SAXSdb — 5jja

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 30–380	未记录	Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta × 1 （O60566）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.204
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 30–380	未记录	Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta × 1 （O60566）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5JJA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2IAE Crystal structure of a protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme. 提交 2006-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 30–436（407 aa）片段：B56gamma1 subunit, residues 30-436	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.316
2IAE Crystal structure of a protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme. 提交 2006-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 30–436（407 aa）片段：B56gamma1 subunit, residues 30-436	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.316
2JAK Human PP2A regulatory subunit B56g 提交 2006-11-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 11–380（370 aa）片段：RESIDUES 11-380	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 29% MPD 0.1M TRIS, PH 8.0 20MM L-PROLINE	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
2NPP Structure of the Protein Phosphatase 2A Holoenzyme 提交 2006-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–439（439 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.5 K；15% PEG 8000, 0.1 M Tris-Cl pH 8.5, and 0.2 M magnesium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.5K	分辨率 3.30 Å R-free 0.299
2NPP Structure of the Protein Phosphatase 2A Holoenzyme 提交 2006-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–439（439 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.5 K；15% PEG 8000, 0.1 M Tris-Cl pH 8.5, and 0.2 M magnesium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.5K	分辨率 3.30 Å R-free 0.299
2NYL Crystal structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme with the catalytic subunit carboxyl terminus truncated 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 38–425（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-15% PEG8000, 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.80 Å R-free 0.335
2NYL Crystal structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme with the catalytic subunit carboxyl terminus truncated 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 38–425（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-15% PEG8000, 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.80 Å R-free 0.335
2NYM Crystal Structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) with C-terminus truncated catalytic subunit 提交 2006-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 38–425（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-15% PEG8000, 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.60 Å R-free 0.331
2NYM Crystal Structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) with C-terminus truncated catalytic subunit 提交 2006-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 38–425（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-15% PEG8000, 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.60 Å R-free 0.331
3FGA Structural Basis of PP2A and Sgo interaction 提交 2008-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 34–436（403 aa）片段：sequence database residues 34-436	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；295 K；0.2 M SCTD, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
5K6S The structure of the PP2A B56 subunit BubR1 complex 提交 2016-05-25	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；298 K；8% PEG 6K, 0.8 M HEPES, 0.8 M LiCl	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
5SW9 The structure of the PP2A B56 subunit RepoMan complex 提交 2016-08-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）片段：UNP residues 62-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；298 K；8% PEG 8K, 0.8 M HEPES, 0.8 M LiCl	分辨率 2.85 Å R-free 0.227
5SWF The structure of the PP2A B56 subunit double phosphorylated BubR1 complex 提交 2016-08-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）片段：UNP residues 62-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；298 K；8% PEG 8k, 0.8 M HEPES, 0.8 M LiCl	分辨率 2.82 Å R-free 0.231
6OYL The structure of the PP2A B56 subunit KIF4A complex 提交 2019-05-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）片段：UNP residues 62-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.75；298 K；0.1 M HEPES, pH 7.75, 0.8 M lithium chloride, 8% PEG8000	分辨率 3.15 Å R-free 0.231
6TOQ Crystal structure of a PP2A B56y/HTLV-1 integrase complex 提交 2019-12-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 11–380（370 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293.15 K；0.1 M Na/KPO4 pH 6.2, 20-% 1,2-propanediol, 10% glycerol	分辨率 3.16 Å R-free 0.294
6VOY Cryo-EM structure of HTLV-1 instasome 提交 2020-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric	链 E 30–372（343 aa）链 F 30–372（343 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å
6VRO The structure of the PP2A B56 subunit AIM1 complex 提交 2020-02-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）片段：UNP residues 62-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 9% PEG8000, 0.9 M lithium chloride	分辨率 2.45 Å R-free 0.235
7OUF Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor XZ450 提交 2021-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 11–380（370 aa）链 F 11–380（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 1L0 4-azanyl-~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-6-[3-(dimethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7OUG STLV-1 intasome:B56 in complex with the strand-transfer inhibitor raltegravir 提交 2021-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 11–380（370 aa）链 F 11–380（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 RLT N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di hydropyrimidine-4-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7PEL CryoEM structure of simian T-cell lymphotropic virus intasome in complex with PP2A regulatory subunit B56 gamma 提交 2021-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 11–380（370 aa）链 F 11–380（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
7SOY The structure of the PP2A-B56gamma1 holoenzyme-PME-1 complex 提交 2021-11-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–449（449 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9GNJ Crystal structure of a PP2A B56gamma double phosphorylated BRCA2 complex 提交 2024-09-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–380（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18% de PEG3350, 100mM Bis-Tris propane, 200 mM de Sodium Citrate	分辨率 2.85 Å R-free 0.229
9MF5 CryoEM structure of the Protein Phosphatase 2A (Abeta-B56gamma-Calpha) holoenzyme complex 提交 2024-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–524（524 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9MIP CryoEM structure of the Protein Phasphatase 2A (Aalpha-B56gamma-Calpha) holoenzyme complex 提交 2024-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–524（524 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 20 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	2A5G_HUMAN
Isoform	Q13362-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–352； UniProt 30–380 作者链 B； PDB构建体 2–352； UniProt 30–380

Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta

Homo sapiens

UniProt O60566

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 661–734	突变：S670D, S676D, T680D	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 （Q13362）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.204
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 661–734	突变：S670D, S676D, T680D	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 （Q13362）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5JJA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WVI Crystal Structure of the N-terminal Domain of BubR1 提交 2009-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 57–220（164 aa）片段：N-TERMINAL TPR DOMAIN, RESIDUES 57-220	未记录	PR PRASEODYMIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；22.5% (W/V) PEG 8000, 0.17 M TRIS PH 8.0, 0.01 M PRASEODYMIUM(III) ACETATE	分辨率 1.80 Å R-free 0.260
3SI5 Kinetochore-BUBR1 kinase complex 提交 2011-06-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 67–230（164 aa）片段：UNP residues 67-220	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；15% PEG 6000, 0.1M Magnesium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
3SI5 Kinetochore-BUBR1 kinase complex 提交 2011-06-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 67–230（164 aa）片段：UNP residues 67-220	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；15% PEG 6000, 0.1M Magnesium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
4GGD Structural analysis of human Cdc20 supports multisite degron recognition by APC/C. 提交 2012-08-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 20–42（23 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting-drop vapor diffusion；pH 9.3；293 K；50 mM CAPSO, 5% (w/v) PEG 6000, and 15.5 % MPD, pH 9.3, sitting-drop vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.201
4GGD Structural analysis of human Cdc20 supports multisite degron recognition by APC/C. 提交 2012-08-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 20–42（23 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting-drop vapor diffusion；pH 9.3；293 K；50 mM CAPSO, 5% (w/v) PEG 6000, and 15.5 % MPD, pH 9.3, sitting-drop vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.201
5KHU Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC15 deletion mutant), in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-CDC20-MCC) based on cryo EM data at 4.8 Angstrom resolution 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 Q 1–1050（1050 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
5LCW Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC) at 4.2 angstrom resolution 提交 2016-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 S 1–310（310 aa）链 S 529–560（32 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6TLJ Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC) at 3.8 angstrom resolution 提交 2019-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 S 1–1050（1050 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BUB1B_HUMAN
Isoform	O60566-3
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–75； UniProt 661–734 作者链 D； PDB构建体 2–75； UniProt 661–734

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jja
沉积日期 deposition_date	2016-04-22
结构标题 title	Crystal structure of a PP2A B56gamma/BubR1 complex
关键词 keywords	PP2A, BubR1, B56gamma, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.58 Å
零角强度 I(0) i0	84340100.00
分子量 molecular_weight	80408.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103310 Å³
包络体积 envelope_volume	136800 Å³
水化壳体积 shell_volume	32303 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.55 Å
包络 Rg envelope_rg	37.35 Å
形状 Rg shape_rg	37.58 Å
总 Rg total_rg	37.82 Å
总原子数 total_atoms	5687
残基数 n_residues	682
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.4 Å
Rg (实空间) rg_real	38.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	84330000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8299
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.355
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.736
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.715; Smooth: 0.737

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
分子量 formula_weight	41366.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5927

GIRDVPPADQEKLFIQKLRQCCVLFDFVSDPLSDLKWKEVKRAALSEMVEYITHNRNVITEPIYPEVVHMFAVNMFRTLPPSSNPTGAEFDPEEDEPTLEAAWPHLQLVYEFFLRFLESPDFQPNIAKKYIDQKFVLQLLELFDSEDPRERDFLKTTLHRIYGKFLGLRAYIRKQINNIFYRFIYETEHHNGIAELLEILGSIINGFALPLKEEHKIFLLKVLLPLHKVKSLSVYHPQLAYCVVQFLEKDSTLTEPVVMALLKYWPKTHSPKEVMFLNELEEILDVIEPSEFVKIMEPLFRQLAKCVSSPHFQVAERALYYWNNEYIMSLISDNAAKILPIMFPSLYRNSKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta
分子量 formula_weight	7999.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	S670D, S676D, T680D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GKTSEDQQTACGTIYSQTLSIKKLDPIIEDDREADHSSGFSGSSASVASTSSIKCLQIPEKLELTNETSENPTQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	240

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5jjaa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.20 — B56-like

结构域编号 domain_id	d5jjaa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5jjab_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.20 — B56-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5jjaA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	5jjaB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.017 Å
晶胞边长 b length_b	95.588 Å
晶胞边长 c length_c	167.372 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1807
R_work r_work	0.1795
R_free r_free	0.2041

fit	/app/data/saxs_computation/jj/5jja/5jja.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jj/5jja/5jja.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jj/5jja/5jja.dat

Crystal structure of a PP2A B56gamma/BubR1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)