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5k6p

The NMR structure of the m domain tri-helix bundle and C2 of human cardiac Myosin Binding Protein C

Method: SOLUTION NMR Dmax: 77.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin-binding protein C, cardiac-type

Homo sapiens

UniProt Q14896

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 319–451 片段：residues 319-451 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成：412 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] human cMyBP-C (319-451), 10 mM MES, 1 mM CaCl2, 50 mM NaCl, 2 mM TCEP, 1 mM Na azide, 10 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：920 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] human cMyBP-C (319-451), 10 mM MES, 1 mM CaCl2, 50 mM NaCl, 2 mM TCEP, 1 mM Na azide, 10 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：550 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] human cMyBP-C (319-451), 10 mM MES, 1 mM CaCl2, 50 mM NaCl, 1 mM Na azide, 2 mM TCEP, 10 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] human cMyBP-C (319-451), 10 mM MES, 1 mM CaCl2, 50 mM NaCl, 2 mM TCEP, 1 mM Na azide, 10 mM DSS, 99% D2O | 99% D2O NMR样品组成：800 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] human cMyBP-C (319-451), 10 mM MES, 1 mM CaCl2, 50 mM NaCl, 2 mM TCEP, 1 mM Na azide, 10 mM DSS, 99% D2O | 99% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5K6P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GXE Central domain of cardiac myosin binding protein C 提交 2002-04-03 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 641–770（130 aa） 片段：DOMAIN C5, RESIDUES 641-770
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100 MM NACL；压力 1
分辨率未提供
1PD6 The NMR structure of domain C2 of human cardiac Myosin Binding Protein C 提交 2003-05-19 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 358–451（94 aa） 片段：Domain C2
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）7.0；压力 ambient
NMR样品组成 0.75mM C2; 15N; 20mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.75mM C2; 15N, 13C; 20mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.75mM C2; 15N, 13C; 20mM phosphate buffer; 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2AVG NMR structure of cC1 domain from Human Cardiac Myosin Binding Protein C 提交 2005-08-30 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 151–260（110 aa） 片段：cC1 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1M；压力 ambient
NMR样品组成 0.8mM cC1 U-15N; 20mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.8mM cC1 U-15N, 13C; 20mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.8mM cC1 U-15N, 13C; 20mM phosphate buffer; 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2K1M 3D NMR structure of domain cC0 of cardiac myosin binding protein C (MyBPC) 提交 2008-03-10 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–96（95 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）185；压力 ambient
NMR样品组成 1-1.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] cC0_MyBPC, 55.5 M [U-2H] D2O, 40 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1-1.5 mM [U-95% 15N] cC0_MyBPC, 55.5 M H2O, 40 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1-1.5 mM cC0_MyBPC, 55.5 M H2O, 40 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MQ0 NMR structure of the c3 domain of human cardiac myosin binding protein-c 提交 2014-06-10 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 453–543（91 aa） 片段：unp residues 453-543
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR样品组成 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MQ3 NMR structure of the c3 domain of human cardiac myosin binding protein-c with a hypertrophic cardiomyopathy-related mutation R502W. 提交 2014-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 453–543（91 aa） 片段：unp residues 453-543
突变：R502W 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR样品组成 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2V6H Crystal structure of the C1 domain of cardiac myosin binding protein-C 提交 2007-07-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 151–258（108 aa） 片段：C1 DOMAIN, RESIDUES 151-258
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；HANGING DROP; 20 C; 18%PEG, 0.1M BUFFER, PH 7.3
分辨率 1.55 Å R-free 0.241
3CX2 Crystal structure of the C1 domain of cardiac isoform of myosin binding protein-C at 1.3A 提交 2008-04-23 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 151–258（108 aa） 片段：Ig-like C2-type 1 domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；Crystals were grown at 20 C using the hanging drop method with a 2 microlitre drop containing a 1:1 mixture of protein solution and crystallising solution consisting of 8.5% PEG 3350 and 0.05M Hepes pH 6.8 over 500 microlitres of crystallising solution in the reservoir, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.30 Å R-free 0.209
6CXI Cardiac thin filament decorated with C0C1 fragment of cardiac myosin binding protein C mode 1 提交 2018-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 G 151–258（108 aa） 片段：C1 Ig-domain (UNP residues 151-258)
