5ep6

The crystal structure of NAP1 in complex with TBK1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-azacytidine-induced protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 215–255	片段：UNP RESIDUES 215-255	Serine/threonine-protein kinase TBK1 × 1 （Q9UHD2） GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；1% w/v Tryptone, 0.05 M HEPES sodium (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.217
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 215–255	片段：UNP RESIDUES 215-255	Serine/threonine-protein kinase TBK1 × 1 （Q9UHD2） GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；1% w/v Tryptone, 0.05 M HEPES sodium (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5EP6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5Z7G Crystal structure of TAX1BP1 SKICH region in complex with NAP1 提交 2018-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 33–75（43 aa）链 D 33–75（43 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；PEG 8000, 0.1 M HEPES	分辨率 2.30 Å R-free 0.233
5Z7L Crystal structure of NDP52 SKICH region in complex with NAP1 提交 2018-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 33–75（43 aa）片段：UNP residues 33-75 链 D 33–75（43 aa）片段：UNP residues 33-75	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG3350,sodium malonate	分辨率 2.02 Å R-free 0.222
7EA2 crystal structure of NAP1 FIR in complex with RB1CC1 Claw domain 提交 2021-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 6–16（11 aa）链 B 6–16（11 aa）	未记录	P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 40% PEG300	分辨率 2.14 Å R-free 0.232

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AZI2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–41； UniProt 215–255 作者链 C； PDB构建体 1–41； UniProt 215–255

Serine/threonine-protein kinase TBK1

Homo sapiens

UniProt Q9UHD2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 677–729	片段：UNP RESIDUES 677-729	5-azacytidine-induced protein 2 × 1 （Q9H6S1） GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；1% w/v Tryptone, 0.05 M HEPES sodium (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.217
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 677–729	片段：UNP RESIDUES 677-729	5-azacytidine-induced protein 2 × 1 （Q9H6S1） GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；1% w/v Tryptone, 0.05 M HEPES sodium (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5EP6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4EFO Crystal structure of the ubiquitin-like domain of human TBK1 提交 2012-03-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–383（82 aa）片段：ubiquitin-like domain, UNP RESIDUE 302-383	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；289 K；0.1M BIS-TRIS,0.2M NaCl,21% PEG 3350, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.77 Å R-free 0.204
4EFO Crystal structure of the ubiquitin-like domain of human TBK1 提交 2012-03-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 302–383（82 aa）片段：ubiquitin-like domain, UNP RESIDUE 302-383	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；289 K；0.1M BIS-TRIS,0.2M NaCl,21% PEG 3350, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.77 Å R-free 0.204
4EUT Structure of BX-795 Complexed with Unphosphorylated Human TBK1 Kinase-ULD Domain 提交 2012-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–385（384 aa）片段：Kinase-ULD Domain, UNP residues 2-385 链 B 2–385（384 aa）片段：Kinase-ULD Domain, UNP residues 2-385	突变：D135N 突变：D135N	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 IOD IODIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.5, 25% (w/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.257
4EUU Structure of BX-795 Complexed with Human TBK1 Kinase Domain Phosphorylated on Ser172 提交 2012-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–308（307 aa）片段：Kinase Domain, UNP residues 2-308 链 B 2–308（307 aa）片段：Kinase Domain, UNP residues 2-308	突变：D135N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D135N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 IOD IODIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 (5.5-7.5), 2.0 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.194
4IM0 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–657（657 aa）片段：residues 1 to 657	突变：D135N	1FV N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.236
4IM2 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–657（657 aa）片段：residues 1 to 657	突变：D135N	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.255
4IM2 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）片段：residues 1 to 657	突变：D135N	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.255
4IM3 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–657（657 aa）片段：residues 1 to 657	突变：D135N	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 HG MERCURY (II) ION × 10 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；4% MPD, 100 mM Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.34 Å R-free 0.279
4IW0 Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–657（656 aa）	突变：D135N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 4.00 Å R-free 0.291
4IWO Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–657（656 aa）	突变：S172A	1H4 N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K	分辨率 2.61 Å R-free 0.263
4IWP Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–657（656 aa）	突变：S172A	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K	分辨率 3.06 Å R-free 0.335
4IWQ Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–657（656 aa）	突变：S172A	1FV N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.310
4IWQ Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–657（656 aa）	突变：S172A	1FV N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.310
5EOA Crystal structure of OPTN E50K mutant and TBK1 complex 提交 2015-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 677–729（53 aa）片段：UNP RESIDUES 677-729 链 D 677–729（53 aa）片段：UNP RESIDUES 677-729	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291.5 K；0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/V Polyethylene glycol 4000	分辨率 2.50 Å R-free 0.267
5EOF Crystal structure of OPTN NTD and TBK1 CTD complex 提交 2015-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 677–729（53 aa）片段：UNP RESIDUES 677-729 链 D 677–729（53 aa）片段：UNP RESIDUES 677-729	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291.15 K；0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/v polyethylene glycol 4000	分辨率 2.05 Å R-free 0.245
5W5V TBK1 co-crystal structure with amlexanox 提交 2017-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	ANW 2-amino-7-(1-methylethyl)-5-oxo-5H-chromeno[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO	分辨率 3.65 Å R-free 0.290
6BNY TBK1 in complex with tetrazole analog of amlexanox 提交 2017-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	E0M 2-amino-7-(propan-2-yl)-3-(1H-tetrazol-5-yl)-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000	分辨率 3.34 Å R-free 0.287
6BOD TBK1 in complex with ethyl ester analog of amlexanox 提交 2017-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	E0P ethyl 2-amino-5-oxo-7-(propan-2-yl)-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
6BOE TBK1 in complex with amide-coupled tetrazole analog of amlexanox 提交 2017-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	E0S 2-amino-5-oxo-7-(propan-2-yl)-N-(1H-tetrazol-5-yl)-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 8000	分辨率 3.60 Å R-free 0.291
6CQ0 TBK1 in Complex with Dimethyl Amino Analog of Amlexanox 提交 2018-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	F8M 2-amino-7-[3-(dimethylamino)propyl]-5-oxo-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO	分辨率 3.19 Å R-free 0.293
6CQ4 TBK1 in Complex with Cyclohexyl Analog of Amlexanox 提交 2018-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	F8P 2-amino-7-(4,4-difluorocyclohexyl)-5-oxo-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO	分辨率 3.20 Å R-free 0.272
6CQ5 TBK1 in Complex with Sulfone Analog of Amlexanox 提交 2018-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	F8S 2-amino-7-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)-5-oxo-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO	分辨率 3.35 Å R-free 0.275
6NT9 Cryo-EM structure of the complex between human TBK1 and chicken STING 提交 2019-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–729（729 aa）链 B 1–729（729 aa）	突变：D135N 突变：D135N	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
6O8B Crystal structure of STING CTD in complex with TBK1 提交 2019-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–657（656 aa）链 B 2–657（656 aa）	突变：D135N, S172E 突变：D135N, S172E	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 1% PEG3350	分辨率 3.40 Å R-free 0.258
6RSR TBK1 in complex with compound 2 提交 2019-05-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–657（656 aa）	未记录	KHT ~{N}-(cyclopropen-1-ylmethyl)-2-[[4-[[4-[3,3,3-tris(fluoranyl)propanoyl]piperazin-1-yl]methyl]pyridin-2-yl]amino]-1~{H}-benzimidazole-5-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；100 mM HEPES pH 7.5, 5-8% PEG 8000	分辨率 3.15 Å R-free 0.307
6RST TBK1 in complex with inhibitor compound 24 提交 2019-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–657（656 aa）	突变：S172E	KHQ 1-[4-[(1~{R})-1-[2-[[5-[1-(cyclopropylmethyl)pyrazol-4-yl]-1~{H}-benzimidazol-2-yl]amino]pyridin-4-yl]ethyl]piperazin-1-yl]-3,3,3-tris(fluoranyl)propan-1-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；100 mM HEPES pH 7.5 and 5-8% PEG 8000	分辨率 3.29 Å R-free 0.303
6RSU TBK1 in complex with Inhibitor compound 35 提交 2019-05-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–657（656 aa）	未记录	KJB 3,3,3-tris(fluoranyl)-1-[4-[(1~{R})-1-[2-[[(2~{S})-5-(5-propan-2-yloxypyrimidin-4-yl)-2,3-dihydro-1~{H}-benzimidazol-2-yl]amino]pyridin-4-yl]ethyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100 mM HEPES pH 7.5, 5-8% PEG 8000	分辨率 2.75 Å R-free 0.351

