5dy8

Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain in Complex with the Cyclofenil Derivative 4,4'-{[(3S)-3-ethylcyclohexylidene]methanediyl}diphenol

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Estrogen receptor

Homo sapiens

UniProt P03372

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 298–554 链 B; UniProt 298–554 片段:ligand-binding domain 突变:Y537S Nuclear receptor coactivator 2 × 2 (Q15596) 5K4 4,4'-{[(3S)-3-ethylcyclohexylidene]methanediyl}diphenol × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.3;294 K;15% PEG 3350, 0.05M MgCl2, 0.067M NaCl, 0.1M Tris 分辨率 2.03 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 434 个其他 PDB 条目、522 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ESR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–257; UniProt 298–554 作者链 B; PDB构建体 1–257; UniProt 298–554

Nuclear receptor coactivator 2

物种未注明

UniProt Q15596

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 686–699 链 D; UniProt 686–699 片段:Nuclear receptor-interacting peptide Estrogen receptor × 2 (P03372) 5K4 4,4'-{[(3S)-3-ethylcyclohexylidene]methanediyl}diphenol × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.3;294 K;15% PEG 3350, 0.05M MgCl2, 0.067M NaCl, 0.1M Tris 分辨率 2.03 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 283 个其他 PDB 条目、334 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–14; UniProt 686–699 作者链 D; PDB构建体 1–14; UniProt 686–699

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5dy8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5dy8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5dy8
沉积日期 deposition_date2015-09-24
结构标题 titleCrystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain in Complex with the Cyclofenil Derivative 4,4'-{[(3S)-3-ethylcyclohexylidene]methanediyl}diphenol
关键词 keywordsNuclear receptor, transcription factor, ligand binding, protein-ligand complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.51
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.28
零角强度 I(0) i046846500.00
分子量 molecular_weight54844.0 kDa
排除体积 excluded_volume69456 ų
包络体积 envelope_volume80795 ų
水化壳体积 shell_volume29139 ų
包络直径 envelope_diameter76.7
壳层 Rg shell_rg29.96
包络 Rg envelope_rg22.48
形状 Rg shape_rg22.31
总 Rg total_rg23.07
总原子数 total_atoms3841
残基数 n_residues487
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.8
Rg (实空间) rg_real23.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real4.6850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46850000.0000
解质量估计 total_estimate0.8992
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.1
偏度 Skewness skewness0.113
峰度 Kurtosis kurtosis-0.495
角度范围 angular_range— – 0.3400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11810000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5dy8A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id5dy8B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)