SAXSdb — 5kwl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	VHH 10E × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	VHH 10E × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	VHH 10E × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	VHH 10E × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	VHH 10E × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_POL1M
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–209； UniProt 650–858 作者链 2； PDB构建体 1–268； UniProt 70–337 作者链 3； PDB构建体 1–230； UniProt 342–571

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5kwl
沉积日期 deposition_date	2016-07-18
结构标题 title	expanded poliovirus in complex with VHH 10E
关键词 keywords	poliovirus, VHH, nanobody, 80S, expanded, single domain antibody, VIRUS-Immune System complex; VIRUS/Immune System
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5kwl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5kwl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5kwl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	142.70 Å
总 Rg	142.70 Å
原子数	367440
残基数	47100
排除体积	6526200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5kwl__assembly_1__model_1`	240-meric （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5kwl__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`5kwl__assembly_3__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`5kwl__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`5kwl__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VP1
分子量 formula_weight	23645.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	6124

SRSESSIESFFARGACVTIMTVDNPASTTNKDKLFAVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMELTFVVTANFTETNNGHALNQVYQIMYVPPGAPVPEKWDDYTWQTSSNPSIFYTYGTAPARISVPYVGISNAYSHFYDGFSKVPLKDQSAALGDSIYGAASLNDFGILAVRVVNDHNPTKVTSKIRVYLKPKHIRVWCPRPPRAVAY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	VP2
分子量 formula_weight	29580.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SPNIEACGYSDRVLQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEYLRDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVSWTKESRGWWWKLPDALRDMGLFGQNMYYHYLGRSGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSNTTTMHTSYQNANPGEKGGTFTGTFTPDNNQTSPARRFCPVDYLLGNGTLLGNAFVFPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMVKHNNWGIAILPLAPLNFASESSPEIPITLTIAPMCCEFNGLRNITL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	VP3
分子量 formula_weight	25664.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVMNTPGSNQYLTADNFQSPCALPEFDVTPPIDIPGEVKNMMELAEIDTMIPFDLSATKKNTMEMYRVRLSDKPHTDDPILCLSLSPASDPRLSHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGADPPKKRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRQTIDDSFTEGGYISVFYQTRIVVPLSTPREMDILGFVSACNDFSVRLLRDTTH

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	VHH 10E
分子量 formula_weight	13236.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7

QVQLQESGGGSVQPGGSLTLSCAASGYAVSRYSMGWFRQAPGKENEGVAAIDSSGVGTTYADSVKGRFTISRDNAKDTVYLRMNSLKPEDTAIYYCASGFGLSLSRYTYAYWGQGTQVTVSSHH

来源 Source

来源生物 organism	Camelus dromedarius
通用名 common_name	Arabian camel
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9838
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.800 Å
最低分辨率 resolution_low	4.800 Å
R 因子 r_factor	0.4805
R_work r_work	0.4805
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	13938

expanded poliovirus in complex with VHH 10E

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5kwl__assembly_1__model_1

5kwl__assembly_1__model_1 | I(q)

5kwl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

expanded poliovirus in complex with VHH 10E

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5kwl__assembly_1__model_1

5kwl__assembly_1__model_1 | I(q)

5kwl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)