SAXSdb — 6nt9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase TBK1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–729 链 B； UniProt 1–729	突变：D135N	Stimulator of interferon genes protein × 2 （A0A1D5P7Q9）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6NT9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4EFO Crystal structure of the ubiquitin-like domain of human TBK1 提交 2012-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–383（82 aa）片段：ubiquitin-like domain, UNP RESIDUE 302-383	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；289 K；0.1M BIS-TRIS,0.2M NaCl,21% PEG 3350, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.77 Å R-free 0.204
4EFO Crystal structure of the ubiquitin-like domain of human TBK1 提交 2012-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 302–383（82 aa）片段：ubiquitin-like domain, UNP RESIDUE 302-383	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；289 K；0.1M BIS-TRIS,0.2M NaCl,21% PEG 3350, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.77 Å R-free 0.204
4EUT Structure of BX-795 Complexed with Unphosphorylated Human TBK1 Kinase-ULD Domain 提交 2012-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–385（384 aa）片段：Kinase-ULD Domain, UNP residues 2-385 链 B 2–385（384 aa）片段：Kinase-ULD Domain, UNP residues 2-385	突变：D135N 突变：D135N	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 IOD IODIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.5, 25% (w/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.257
4EUU Structure of BX-795 Complexed with Human TBK1 Kinase Domain Phosphorylated on Ser172 提交 2012-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–308（307 aa）片段：Kinase Domain, UNP residues 2-308 链 B 2–308（307 aa）片段：Kinase Domain, UNP residues 2-308	突变：D135N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D135N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 IOD IODIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 (5.5-7.5), 2.0 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.194
4IM0 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–657（657 aa）片段：residues 1 to 657	突变：D135N	1FV N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.236
4IM2 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–657（657 aa）片段：residues 1 to 657	突变：D135N	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.255
4IM2 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）片段：residues 1 to 657	突变：D135N	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.255
4IM3 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–657（657 aa）片段：residues 1 to 657	突变：D135N	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 HG MERCURY (II) ION × 10 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；4% MPD, 100 mM Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.34 Å R-free 0.279
4IW0 Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–657（656 aa）	突变：D135N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 4.00 Å R-free 0.291
4IWO Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–657（656 aa）	突变：S172A	1H4 N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K	分辨率 2.61 Å R-free 0.263
4IWP Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–657（656 aa）	突变：S172A	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K	分辨率 3.06 Å R-free 0.335
4IWQ Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–657（656 aa）	突变：S172A	1FV N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.310
4IWQ Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–657（656 aa）	突变：S172A	1FV N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.310
5EOA Crystal structure of OPTN E50K mutant and TBK1 complex 提交 2015-11-10	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 677–729（53 aa）片段：UNP RESIDUES 677-729 链 D 677–729（53 aa）片段：UNP RESIDUES 677-729	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291.5 K；0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/V Polyethylene glycol 4000	分辨率 2.50 Å R-free 0.267
