SAXSdb — 9n1f

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n1f
沉积日期 deposition_date	2025-01-26
结构标题 title	Crystal Structure of the Ark2C-Ubc13~Ub-Mms2 complex
关键词 keywords	RING E3 ligase Ubiquitin PTM, LIGASE, E2~Ub conjugate, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.97 Å
零角强度 I(0) i0	40661400.00
分子量 molecular_weight	49548.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62091 Å³
包络体积 envelope_volume	82276 Å³
水化壳体积 shell_volume	25461 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.0 Å
壳层 Rg shell_rg	33.98 Å
包络 Rg envelope_rg	27.68 Å
形状 Rg shape_rg	27.94 Å
总 Rg total_rg	28.71 Å
总原子数 total_atoms	3471
残基数 n_residues	434
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.7 Å
Rg (实空间) rg_real	28.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9079
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.059
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.759
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6078000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.957

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase ARK2C
分子量 formula_weight	9859.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3541

GPLGSGAVQNTIERFTFPHKYKKDEGEESDTDEKCTICLSMLEDGEDVRRLPCMHLFHQLCVDQWLAMSKKCPICRVDIETQLGADS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
分子量 formula_weight	17566.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
突变 mutation	C87K, K92T, K94Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPLGSMAGLPRRIIKETQRLLAEPVPGIKAEPDESNARYFHVVIAGPQDSPFEGGTFKLELFLPEEYPMAAPKVRFMTKIYHPNVDKLGRIKLDILTDQWSPALQIRTVLLSIQALLSAPNPDDPLANDVAEQWKTNEAQAIETARAWTRLYAMNNI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2
分子量 formula_weight	16364.7 kDa
突变 mutation	S32A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAVSTGVKVPRNFRLLEELEEGQKGVGDGTVAWGLEDDEDMTLTRWTGMIIGPPRTNYENRIYSLKVECGPKYPEAPPSVRFVTKINMNGINNSSGMVDARSIPVLAKWQNSYSIKVVLQELRRLMMSKENMKLPQPPEGQTYNN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	64

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.735 Å
晶胞边长 b length_b	100.415 Å
晶胞边长 c length_c	142.076 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	41.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2285
R_free r_free	0.2786

fit	/app/data/saxs_computation/n1/9n1f/9n1f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n1/9n1f/9n1f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n1/9n1f/9n1f.dat

Crystal Structure of the Ark2C-Ubc13~Ub-Mms2 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)