5ikc

X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 125.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAb 6H10 light chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–233	未记录	Ighg protein × 1 （Q569X1） Neuronal migration protein doublecortin × 1 （O43602） CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 22–233	未记录	Ighg protein × 1 （Q569X1） Neuronal migration protein doublecortin × 1 （O43602） CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5IKC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5VLP PCSK9 complex with LDLR antagonist peptide and Fab7G7 提交 2017-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 127–234（108 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；ammonium acetate, 1,8diaminooctane	分辨率 2.90 Å R-free 0.209
6U2F PCSK9-Fab 7G7 complex bound to cis-1-amino-4-phenylcyclohexaneacyl-WNLK(hR)IGLLR - NH2 提交 2019-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 127–234（108 aa）片段：Fab	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；4 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 3% v/v 1,8 diaminooctane	分辨率 2.94 Å R-free 0.209
6U3I Design of organo-peptides as bipartite PCSK9 antagonists 提交 2019-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 127–234（108 aa）片段：Fab	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；4 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 3% v/v 1,8 diaminooctane	分辨率 2.90 Å R-free 0.217
6VRH Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with paroxetine and 8B6 Fab 提交 2020-02-07	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 117–234（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 8PR Paroxetine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
6VRK Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with Br-paroxetine and 8B6 Fab 提交 2020-02-07	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 117–234（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 RFS Br-paroxetine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6VRL Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with I-paroxetine and 8B6 Fab 提交 2020-02-07	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 117–234（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 RFY I-paroxetine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	A0A0U5BC76_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–213； UniProt 22–233 作者链 L； PDB构建体 2–213； UniProt 22–233

Ighg protein

Mus musculus

UniProt Q569X1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 21–240	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MAb 6H10 light chain × 1 （A0A0U5BC76） Neuronal migration protein doublecortin × 1 （O43602） CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 21–240	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MAb 6H10 light chain × 1 （A0A0U5BC76） Neuronal migration protein doublecortin × 1 （O43602） CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5IKC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5VXR The antigen-binding fragment of MAb24 in complex with a peptide from Hepatitis C Virus E2 epitope I (412-423) 提交 2017-05-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 141–239（99 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；12.5% PEG3000, 100 mM sodium chloride, 100 mM sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 6.2	分辨率 1.40 Å R-free 0.190
6U2F PCSK9-Fab 7G7 complex bound to cis-1-amino-4-phenylcyclohexaneacyl-WNLK(hR)IGLLR - NH2 提交 2019-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 137–239（103 aa）片段：Fab	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；4 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 3% v/v 1,8 diaminooctane	分辨率 2.94 Å R-free 0.209

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q569X1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–215； UniProt 21–240 作者链 H； PDB构建体 2–215； UniProt 21–240

