SAXSdb — 5f0l

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 35

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 14–470	片段：Residues 14-470	Vacuolar protein sorting-associated protein 26A × 1 （O75436） Sorting nexin-3 × 1 （O60493） Natural resistance-associated macrophage protein 2 × 1 （P49281） SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.75 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 15% Glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5F0L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2R17 Functional architecture of the retromer cargo-recognition complex 提交 2007-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 483–780（298 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 1M NaCl,50mM Tris, pH 8.0, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
2R17 Functional architecture of the retromer cargo-recognition complex 提交 2007-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 483–780（298 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 1M NaCl,50mM Tris, pH 8.0, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5F0J Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 提交 2015-11-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–470（457 aa）片段：Residues 14-470	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.9 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
5F0K Structure of VPS35 N terminal region 提交 2015-11-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–470（457 aa）片段：Residues 14-470	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；1.7 M AmSO4, 2% PEG 1000, 0.1 M Hepes pH 7.6	分辨率 3.07 Å R-free 0.255
5F0K Structure of VPS35 N terminal region 提交 2015-11-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 14–470（457 aa）片段：Residues 14-470	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；1.7 M AmSO4, 2% PEG 1000, 0.1 M Hepes pH 7.6	分辨率 3.07 Å R-free 0.255
5F0K Structure of VPS35 N terminal region 提交 2015-11-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 14–470（457 aa）片段：Residues 14-470	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；1.7 M AmSO4, 2% PEG 1000, 0.1 M Hepes pH 7.6	分辨率 3.07 Å R-free 0.255
5F0K Structure of VPS35 N terminal region 提交 2015-11-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 14–470（457 aa）片段：Residues 14-470	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；1.7 M AmSO4, 2% PEG 1000, 0.1 M Hepes pH 7.6	分辨率 3.07 Å R-free 0.255
5F0K Structure of VPS35 N terminal region 提交 2015-11-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 14–470（457 aa）片段：Residues 14-470	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；1.7 M AmSO4, 2% PEG 1000, 0.1 M Hepes pH 7.6	分辨率 3.07 Å R-free 0.255
5F0M Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1 (SeMet labeled) 提交 2015-11-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 14–470（457 aa）片段：Residues 14-470	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 5% Glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.254
5F0P Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1(L557M) (SeMet labeled) 提交 2015-11-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 14–470（457 aa）片段：Residues 14-470	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 10% Glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.261
5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 482–780（299 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 4-8% PEG6000.	分辨率 4.30 Å R-free 0.311
5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 482–780（299 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 4-8% PEG6000.	分辨率 4.30 Å R-free 0.311
5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 482–780（299 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 4-8% PEG6000.	分辨率 4.30 Å R-free 0.311
5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 482–780（299 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 4-8% PEG6000.	分辨率 4.30 Å R-free 0.311
5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 471–781（311 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.52 Å R-free 0.267
5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 471–781（311 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.52 Å R-free 0.267
5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 471–781（311 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.52 Å R-free 0.267
5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 471–781（311 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.52 Å R-free 0.267
7BLN VPS35/VPS29 arch of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 complex modelled with human proteins 提交 2021-01-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–796（796 aa）链 C 1–796（796 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.90 Å
7BLO VPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 complex modelled with human proteins 提交 2021-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 12–363（352 aa）链 C 12–363（352 aa）	未记录	PIB 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.50 Å
8R02 Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 476–780（305 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；20% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, 100 mM NaCl, pH 7.4	分辨率 2.50 Å R-free 0.264
8R02 Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 476–780（305 aa）	未记录	XFZ Bis-1,3-phenyl guanylhydrazon × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；20% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, 100 mM NaCl, pH 7.4	分辨率 2.50 Å R-free 0.264
8R0J Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 476–780（305 aa）	未记录	XFZ Bis-1,3-phenyl guanylhydrazon × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；18% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, pH 7.4;	分辨率 2.40 Å R-free 0.250
8R0J Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 476–780（305 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；18% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, pH 7.4;	分辨率 2.40 Å R-free 0.250
8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 471–781（311 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.288
8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 471–781（311 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.288
8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 471–781（311 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.288
8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 471–781（311 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.288