共 24 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–58； UniProt 677–729 作者链 D； PDB构建体 6–58； UniProt 677–729

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ep6
沉积日期 deposition_date	2015-11-11
结构标题 title	The crystal structure of NAP1 in complex with TBK1
关键词 keywords	NAP1, TBK1, CALCOCO2, PROTEIN BINDING-TRANSFERASE complex; PROTEIN BINDING/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.65 Å
零角强度 I(0) i0	7130480.00
分子量 molecular_weight	19105.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23807 Å³
包络体积 envelope_volume	28476 Å³
水化壳体积 shell_volume	13882 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.9 Å
壳层 Rg shell_rg	23.25 Å
包络 Rg envelope_rg	19.17 Å
形状 Rg shape_rg	18.63 Å
总 Rg total_rg	19.46 Å
总原子数 total_atoms	1329
残基数 n_residues	163
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.3 Å
Rg (实空间) rg_real	19.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1300e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0170e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7979
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.581
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.250
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3466000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.615; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.688; Smooth: 0.838

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5-azacytidine-induced protein 2
分子量 formula_weight	5631.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	1599

SSDNMQHAYWELKREMSNLHLVTQVQAELLRKLKTSTAIKKENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase TBK1
分子量 formula_weight	6324.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SGSGSYPSSNTLVEMTLGMKKLKEEMEGVVKELAENNHILERFGSLTMDGGLRNVDCL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	101

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.360 Å
晶胞边长 b length_b	50.113 Å
晶胞边长 c length_c	84.416 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.451 Å
最低分辨率 resolution_low	43.092 Å
R 因子 r_factor	0.1883
R_work r_work	0.1867
R_free r_free	0.2174

fit	/app/data/saxs_computation/ep/5ep6/5ep6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ep/5ep6/5ep6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ep/5ep6/5ep6.dat

The crystal structure of NAP1 in complex with TBK1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-azacytidine-induced protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine/threonine-protein kinase TBK1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)