5EOF Crystal structure of OPTN NTD and TBK1 CTD complex 提交 2015-11-10	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 677–729（53 aa）片段：UNP RESIDUES 677-729 链 D 677–729（53 aa）片段：UNP RESIDUES 677-729	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291.15 K；0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/v polyethylene glycol 4000	分辨率 2.05 Å R-free 0.245
5EP6 The crystal structure of NAP1 in complex with TBK1 提交 2015-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 677–729（53 aa）片段：UNP RESIDUES 677-729	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；1% w/v Tryptone, 0.05 M HEPES sodium (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.217
5EP6 The crystal structure of NAP1 in complex with TBK1 提交 2015-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 677–729（53 aa）片段：UNP RESIDUES 677-729	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；1% w/v Tryptone, 0.05 M HEPES sodium (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.217
5W5V TBK1 co-crystal structure with amlexanox 提交 2017-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	ANW 2-amino-7-(1-methylethyl)-5-oxo-5H-chromeno[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO	分辨率 3.65 Å R-free 0.290
6BNY TBK1 in complex with tetrazole analog of amlexanox 提交 2017-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	E0M 2-amino-7-(propan-2-yl)-3-(1H-tetrazol-5-yl)-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000	分辨率 3.34 Å R-free 0.287
6BOD TBK1 in complex with ethyl ester analog of amlexanox 提交 2017-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	E0P ethyl 2-amino-5-oxo-7-(propan-2-yl)-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
6BOE TBK1 in complex with amide-coupled tetrazole analog of amlexanox 提交 2017-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	E0S 2-amino-5-oxo-7-(propan-2-yl)-N-(1H-tetrazol-5-yl)-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 8000	分辨率 3.60 Å R-free 0.291
6CQ0 TBK1 in Complex with Dimethyl Amino Analog of Amlexanox 提交 2018-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	F8M 2-amino-7-[3-(dimethylamino)propyl]-5-oxo-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO	分辨率 3.19 Å R-free 0.293
6CQ4 TBK1 in Complex with Cyclohexyl Analog of Amlexanox 提交 2018-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	F8P 2-amino-7-(4,4-difluorocyclohexyl)-5-oxo-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO	分辨率 3.20 Å R-free 0.272
6CQ5 TBK1 in Complex with Sulfone Analog of Amlexanox 提交 2018-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	F8S 2-amino-7-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)-5-oxo-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO	分辨率 3.35 Å R-free 0.275
6O8B Crystal structure of STING CTD in complex with TBK1 提交 2019-03-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–657（656 aa）链 B 2–657（656 aa）	突变：D135N, S172E 突变：D135N, S172E	BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 1% PEG3350	分辨率 3.40 Å R-free 0.258
6RSR TBK1 in complex with compound 2 提交 2019-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–657（656 aa）	未记录	KHT ~{N}-(cyclopropen-1-ylmethyl)-2-[[4-[[4-[3,3,3-tris(fluoranyl)propanoyl]piperazin-1-yl]methyl]pyridin-2-yl]amino]-1~{H}-benzimidazole-5-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；100 mM HEPES pH 7.5, 5-8% PEG 8000	分辨率 3.15 Å R-free 0.307
6RST TBK1 in complex with inhibitor compound 24 提交 2019-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–657（656 aa）	突变：S172E	KHQ 1-[4-[(1~{R})-1-[2-[[5-[1-(cyclopropylmethyl)pyrazol-4-yl]-1~{H}-benzimidazol-2-yl]amino]pyridin-4-yl]ethyl]piperazin-1-yl]-3,3,3-tris(fluoranyl)propan-1-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；100 mM HEPES pH 7.5 and 5-8% PEG 8000	分辨率 3.29 Å R-free 0.303
6RSU TBK1 in complex with Inhibitor compound 35 提交 2019-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–657（656 aa）	未记录	KJB 3,3,3-tris(fluoranyl)-1-[4-[(1~{R})-1-[2-[[(2~{S})-5-(5-propan-2-yloxypyrimidin-4-yl)-2,3-dihydro-1~{H}-benzimidazol-2-yl]amino]pyridin-4-yl]ethyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100 mM HEPES pH 7.5, 5-8% PEG 8000	分辨率 2.75 Å R-free 0.351

