5d4i

Intact nitrite complex of a copper nitrite reductase determined by serial femtosecond crystallography

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Copper-containing nitrite reductase

Alcaligenes faecalis

UniProt P38501

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 40–376 链 B; UniProt 40–376 链 C; UniProt 40–376 片段:UNP residues 40-376 CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:BATCH MODE;pH 4;293 K;100mM sodium acetate (pH 4.0) and 12% PEG 4000 分辨率 1.60 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NIR_ALCFA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–338; UniProt 40–376 作者链 B; PDB构建体 2–338; UniProt 40–376 作者链 C; PDB构建体 2–338; UniProt 40–376

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5d4i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5d4i
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5d4i
沉积日期 deposition_date2015-08-07
结构标题 titleIntact nitrite complex of a copper nitrite reductase determined by serial femtosecond crystallography
关键词 keywordscopper, oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.74
零角强度 I(0) i0187305000.00
分子量 molecular_weight109510.0 kDa
排除体积 excluded_volume137020 ų
包络体积 envelope_volume158950 ų
水化壳体积 shell_volume44942 ų
包络直径 envelope_diameter89.1
壳层 Rg shell_rg37.25
包络 Rg envelope_rg28.04
形状 Rg shape_rg27.70
总 Rg total_rg28.69
总原子数 total_atoms7712
残基数 n_residues1009
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.6
Rg (实空间) rg_real28.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real1.8730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.62
I(0) (倒空间) i0_reciprocal187300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9087
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.0
偏度 Skewness skewness0.108
峰度 Kurtosis kurtosis-0.560
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha63920000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.979; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.893

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd5d4ia1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5d4ia2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5d4ia3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5d4ib1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5d4ib2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5d4ib3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5d4ic1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5d4ic2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id5d4iA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id5d4iA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id5d4iB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id5d4iB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id5d4iC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id5d4iC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)