2.60 Å R-free 0.274
9MC6 Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Transthiolation state 2 提交 2025-03-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
9MC7 Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Recruitment state 4 提交 2025-03-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
9MC9 Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Transthiolation state 1 提交 2025-03-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
9MCB Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Recruitment state 1 提交 2025-03-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
9QHI Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 0) 提交 2025-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
9QUG Structure of a UBC-Ubiquitin conjugate 提交 2025-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 P4K polyethylene glycol × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Trimethylamine N-oxide dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
分辨率 1.80 Å R-free 0.192
9V33 Calypso/Asx/NCP-ub complex 提交 2025-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 M 77–151（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.90 Å
9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9S Cryo-EM structure of the ncPRC1.1 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 153–228（76 aa）
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å
9V9T Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 153–228（76 aa）
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 O 153–228（76 aa）
链 P 153–228（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.70 Å
9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 K 153–228（76 aa）
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å
9V9W Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 153–228（76 aa）
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 153–228（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9Z Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9YL3 State 1 MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric
链 O 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
9YLE State 3 MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric
链 O 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.63 Å
9YM8 State 2 focused on PHD FYR of MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric
链 O 1–76（76 aa）
链 U 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.43 Å
9YMF State 2 focused on H3 N terminal tail of MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric
链 O 1–76（76 aa）
链 U 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.45 Å

共 278 个其他 PDB 条目、426 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 H； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 K； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5d0k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5d0k
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5d0k
沉积日期 deposition_date2015-08-03
结构标题 titleStructure of UbE2D2:RNF165:Ub complex
关键词 keywordscomplex, ubiquitin, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.29 Å
零角强度 I(0) i0261068000.00
分子量 molecular_weight133590.0 kDa
排除体积 excluded_volume167550 ų
包络体积 envelope_volume241390 ų
水化壳体积 shell_volume45721 ų
包络直径 envelope_diameter170.8 Å
壳层 Rg shell_rg45.94 Å
包络 Rg envelope_rg47.80 Å
形状 Rg shape_rg48.32 Å
总 Rg total_rg48.12 Å
总原子数 total_atoms9359
残基数 n_residues1169
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax160.5 Å
Rg (实空间) rg_real49.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real2.6080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal260800000.0000
解质量估计 total_estimate0.6193
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.8 Å
偏度 Skewness skewness0.526
峰度 Kurtosis kurtosis-0.518
角度范围 angular_range— – 0.1650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.7520
最高正则化参数 α highest_alpha12620000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 0.932; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.804; Smooth: 0.187
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd5d0ka1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.1 — UBC-related
结构域编号 domain_idd5d0ka2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5d0kb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd5d0kd1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.1 — UBC-related
结构域编号 domain_idd5d0kd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5d0ke_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd5d0kg1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.1 — UBC-related
结构域编号 domain_idd5d0kg2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5d0kh_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd5d0kj1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.1 — UBC-related
结构域编号 domain_idd5d0kj2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5d0kk_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5d0kA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
结构域编号 domain_id5d0kD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
结构域编号 domain_id5d0kG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
结构域编号 domain_id5d0kJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)