5dq0

Structure of human neuropilin-2 b1 domain with novel and unique zinc binding site

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuropilin-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 275–430	片段：b1 domain, UNP residues 475-430	ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289.15 K；25 % PEG 550 MME, 0.1 M MES pH 6.5, 0.01 M ZnSO4	分辨率 1.80 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5DQ0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2QQJ Crystal Structure of the b1b2 Domains from Human Neuropilin-2 提交 2007-07-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 275–595（321 aa）片段：F5/8 type C 1 and C 2 domains	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；0.1 M Bis-Tris, 20% PEG 5000 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 1.95 Å R-free 0.235
2QQK Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 23–595（573 aa）片段：CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 22% polyacrylic acid 5100, 0.02 M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.75 Å R-free 0.243
2QQK Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–595（573 aa）片段：CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 22% polyacrylic acid 5100, 0.02 M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.75 Å R-free 0.243
2QQL Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 23–595（573 aa）片段：CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；10% PEG 1000, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 3.10 Å R-free 0.232
2QQL Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–595（573 aa）片段：CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；10% PEG 1000, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 3.10 Å R-free 0.232
2QQO Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-2 提交 2007-07-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 145–595（451 aa）片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains	未记录	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
2QQO Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-2 提交 2007-07-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 145–595（451 aa）片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains	未记录	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
2QQO Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-2 提交 2007-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 145–595（451 aa）片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains 链 B 145–595（451 aa）片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains	未记录	CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
4QDQ Physical basis for Nrp2 ligand binding 提交 2014-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 276–595（320 aa）片段：Neuropilin-2 b1b2 domain, VEGF-C C-terminus	未记录	GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M HEPES, 0.5 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.241
4QDQ Physical basis for Nrp2 ligand binding 提交 2014-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 276–595（320 aa）片段：Neuropilin-2 b1b2 domain, VEGF-C C-terminus	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M HEPES, 0.5 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.241
4QDR Physical basis for Nrp2 ligand binding 提交 2014-05-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 276–595（320 aa）片段：unp residues 276-595	突变：T319R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES, 18% (w/v) PEG 12000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.255
4QDS Physical basis for Nrp2 ligand binding 提交 2014-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 275–457（183 aa）片段：Proteolytic fragment of s9Nrp2 coagulation factor domains 链 B 275–457（183 aa）片段：Proteolytic fragment of s9Nrp2 coagulation factor domains	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；10% PEG 1000, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 275–429（155 aa）片段：Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 275–429（155 aa）片段：Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 275–429（155 aa）片段：Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 275–429（155 aa）片段：Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
6GH8 Crystal structure of GP1 domain of Lujo virus in complex with the first CUB domain of neuropilin-2 提交 2018-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–146（120 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.03M glycyl-glycyl-glycine, 25.9% PEG 6000, 0.09M Bis-Tris Propane pH 9.5	分辨率 2.44 Å R-free 0.311
6GH8 Crystal structure of GP1 domain of Lujo virus in complex with the first CUB domain of neuropilin-2 提交 2018-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 27–146（120 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.03M glycyl-glycyl-glycine, 25.9% PEG 6000, 0.09M Bis-Tris Propane pH 9.5	分辨率 2.44 Å R-free 0.311
6TDB Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB167 peptide 提交 2019-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 275–430（156 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACE ACETYL GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N2b1-apo 0.05 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 15 % (w/v) PEG600 N2b1/VEGFB167 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG4000, 20 % (w/v) isopropanol	分辨率 2.45 Å R-free 0.250
6TDB Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB167 peptide 提交 2019-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 275–430（156 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACE ACETYL GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N2b1-apo 0.05 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 15 % (w/v) PEG600 N2b1/VEGFB167 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG4000, 20 % (w/v) isopropanol	分辨率 2.45 Å R-free 0.250
6TDB Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB167 peptide 提交 2019-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 275–430（156 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N2b1-apo 0.05 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 15 % (w/v) PEG600 N2b1/VEGFB167 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG4000, 20 % (w/v) isopropanol	分辨率 2.45 Å R-free 0.250
6TDB Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB167 peptide 提交 2019-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 275–430（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N2b1-apo 0.05 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 15 % (w/v) PEG600 N2b1/VEGFB167 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG4000, 20 % (w/v) isopropanol	分辨率 2.45 Å R-free 0.250
6TJT Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFC peptide 提交 2019-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 275–430（156 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M NaOAc, 0.1 M HEPES pH 7.5, 12 % (w/v) PEG4000	分辨率 1.31 Å R-free 0.179
6TJT Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFC peptide 提交 2019-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 275–430（156 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M NaOAc, 0.1 M HEPES pH 7.5, 12 % (w/v) PEG4000	分辨率 1.31 Å R-free 0.179
7M22 Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by human neuropilin 2 提交 2021-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 N 23–595（573 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grid was blotted with a force of -6 for 3 seconds	分辨率 3.65 Å
7T4S CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with NRP2 and neutralizing fabs 8I21 and 13H11 提交 2021-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 F 1–864（864 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging	分辨率 3.10 Å
8IVW Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-10 Fab fragment 提交 2023-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–595（571 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；21% PEG1000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 0.05M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 3.21 Å R-free 0.294
8IVW Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-10 Fab fragment 提交 2023-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 25–595（571 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；21% PEG1000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 0.05M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 3.21 Å R-free 0.294
8IVW Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-10 Fab fragment 提交 2023-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 25–595（571 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；21% PEG1000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 0.05M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 3.21 Å R-free 0.294
8IVW Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-10 Fab fragment 提交 2023-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 25–595（571 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；21% PEG1000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 0.05M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 3.21 Å R-free 0.294
8IVX Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-14 Fab fragment 提交 2023-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–595（571 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；289 K；30% PEG300, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.225

共 15 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–159； UniProt 275–430

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5dq0
沉积日期 deposition_date	2015-09-14
结构标题 title	Structure of human neuropilin-2 b1 domain with novel and unique zinc binding site
关键词 keywords	Neuropilin, VEGF, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.14 Å
零角强度 I(0) i0	7070420.00
分子量 molecular_weight	18333.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22450 Å³
包络体积 envelope_volume	25107 Å³
水化壳体积 shell_volume	14036 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.6 Å
壳层 Rg shell_rg	21.05 Å
包络 Rg envelope_rg	15.53 Å
形状 Rg shape_rg	15.05 Å
总 Rg total_rg	16.37 Å
总原子数 total_atoms	1275
残基数 n_residues	157
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.2 Å
Rg (实空间) rg_real	16.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0700e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2370e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7070000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8620
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.218
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.224
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1297000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.741; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neuropilin-2
分子量 formula_weight	18368.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1467

GHMFQCNVPLGMESGRIANEQISASSTYSDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISRETQNGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGKNHKVFQANNDATEVVLNKLHAPLLTRFVRIRPQTWHSGIALRLELFGCRVTSGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	138

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5dq0a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5dq0a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5dq0A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.390 Å
晶胞边长 b length_b	105.270 Å
晶胞边长 c length_c	45.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	36.130 Å
R 因子 r_factor	0.1791
R_work r_work	0.1771
R_free r_free	0.2173

fit	/app/data/saxs_computation/dq/5dq0/5dq0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dq/5dq0/5dq0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dq/5dq0/5dq0.dat