共 12 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS35_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–462； UniProt 14–470

Vacuolar protein sorting-associated protein 26A

Homo sapiens

UniProt O75436

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–317	未记录	Vacuolar protein sorting-associated protein 35 × 1 （Q96QK1） Sorting nexin-3 × 1 （O60493） Natural resistance-associated macrophage protein 2 × 1 （P49281） SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.75 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 15% Glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5F0L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FAU Crystal structure of human vps26 提交 2005-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–327（327 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；8% PEG 8000 100mM Na cacodylate pH 6.5 15% glycerol 10mM DTT 1mM TmCl3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.10 Å R-free 0.284
5F0J Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 提交 2015-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–326（325 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.9 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
5F0M Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1 (SeMet labeled) 提交 2015-11-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–321（320 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 5% Glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.254
5F0P Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1(L557M) (SeMet labeled) 提交 2015-11-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–321（321 aa）片段：Residues 1-321	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 10% Glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.261
7BLO VPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 complex modelled with human proteins 提交 2021-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 8–301（294 aa）链 J 8–301（294 aa）	未记录	PIB 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.50 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP26A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–317； UniProt 1–317

Sorting nexin-3

Homo sapiens

UniProt O60493

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–162	片段：Residues 14-470	Vacuolar protein sorting-associated protein 35 × 1 （Q96QK1） Vacuolar protein sorting-associated protein 26A × 1 （O75436） Natural resistance-associated macrophage protein 2 × 1 （P49281） SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.75 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 15% Glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5F0L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MXC Solution structure of the full length sorting nexin 3 提交 2014-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–162（161 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.100；压力 1.000 NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SNX3FL, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2YPS Crystal structure of the PX domain of human sorting nexin 3 提交 2012-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–155（132 aa）片段：PX DOMAIN, RESIDUES 24-155	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.5M FORMATE	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
2YPS Crystal structure of the PX domain of human sorting nexin 3 提交 2012-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–155（132 aa）片段：PX DOMAIN, RESIDUES 24-155	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.5M FORMATE	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
2YPS Crystal structure of the PX domain of human sorting nexin 3 提交 2012-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 24–155（132 aa）片段：PX DOMAIN, RESIDUES 24-155	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.5M FORMATE	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
2YPS Crystal structure of the PX domain of human sorting nexin 3 提交 2012-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 24–155（132 aa）片段：PX DOMAIN, RESIDUES 24-155	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.5M FORMATE	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
5F0J Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 提交 2015-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–162（162 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.9 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
5F0M Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1 (SeMet labeled) 提交 2015-11-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–162（162 aa）片段：Residues 14-470	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 5% Glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.254
5F0P Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1(L557M) (SeMet labeled) 提交 2015-11-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–162（162 aa）片段：Residues 1-162	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 10% Glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.261

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNX3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 6–167； UniProt 1–162

Natural resistance-associated macrophage protein 2

Homo sapiens

UniProt P49281

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 545–568	片段：UNP residues 545-568	Vacuolar protein sorting-associated protein 35 × 1 （Q96QK1） Vacuolar protein sorting-associated protein 26A × 1 （O75436） Sorting nexin-3 × 1 （O60493） SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.75 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 15% Glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5F0L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5F0M Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1 (SeMet labeled) 提交 2015-11-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 549–560（12 aa）片段：UNP residues 549-560	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 5% Glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.254
5F0P Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1(L557M) (SeMet labeled) 提交 2015-11-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 549–560（12 aa）	突变：L557M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 10% Glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.261
9F6N Human divalent metal transporter 1 (DMT1/SLC11A2) in complex with manganese, in an occluded state 提交 2024-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–590（589 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.60 Å
9F6O Human divalent metal transporter 1 (DMT1/SLC11A2) in complex with sybody 1, in an occluded state 提交 2024-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–590（589 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRAM2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–24； UniProt 545–568

