SAXSdb — 8y9y

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y9y
沉积日期 deposition_date	2024-02-07
结构标题 title	Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+1C)
关键词 keywords	Protein translocation, Membrane protein insertion, Protein chaperone, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.10 Å
零角强度 I(0) i0	301757000.00
分子量 molecular_weight	145080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	183700 Å³
包络体积 envelope_volume	241460 Å³
水化壳体积 shell_volume	54864 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.07 Å
包络 Rg envelope_rg	35.81 Å
形状 Rg shape_rg	36.10 Å
总 Rg total_rg	36.59 Å
总原子数 total_atoms	10207
残基数 n_residues	1284
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	301800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9058
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.184
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein translocase subunit SecA
分子量 formula_weight	88673.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.4.2.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10207

MLGILNKMFDPTKRTLNRYEKIANDIDAIRGDYENLSDDALKHKTIEFKERLEKGATTDDLLVEAFAVVREASRRVTGMFPFKVQLMGGVALHDGNIAEMKTGEGKTLTSTLPVYLNALTGKGVHVVTVNEYLASRDAEQMGKIFEFLGLTVGLNLNSMSKDEKREAYAADITYSTNNELGFDYLRDNMVLYKEQMVQRPLHFAVIDEVDSILIDEARTPLIISGQAAKSTKLYVQANAFVRTLKAEKDYTYDIKTKAVQLTEEGMTKAEKAFGIDNLFDVKHVALNHHINQALKAHVAMQKDVDYVVEDGQVVIVDSFTGRLMKGRRYSEGLHQAIEAKEGLEIQNESMTLATITFQNYFRMYEKLAGMTGTAKTEEEEFRNIYNMQVVTIPTNRPVVRDDRPDLIYRTMEGKFKAVAEDVAQRYMTGQPVLVGTVAVETSELISKLLKNKGIPHQVLNAKNHEREAQIIEEAGQKGAVTIATNMAGRGTDIKLGEGVKELGGLAVVGTERHESRRIDNQLRGRSGRQGDPGITQFYLSMEDELMRRFGAERTMAMLDRFGMDDSTPIQSKMVSRAVESSQKRVEGNNFDSRKQLLQYDDVLRQQREVIYKQRFEVIDSENLREIVENMIKSSLERAIAAYTPREELPEEWKLDGLVDLINTTYLDEGALEKSDIFGKEPDEMLELIMDRIITKYNEKEEQFGKEQMREFEKVIVLRAVDSKWMDHIDAMDQLRQGIHLRAYAQTNPLREYQMEGFAMFEHMIESIEDEVAKFVMKA

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 polymer

描述 description	Protein translocase subunit SecY
分子量 formula_weight	47512.1 kDa
突变 mutation	G60C, Q202T, F211T, R213N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MFRTISNFMRVSDIRNKIIFTLLMLIVFRIGTFIPVPSVNTDVLKLQDQLNAFGVLNIFCGGALQNFSIFAMGVMPYITASIIVQLLQMDVVPKFAEWSKQGEMGRRKLAQFTRYFTIVLGFIQALGMSYGFNNLAGGMLIQNPGIGTYLLIAVVLTAGTAFLMWLGEQITAKGVGNGISIIIFAGIVSGIPTILNQIYAQTFENVGEDLTLNIVRLLLVALAVVAVIVGVIYIQQAFRKIPIQYAKRLEGRNPVGGHSTHLPLKVNPAGVIPVIFAVSFLIAPPTIASFFGTNDVTLWIRRTFDYTHPVGMTIYVVLIIAFTYFYAFVQVNPEQMADNLKKQGGYIPGIRPGKNTQEYVTRILYRLTLVGSLFLAFIAVLPVFFVNFANLPPSAQIGGTSLLIVVGVALETMKQLESQLVKRHYRGFIK

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus thermodenitrificans NG80-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	420246
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 3 polymer

描述 description	Protein translocase subunit SecE
分子量 formula_weight	8249.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MQRVTNFFKEVVRELKKVSWPNRKELVNYTAVVLATVAFFTVFFAVIDLGISQLIRLVFEGGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus thermodenitrificans NG80-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	420246
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 4 polymer

描述 description	Substrate FtsQ-LacY(+1C)
分子量 formula_weight	7793.0 kDa
突变 mutation	T1M,R2A,L3K,A4K,G5T,C53A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAKKTILFLLTVLTTVLVSGWVVLGCQYEDGSSGVVILKTLHMFEVPFLLVGAFSISGDGDSPHSYHSGDGDK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.29 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	212292

fit	/app/data/saxs_computation/y9/8y9y/8y9y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y9/8y9y/8y9y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y9/8y9y/8y9y.dat

Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+1C)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)