链 H 151–258（108 aa） 片段：C1 Ig-domain (UNP residues 151-258)
链 I 151–258（108 aa） 片段：C1 Ig-domain (UNP residues 151-258)
链 J 151–258（108 aa） 片段：C1 Ig-domain (UNP residues 151-258)
链 K 151–258（108 aa） 片段：C1 Ig-domain (UNP residues 151-258)
链 L 151–258（108 aa） 片段：C1 Ig-domain (UNP residues 151-258)
链 M 1–101（101 aa） 片段：C0 Ig-domain (UNP residues 1-101)
链 N 1–101（101 aa） 片段：C0 Ig-domain (UNP residues 1-101)
链 O 1–101（101 aa） 片段：C0 Ig-domain (UNP residues 1-101)
链 P 1–101（101 aa） 片段：C0 Ig-domain (UNP residues 1-101)
链 Q 1–101（101 aa） 片段：C0 Ig-domain (UNP residues 1-101)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
6CXJ Cardiac thin filament decorated with C0C1 fragment of cardiac myosin binding protein C mode 2 提交 2018-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 G 151–258（108 aa） 片段：C1 Ig-domain (UNP residues 151-258)
链 H 151–258（108 aa） 片段：C1 Ig-domain (UNP residues 151-258)
链 I 151–258（108 aa） 片段：C1 Ig-domain (UNP residues 151-258)
链 J 151–258（108 aa） 片段：C1 Ig-domain (UNP residues 151-258)
链 K 151–258（108 aa） 片段：C1 Ig-domain (UNP residues 151-258)
链 L 151–258（108 aa） 片段：C1 Ig-domain (UNP residues 151-258)
链 M 1–101（101 aa） 片段：C0 Ig-domain (UNP residues 1-101)
链 N 1–101（101 aa） 片段：C0 Ig-domain (UNP residues 1-101)
链 O 1–101（101 aa） 片段：C0 Ig-domain (UNP residues 1-101)
链 P 1–101（101 aa） 片段：C0 Ig-domain (UNP residues 1-101)
链 Q 1–101（101 aa） 片段：C0 Ig-domain (UNP residues 1-101)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
6G2T human cardiac myosin binding protein C C1 Ig-domain bound to native cardiac thin filament 提交 2018-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 G 151–258（108 aa）
链 H 151–258（108 aa）
链 I 151–258（108 aa）
链 J 151–258（108 aa）
链 K 151–258（108 aa）
链 L 151–258（108 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
7LRG Filamentous actin decorated with human cardiac myosin binding protein C C2 domain 提交 2021-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 G 358–451（94 aa）
链 H 358–451（94 aa）
链 I 358–451（94 aa）
链 J 358–451（94 aa）
链 K 358–451（94 aa）
链 L 358–451（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7TIJ Cardiac F-actin decorated with regulatory M-domain of cardiac myosin binding protein C 提交 2022-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 G 151–370（220 aa）
链 H 151–370（220 aa）
链 I 151–370（220 aa）
链 J 151–370（220 aa）
链 K 151–370（220 aa）
链 L 151–370（220 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
7TIT Cardiac thin filament decorated with regulatory M-domain of cardiac myosin binding protein C 提交 2022-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 G 151–370（220 aa）
链 H 151–370（220 aa）
链 I 151–370（220 aa）
链 J 151–370（220 aa）
链 K 151–370（220 aa）
链 L 151–370（220 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
7TJ7 Cardiac thin filament decorated with C1 Ig-domain and regulatory M-domain of cardiac myosin binding protein C (cMyBP-C) 提交 2022-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric
链 G 151–370（220 aa）
链 H 151–370（220 aa）
链 I 151–370（220 aa）
链 J 151–370（220 aa）
链 K 151–370（220 aa）
链 L 151–370（220 aa）
链 M 151–370（220 aa）
链 N 151–370（220 aa）
链 O 151–370（220 aa）
链 P 151–370（220 aa）
链 Q 151–370（220 aa）
链 R 151–370（220 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
8G4L Cryo-EM structure of the human cardiac myosin filament 提交 2023-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 123 PDB 声明：123-meric
链 ao 1–1274（1274 aa）
链 bo 1–1274（1274 aa）
链 o 1–1274（1274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.40 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYPC3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–137； UniProt 319–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5k6p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5k6p
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5k6p
沉积日期 deposition_date2016-05-25
结构标题 titleThe NMR structure of the m domain tri-helix bundle and C2 of human cardiac Myosin Binding Protein C
关键词 keywordsimmunoglobulin, CONTRACTILE PROTEIN; CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.34 Å
零角强度 I(0) i01373970000.00
分子量 molecular_weight309510.0 kDa
排除体积 excluded_volume386850 ų
包络体积 envelope_volume116450 ų
水化壳体积 shell_volume33157 ų
包络直径 envelope_diameter85.3 Å
壳层 Rg shell_rg36.49 Å
包络 Rg envelope_rg29.93 Å
形状 Rg shape_rg22.37 Å
总 Rg total_rg22.63 Å
总原子数 total_atoms43600
残基数 n_residues2740
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.0 Å
Rg (实空间) rg_real22.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3740e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9440e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1374000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7644
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.5 Å
偏度 Skewness skewness0.470
峰度 Kurtosis kurtosis-0.587
角度范围 angular_range— – 0.3550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1278000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.587; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.445; Smooth: 0.728
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)