Neuronal migration protein doublecortin

Homo sapiens

UniProt O43602

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 52–140	片段：N-terminal domain, UNP Residues 133-221	MAb 6H10 light chain × 1 （A0A0U5BC76） Ighg protein × 1 （Q569X1） CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 52–140	片段：N-terminal domain, UNP Residues 133-221	MAb 6H10 light chain × 1 （A0A0U5BC76） Ighg protein × 1 （Q569X1） CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5IKC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MJD Structure of N-terminal domain of human doublecortin 提交 2002-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–192（106 aa）片段：N-terminal domain, Residues (45-150)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1mM doublecortin 45-150 U-15N, 13C; 50mM phosphate buffer; 5mMM DTT \| 90% H2O, 10% H2O	分辨率未提供
2BQQ X-ray Structure of the N-terminal Domain of Human Doublecortin 提交 2005-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–150（106 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 45-150	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；1.4 M NAH2PO4, 0.35 M K2HPO4, 0.6% PEG 150, SITTING DROP, pH 4.40	分辨率 2.20 Å R-free 0.237
2XRP Human Doublecortin N-DC Repeat (1MJD) and Mammalian Tubulin (1JFF and 3HKE) Docked into the 8-Angstrom Cryo-EM Map of Doublecortin- Stabilised Microtubules 提交 2010-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 I 46–140（95 aa）片段：RESIDUES 46-140	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 80MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP；pH 6.8；80MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 8.20 Å
4ATU Human doublecortin N-DC repeat plus linker, and tubulin (2XRP) docked into an 8A cryo-EM map of doublecortin-stabilised microtubules reconstructed in absence of kinesin 提交 2012-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 I 2–360（359 aa）片段：RESIDUES 2-360	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP；pH 6.8；20MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT	分辨率 8.30 Å
5IN7 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 127–231（105 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 127-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.48 Å R-free 0.236
5IN7 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 127–231（105 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 127-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.48 Å R-free 0.236
5IO9 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–230（98 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 1.30 Å R-free 0.210
5IO9 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 133–230（98 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 1.30 Å R-free 0.210
5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–231（99 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 133–231（99 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 133–231（99 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 133–231（99 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 133–231（99 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 133–231（99 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5IP4 X-RAY STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 251–341（91 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 251-341	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEGMME, 100 mM Bis-Tris pH 6.5	分辨率 1.81 Å R-free 0.246
5IP4 X-RAY STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 251–341（91 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 251-341	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEGMME, 100 mM Bis-Tris pH 6.5	分辨率 1.81 Å R-free 0.246
6FNZ Crystal Structure of domain-swapped C-terminal domain of human doublecortin 提交 2018-02-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 174–254（81 aa）片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254 链 C 174–254（81 aa）片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；20 mg/mL protein and 3x cmc CHAPS in 20mM CAPS/NaOH pH10.5, 100mM NaCl, 5mM TCEP mixed 60-70% with 40-30% reservoir consisting of 0.1M HEPES/NaOH pH7.0, 10% PEG 5000 MME, 5% Tacsimate	分辨率 2.23 Å R-free 0.231
6FNZ Crystal Structure of domain-swapped C-terminal domain of human doublecortin 提交 2018-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 174–254（81 aa）片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254 链 D 174–254（81 aa）片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；20 mg/mL protein and 3x cmc CHAPS in 20mM CAPS/NaOH pH10.5, 100mM NaCl, 5mM TCEP mixed 60-70% with 40-30% reservoir consisting of 0.1M HEPES/NaOH pH7.0, 10% PEG 5000 MME, 5% Tacsimate	分辨率 2.23 Å R-free 0.231
6REV Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of human doublecortin (DCX) bound to 13-protofilament GDP-microtubule 提交 2019-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 44–142（99 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6RF2 Cryo-EM structure of the C-terminal DC repeat (CDC) of human doublecortin (DCX) bound to 13-protofilament GDP.Pi-microtubule 提交 2019-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 178–264（87 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6RF8 Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of NDC-NDC chimera (human sequence) bound to 13-protofilament GDP-microtubule 提交 2019-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 44–142（99 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6RFD Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of NDC-NDC chimera (human sequence) bound to 14-protofilament GDP-microtubule 提交 2019-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 44–142（99 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 13 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 2–90； UniProt 52–140 作者链 N； PDB构建体 2–90； UniProt 52–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ikc
沉积日期 deposition_date	2016-03-03
结构标题 title	X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB
关键词 keywords	DCX DOMAIN, UBIQUITIN-LIKE FOLD, MICROTUBULE ASSOCIATED, SIGNALING PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.06 Å
零角强度 I(0) i0	204256000.00
分子量 molecular_weight	112570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	139720 Å³
包络体积 envelope_volume	184890 Å³
水化壳体积 shell_volume	44118 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.88 Å
包络 Rg envelope_rg	35.72 Å
形状 Rg shape_rg	36.05 Å
总 Rg total_rg	36.43 Å
总原子数 total_atoms	7923
残基数 n_residues	1027
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.6 Å
Rg (实空间) rg_real	36.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	204200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8709
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.396
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.227
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.848

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MAb 6H10 light chain
分子量 formula_weight	23510.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,L
原子数 atom_count	8308

DIVMTQSQKLMSTSVGDRVSITCKASQIVDTAVAWYQQKPGQSPKPLIYLASNRHTGVPDRFTGSGSGTDFTLTINNVQSDDLADYFCLQHWNYPLTFGAGTKLELKGADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ighg protein
分子量 formula_weight	22799.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H

QVQLQQSGADLVRPGASVKLSCTASGFDIKDDYVHWVKQRPEQGLEWIGRIDPANGATKYAPKFQDKATLTADTSSNTAYLQLSSLTSEDTAVYYCGRSKYFDSWGQGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPGCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPESVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSVAHPASSTTVDKKLEPS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Neuronal migration protein doublecortin
分子量 formula_weight	10398.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

AAKKVRFYRNGDRYFKGIVYAVSSDRFRSFDALLADLTRSLSDNINLPQGVRYIYTIDGSRKIGSMDELEEGESYVCSSDNFFKKVEYTK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	385

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d5ikca1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ikca2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5ikca3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5ikcb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5ikcb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5ikch1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5ikch2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5ikcl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ikcl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d5ikcl3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5ikcm1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.11 — Doublecortin (DC)
家族 Family family	d.15.11.1 — Doublecortin (DC)

结构域编号 domain_id	d5ikcm2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5ikcn1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.11 — Doublecortin (DC)
家族 Family family	d.15.11.1 — Doublecortin (DC)

结构域编号 domain_id	d5ikcn2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	5ikcA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ikcA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ikcB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ikcB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ikcH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ikcH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ikcL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ikcL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ikcM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Doublecortin domain

结构域编号 domain_id	5ikcN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Doublecortin domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	66.858 Å
晶胞边长 b length_b	110.399 Å
晶胞边长 c length_c	75.092 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.060 Å
最低分辨率 resolution_low	41.825 Å
R 因子 r_factor	0.2011
R_work r_work	0.1978
R_free r_free	0.2653

X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAb 6H10 light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ighg protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Neuronal migration protein doublecortin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/ik/5ikc/5ikc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ik/5ikc/5ikc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ik/5ikc/5ikc.dat