SAXSdb — 5m2q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein A,Vitamin B12-binding protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–22	突变：W66F	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.70 Å R-free 0.249
2	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–22	突变：W66F	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.70 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5M2Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BXW OUTER MEMBRANE PROTEIN A (OMPA) TRANSMEMBRANE DOMAIN 提交 1998-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–192（172 aa）片段：TRANSMEMBRANE DOMAIN	突变：F23L, Q34K, K107Y	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；10 % PEG-8000 10 % MPD 0.05 M POTASSIUM PHOSPHATE PH 5.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.235
1G90 NMR Solution Structure of Outer Membrane Protein A Transmembrane Domain: 10 conformers 提交 2000-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–197（176 aa）片段：TRANSMEMBRANE DOMAIN, RESIDUES 1-176	突变：W15F, W57F, W102F, W103F.	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；323 K；离子强度（mmCIF原始值）0.050；压力 ambient NMR样品组成 1mM OmpA(0-176) U-15N,13C,2H; 600 mM D38-DPC; 10 mM phosphate buffer; pH 6.3; 50 mM NaCl \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2GE4 High-resolution solution structure of outer membrane protein A transmembrane domain 提交 2006-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–197（176 aa）片段：transmembrane domain	突变：W15F, W57F, W102F, W143F	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；223 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM OmpA U-2H,13C,15N; 500mM DPC; 10mM phosphate buffer; pH 6.3; 50mM NaCl \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2JMM NMR solution structure of a minimal transmembrane beta-barrel platform protein 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–197（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] BBP+EF, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC	链 A 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 B 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 C 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 B 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 C 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 B 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 C 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 B 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 C 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 B 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A 链 C 1–346（346 aa）片段：outer membrane protein A	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
6LYR Structure of the BAM complex 提交 2020-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 180–188（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；27-30% PEG 400, 100mM NaCl	分辨率 3.28 Å R-free 0.280
9FZC Structure of OmpA-short in complex with nanobody Nb01 提交 2024-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–191（170 aa）	未记录	OCT N-OCTANE × 6 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG MME 2K	分辨率 2.27 Å R-free 0.234
9FZC Structure of OmpA-short in complex with nanobody Nb01 提交 2024-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 22–191（170 aa）	未记录	OCT N-OCTANE × 11 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG MME 2K	分辨率 2.27 Å R-free 0.234

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UniProt名称	OMPA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–22； UniProt 1–22 作者链 B； PDB构建体 1–22； UniProt 1–22

Outer membrane protein A,Vitamin B12-binding protein

Escherichia coli

UniProt P37028

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–266	突变：W66F	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.70 Å R-free 0.249
2	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 22–266	突变：W66F	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.70 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5M2Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N2Z 2.0 Angstrom structure of BtuF, the vitamin B12 binding protein of E. coli 提交 2002-10-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–266（245 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 13 CL CHLORIDE ION × 4 CNC CYANOCOBALAMIN × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1N2Z 2.0 Angstrom structure of BtuF, the vitamin B12 binding protein of E. coli 提交 2002-10-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–266（245 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 9 CL CHLORIDE ION × 2 CNC CYANOCOBALAMIN × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1N2Z 2.0 Angstrom structure of BtuF, the vitamin B12 binding protein of E. coli 提交 2002-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–266（245 aa）链 B 22–266（245 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 22 CL CHLORIDE ION × 6 CNC CYANOCOBALAMIN × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1N2Z 2.0 Angstrom structure of BtuF, the vitamin B12 binding protein of E. coli 提交 2002-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–266（245 aa）链 B 22–266（245 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 22 CL CHLORIDE ION × 6 CNC CYANOCOBALAMIN × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1N4A The Ligand Bound Structure of E.coli BtuF, the Periplasmic Binding Protein for Vitamin B12 提交 2002-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–266（244 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CNC CYANOCOBALAMIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；NaCl, ethanol, acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1N4A The Ligand Bound Structure of E.coli BtuF, the Periplasmic Binding Protein for Vitamin B12 提交 2002-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–266（244 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CNC CYANOCOBALAMIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；NaCl, ethanol, acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1N4D The Ligand-Free Structure of E coli BtuF, the Periplasmic Binding Protein for Vitamin B12 提交 2002-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–266（244 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；acetate, PEG4000, (NH4)OAc, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.298
1N4D The Ligand-Free Structure of E coli BtuF, the Periplasmic Binding Protein for Vitamin B12 提交 2002-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–266（244 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；acetate, PEG4000, (NH4)OAc, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.298
2QI9 ABC-transporter BtuCD in complex with its periplasmic binding protein BtuF 提交 2007-07-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 22–266（245 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；30-38% (w/v) polyethylene glycol 400, 50mM either of Tris‑HCl pH 8.4 or Glycine-NaOH pH 9.4 and 400mM (NH4)2SO4., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.280
4DBL Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF 提交 2012-01-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 22–266（245 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.251
4DBL Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF 提交 2012-01-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 J 22–266（245 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.251
4FI3 Structure of vitamin B12 transporter BtuCD-F in a nucleotide-bound state 提交 2012-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 22–266（245 aa）片段：UNP residues 22-266	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；20-30% PEG400, 100 mM ADA pH6.8, 100 mM Na/K-citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.47 Å R-free 0.274
5M29 Structure of cobinamide-bound BtuF, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-12	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–266（245 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；HEPES sodium pH 7.0 PEG3350 Tryptone	分辨率 1.50 Å R-free 0.213
5M29 Structure of cobinamide-bound BtuF, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–266（245 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；HEPES sodium pH 7.0 PEG3350 Tryptone	分辨率 1.50 Å R-free 0.213
5M34 Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66Y, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-14	突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–266（245 aa）	未记录	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
5M34 Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66Y, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–266（245 aa）	未记录	CBY COB(II)INAMIDE × 1 CYN CYANIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
5M3B Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66L, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–266（245 aa）	未记录	CYN CYANIDE ION × 2 CBY COB(II)INAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.50 Å R-free 0.229
5M3B Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66L, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli 提交 2016-10-14	突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–266（245 aa）	未记录	CYN CYANIDE ION × 1 CBY COB(II)INAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG3350 HEPES pH 7 Tryptone	分辨率 1.50 Å R-free 0.229
5OVW Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli 提交 2017-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–266（245 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride	分辨率 2.65 Å R-free 0.259
5OVW Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli 提交 2017-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 22–266（245 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride	分辨率 2.65 Å R-free 0.259
5OVW Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli 提交 2017-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 22–266（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride	分辨率 2.65 Å R-free 0.259
5OVW Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli 提交 2017-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 22–266（245 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride	分辨率 2.65 Å R-free 0.259
5OVW Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli 提交 2017-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 22–266（245 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride	分辨率 2.65 Å R-free 0.259
5OVW Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli 提交 2017-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 22–266（245 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride	分辨率 2.65 Å R-free 0.259