共 24 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–729； UniProt 1–729 作者链 B； PDB构建体 1–729； UniProt 1–729

Stimulator of interferon genes protein

Gallus gallus

UniProt A0A1D5P7Q9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–379 链 D； UniProt 1–379	未记录	Serine/threonine-protein kinase TBK1 × 2 （Q9UHD2）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6NT9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6NT6 Cryo-EM structure of full-length chicken STING in the apo state 提交 2019-01-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–379（379 aa）链 B 1–379（379 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
6NT7 Cryo-EM structure of full-length chicken STING in the cGAMP-bound dimeric state 提交 2019-01-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–379（379 aa）链 B 1–379（379 aa）	未记录	1SY cGAMP × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
6NT8 Cryo-EM structure of full-length chicken STING in the cGAMP-bound tetrameric state 提交 2019-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–379（379 aa）链 B 1–379（379 aa）链 D 1–379（379 aa）链 E 1–379（379 aa）	未记录	1SY cGAMP × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1D5P7Q9_CHICK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–379； UniProt 1–379 作者链 D； PDB构建体 1–379； UniProt 1–379

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nt9
沉积日期 deposition_date	2019-01-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of the complex between human TBK1 and chicken STING
关键词 keywords	ER, kinase, adaptor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.70 Å
零角强度 I(0) i0	294609000.00
分子量 molecular_weight	140700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	177040 Å³
包络体积 envelope_volume	253310 Å³
水化壳体积 shell_volume	56309 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.6 Å
壳层 Rg shell_rg	43.11 Å
包络 Rg envelope_rg	38.40 Å
形状 Rg shape_rg	38.71 Å
总 Rg total_rg	38.97 Å
总原子数 total_atoms	9906
残基数 n_residues	1228
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.5 Å
Rg (实空间) rg_real	39.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	294600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8526
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.467
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.030
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.790; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.711

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase TBK1
分子量 formula_weight	85316.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	D135N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9906

MQSTSNHLWLLSDILGQGATANVFRGRHKKTGDLFAIKVFNNISFLRPVDVQMREFEVLKKLNHKNIVKLFAIEEETTTRHKVLIMEFCPCGSLYTVLEEPSNAYGLPESEFLIVLRDVVGGMNHLRENGIVHRNIKPGNIMRVIGEDGQSVYKLTDFGAARELEDDEQFVSLYGTEEYLHPDMYERAVLRKDHQKKYGATVDLWSIGVTFYHAATGSLPFRPFEGPRRNKEVMYKIITGKPSGAISGVQKAENGPIDWSGDMPVSCSLSRGLQVLLTPVLANILEADQEKCWGFDQFFAETSDILHRMVIHVFSLQQMTAHKIYIHSYNTATIFHELVYKQTKIISSNQELIYEGRRLVLEPGRLAQHFPKTTEENPIFVVSREPLNTIGLIYEKISLPKVHPRYDLDGDASMAKAITGVVCYACRIASTLLLYQELMRKGIRWLIELIKDDYNETVHKKTEVVITLDFCIRNIEKTVKVYEKLMKINLEAAELGEISDIHTKLLRLSSSQGTIETSLQDIDSRLSPGGSLADAWAHQEGTHPKDRNVEKLQVLLNCMTEIYYQFKKDKAERRLAYNEEQIHKFDKQKLYYHATKAMTHFTDECVKKYEAFLNKSEEWIRKMLHLRKQLLSLTNQCFDIEEEVSKYQEYTNELQETLPQKMFTASSGIKHTMTPIYPSSNTLVEMTLGMKKLKEEMEGVVKELAENNHILERFGSLTMDGGLRNVDCLGIHRPDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Stimulator of interferon genes protein
分子量 formula_weight	44207.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MPQDPSTRSSPARLLIPEPRAGRARHAACVLLAVCFVVLFLSGEPLAPIIRSVCTQLAALQLGVLLKGCCCLAEEIFHLHSRHHGSLWQVLCSCFPPRWYLALLLVGGSAYLDPPEDNGHSPRLALTLSCLCQLLVLALGLQKLSAVEVSELTESSKKNVAHGLAWSYYIGYLKVVLPRLKECMEELSRTNPMLRAHRDTWKLHILVPLGCDIWDDLEKADSNIQYLADLPETILTRAGIKRRVYKHSLYVIRDKDNKLRPCVLEFASPLQTLCAMSQDDCAAFSREQRLEQARLFYRSLRDILGSSKECAGLYRLIAYEEPAEPESHFLSGLILWHLQQQQREEYMVQEELPLGTSSVELSLQVSSSDLPQPLRSDCPGIHRPDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6nt9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	6nt9A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	6nt9A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6nt9A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 —

结构域编号 domain_id	6nt9B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	6nt9B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	6nt9B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6nt9B04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	86276

fit	/app/data/saxs_computation/nt/6nt9/6nt9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nt/6nt9/6nt9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nt/6nt9/6nt9.dat

Cryo-EM structure of the complex between human TBK1 and chicken STING

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase TBK1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Stimulator of interferon genes protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)