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5f0l
沉积日期 deposition_date	2015-11-27
结构标题 title	Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1
关键词 keywords	protein transport, retromer, sorting nexin; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.15 Å
零角强度 I(0) i0	177899000.00
分子量 molecular_weight	108890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	136940 Å³
包络体积 envelope_volume	188550 Å³
水化壳体积 shell_volume	43339 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.4 Å
壳层 Rg shell_rg	40.44 Å
包络 Rg envelope_rg	41.22 Å
形状 Rg shape_rg	40.17 Å
总 Rg total_rg	40.09 Å
总原子数 total_atoms	7638
残基数 n_residues	917
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.2 Å
Rg (实空间) rg_real	40.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	177800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7860
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.663
峰度 Kurtosis kurtosis	0.295
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.596; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.584; Smooth: 0.843

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 35
分子量 formula_weight	53288.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7638

GAMGSKLLDEAIQAVKVQSFQMKRCLDKNKLMDALKHASNMLGELRTSMLSPKSYYELYMAISDELHYLEVYLTDEFAKGRKVADLYELVQYAGNIIPRLYLLITVGVVYVKSFPQSRKDILKDLVEMCRGVQHPLRGLFLRNYLLQCTRNILPDEGEPTDEETTGDISDSMDFVLLNFAEMNKLWVRMQHQGHSRDREKRERERQELRILVGTNLVRLSQLEGVNVERYKQIVLTGILEQVVNCRDALAQEYLMECIIQVFPDEFHLQTLNPFLRACAELHQNVNVKNIIIALIDRLALFAHREDGPGIPADIKLFDIFSQQVATVIQSRQDMPSEDVVSLQVSLINLAMKCYPDRVDYVDKVLETTVEIFNKLNLEHIATSSAVSKELTRLLKIPVDTYNNILTVLKLKHFHPLFEYFDYESRKSMSCYVLSNVLDYNTEIVSQDQVDSIMNLVSTLIQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 26A
分子量 formula_weight	37164.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSFLGGFFGPICEIDIVLNDGETRKMAEMKTEDGKVEKHYLFYDGESVSGKVNLAFKQPGKRLEHQGIRIEFVGQIELFNDKSNTHEFVNLVKELALPGELTQSRSYDFEFMQVEKPYESYIGANVRLRYFLKVTIVRRLTDLVKEYDLIVHQLATYPDVNNSIKMEVGIEDCLHIEFEYNKSKYHLKDVIVGKIYFLLVRIKIQHMELQLIKKEITGIGPSTTTETETIAKYEIMDGAPVKGESIPIRLFLAGYDPTPTMRDVNKKFSVRYFLNLVLVDEEDRRYFKQQEIILWRKAPEKLRKQRTNFHQRFESPE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Sorting nexin-3
分子量 formula_weight	19193.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GAMGSMAETVADTRRLITKPQNLNDAYGPPSNFLEIDVSNPQTVGVGRGRFTTYEIRVKTNLPIFKLKESTVRRRYSDFEWLRSELERESKVVVPPLPGKAFLRQLPFRGDDGIFDDNFIEERKQGLEQFINKVAGHPLAQNERCLHMFLQDEIIDKSYTPSKIRHA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Natural resistance-associated macrophage protein 2
分子量 formula_weight	2660.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

HLGLTAQPELYLLNTMDADSLVSR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5f0lB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	5f0lB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	5f0lC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1520 — PX Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phox-like domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	371.370 Å
晶胞边长 b length_b	75.210 Å
晶胞边长 c length_c	57.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	56.800 Å
R 因子 r_factor	0.2141
R_work r_work	0.2118
R_free r_free	0.2588

fit	/app/data/saxs_computation/f0/5f0l/5f0l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f0/5f0l/5f0l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f0/5f0l/5f0l.dat

Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 35

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vacuolar protein sorting-associated protein 26A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sorting nexin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Natural resistance-associated macrophage protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)