SAXSdb — 5gxb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactose permease

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–417	未记录	nanobody × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100mM MES pH 6.0, 100mM (NH4)2C4H4O6, 43% PEG 400	分辨率 3.30 Å R-free 0.346

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5GXB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PV6 Crystal structure of lactose permease 提交 2003-06-26	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）	突变：C154G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.337
1PV6 Crystal structure of lactose permease 提交 2003-06-26	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–417（417 aa）	突变：C154G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.337
1PV7 Crystal structure of lactose permease with TDG 提交 2003-06-26	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）	突变：C154G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.296
1PV7 Crystal structure of lactose permease with TDG 提交 2003-06-26	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–417（417 aa）	突变：C154G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.296
2CFP Sugar Free Lactose Permease at acidic pH 提交 2006-02-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）	突变：YES	HG MERCURY (II) ION × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.30 Å R-free 0.328
2CFQ Sugar Free Lactose Permease at neutral pH 提交 2006-02-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）	突变：YES	HG MERCURY (II) ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.95 Å R-free 0.298
2V8N Wild-type Structure of Lactose Permease 提交 2007-08-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.60 Å R-free 0.333
2V8N Wild-type Structure of Lactose Permease 提交 2007-08-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–417（417 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.60 Å R-free 0.333
2Y5Y Crystal structure of LacY in complex with an affinity inactivator 提交 2011-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–417（417 aa）链 B 1–417（417 aa）	突变：YES 突变：YES	BA BARIUM ION × 2 TGA 2-sulfanylethyl beta-D-galactopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 3.38 Å R-free 0.303
4ZYR Crystal structure of E. coli Lactose permease G46W/G262W bound to p-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside (alpha-NPG) 提交 2015-05-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）	突变：G46W, G262W	9PG 4-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside × 1 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；1.0 M NaCl 0.05 M Tris (pH8.0) 26% PEG 600	分辨率 3.31 Å R-free 0.278
4ZYR Crystal structure of E. coli Lactose permease G46W/G262W bound to p-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside (alpha-NPG) 提交 2015-05-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–417（417 aa）	突变：G46W, G262W	9PG 4-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside × 1 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；1.0 M NaCl 0.05 M Tris (pH8.0) 26% PEG 600	分辨率 3.31 Å R-free 0.278
6C9W Crystal Structure of a ligand bound LacY/Nanobody Complex 提交 2018-01-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–417（417 aa）片段：Full	突变：G46W, G262W	9PG 4-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside × 1 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；295 K；0.1 M MgCl2, 28% PEG1000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
8Y9Y Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+1C) 提交 2024-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 315–334（20 aa）	突变：T1M,R2A,L3K,A4K,G5T,C53A	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
8YA0 Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+7C) 提交 2024-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 316–332（17 aa）	突变：R2A, L3K, A4K, G5T, C14T, F17L	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
8YA2 Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+20C) 提交 2024-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 315–334（20 aa）	突变：T1M,R2A,L3K,A4K,G5T,E45C,C53A	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8YA3 Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+7C) treated with DTT 提交 2024-02-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 315–334（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
9XOU CryoEM structure of LacY with Trimbody 提交 2025-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 G 1–417（417 aa）链 H 1–417（417 aa）链 I 1–417（417 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å

共 13 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LACY_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–417； UniProt 1–417

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5gxb
沉积日期 deposition_date	2016-09-16
结构标题 title	crystal structure of a LacY/Nanobody complex
关键词 keywords	transporter, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.46 Å
零角强度 I(0) i0	46192800.00
分子量 molecular_weight	58231.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74975 Å³
包络体积 envelope_volume	87947 Å³
水化壳体积 shell_volume	28935 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.57 Å
包络 Rg envelope_rg	26.65 Å
形状 Rg shape_rg	26.43 Å
总 Rg total_rg	27.24 Å
总原子数 total_atoms	4121
残基数 n_residues	519
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	46190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8437
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.535
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.103
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9509000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.710; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.875; Smooth: 0.957

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lactose permease
分子量 formula_weight	47618.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4121

MYYLKNTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTWIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALCASIVGIMFTINNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFWYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGPLSLLRRQVNEVAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	nanobody
分子量 formula_weight	15690.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQVQLVESGGRLVQAGDSLRLSCAASGRTFTTYLMGWFRQAPGKEREFVAAIRWSGGSTYYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKLEDTAVYYCAAAARPSYSGDYGYTEALRYDYWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5gxbA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — MFS general substrate transporter like domains

结构域编号 domain_id	5gxbA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — MFS general substrate transporter like domains

结构域编号 domain_id	5gxbB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.543 Å
晶胞边长 b length_b	96.543 Å
晶胞边长 c length_c	145.025 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.342 Å
R 因子 r_factor	0.3400
R_work r_work	0.3397
R_free r_free	0.3465

fit	/app/data/saxs_computation/gx/5gxb/5gxb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gx/5gxb/5gxb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gx/5gxb/5gxb.dat

crystal structure of a LacY/Nanobody complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactose permease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)