共 10 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BTUF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 25–269； UniProt 22–266 作者链 B； PDB构建体 25–269； UniProt 22–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5m2q
沉积日期 deposition_date	2016-10-13
结构标题 title	Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66F, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli
关键词 keywords	BtuF, Cobinamide, periplasmic binding protein, ABC transporter, Transport protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.44 Å
零角强度 I(0) i0	43379600.00
分子量 molecular_weight	52369.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66173 Å³
包络体积 envelope_volume	76615 Å³
水化壳体积 shell_volume	27757 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.3 Å
壳层 Rg shell_rg	29.97 Å
包络 Rg envelope_rg	22.63 Å
形状 Rg shape_rg	22.41 Å
总 Rg total_rg	23.40 Å
总原子数 total_atoms	3689
残基数 n_residues	456
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.4 Å
Rg (实空间) rg_real	23.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9036
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.137
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.481
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein A,Vitamin B12-binding protein
分子量 formula_weight	31472.9 kDa
突变 mutation	W66F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4085

MKKTAIAIAVALAGFATVAQAASMAAPRVITLSPANTELAFAAGITPVGVSSYSDYPPQAQKIEQVSTFQGMNLERIVALKPDLVIAWRGGNAERQVDQLASLGIKVMWVDATSIEQIANALRQLAPWSPQPDKAEQAAQSLLDQYAQLKAQYADKPKKRVFLQFGINPPFTSGKESIQNQVLEVCGGENIFKDSRVPWPQVSREQVLARSPQAIVITGGPDQIPKIKQYWGEQLKIPVIPLTSDWFERASPRIILAAQQLCNALSQVDSGSLEVLFQGPGGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COB(II)INAMIDE
分子量 formula_weight	990.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CYANIDE ION
分子量 formula_weight	26.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	390

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5m2qa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.2 — TroA-like

结构域编号 domain_id	d5m2qb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.2 — TroA-like

结构域编号 domain_id	d5m2qb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5m2qA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	5m2qA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	5m2qB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	5m2qB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	136.560 Å
晶胞边长 b length_b	90.670 Å
晶胞边长 c length_c	50.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.710 Å
R 因子 r_factor	0.2109
R_work r_work	0.2089
R_free r_free	0.2492

fit	/app/data/saxs_computation/m2/5m2q/5m2q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m2/5m2q/5m2q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m2/5m2q/5m2q.dat

Structure of cobinamide-bound BtuF mutant W66F, the periplasmic vitamin B12 binding protein in E.coli

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein A,Vitamin B12-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer membrane protein A,Vitamin B12-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)