5l0g

Human metavinculin MVt Q971R, R975D, T978R mutant (residues 959-1134) in complex with PIP2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.6 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vinculin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 959–1134 链 B； UniProt 959–1134	片段：UNP Residues 959-1134 突变：Q971R, R975D, T978R	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；12% PEG 3350, 2% tryptone, and 0.05 M HEPES	分辨率 3.40 Å R-free 0.221
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 959–1134 链 D； UniProt 959–1134	片段：UNP Residues 959-1134 突变：Q971R, R975D, T978R	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；12% PEG 3350, 2% tryptone, and 0.05 M HEPES	分辨率 3.40 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5L0G	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1RKC Human vinculin head (1-258) in complex with talin's vinculin binding site 3 (residues 1944-1969) 提交 2003-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–258（258 aa）片段：vinculin head (residues 1-258)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；293 K；2% MPD; 100 mM citric acid (pH 4); 100 mM CdCl2, pH 4.0, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.335
1RKE Human vinculin head (1-258) in complex with human vinculin tail (879-1066) 提交 2003-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–258（258 aa）片段：vinculin head (residues 1-258) 链 B 882–1066（185 aa）片段：vinculin tail (residues 879-1066)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；293 K；15% PEG 3350; 50 mM NaCl; 100 mM Tris (pH 8); 10 mM DTT, pH 8.0, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.278
1SYQ Human vinculin head domain VH1, residues 1-258, in complex with human talin's vinculin binding site 1, residues 607-636 提交 2004-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–258（258 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.42 Å R-free 0.236
1SYQ Human vinculin head domain VH1, residues 1-258, in complex with human talin's vinculin binding site 1, residues 607-636 提交 2004-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–258（258 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.42 Å R-free 0.236
1SYQ Human vinculin head domain VH1, residues 1-258, in complex with human talin's vinculin binding site 1, residues 607-636 提交 2004-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–258（258 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.42 Å R-free 0.236
1TR2 Crystal structure of human full-length vinculin (residues 1-1066) 提交 2004-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 0–1065（1066 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å R-free 0.300
1TR2 Crystal structure of human full-length vinculin (residues 1-1066) 提交 2004-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 0–1065（1066 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å R-free 0.300
2GWW Human vinculin (head domain, Vh1, residues 1-258) in complex with Shigella's IpaA vinculin binding site (residues 602-633) 提交 2006-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–257（257 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.72 Å R-free 0.291
2GWW Human vinculin (head domain, Vh1, residues 1-258) in complex with Shigella's IpaA vinculin binding site (residues 602-633) 提交 2006-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–257（257 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.72 Å R-free 0.291
2GWW Human vinculin (head domain, Vh1, residues 1-258) in complex with Shigella's IpaA vinculin binding site (residues 602-633) 提交 2006-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–257（257 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.72 Å R-free 0.291
2HSQ Human vinculin (head domain, Vh1, residues 1-258) in complex with Shigella's IpaA vinculin binding site 2 (residues 565-587) 提交 2006-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–257（257 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.97 Å R-free 0.316
2HSQ Human vinculin (head domain, Vh1, residues 1-258) in complex with Shigella's IpaA vinculin binding site 2 (residues 565-587) 提交 2006-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 A 1–257（257 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.97 Å R-free 0.316
2HSQ Human vinculin (head domain, Vh1, residues 1-258) in complex with Shigella's IpaA vinculin binding site 2 (residues 565-587) 提交 2006-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–257（257 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.97 Å R-free 0.316
2IBF Human vinculin's head domain (Vh1, residues 1-258) in complex with two vinculin binding sites of Shigella flexneri's IpaA (residues 565-587) 提交 2006-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 0–257（258 aa）片段：Head domain (Vh1): Residues 1-258	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.270
3JBK Cryo-EM reconstruction of the metavinculin-actin interface 提交 2015-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 858–1129（272 aa）片段：tail domain (UNP residues 858-1129)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10 mM imidazole；pH 7；50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10 mM imidazole cryo-EM玻璃化条件 3 microliters of 0.3 micromolar actin was applied to the grid and incubated for 60 seconds at 25 degrees C. 3 microliters of 10 micromolar MVt was then applied and incubated for 60 seconds. 3 microliters of solution was removed, then an additional 3 microliters of MVt applied. After 60 seconds, 3 microliters of solution was removed, then the grid was blotted for 2 seconds before plunging.；冷冻剂 ETHANE；3 microliters of 0.3 micromolar actin was applied to the grid and incubated for 60 seconds at 25 degrees C. 3 microliters of 10 micromolar MVt was then applied and incubated for 60 seconds. 3 microliters of solution was removed, then an additional 3 microliters of MVt applied. After 60 seconds, 3 microliters of solution was removed, then the grid was blotted for 2 seconds before plunging into liquid ethane (LEICA EM GP).	分辨率 8.20 Å
3MYI Human metavinculin tail domain 提交 2010-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 959–1130（172 aa）片段：UNP residues 959-1134	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
