SAXSdb — 5lsj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein MIS12 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Polyamine-modulated factor 1 × 1 （Q6P1K2） Kinetochore-associated protein DSN1 homolog × 1 （Q9H410） Kinetochore-associated protein NSL1 homolog × 1 （Q96IY1） Centromere protein C × 1 （Q03188）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Polyamine-modulated factor 1 × 1 （Q6P1K2） Kinetochore-associated protein DSN1 homolog × 1 （Q9H410） Kinetochore-associated protein NSL1 homolog × 1 （Q96IY1） Centromere protein C × 1 （Q03188）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MIS12_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205 作者链 C； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205

Polyamine-modulated factor 1

Homo sapiens

UniProt Q6P1K2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein MIS12 homolog × 1 （Q9H081） Kinetochore-associated protein DSN1 homolog × 1 （Q9H410） Kinetochore-associated protein NSL1 homolog × 1 （Q96IY1） Centromere protein C × 1 （Q03188）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein MIS12 homolog × 1 （Q9H081） Kinetochore-associated protein DSN1 homolog × 1 （Q9H410） Kinetochore-associated protein NSL1 homolog × 1 （Q96IY1） Centromere protein C × 1 （Q03188）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PMF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–176； UniProt 31–205 作者链 E； PDB构建体 2–176； UniProt 31–205

Kinetochore-associated protein DSN1 homolog

Homo sapiens

UniProt Q9H410

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein MIS12 homolog × 1 （Q9H081） Polyamine-modulated factor 1 × 1 （Q6P1K2） Kinetochore-associated protein NSL1 homolog × 1 （Q96IY1） Centromere protein C × 1 （Q03188）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein MIS12 homolog × 1 （Q9H081） Polyamine-modulated factor 1 × 1 （Q6P1K2） Kinetochore-associated protein NSL1 homolog × 1 （Q96IY1） Centromere protein C × 1 （Q03188）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–172； UniProt 186–356 作者链 F； PDB构建体 2–172； UniProt 186–356

Kinetochore-associated protein NSL1 homolog

Homo sapiens

UniProt Q96IY1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein MIS12 homolog × 1 （Q9H081） Polyamine-modulated factor 1 × 1 （Q6P1K2） Kinetochore-associated protein DSN1 homolog × 1 （Q9H410） Centromere protein C × 1 （Q03188）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein MIS12 homolog × 1 （Q9H081） Polyamine-modulated factor 1 × 1 （Q6P1K2） Kinetochore-associated protein DSN1 homolog × 1 （Q9H410） Centromere protein C × 1 （Q03188）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NSL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 2–116； UniProt 92–206 作者链 N； PDB构建体 2–116； UniProt 92–206

Centromere protein C

Homo sapiens

UniProt Q03188

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein MIS12 homolog × 1 （Q9H081） Polyamine-modulated factor 1 × 1 （Q6P1K2） Kinetochore-associated protein DSN1 homolog × 1 （Q9H410） Kinetochore-associated protein NSL1 homolog × 1 （Q96IY1）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein MIS12 homolog × 1 （Q9H081） Polyamine-modulated factor 1 × 1 （Q6P1K2） Kinetochore-associated protein DSN1 homolog × 1 （Q9H410） Kinetochore-associated protein NSL1 homolog × 1 （Q96IY1）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 6–76； UniProt 1–71 作者链 Q； PDB构建体 6–76； UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lsj
沉积日期 deposition_date	2016-09-02
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN KINETOCHORE MIS12-CENP-C delta-HEAD2 COMPLEX
关键词 keywords	ALPHA-HELICAL, cell cycle; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5lsj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5lsj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5lsj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.51 Å
Rg（电子密度）	56.27 Å
总 Rg	55.63 Å
原子数	4796
残基数	587
排除体积	85713 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5lsj__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5lsj__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein MIS12 homolog
分子量 formula_weight	24170.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	9621

MSVDPMTYEAQFFGFTPQTCMLRIYIAFQDYLFEVMQAVEQVILKKLDGIPDCDISPVQIRKCTEKFLCFMKGHFDNLFSKMEQLFLQLILRIPSNILLPEDKCKETPYSEEDFQHLQKEIEQLQEKYKTELCTKQALLAELEEQKIVQAKLKQTLTFFDELHNVGRDHGTSDFRESLVSLVQNSRKLQNIRDNVEKESKRLKIS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polyamine-modulated factor 1
分子量 formula_weight	20522.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MTISRVKLLDTMVDTFLQKLVAAGSYQRFTDCYKCFYQLQPAMTQQIYDKFIAQLQTSIREEISDIKEEGNLEAVLNALDKIVEEGKVRKEPAWRPSGIPEKDLHSVMAPYFLQQRDTLRRHVQKQEAENQQLADAVLAGRRQVEELQLQVQAQQQAWQALHREQRELVAVLREPE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein DSN1 homolog
分子量 formula_weight	20252.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F

MGTLQKCFEDSNGKASDFSLEASVAEMKEYITKFSLERQTWDQLLLHYQQEAKEILSRGSTEAKITEVKVEPMTYLGSSQNEVLNTKPDYQKILQNQSKVFDCMELVMDELQGSVKQLQAFMDESTQCFQKVSVQLGKRSMQQLDPSPARKLLKLQLQNPPAIHGSGSGSCQHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein NSL1 homolog
分子量 formula_weight	13331.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,G

MGQAWQEASDNCFMDSDIKVLEDQFDEIIVDIATKRKQYPRKILECVIKTIKAKQEILKQYHPVVHPLDLKYDPDPAPHMENLKCRGETVAKEISEAMKSLPALIEQGEGFSQVLR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Centromere protein C
分子量 formula_weight	8501.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

GPLGSMAASGLDHLKNGYRRRFCRPSRARDINTEQGQNVLEILQDCFEEKSLANDFSTNSTKSVPNSTRKIKDTCI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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晶胞边长 a length_a	68.160 Å
晶胞边长 b length_b	156.400 Å
晶胞边长 c length_c	76.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.250 Å
最低分辨率 resolution_low	19.993 Å
R 因子 r_factor	0.2488
R_work r_work	0.2463
R_free r_free	0.2971

CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN KINETOCHORE MIS12-CENP-C delta-HEAD2 COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein MIS12 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyamine-modulated factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinetochore-associated protein DSN1 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinetochore-associated protein NSL1 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Centromere protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lsj__assembly_1__model_1

5lsj__assembly_1__model_1 | I(q)

5lsj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)