5fwp

Atomic cryoEM structure of Hsp90-Cdc37-Cdk4 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 142.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEAT SHOCK PROTEIN HSP 90 BETA

HOMO SAPIENS

UniProt P08238

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–724 链 B; UniProt 1–724 未记录 HSP90 CO-CHAPERONE CDC37 × 1 (Q16543) CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4 × 1 (P11802) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;20mM Tris-HCl (pH 7.5), 150 mM NaCl, 10 mM KCl, 10 mM MgCl2, 20 mM Na2MoO4, 2mM DTT, 0.085mM DDM cryo-EM玻璃化条件:Single blot from 4 to 6 seconds, at 20C;95 K;冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE 分辨率 7.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HS90B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–727; UniProt 1–724 作者链 B; PDB构建体 4–727; UniProt 1–724

HSP90 CO-CHAPERONE CDC37

HOMO SAPIENS

UniProt Q16543

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–378 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) HEAT SHOCK PROTEIN HSP 90 BETA × 2 (P08238) CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4 × 1 (P11802) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;20mM Tris-HCl (pH 7.5), 150 mM NaCl, 10 mM KCl, 10 mM MgCl2, 20 mM Na2MoO4, 2mM DTT, 0.085mM DDM cryo-EM玻璃化条件:Single blot from 4 to 6 seconds, at 20C;95 K;冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE 分辨率 7.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDC37_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–378; UniProt 1–378

CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4

HOMO SAPIENS

UniProt P11802

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–303 片段:KINASE DOMAIN HEAT SHOCK PROTEIN HSP 90 BETA × 2 (P08238) HSP90 CO-CHAPERONE CDC37 × 1 (Q16543) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;20mM Tris-HCl (pH 7.5), 150 mM NaCl, 10 mM KCl, 10 mM MgCl2, 20 mM Na2MoO4, 2mM DTT, 0.085mM DDM cryo-EM玻璃化条件:Single blot from 4 to 6 seconds, at 20C;95 K;冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE 分辨率 7.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDK4_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 8–310; UniProt 1–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5fwp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5fwp
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5fwp
沉积日期 deposition_date2016-02-18
结构标题 titleAtomic cryoEM structure of Hsp90-Cdc37-Cdk4 complex
关键词 keywordsHSP90, CDC37, CDK4, CHAPERONE, KINASE, UNFOLDING; CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.97
零角强度 I(0) i0605831000.00
分子量 molecular_weight201990.0 kDa
排除体积 excluded_volume253180 ų
包络体积 envelope_volume331970 ų
水化壳体积 shell_volume68452 ų
包络直径 envelope_diameter149.1
壳层 Rg shell_rg46.17
包络 Rg envelope_rg39.55
形状 Rg shape_rg39.95
总 Rg total_rg40.36
总原子数 total_atoms28355
残基数 n_residues1735
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax142.2
Rg (实空间) rg_real40.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.33
I(0) (实空间) i0_real6.0580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal605900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8600
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary51.0
偏度 Skewness skewness0.259
峰度 Kurtosis kurtosis-0.261
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha74650000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.734; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.974

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)