3RF3 Shigella IpaA-VBS3 in complex with human vinculin 提交 2011-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–258（258 aa）片段：unp residues 1-258	未记录	CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；0.1 M sodium citrate, 20% PEG 3350, 0.1 M cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.61 Å R-free 0.195
3RF3 Shigella IpaA-VBS3 in complex with human vinculin 提交 2011-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–258（258 aa）片段：unp residues 1-258	未记录	CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；0.1 M sodium citrate, 20% PEG 3350, 0.1 M cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.61 Å R-free 0.195
3RF3 Shigella IpaA-VBS3 in complex with human vinculin 提交 2011-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–258（258 aa）片段：unp residues 1-258 链 B 1–258（258 aa）片段：unp residues 1-258	未记录	CAC CACODYLATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；0.1 M sodium citrate, 20% PEG 3350, 0.1 M cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.61 Å R-free 0.195
3S90 Human vinculin head domain Vh1 (residues 1-252) in complex with murine talin (VBS33; residues 1512-1546) 提交 2011-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–252（252 aa）片段：unp residues 1-252	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；277 K；0.1 M citrate 5.3, 15% (w/v) PEG 10K, 1.5% (v/v) dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.97 Å R-free 0.210
3S90 Human vinculin head domain Vh1 (residues 1-252) in complex with murine talin (VBS33; residues 1512-1546) 提交 2011-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–252（252 aa）片段：unp residues 1-252	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；277 K；0.1 M citrate 5.3, 15% (w/v) PEG 10K, 1.5% (v/v) dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.97 Å R-free 0.210
3TJ5 human vinculin head domain (Vh1, residues 1-258) in complex with the vinculin binding site of the surface cell antigen 4 (sca4-VBS-N; residues 412-434) from Rickettsia rickettsii 提交 2011-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–255（255 aa）片段：unp residues 1-255	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 14% PEG 20,000, 20 mM Tris-HCl pH 8, 150 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.99 Å R-free 0.218
3TJ6 human vinculin head domain (Vh1, residues 1-258) in complex with the vinculin binding site of the surface cell antigen 4 (sca4-VBS-C; residues 812-835) from Rickettsia rickettsii 提交 2011-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–257（257 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；2% (v/v) tacsimate (pH 5), 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 16% (w/v) polyethylene glycol (3,350), 20 mM Tris-HCl (pH 9), 150 mM NaCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.76 Å R-free 0.235
3TJ6 human vinculin head domain (Vh1, residues 1-258) in complex with the vinculin binding site of the surface cell antigen 4 (sca4-VBS-C; residues 812-835) from Rickettsia rickettsii 提交 2011-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–257（257 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；2% (v/v) tacsimate (pH 5), 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 16% (w/v) polyethylene glycol (3,350), 20 mM Tris-HCl (pH 9), 150 mM NaCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.76 Å R-free 0.235
3VF0 Raver1 in complex with metavinculin L954 deletion mutant 提交 2012-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 856–1134（279 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 13	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.54 Å R-free 0.205
4DJ9 Human vinculin head domain Vh1 (residues 1-258) in complex with the talin vinculin binding site 50 (VBS50, residues 2078-2099) 提交 2012-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–258（258 aa）片段：unp residues 1-258	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；The human vinculin Vh1 domain (residues 1 - 258) was generated as described.9 Crystallization screens of Vh1 protein and VBS50 mixed in 1:5 molar ratio were performed at two temperatures. Co-crystals were obtained from Hampton crystal screen I with a reservoir of 0.1 M Hepes pH 7.5, 10% w/v polyethylene glycol 6,000, and 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol. Crystals were transferred directly from the initial 96-well screening plate into Paratone-N oil and flash-frozen in liquid nitrogen. , VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.25 Å R-free 0.247
4EHP Crystal Structure of human vinculin head domain (residues 1-252) in complex with alpha-catenin (residues 277-382) 提交 2012-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–252（252 aa）片段：unp residues 1-252	未记录	ACT ACETATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；PEG 3350, sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.66 Å R-free 0.229
4LN2 The second SH3 domain from CAP/Ponsin in complex with proline rich peptide from Vinculin 提交 2013-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 857–867（11 aa）片段：UNP residues 857-867	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；EVAPORATION	分辨率 1.00 Å R-free 0.152
4LNP The first SH3 domain from CAP/Ponsin in complex with proline rich peptide from Vinculin 提交 2013-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 870–879（10 aa）片段：proline rich peptide, UNP residues 870-879	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；293 K；pH 8.0, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 1.41 Å R-free 0.194
4PR9 Human Vinculin (residues 891-1066) in complex with PIP 提交 2014-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 891–1066（176 aa）片段：C-terminal domain (UNP residues 891-1066 of isoform 1) 链 B 891–1066（176 aa）片段：C-terminal domain (UNP residues 891-1066 of isoform 1)	突变：R1060A 突变：R1060A	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；12% PEG3350, 2% tryptone, 0.05 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.20 Å R-free 0.250
