SAXSdb — 5gvi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 61–501	片段：UNP residues 61-501 突变：C73A, D127V	ubiquitin × 1 （P62983） ubiquitin × 1 （P62983） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；90 mM Tris-HCl, 180 mM ammonium acetate, 23% PEG3350, 10 mM TCEP	分辨率 1.87 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0R4ILB8_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–444； UniProt 61–501

ubiquitin

Mus musculus

UniProt P62983

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–76 链 C； UniProt 1–72	突变：K6R	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30 × 1 （A0A0R4ILB8） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；90 mM Tris-HCl, 180 mM ammonium acetate, 23% PEG3350, 10 mM TCEP	分辨率 1.87 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5GVI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3VHT Crystal structure of GFP-Wrnip1 UBZ domain fusion protein in complex with ubiquitin 提交 2011-09-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.2M DL-Malic acid, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.40 Å R-free 0.238
5XIS Crystal structure of RNF168 UDM1 in complex with Lys63-linked diubiquitin, form I 提交 2017-04-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–76（76 aa）链 C 1–76（76 aa）	突变：K63R	XYZ beta-D-xylofuranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 100 mM MgCl2	分辨率 1.78 Å R-free 0.245
5XIS Crystal structure of RNF168 UDM1 in complex with Lys63-linked diubiquitin, form I 提交 2017-04-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–76（76 aa）链 F 1–76（76 aa）	突变：K63R	XYZ beta-D-xylofuranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 100 mM MgCl2	分辨率 1.78 Å R-free 0.245
5XIT Crystal structure of RNF168 UDM1 in complex with Lys63-linked diubiquitin, form II 提交 2017-04-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–76（76 aa）链 D 1–76（76 aa）	突变：K63R	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG MME 2000, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 10 mM Pr acetate	分辨率 2.25 Å R-free 0.239
5XIT Crystal structure of RNF168 UDM1 in complex with Lys63-linked diubiquitin, form II 提交 2017-04-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–76（76 aa）链 H 1–76（76 aa）	突变：K63R	GOL GLYCEROL × 1 PR PRASEODYMIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG MME 2000, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 10 mM Pr acetate	分辨率 2.25 Å R-free 0.239
5XIU Crystal structure of RNF168 UDM2 in complex with Lys63-linked diubiquitin 提交 2017-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；25% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl (pH8.5), 0.2 M Ammonium Acetate	分辨率 1.80 Å R-free 0.207
7E62 Mouse TAB2 NZF in complex with Lys6-linked diubiquitin 提交 2021-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–77（77 aa）	突变：K6R 突变：A77D	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 1.44 M sodium citrate	分辨率 1.99 Å R-free 0.264
7E62 Mouse TAB2 NZF in complex with Lys6-linked diubiquitin 提交 2021-02-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–76（76 aa）链 I 1–77（77 aa）	突变：K6R 突变：A77D	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 1.44 M sodium citrate	分辨率 1.99 Å R-free 0.264
7LS1 80S ribosome from mouse bound to eEF2 (Class II) 提交 2021-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：85-meric	链 U3 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 second blotting, force 3	分辨率 3.30 Å
7LS2 80S ribosome from mouse bound to eEF2 (Class I) 提交 2021-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：85-meric	链 U3 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 second blotting, force 3	分辨率 3.10 Å
9QOH Mouse Ribosome POST translocation state 提交 2025-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric	链 U3 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 122 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å
9QQL Mouse RPS15 P131 Mutant Ribosome POST translocation state 提交 2025-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric	链 U3 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 122 UNK UNKNOWN × 22 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
9QZP Mouse Ribosome Classical Pre translocation state 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：85-meric	链 U3 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 118 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS27A_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 C； PDB构建体 1–72； UniProt 1–72

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5gvi
沉积日期 deposition_date	2016-09-05
结构标题 title	Zebrafish USP30 in complex with Lys6-linked diubiquitin
关键词 keywords	Complex, mitophagy, Hydrolase-SIGNALING PROTEIN complex; Hydrolase/SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.16 Å
零角强度 I(0) i0	49430100.00
分子量 molecular_weight	53842.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67117 Å³
包络体积 envelope_volume	81275 Å³
水化壳体积 shell_volume	28424 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.0 Å
壳层 Rg shell_rg	31.08 Å
包络 Rg envelope_rg	24.75 Å
形状 Rg shape_rg	24.09 Å
总 Rg total_rg	25.11 Å
总原子数 total_atoms	3781
残基数 n_residues	474
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49430000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8469
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.500
峰度 Kurtosis kurtosis	0.084
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9846000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.696; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.988

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
分子量 formula_weight	50492.8 kDa
突变 mutation	C73A, D127V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3904

SHMGMVPGLLNLGNTAFMNSLLQGLAACPSFIRWLEDFTSQNSADRERTERETQLSRSLMQLLKALSSHVPGEDDVLDAGGLLEALRLYRWHISSFEEQDAHELFHVLTSSLEEEQERQPRVAHLFDMQTLEKSVESKEKNISCRSGGPLHPIPSLWRTRHPFHGRLTSYMACKRCEQQSPVHYDSFDSLSLSIPSIQWGRPVTLDQCLQHFISSETIKEVECENCTKQQAGELVNGEVLESQRTTFVKQLKLGKLPQCLCIHLQRLTWSKEGSPIKRQEHVQFTEYLSLDRYKHCSAAQSQQKTSRTNKAKASADPKDKAIANGVDSEHCNNNKPQSNGTFPSVFLHSPGLSSQLNLTYDYSTSEYLFRLTAVLVHHGDMHSGHFITYRRCPAAPRGTSPFSSQWLWVSDDSVRKASLQEVLSSSAYLLFYERMQRPGLRVEE

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	Zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ubiquitin
分子量 formula_weight	8604.8 kDa
突变 mutation	K6R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQIFVRTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ubiquitin
分子量 formula_weight	8192.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5gvib_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d5gvic_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5gviA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	130.270 Å
晶胞边长 b length_b	130.270 Å
晶胞边长 c length_c	59.881 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	44.083 Å
R 因子 r_factor	0.1779
R_work r_work	0.1764
R_free r_free	0.2060

fit	/app/data/saxs_computation/gv/5gvi/5gvi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gv/5gvi/5gvi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gv/5gvi/5gvi.dat

Zebrafish USP30 in complex with Lys6-linked diubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)