4PR9 Human Vinculin (residues 891-1066) in complex with PIP 提交 2014-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 891–1066（176 aa）片段：C-terminal domain (UNP residues 891-1066 of isoform 1) 链 D 891–1066（176 aa）片段：C-terminal domain (UNP residues 891-1066 of isoform 1)	突变：R1060A 突变：R1060A	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；12% PEG3350, 2% tryptone, 0.05 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.20 Å R-free 0.250
4PR9 Human Vinculin (residues 891-1066) in complex with PIP 提交 2014-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 891–1066（176 aa）片段：C-terminal domain (UNP residues 891-1066 of isoform 1) 链 F 891–1066（176 aa）片段：C-terminal domain (UNP residues 891-1066 of isoform 1)	突变：R1060A 突变：R1060A	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；12% PEG3350, 2% tryptone, 0.05 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.20 Å R-free 0.250
5L0C Human metavinculin (residues 959-1134) in complex with PIP2 提交 2016-07-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 959–1134（176 aa）片段：UNP Residues 959-1130 链 C 959–1134（176 aa）片段：UNP Residues 959-1130	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；20 mM citric acid, 80 mM Bis-Tris propane (pH 3.4), and 16% (w/v) PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.261
5L0C Human metavinculin (residues 959-1134) in complex with PIP2 提交 2016-07-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 959–1134（176 aa）片段：UNP Residues 959-1130 链 D 959–1134（176 aa）片段：UNP Residues 959-1130	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；20 mM citric acid, 80 mM Bis-Tris propane (pH 3.4), and 16% (w/v) PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.261
5L0D Human Metavinculin(residues 959-1130) in complex with PIP2 提交 2016-07-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 959–1130（172 aa）片段：UNP Residues 959-1130 链 B 959–1130（172 aa）片段：UNP Residues 959-1130	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.4；294 K；20 mM citric acid, 80-100 mM Bis-Tris propane (pH 3.4), and 12-16% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.259
5L0D Human Metavinculin(residues 959-1130) in complex with PIP2 提交 2016-07-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 959–1130（172 aa）片段：UNP Residues 959-1130 链 D 959–1130（172 aa）片段：UNP Residues 959-1130	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.4；294 K；20 mM citric acid, 80-100 mM Bis-Tris propane (pH 3.4), and 12-16% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.259
5L0F Human metavinculin quadruple mutant (residues 959-1134) 提交 2016-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 959–1134（176 aa）片段：UNP Residues 959-1134	突变：R975Q, K979Q, R1107Q, R1128Q	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；294 K；20 mM citric acid, 80 mM Bis-Tris propane (pH 8.8), and 14 to 16% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.76 Å R-free 0.247
5L0F Human metavinculin quadruple mutant (residues 959-1134) 提交 2016-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 959–1134（176 aa）片段：UNP Residues 959-1134	突变：R975Q, K979Q, R1107Q, R1128Q	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；294 K；20 mM citric acid, 80 mM Bis-Tris propane (pH 8.8), and 14 to 16% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.76 Å R-free 0.247
5L0H Human metavinculin MVt cardiomyopathy-associated mutant R975W (residues 959-1134) in complex with PIP2 提交 2016-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 959–1134（176 aa）片段：UNP Residues 959-1134	突变：R975W	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.2 M LiSO4, 0.1 M HEPES (pH 7.5), and 22% PEG 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.278
5L0I Human metavinculin MVt R975W cardiomyopathy-associated mutant (residues 959-1134) 提交 2016-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 959–1134（176 aa）片段：UNP Residues 959-1134	突变：R975W	GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1 M Na-citrate tribasic dihydrate, 2% Tacsimate (pH 5), and 16% PEG 3350	分辨率 2.45 Å R-free 0.238
5L0J Human vinculin R903Q, D907R, R910T mutant(residues 891-1066) 提交 2016-07-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 891–1066（176 aa）链 B 891–1066（176 aa）	突变：R903Q, D907R, R910T 突变：R903Q, D907R, R910T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES sodium (pH 7.5), and 1.5 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 4.00 Å R-free 0.298
6FUY Crystal structure of human full-length vinculin-T12-A974K (residues 1-1066) 提交 2018-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1066（1066 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；PEG 4000, calcium acetate, Tris-HOAc, 15% ethylene glycol	分辨率 3.00 Å R-free 0.305
6UPW Metavinculin ABD-F-actin complex 提交 2019-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 L 1–1134（1134 aa）链 M 1–1134（1134 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7KTT Cryogenic electron microscopy model of full-length human metavinculin 提交 2020-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1134（1134 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.2 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.17 Å
7KTU Cryogenic electron microscopy model of full-length human metavinculin H1'-parallel conformation 1 提交 2020-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1134（1134 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.2 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
7KTV Cryogenic electron microscopy model of full-length human metavinculin H1' kinked conformation 提交 2020-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1134（1134 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.2 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7KTW Cryogenic electron microscopy model of full-length human metavinculin H1'-parallel conformation 2 提交 2020-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1134（1134 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.2 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
9QWO Vinculin tail bound to paxillin LD2 提交 2025-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 891–1066（176 aa）链 B 891–1066（176 aa）链 C 891–1066（176 aa）链 D 891–1066（176 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；1.26 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na Acetate pH4.5	分辨率 2.54 Å R-free 0.259

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	VINC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–176； UniProt 959–1134 作者链 B； PDB构建体 1–176； UniProt 959–1134 作者链 C； PDB构建体 1–176； UniProt 959–1134 作者链 D； PDB构建体 1–176； UniProt 959–1134

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5l0g
沉积日期 deposition_date	2016-07-27
结构标题 title	Human metavinculin MVt Q971R, R975D, T978R mutant (residues 959-1134) in complex with PIP2
关键词 keywords	5-Helix bundle, cytoskelatal protein, phospholipids, cell adhesion, structural protein; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.12 Å
零角强度 I(0) i0	102836000.00
分子量 molecular_weight	76943.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95483 Å³
包络体积 envelope_volume	129820 Å³
水化壳体积 shell_volume	36417 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.39 Å
包络 Rg envelope_rg	31.12 Å
形状 Rg shape_rg	31.09 Å
总 Rg total_rg	31.67 Å
总原子数 total_atoms	5356
残基数 n_residues	685
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.6 Å
Rg (实空间) rg_real	31.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	102800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6406
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.454
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.068
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.748; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.898

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vinculin
分子量 formula_weight	19662.7 kDa
突变 mutation	Q971R, R975D, T978R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5424

NQPVNQPILAAARSLHDEARKWSSKGNDIIAAAKRMALLMAEMSRLVRGGSGTKRALIQCAKDIAKASDEVTRLAKEVAKQCTDKRIRTNLLQVCERIPTISTQLKILSTVKATMLGRTNISDEESEQATEMLVHNAQNLMQSVKETVREAEAASIKIRTDAGFTLRWVRKTPWYQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ;
分子量 formula_weight	746.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5l0gA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Alpha-catenin/vinculin-like

结构域编号 domain_id	5l0gB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Alpha-catenin/vinculin-like

结构域编号 domain_id	5l0gC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Alpha-catenin/vinculin-like

结构域编号 domain_id	5l0gD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Alpha-catenin/vinculin-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.858 Å
晶胞边长 b length_b	56.858 Å
晶胞边长 c length_c	193.132 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	49.240 Å
R 因子 r_factor	0.1841
R_work r_work	0.1797
R_free r_free	0.2206

fit	/app/data/saxs_computation/l0/5l0g/5l0g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l0/5l0g/5l0g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l0/5l0g/5l0g.dat